細菌的分類與命名-微生物命名規(guī)則

細菌得分類與命名細菌分類學細菌分類學（ｔaｘｏｎomy）就是指對細菌進行分類、命名與鑒定得一門學科。它得任務就是在全面了解細菌得生物學特征得基礎上,研究它們得種類，探索其起源、演化以及與其她類群之間得親緣關系，進而提出能反映自然發(fā)展得分類系統(tǒng)，并將細菌加以分門別類.它包括三個方面：分類(claｓsificatiｏn）、命名（ｎomencｌature)與鑒定（iｄentiｆicatｉoｎ)。一、基本概念1、細菌分類就是根據(jù)每種細菌各自得特征,并按照它們得親緣關系分門別類,以不同等級編排成系統(tǒng)。分類有兩種:①以細菌得形態(tài)與生理生化特性為依據(jù)得表型特征分類法，包括有傳統(tǒng)分類法（classicａｌclassｉｆｉcａｔiｏｎ)與數(shù)值分類法(numeｒiｃａlclasｓifｉcatｉｏn）;②用化學分析與核酸分析，以細菌大分子物質(核酸、蛋白質）結構得同源程度進行分類稱種系分類(phylogeneticｃｌassｉficaｔｉoｎ）或自然分類（naturalcｌassfｉcａt(yī)ioｎ）。2、細菌命名在分類基礎上,給予每種細菌一個科學名稱，使之在生產實踐、臨床實踐與科學研究工作中相互交流成為可能。按照細菌命名得法規(guī)，能保證所有得科研工作者以同樣方式給予細菌命名。3、細菌鑒定將未知細菌按分類原則放入系統(tǒng)中某一適當位置與已知細菌比較其相似性，用對比分析方法確定細菌得分類地位。若與已知細菌相同即采用已知菌得名稱,不同者則按命名原則確定一個新名稱。二、分類等級細菌得分類等級與其她生物相同，依次為界(kinｇdom）、門(divｉsiｏn）、綱（cｌass）、目(order)、科(fａmilｙ）、屬（genus）、種（species）。細菌屬于原核生物界（procarｙoｔae），包括有細菌、放線菌、支原體、衣原體、立克次體與螺旋體.分類等級拉丁字尾比較固定，表示方法如下:目—aｌeｓ、亞目-ｉneae、科-aceae、亞科—oideａae、族—eａe、亞族-inａe。種就是細菌分類得基本單位,將生物學性狀基本相同得細菌群體歸成一個菌種;性狀相近、關系密切得若干菌種組成一個菌屬；相近得屬歸為一科；依次類推。在兩個等級之間,可添加次要得分類單位，如亞門、亞綱、亞屬與亞種等。群與組不就是正式分類等級，就是泛指具有某種共同特性得某個集體，任何等級都可借用。同一菌種得各個細菌,在某些方面仍有一定得差異，可再分成亞種(subspecieｓ)，亞種以下得分類等級為型（typｅ）,以區(qū)別某些特殊得特征.例如抗原結構不同而分得血清型（sｅｒotyｐe)；對噬菌體敏感性不同得噬菌體型(ｐhagetype）；對細菌素敏感性不同得細菌素型（bacteriｏｃin-ｔypｅ),生化反應與某些生物學性狀不同得生物型(biｏｔype）。由不同來源分離得同一種、同一亞種或同一型得細菌，稱為株(straiｎ)。株得建立就是從一次單獨分離物得單個原始菌落傳代得純培養(yǎng)物，例如從10個肺結核患者得痰液中分離出得１0株結核分枝桿菌。具有某種細菌典型特征得菌株稱為模式菌(ｔｙｐｉcalstrain)或標準菌株（ｓｔandardstrain）,它就是該種菌株得參比菌株。在細菌得分類、鑒定與命名時以模式菌為依據(jù)，也可作為質量控制得標準。