水稻基因組BAC物理圖譜構(gòu)建以及相關(guān)數(shù)據(jù)庫、分析查詢系統(tǒng)的本地搭建的綜述報告

水稻基因組BAC物理圖譜構(gòu)建以及相關(guān)數(shù)據(jù)庫、分析查詢系統(tǒng)的本地搭建的綜述報告隨著生物技術(shù)的發(fā)展，對植物基因組的研究越來越重視。水稻（Oryzasativa）是全球最重要的糧食作物之一，其基因組研究具有重要的意義。建立水稻基因組BAC物理圖譜及相關(guān)數(shù)據(jù)庫和分析查詢系統(tǒng)是水稻基因組研究的一個重要方向。一、水稻基因組BAC物理圖譜的構(gòu)建構(gòu)建水稻基因組BAC物理圖譜主要包括以下步驟：1.選擇BAC克隆庫和文庫構(gòu)建構(gòu)建物理圖譜前需要選擇適當(dāng)?shù)腂AC克隆庫，可選擇BAC克隆庫，也可以建立自己的BAC文庫，并進(jìn)行合理的篩選。2.進(jìn)行BAC-Ends序列測定對所選BAC克隆，進(jìn)行基于ABI-3730DNA定序儀的BAC-Ends序列測定，獲得BAC-Ends序列數(shù)據(jù)。3.進(jìn)行BAC-Ends序列比對比對BAC-Ends序列和基因組參考序列?；诨蚪M序列拼接每個克隆的BAC-Ends序列，獲得克隆之間的物理距離信息和物理位置信息。4.獲得BAC樣品信息和拆分，組裝等操作對物理圖譜中的BAC樣品進(jìn)行拆分和組裝操作，得到精確的BAC大分子指紋（BACcontig），構(gòu)建BAC物理圖譜。5.驗證BAC物理圖譜的精度驗證BAC物理圖譜中的物理距離信息和物理位置信息等，保證BAC物理圖譜的精度。二、水稻基因組相關(guān)數(shù)據(jù)庫和分析查詢系統(tǒng)建立水稻基因組相關(guān)的數(shù)據(jù)庫和分析查詢系統(tǒng)，是構(gòu)建水稻基因組BAC物理圖譜的重要補(bǔ)充。1.水稻基因組數(shù)據(jù)的收集和整合需要收集和整合水稻基因組相關(guān)的數(shù)據(jù)，包括水稻基因組測序數(shù)據(jù)、注釋和功能分析等數(shù)據(jù)。從而為建立數(shù)據(jù)庫和分析查詢系統(tǒng)提供數(shù)據(jù)支持。2.數(shù)據(jù)庫的建立建立包括基因組序列、蛋白序列、基因家族、基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)等在內(nèi)的水稻基因組數(shù)據(jù)庫，為研究者提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)搜索和查詢服務(wù)。3.分析查詢系統(tǒng)的建立建立水稻基因組分析查詢系統(tǒng)，包括基因預(yù)測、功能注釋、基因家族分析和表達(dá)譜分析等。并可提供相關(guān)的數(shù)據(jù)可視化和工具開發(fā)，方便研究者的數(shù)據(jù)分析和挖掘。三、本地搭建的優(yōu)勢搭建水稻基因組BAC物理圖譜和相關(guān)數(shù)據(jù)庫和分析查詢系統(tǒng)的本地搭建的優(yōu)勢在于：1.自主控制在本地搭建水稻基因組數(shù)據(jù)庫和分析查詢系統(tǒng)，可以自主控制，不用依賴外部服務(wù)，避免了因外界因素對研究的干擾。2.安全保障由于水稻基因組研究具有重要意義，數(shù)據(jù)庫和分析查詢系統(tǒng)的安全對于研究保障至關(guān)重要。本地搭建可以保證數(shù)據(jù)的安全。3.數(shù)據(jù)可控搭建本地水稻基因組數(shù)據(jù)庫和分析查詢系統(tǒng)，可以省去互聯(lián)網(wǎng)傳輸數(shù)據(jù)的時間和費(fèi)用。并且數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)可控，不會受到互聯(lián)網(wǎng)因素的影響?？傊⑺净蚪MBAC物理圖譜、數(shù)據(jù)庫和分析