實(shí)驗(yàn)用小型豬 遺傳質(zhì)量控制

實(shí)驗(yàn)用小型豬遺傳質(zhì)量控制范圍本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了實(shí)驗(yàn)用小型豬的遺傳分類及命名、繁殖、遺傳質(zhì)量監(jiān)測等內(nèi)容。本標(biāo)準(zhǔn)適用于實(shí)驗(yàn)用小型豬的遺傳質(zhì)量控制。規(guī)范性引用文件下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，僅注日期的版本適用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。GB14923實(shí)驗(yàn)動(dòng)物哺乳類實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的遺傳質(zhì)量控制NY/T1673畜禽微衛(wèi)星DNA遺傳多樣性檢測技術(shù)規(guī)程術(shù)語和定義下列術(shù)語和定義適用于本文件。實(shí)驗(yàn)用小型豬experimentalminiaturepig經(jīng)人工飼養(yǎng)與培育，對(duì)其攜帶的病原微生物和寄生蟲施行控制，遺傳背景明確或者來源清楚，12月齡體重小于50kg，用于科學(xué)研究、教學(xué)、生產(chǎn)、檢定以及其它科學(xué)實(shí)驗(yàn)的小型豬。近交系inbredstrain經(jīng)連續(xù)20代及以上的全同胞或親子近交方式培育而成，品系內(nèi)所有個(gè)體都可追溯到起源于第20代或以后代數(shù)的一對(duì)共同祖先。近交系的近交系數(shù)（inbreedingcoefficient）應(yīng)大于98.4%。封閉群closedcolony以非近親交配方式進(jìn)行繁殖生產(chǎn)的一個(gè)動(dòng)物種群，在不從外部引入新個(gè)體的條件下，至少連續(xù)繁殖4代以上的群體。遺傳分類及命名遺傳分類根據(jù)遺傳特點(diǎn)的不同，實(shí)驗(yàn)用小型豬分為近交系和封閉群。命名近交系命名根據(jù)動(dòng)物的來源、歷史和培育經(jīng)過，以一系列字母和數(shù)字作為品系代碼（straincode）來表示。近交系動(dòng)物通常以一個(gè)或數(shù)個(gè)大寫英文字母表示，如A、DBA等。亦可以大寫英文字母加數(shù)字命名，如C57BL、C3H。近交代數(shù)近交系的近交代數(shù)用大寫英文字母F表示。例如當(dāng)一個(gè)近交系的近交代數(shù)為30代時(shí)，寫成（F30）。其他近交系亞系、重組近交系、同源突變近交系、同源導(dǎo)入近交系的定義和命名按照GB14923執(zhí)行。封閉群命名封閉群命名按照GB14923執(zhí)行。繁殖近交系的繁殖原則保持近交系實(shí)驗(yàn)用小型豬的同基因性及基因純合性。引種應(yīng)選擇來自于近交系的基礎(chǔ)群，遺傳背景明確，來源清楚，有包括品系名稱、近交代數(shù)、遺傳基因特點(diǎn)及主要生物學(xué)特征等的完整檔案。方法當(dāng)近交系實(shí)驗(yàn)用小型豬生產(chǎn)供應(yīng)數(shù)量不是很大時(shí)，一般不設(shè)血緣擴(kuò)大群，僅設(shè)基礎(chǔ)群和生產(chǎn)群?；A(chǔ)群、血緣擴(kuò)大群和生產(chǎn)群的具體繁殖方式按照GB14923執(zhí)行。封閉群的繁殖原則保持封閉群實(shí)驗(yàn)用小型豬的遺傳異質(zhì)性及基因多態(tài)性，避免近交系數(shù)隨繁殖代數(shù)增加而過快上升。引種引種應(yīng)遵循以下要求：應(yīng)遺傳背景明確，來源清楚，有較完整的檔案（包括種群名稱、來源、遺傳基因特點(diǎn)及主要生物學(xué)特征等）；根據(jù)繁殖方式，在保證每代近交系數(shù)增量不大于1％的前提下，決定最小引種規(guī)模。宜采用循環(huán)交配方式，引種數(shù)量不應(yīng)少于13對(duì)無血緣關(guān)系（三代以內(nèi)無共同祖先）的種豬；也可采用隨機(jī)交配方式，引種數(shù)量不應(yīng)少于25對(duì)無血緣關(guān)系的種豬。方法具體繁殖方法按照GB14923執(zhí)行。遺傳質(zhì)量監(jiān)測監(jiān)測方法采用微衛(wèi)星DNA標(biāo)記檢測方法。具體方法按照NY/T1673執(zhí)行，各微衛(wèi)星DNA標(biāo)記的染色體位置、等位基因數(shù)、等位基因片段范圍、引物序列、熒光標(biāo)記、退火溫度、鎂離子濃度等見表1。