三、細菌命名法《國際細菌命名法典》（thｅｉntｅrnatioｎalｃoｄeoｆnｏmeｎcｌutureoｆbacteria)1990年修訂本(１992年ＡＳM出版）就是目前公認得命名法典,就是在1975年出版得基礎上，經歷了10余年,3屆國際微生物學會議得努力而通過得一部法典,它確認了1980年1月1日后,由國際系統(tǒng)細菌學雜志(IJＳB)合法發(fā)表得細菌命名.細菌得科學名稱（學名）得生物雙名式（bｉnoｍen)，具備拉丁化文字得形式與明確分類等級得兩個特點,即有一個屬名與一個種名構成。屬名在前，就是名詞，首字母大寫；種名在后,就是形容詞，不論就是否為人名或地名均須小寫;兩者均用斜體表示。細菌學名得中文譯名則種名在前,屬名在后。例如Mycobｅｃｔerｉｕmtubeｒculosis(結核分枝桿菌）、Salmonellatｙphi(沙寒沙門菌)。屬名也可用第一個字母代表，如Mtｕbercｕlｏsｉs、Ｓtyphi等.有時某些常見得細菌也可用習慣通用俗名如tuberouｌosis(結核桿菌）、tyｐhoiｄbacilus(傷寒桿菌)等。有時泛指某一屬細菌而不特指其中得某個細菌則可在屬名之后加上sp，如Mｙｃobacteriumsp，Salmonellasp,即表示分枝桿菌屬與沙門菌屬細菌(sp代表菌種ｓpｅcies，復數(shù)用sｐp）；如果使用1個亞種得名稱，則在種名后再加亞種名如Kｌeｓbsiellaｐeｎuｍｏniaesubｓｐｅciｅsｐneuｍoniaｅ。命名法典規(guī)定，新得細菌名稱必須在IＪＳB發(fā)表后，經過世界公認得國際細菌命名裁定委員會公布，菌名批準目錄刊登后正式應用。凡有關細菌研究得學術論文必須使用上述正式命名得細菌學名。細菌分類方法細菌得分類就是在對細菌得大量分類標記進行鑒定與綜合分析得基礎上進行得。用作細菌得分類標記有形態(tài)學、生理生化學、免疫化學與遺傳學等方面得性狀。近年來，應用各種現(xiàn)代化技術與設備研究細胞得化學結構與化學組成,分析它們得來源關系,為發(fā)展細菌分類學開拓了前景。一、按表型特征分類法細菌得形態(tài)、染色以及細菌得特殊結構就是最早與最基本得分類依據(jù)，眾多得理化特征如細菌生長條件、營養(yǎng)要求、需氧或厭氧、抵抗力、菌體成分、能否利用某些糖類與有機酸、蛋白質、氨基酸、代謝途徑、代謝產生、呼吸酸、毒性酶、毒素、致病力等也一直作為分類依據(jù).目前，以生理生化學作為細菌分類方法有兩種,即傳統(tǒng)分類法與數(shù)值分類法.（一）傳統(tǒng)分類法19世紀以來，以細菌得形態(tài)、生理特征為依據(jù)得分類奠定了傳統(tǒng)得分類基礎,它選擇一些較為穩(wěn)定得生物學性狀,如細菌得形態(tài)結構、染色性、培養(yǎng)特性、生化反應、抗原性作為分類依據(jù)，然后按主次順序逐級區(qū)分。這種方法使用方便,分類亦較為明確,但往往帶有一定程度得盲目性。（二）數(shù)值分類法２0世紀６0年代,隨計算機得應用而發(fā)展得細菌分類方法。它對細菌得各種生物學性狀按“等重要原則”進行分類，一般需選用5０項以上得生理、生化指標逐一進行比較,通過計算機分析各菌間相似度,劃分細菌得屬與種，并確定它們得親緣關系.二、遺傳學分類法遺傳學分類就是以細菌得核酸、蛋白質等在組成得同源程度分類。該分類法具有下述得優(yōu)點:（１)對細菌得“種”有一個較為一致得概念;（２）使分類不會出現(xiàn)經常性或根本性得變化;(３)可制定可靠得細菌鑒定方案；(4)有利于了解細菌得進化與原始親緣關系。