細(xì)菌的系統(tǒng)發(fā)育分析與基因組注釋

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的系統(tǒng)發(fā)育分析與全基因組注釋Contents：123基于ACICU16srRNA基因的系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建基于ACICU全基因組的系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建ACICU全基因組的基因注釋MEGA6.06CVTree3.0RAST2.0系統(tǒng)發(fā)育樹的介紹：

系統(tǒng)發(fā)育樹也稱系統(tǒng)進(jìn)化樹(phylogenetictree),它是用類似樹狀分支的圖來表示各種(類)生物之間的親緣關(guān)系,通過對生物序列的研究來推測物種的進(jìn)化歷史。主要是通過DNA序列,蛋白質(zhì)序列,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)等來構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,或者通過蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比較包括剛體結(jié)構(gòu)疊合和多結(jié)構(gòu)特征比較等方法建立結(jié)構(gòu)進(jìn)化樹。系統(tǒng)發(fā)育樹的介紹：系統(tǒng)發(fā)育樹主要是它的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和分支長度。根據(jù)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的不同系統(tǒng)發(fā)育樹可以分為有根樹和無根樹。有根樹有一個(gè)根節(jié)點(diǎn)，代表所有其它節(jié)點(diǎn)的共同祖先，從根節(jié)點(diǎn)只有唯一路徑經(jīng)進(jìn)化到達(dá)其他任何節(jié)點(diǎn)；無根樹只表明了節(jié)點(diǎn)之間的關(guān)系，沒有進(jìn)化方向，但是通過引入外群（outgroup）或外部參考物種可以在無根樹中指派根節(jié)點(diǎn)。

系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建一般過程：序列比對提供一種衡量核酸或蛋白質(zhì)序列之間相關(guān)性的度量方法。將兩條或多條序列寫成兩行或多行，使盡可能多的相同字符出現(xiàn)在同一列中，將不同序列中的每一位點(diǎn)進(jìn)行逐一比對，構(gòu)建一個(gè)打分矩陣來表示序列間的相似性或同源性。

評(píng)估的目的是對已經(jīng)得出的系統(tǒng)發(fā)育樹的置信度進(jìn)行評(píng)估，常用的方法是自舉檢驗(yàn)法（bootstrap

methods）。

即將所有的序列組用某種算法生成多個(gè)新的進(jìn)化樹。將生成的許多進(jìn)化樹進(jìn)行比較，把所有新的樹中相同拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)最多的樹認(rèn)為是最真實(shí)的樹，樹中分支位置的數(shù)值表示該種結(jié)構(gòu)占所有樹中的百分比值，該值小于75通常都認(rèn)為是置信度較低的分支。

.fasta格式系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建方法以及種類：系統(tǒng)發(fā)育樹基于離散特征的方法

基于距離的方法

最大簡約法（maximumparsimony）

最大似然法（maximumlikelihood）

貝葉斯法（Bayesian）

非加權(quán)組平均（UPGMA）

鄰接法（neighbor-joining）

16SrRNA是所有原核生物蛋白質(zhì)合成必需的1種核糖體RNA，其具有以下特點(diǎn)：

1.多拷貝。每個(gè)細(xì)菌含5～1O個(gè)16SrRNA拷貝，這使得檢測敏感性較高。2.多信息。16SrRNA基因內(nèi)部結(jié)構(gòu)由可變區(qū)和保守區(qū)組成。保守區(qū)為所有細(xì)菌所共有，可變區(qū)在不同細(xì)菌之間存在不同程度的差異，具有屬或種的特異性，可變區(qū)與保守區(qū)交錯(cuò)排列。3.長度適中。16SrRNA編碼基因長度1500bp，包含大約5O個(gè)功能域。

1.基于16srRNA基因的系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建

鄰接法（neighbor-joining）:Kidd&Sgaramelh-Zonta（1971）最早提出基于距離數(shù)據(jù)的系統(tǒng)發(fā)育樹重構(gòu)算法，從所有可能的進(jìn)化樹中選擇進(jìn)化分支長度總和最小的那棵樹。距離法通常不能找到精確的最小進(jìn)化樹，只能找到近似的最小進(jìn)化樹，但是它的計(jì)算速度非?？?，而且準(zhǔn)確率較高，因此被廣泛應(yīng)用于系統(tǒng)發(fā)育分析。

AcinetobacterbaumanniistrainATCC19606

AcinetobacterbaumanniiNava-81AcinetobacterbaumanniiMDR-TJAcinetobacterbaumanniiACICUAcinetobactervenetianusstrainATCC31012AcinetobacterjuniistrainATCC17908AcinetobacteroleivoransDR19677791000.005AcinetobacterbaumanniistrainATCC19606AcinetobacterbaumanniiNava-81AcinetobacterbaumanniiMDR-TJAcinetobacterbaumanniiACICUAcinetobactervenetianusstrainATCC31012AcinetobacterjuniistrainATCC17908AcinetobacteroleivoransDR1951007775利用MEGA6構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹：最大簡約法（maximumparsimonymethod）最大簡約法首先是由Camin&Sokal（1965）提出來的，經(jīng)過Hein（1990，1993）的研究發(fā)展使得用最大簡約法來建立進(jìn)化樹得到極大的發(fā)展及應(yīng)用。最大簡約法是基于奧卡姆剃刀原則（Occam‘srazor）而發(fā)展起來的一種進(jìn)化樹重構(gòu)的方法，即突變越少的進(jìn)化關(guān)系就越有可能是物種