IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法培訓(xùn)課件

IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法轉(zhuǎn)換光密度單位的方法如下:點(diǎn)擊:measure--carliberation--intensity，調(diào)出intensity校正窗口。然后在窗口中點(diǎn)new按紐，再點(diǎn)一下下面的stdopticaldensity選項(xiàng)，這時(shí)可以看到窗口中的直線變成了反向的曲線。然后還要點(diǎn)一下最上面的system按紐。最后點(diǎn)close關(guān)閉窗口。這樣就把程序系統(tǒng)的灰度單位轉(zhuǎn)換成了光密度單位。關(guān)于光密度較正的詳細(xì)內(nèi)容請(qǐng)參見(jiàn)第十帖及第十一帖。校正光密度單位的操作要在打開(kāi)第一張圖片后立即進(jìn)行。將光密度單位設(shè)定為system之后就不必再對(duì)后面的每一張照片都進(jìn)行光密度校正了。2IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法

2.點(diǎn)擊measure---count/size

3IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法圖14IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法在窗口中選中manual,再點(diǎn)擊selectcolor,彈出顏色選擇窗口segmentation

圖25IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法4.點(diǎn)一下吸管圖標(biāo)，在目標(biāo)區(qū)域點(diǎn)一下，就可以選中該點(diǎn)的顏色，當(dāng)然一下是不可能完全選中所需要指定的全部區(qū)域，可以在未選中的地方接著再點(diǎn)，這樣多次選取，直到把想選中的區(qū)域全部選中為止。5圖3中被標(biāo)上紅色的區(qū)域被定義為一個(gè)class,其中每一個(gè)獨(dú)立的小區(qū)塊被定義為這個(gè)class中的一個(gè)object。以此圖為例，圖中深藍(lán)色的部分是細(xì)胞核，因此所有的細(xì)胞核都被選中成一個(gè)class，其中每一個(gè)細(xì)胞核就是一個(gè)object。6IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法用紅框圈起來(lái)的四個(gè)工具按紐分別是:吸管、撒消上一步操作、橡皮擦、全部清除。下在的小方框里則是吸管位置的選取顏色。圖37IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法選取完AOI后，點(diǎn)擊close回到count/size窗口，下一步就可以對(duì)選中的object進(jìn)行測(cè)量操作了。如圖4所示。點(diǎn)擊count/size窗口中的measure菜單，點(diǎn)selectmeasure，這是選擇要進(jìn)行何種測(cè)量操作，在彈出的測(cè)量選擇窗口左側(cè)列出了各種可用的測(cè)量選項(xiàng)，最常用的測(cè)量有:area面積density(mean)平均光密度diameter直徑IOD(integratedopticaldensity)累積光密度在相應(yīng)的項(xiàng)目上點(diǎn)一下，該測(cè)量項(xiàng)目就被選到中間的窗口中了，同時(shí)關(guān)于該測(cè)量的詳細(xì)說(shuō)明會(huì)顯示在最右邊。如果想取消某個(gè)已選中的測(cè)量項(xiàng)目，則在左邊窗口中該項(xiàng)目上再點(diǎn)擊一下就可以了。8IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法圖49IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法選好了待測(cè)量的區(qū)域，也指定了測(cè)量項(xiàng)目，就可以進(jìn)行測(cè)量統(tǒng)計(jì)了，點(diǎn)擊一下測(cè)量選擇窗口的OK紐，關(guān)閉這個(gè)窗口，就回到了count/size窗口，再點(diǎn)擊一下count按紐，就可以看到程序在進(jìn)行測(cè)量，稍等幾秒鐘即可讀取測(cè)量數(shù)據(jù).如圖5分別點(diǎn)擊count/size窗口中view菜單中的measurementdata和statistics，就分別彈出這兩個(gè)數(shù)據(jù)窗口。前者是這個(gè)calss中每一個(gè)object的測(cè)量數(shù)據(jù)，后者是這些測(cè)量數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)參數(shù)，如總數(shù)、平均值、累加、標(biāo)準(zhǔn)差等。本例中得到的就是每個(gè)細(xì)胞核的面積、平均光密度值、直徑、累積光密度值。統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)則可得到這張圖片中所有細(xì)胞核的平均面積、平均光密度值，平均直徑、累積光密度值，當(dāng)然還有細(xì)胞核的數(shù)目，就是所有object的數(shù)目。10IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法圖511IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法9測(cè)量數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)入EXCEL處理起來(lái)最方便。只要在數(shù)據(jù)菜單中點(diǎn)file-DDEtoEXCEL。數(shù)據(jù)就傳到EXCEL的sheet1里去了。如圖6.在這個(gè)示例圖片的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)中samples為圖中所有細(xì)胞核的個(gè)數(shù)。