目前較穩(wěn)定得基因型細菌分類法有如下幾種。（一）DNAG+Cｍol/％測定DNＡ分子兩條鏈上4種堿基得總分子量為10０，測定其中G+G或Ａ＋T摩爾百分比,能反映出細菌間DNA分子同源程度，習慣上以Ｇ＋C作為細菌分類標記。不同菌屬間得Ｇ+Cｍol%范圍很大，在25％～７5%之間,但同一種細菌Ｇ+Cmｏl％相當穩(wěn)定,不受菌齡、培養(yǎng)條件與其她外界因素影響，親緣關系越近得細菌,它們G+Cmol／%越相近。目前測定得技術多用加熱變性法.加熱變性得ＤNA由于雙鏈DNＡ分開,使A2６0紫外吸收度增加。紫外吸收度得增加與解鏈程度成正比。用Ｔm表示DNＡ分子中50％解鏈時得溫度,Tm隨G+Ｃmoｌ％得含量線性增加。在通常條件下，G+Cmol％為４０得ＤＮA其Tm約為87℃，每增加1％Ｇ+Cmｏl含量,Tｍ約增加0、4℃,因而通過Tm可測出Ｇ+Ｃmｏl%含量。（二）核酸同源值測定同一種細菌得Ｇ＋Cmｏｌ%固然應該相同，但G＋Cmol%相同得卻并不一定就是同一細菌。因為Ｇ+Cmｏl%不能反映其堿基得序列。精確得辦法就是利用DNA分子雜交技術測定DNＡ分子得相似度。其基本步驟均就是先提取菌株得DＮA，加熱變性解鏈,然后將兩種變性得DNＡ(其中一種為標記DNＡ或ｒRＮＡ）混合液在一定得溫度下保溫復性，重新得到雜交得雙螺旋DNA分子,鑒定其雙螺旋結合率.結合率得大小反映了DNA堿基序列得相似程度與菌種之間得親緣關系得親疏.DNA/ＤNA雜交時，同一菌得結合率為1０0％,80％~9０%得同源為同一種內、同一亞種得細菌,60％~７0％得同源性為同一種內不同亞種得細菌,２0%～６0%則認為就是同一屬中得不同菌種。(三)核蛋白體RNA堿基序列測定細菌核蛋白體RNA序列比較保守,其變化十分緩慢。分離提取細菌16ＳrＲNA，用T1核酸酶消化,分析寡核苷酸得堿基序列可測出ｒRＮA得相關性。繪制各類群關系與樹狀譜,從而確定種系得發(fā)生關系。另一種研究核蛋白體RNA堿基序列得方法就是rRNA-DNA雜交,其基本原理與DNＡ—ＤNA雜交方法相同,只就是最后得結果表示方法不同，常用于兩個有差距得微生物間測定，例如用ｒRNＡ—ＤNA雜交將假單胞菌屬至少可分成5群ｒRNＡ同源群。細菌分類系統(tǒng)國際上普遍采用伯杰(Bergｅy）分類系統(tǒng),自１92３年《伯杰鑒定細菌學手冊》（Bergey’smannualofｄeterminativebacｔeriolｏgy）第一版問世以來,每隔四五年修訂一次,至１9７４年已出版至第八版.198４年將其易版為《伯杰系統(tǒng)細菌學手冊》（Bergey’ｓmanｕalofｓysteｍicbaｃteriology)，共分4卷。在此新版中,對細菌得高級分類作了重新安排，以細菌細胞壁得結構特點,將原核生物界分為４個菌門：薄壁菌門（Ｇraciｌicuｔes）、厚壁菌門（Firmicuｔes)、軟壁菌門(Tｅｎeriｃutｅs）與疵壁菌門(Meｎdosiｃuｔes）。伯杰系統(tǒng)細菌學手冊第1卷（19８４年)登載醫(yī)學、工業(yè)與普通微生物中重要革蘭陰性細菌；第2卷(1９８6年）為放線菌外得革蘭陽性菌,第3卷為古細菌、藍藻菌與其她革蘭陰性菌；第4卷為放線菌.1994年出版《伯杰鑒定細菌學手冊》第9版,該版摘錄《伯杰系統(tǒng)細菌學手冊》第1卷～４卷所有菌屬得表型描述，把所有細菌根據(jù)類型排列