快慢生長型肉雞全基因組甲基化測序及比較分析的開題報告

快慢生長型肉雞全基因組甲基化測序及比較分析的開題報告一、研究背景和意義：隨著人口的不斷增長和經(jīng)濟的不斷發(fā)展，人們對高蛋白質(zhì)和低脂肪肉制品的需求不斷提高。肉雞作為養(yǎng)殖業(yè)的主要品種之一，其生長速度和肌肉品質(zhì)對肉制品生產(chǎn)具有重要影響。因此，在肉雞生長過程中，為了能夠更好地控制生長速度和提高肌肉品質(zhì)，需要進行相關(guān)的分子生物學(xué)研究。DNA甲基化是一種常見的表觀遺傳修飾，它對于基因表達和生長發(fā)育等多個生物學(xué)過程具有重要影響。因此，對肉雞DNA甲基化的研究可以揭示其生長發(fā)育機制，并為肉雞選育和養(yǎng)殖提供理論基礎(chǔ)。目前，針對肉雞生長發(fā)育的DNA甲基化研究較少，有關(guān)肉雞生長發(fā)育的DNA甲基化機制的深入探究仍具有重要意義。本研究旨在通過對快慢生長型肉雞進行全基因組甲基化測序及比較分析，揭示其生長發(fā)育過程中的DNA甲基化模式，為肉雞生長發(fā)育的細胞分化和分子機制提供新的理論依據(jù)。二、研究目標和內(nèi)容：目標：分析快慢生長型肉雞DNA甲基化的差異，探討其在肉雞生長發(fā)育過程中的功能及機制，為肉雞的選育和生產(chǎn)提供理論基礎(chǔ)。內(nèi)容：1.采集快慢生長型肉雞的全基因組DNA，并建立DNA文庫。2.對文庫進行高通量甲基化測序，得到快慢生長型肉雞的甲基化譜。3.利用生物信息學(xué)方法進行甲基化譜的數(shù)據(jù)分析，包括數(shù)據(jù)質(zhì)控、比對、差異甲基化位點篩選和功能注釋等。4.分析快慢生長型肉雞DNA甲基化譜的差異，探討其在肉雞生長發(fā)育過程中的功能及機制。三、研究方法：1.樣品準備：選取快慢生長型肉雞7天齡和21天齡各10只，采集其全血細胞，提取全基因組DNA，并建立DNA文庫。2.甲基化測序：對文庫進行高通量Bisulfite測序，得到快慢生長型肉雞的甲基化譜，數(shù)據(jù)量不少于50G。3.數(shù)據(jù)分析：利用生物信息學(xué)方法對甲基化譜進行數(shù)據(jù)分析，包括數(shù)據(jù)質(zhì)控、比對、差異甲基化位點篩選和功能注釋等。四、研究預(yù)期結(jié)果：1.獲得快慢生長型肉雞全基因組甲基化譜，揭示其在生長發(fā)育過程中的DNA甲基化模式。2.分析快慢生長型肉雞DNA甲基化譜的差異，探討其在肉雞生長發(fā)育過程中的功能及機制。3.為肉雞選育和養(yǎng)殖提供新的理論依據(jù)，推動肉雞生產(chǎn)的發(fā)展。五、主要參考文獻：1.LiX,ZhuangQ,WangK,ShenJ,LiY,etal.2016.ComparativeDNAmethylomeanalysisofendometrialcarcinomarevealscomplexanddistinctderegulationofcancerpromotersandenhancers.BMCGenomics.17(1):665.2.LuongMX,ChenL,PengL,TuckerMA,LuongHT,etal.2019.Large-scaleDNAMethylationProfilingRevealsTranscriptionallyRepressiveGeneExpressionModulesinSepsis-inducedARDS.SciRep.9(1):4650.3.L.A.Ghazali,I.Bartelink,L.deKoning,2017.CharacterisationofglobalDNAmethylationlevelsinavianspeciestissues,Sci.Rep.7(1):16103.4.WangC,YuH,DengW,QuY,SongC,etal.2021.ComprehensiveanalysisofDNAmethylationandtranscriptionalchangesinchicke