各微衛(wèi)星DNA分子標(biāo)記所在的染色體位置、等位基因片段范圍、熒光標(biāo)記、兩側(cè)引物序列（左側(cè)：F，右側(cè)：R）、退火溫度和鎂離子濃度分子標(biāo)記名稱染色體位置等位基因數(shù)（個(gè)）等位基因片段范圍（bp）熒光標(biāo)記引物序列5’→3’Tm（℃）Mg2+（mM）S015517148-164FAWF-TGTTCTCTGTTTCTCCTCTGTTTGR-AAAGTGGAAAGAGTCAATGGCTAT581.5S001029102-124FAWF-TTAACATGGCTGTCTGGACCR-GTCCCTGTCCAACCATAAGA601.5SW349321148-184FAWF-CCTGTTGTAGGCTCCATGAGR-CTAGGAGTCGGCCCTGAAC621.5S000146175-189FAWF-TGGATGGGTCTCATTCTCAGR-TGATTCCTAGCCTGAGAAGC501.5S0005510200-248FAWF-TCCTTCCCTCCTGGTAACTAR-GCACTTCCTGATTCTGGGTA553.0S0087617161-220FAWF-GACAAGCTCCAGGAAGCTTTCCTGR-ATTGCCTTGTGATCCCAAGGGGCA581.5S0101713196-230FAWF-GAATGCAAAGAGTTCAGTGTAGGR-GTCTCCCTCACACTTACCGCAG581.5S022587170-194HEXF-GCTAATGCCAGAGAAATGCAGAR-CAGGTGGAAAGAATGGAATGAA581.5SW17495123-136TAMRAF-GCCAAAATAGCTATTGGACAGCR-TCATGCTATTTTGTTCCAGATG581.5SW16261014117-170FAWF-GCCAATTTCTAGCAAAGTGACCR-TGGAAGATGACATAAGAAAGGG621.5S000911996-133FAWF-AAACATACCAAGAAGCCCAGR-TAATCTTTGCCATCCCTTGT621.5SW605125109-135TAMRAF-AGCCTTCTGTGCAGAAAAGCR-CCCCAGGTTCTCTGCTCTC581.5SW769137104-139HEXF-GGTATGACCAAAAGTCCTGGGR-TCTGCTATGTGGGAAGAATGC553.0SW857146134-160TAMRAF-TGAGAGGTCAGTTACAGAAGACCR-GATCCTCCTCCAAATCCCAT551.5表1（續(xù)）分子標(biāo)記名稱染色體位置等位基因數(shù)（個(gè)）等位基因片段范圍（bp）熒光標(biāo)記引物序列5’→3’Tm（℃）Mg2+（mM）S03551514243-277HEXF-TCTGGCTCCTACACTCCTTCTTGATGR-TTGGGTGGGTGCTGAAAAATAGGA553.0S002616590-111FAWF-AACCTTCCCTTCCCAATCACR-CACAGACTGCTTTTTACTCC581.5S03321724111-168FAWF-TGGTTTCCTCACCAAGACAAGTACR-CCCAAGGAGCTACAGCAAGGCAAG581.5SW1984182195-158FAWF-TTTTTAGTGTCCAAGGAGGTCCR-GGAGCACTAATAGACCACCACC551.5SW2476X688-106TAMRAF-CTGGAGCAGGAGAAAGTAAGTTCR-GGACAGTTACAGACAGAAGAAGG621.5近交系遺傳質(zhì)量監(jiān)測時(shí)間間隔對(duì)生產(chǎn)群，每2年至少進(jìn)行1次。抽樣對(duì)基礎(chǔ)群，凡在子代留有種豬的雙親動(dòng)物都應(yīng)該進(jìn)行檢測。對(duì)生產(chǎn)群，按照表2要求從每個(gè)近交系中隨機(jī)抽取非同窩成年實(shí)驗(yàn)用小型豬，公母各半。近交系實(shí)驗(yàn)用小型豬生產(chǎn)群遺傳監(jiān)測抽樣要求群體規(guī)模，頭抽樣數(shù)量，頭N≤50450<N≤1006N>100不少于6%結(jié)果判定結(jié)果判定按照表3執(zhí)行。近交系實(shí)驗(yàn)用小型豬遺傳質(zhì)量監(jiān)測結(jié)果判定監(jiān)測結(jié)果判定與標(biāo)準(zhǔn)遺傳概貌完全一致未發(fā)現(xiàn)遺傳變異有一個(gè)位點(diǎn)的標(biāo)記基因與標(biāo)準(zhǔn)遺傳概貌不一致遺傳發(fā)生變異判XX論所有樣品檢測位點(diǎn)的等位基因都符合品系的特征，沒有新的等位基因出現(xiàn)為合格實(shí)驗(yàn)用小型豬近交系，否則判為不合格。封閉群遺傳質(zhì)量監(jiān)測時(shí)間間隔每1年至少進(jìn)行1次。抽樣選擇6月齡以上的實(shí)驗(yàn)用小型豬用于檢測，隨機(jī)抽樣。封閉群實(shí)驗(yàn)用小型豬遺傳質(zhì)量監(jiān)測抽樣要求群體規(guī)模，N頭抽樣數(shù)量N≤100不少于10頭N>100不少于20頭結(jié)果判定群體內(nèi)遺傳變異采用平均雜合度指標(biāo)或群體平衡狀態(tài)方法進(jìn)行評(píng)價(jià)。判XX論當(dāng)平均