網(wǎng)絡藥理學SCI-網(wǎng)絡藥理學常用數(shù)據(jù)庫介紹課件

網(wǎng)絡藥理學常用數(shù)據(jù)庫介紹

與使用1網(wǎng)絡藥理學的基礎-數(shù)據(jù)庫2現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫已為開展網(wǎng)絡藥理學研究奠定了堅實基礎，主要包括：文獻數(shù)據(jù)庫，如Pubmed，Medline和OMIM等；藥物-疾病相互作用數(shù)據(jù)庫，如Drugbank、PDSP、PubChem、GLIDA和STITCH等；蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫，如MIPS、DIP、MINT、IntAct、BioGRRID、HPRD、BIND等；通路數(shù)據(jù)庫，如KEGG、Ingenuity

Pathway

Analysi、NaturePathway

Interaction

Database和Pathguide等。DrugBank數(shù)據(jù)庫是一個整合了生物信息學和化學信息學資源，并提供詳細的藥物數(shù)據(jù)與藥物靶標信息及其機制的全面分子信息，包括藥物化學、藥理學、藥代動力學、ADME及其相互作用信息。每個DrugCard條目包含200多個數(shù)據(jù)字段，其中一半用于藥物/化學數(shù)據(jù)，另一半用于藥物靶標或蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)。

DrugBank最大的特色是它支持全面而復雜的搜索，結(jié)合

DrugBank可視化軟件，這些工具能非常容易的檢索到新的藥物靶目標、比較藥物結(jié)構、研究藥物機制以及探索新型藥物。3DrugBank：https://www.drugbank.ca/靶點兩個4藥物名稱ID號藥物類型藥物結(jié)構所有藥理學研究數(shù)據(jù)5相互作用和參考文獻6臨床試驗數(shù)據(jù)和藥物經(jīng)濟學7藥物性質(zhì)8藥物質(zhì)譜圖9藥物毒性10物種：溶血葡萄球菌11物種：人其靶點為QacR和BIRC5兩個靶點信息，在右上角為details的鏈接，點擊進去可以看到靶點詳細的信息/該數(shù)據(jù)庫西北農(nóng)林科技大學王永華教授團隊研發(fā)的，包含了499味草藥（中國藥典2010版）以及每位草藥的化合物成分（共計29000余個），針對每個化合物提供了較全面的人體吸收、分布、代謝（ADME）性質(zhì)評價數(shù)據(jù)，并提供了潛在活性分子的靶標及其疾病信息，形成了針對每位草藥的藥物-靶標-疾病網(wǎng)絡12搜索框輸入漢字：人參131428:8000/tcmid/1516點擊herb，搜索框輸入ren

shen17點擊ren

shen，結(jié)果如下：18TCM-ID.sg/group/TCMsite/Default.aspx192021使用韋恩圖創(chuàng)建數(shù)據(jù)集22韋恩圖，用于顯示元素集合重疊區(qū)域的圖示在生信分析中，可用于顯示組間差異的交集與并集，韋恩圖的歷史：1880年維恩（Venn）在《論命題和推理的圖表化和機械化表現(xiàn)》一文中首次采用固定位置的交叉環(huán)形式用封閉曲線（內(nèi)部區(qū)域）表示集合及其關系的圖形。（Venn

Diagram，也稱韋恩圖或維恩圖）在線網(wǎng)站：

b.csic.es/tools/venny/http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/2324GO功能分類注釋25基因本體論（GO）本體論這個詞源于哲學，本體論用于描述事物的本質(zhì)，所以基因本體論為了描述基因的本質(zhì)。GO從三個方面對基因的本質(zhì)進行描述。細胞組分（CellularComponent，CC）：一般用來描述基因作用的位置，比如高爾基體，內(nèi)質(zhì)網(wǎng)；分子功能（Molecular

Function，MF）：可以描述為分子水平的活性，如催化或結(jié)合活性；生物學過程（Biological

Process，BP）：比如說蛋白質(zhì)磷酸化，細胞粘附。GO功能分類注釋

/26272829KEGG注釋通路分析

http://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html。最常用的通路分析是京都基因與基因組百科全書（Kyoto

Encyclopedia

of

Genes

and

Genomes，KEGG）1995年，KEGG數(shù)據(jù)庫項目由京都大學化學研究所教授

Minoru

Kanehisa領頭啟動。KEGG數(shù)據(jù)庫是手工繪制的KEGG途徑圖的集合，每個途徑圖包含分子相互作用和反應的網(wǎng)絡，將基因組中的基因與通路中的基因產(chǎn)物（主要是蛋白質(zhì)）連接。KEGGpathway

analysis即為將目的基因定位到

KEGG途徑圖中的過程。303132打開KEGG

map網(wǎng)站

https://www.kegg.jp/kegg