第一列為area,其中的Mean值為各個(gè)核的平均面積，后面就是平均灰度、平均直徑，這些是有意義的測(cè)量統(tǒng)計(jì)數(shù)值。但I(xiàn)OD卻是SUM值更有意義。12IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法圖613IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法圖715IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法圖8：這個(gè)工具的標(biāo)題叫Magicwand，就是photoshop中的魔棒呀。將鼠標(biāo)移至圖中一個(gè)細(xì)胞的中間，光標(biāo)就變成魔棒了，在一個(gè)位置左鍵點(diǎn)一下，就選中了這個(gè)位置及其周圍灰度相似的區(qū)域。這里"相似"的定量范圍由Range的值來(lái)決定。較大的值為較大的灰度范圍，點(diǎn)一下能選中一大片區(qū)域。較小的range值則為較小的灰度范圍。在一個(gè)區(qū)域上多點(diǎn)幾下，就能選中這個(gè)區(qū)域的整個(gè)邊界了。最后點(diǎn)一下右鍵，就確定了一個(gè)不規(guī)則形狀的選定區(qū)域。點(diǎn)一下左邊的問(wèn)號(hào)，就能看到相應(yīng)的使用說(shuō)明。smooth值是用來(lái)平滑區(qū)域邊界的。一般不需要平滑，因此默認(rèn)值為零。16IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法圖817IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法選擇多個(gè)區(qū)域（圖9）選中一個(gè)區(qū)域后如果還要在同一張圖片上再選另一個(gè)區(qū)域，不能直接點(diǎn)選，要先點(diǎn)擊一下工具欄上的MultipleAOI按紐，再點(diǎn)擊add，接下去就可以到另一個(gè)選擇區(qū)域點(diǎn)選。選好一個(gè)新的區(qū)域后再回去點(diǎn)MultipleAOI--add確認(rèn)，再繼續(xù)下一個(gè)，直到選取完所有的AOI。最后在圖片上任一處點(diǎn)一下右鍵結(jié)束選擇操作。結(jié)束后如果又想再增加選擇區(qū)域，只要再點(diǎn)一下newAOI按紐，就可以調(diào)出工具條繼續(xù)增加選擇區(qū)域。18IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法圖919IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法這個(gè)irregular工具還有另一個(gè)操作方式，在問(wèn)號(hào)旁邊有個(gè)trace按紐，點(diǎn)一下它，工具條就變成另一個(gè)樣子了。這種操作方式是沿著孤立圖像的邊緣尋跡，從而畫出一個(gè)沿著孤立形狀邊緣圍成的一個(gè)AOI。第一種是手畫法。確認(rèn)工具條右邊的Auto選項(xiàng)沒(méi)有打勾，將光標(biāo)移至目標(biāo)圖形處按住左鍵拖出一個(gè)閉合圖形，點(diǎn)右鍵結(jié)束。用鼠標(biāo)畫當(dāng)然是不會(huì)準(zhǔn)確的。實(shí)在沒(méi)別的招了才會(huì)出此下策。20IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法第二種方法是自動(dòng)尋跡。圖10所示把那個(gè)Auto給選上，speed值給減到1(慢速看得清楚)，在目標(biāo)圖形的邊緣處左鍵點(diǎn)一下鼠標(biāo)，然后沿著邊緣稍移動(dòng)一下鼠標(biāo)后再點(diǎn)擊一下左鍵，這是給程序指明一個(gè)尋跡的方向，馬上就能看到光標(biāo)自動(dòng)沿著邊界走起來(lái)了，一直會(huì)走到起點(diǎn)處才會(huì)停止。這樣就自動(dòng)圍成了一個(gè)閉合區(qū)域，點(diǎn)一下右鍵就確認(rèn)了這個(gè)AOI。重復(fù)選取多個(gè)AOI的方法與樓上一樣。如果目標(biāo)圖形邊界清晰，那么這個(gè)工具是非常管用的?？上У氖窃谠S多情況下邊界是模糊不清的，光標(biāo)走到此處時(shí)會(huì)亂走一氣。這時(shí)就要及時(shí)先點(diǎn)一下鼠標(biāo)使光標(biāo)暫停下來(lái)，然后在期望的方向延長(zhǎng)再點(diǎn)一下左鍵，給程序指明一下前進(jìn)的方向，如此多次，直到光標(biāo)回到起點(diǎn)為止。最后點(diǎn)一下右鍵圍成一個(gè)閉合的AOI。圍好的AOI邊界是綠色框。21IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法圖1022IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法測(cè)量每個(gè)區(qū)域的幾何尺寸及光密度圖11點(diǎn)開(kāi)count/size窗口，點(diǎn)菜單EDIT---convertAOI

toObjects.這樣就把剛才選中的一個(gè)個(gè)AOI變成了要測(cè)量的object了，那些小區(qū)域的顏色也由AOI綠色外框線變成了object的標(biāo)記了。object的標(biāo)記類型是可以自己設(shè)定的。在count/size窗口右邊有一個(gè)option按紐，點(diǎn)開(kāi)它就能設(shè)定object標(biāo)記的外觀了。在option窗口中，outlinestyle可以選outline(輪廓線)或filled(填充class顏色)。labelstyle可以選擇為object序號(hào)或測(cè)量值。再下面是label的文字顏色。右上角還有一個(gè)class的顏色選擇按紐。23IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法圖1124IPP專業(yè)圖片分析軟件使用方法下一步是點(diǎn)measure菜單下的selectmeasurements。選上要測(cè)量的項(xiàng)目。注意，選完后要點(diǎn)擊這個(gè)菜單中的measure按紐(而不是count/size窗口中的count按紐)。然后是OK按紐關(guān)閉measure窗口，點(diǎn)開(kāi)view菜單下的measurementdate和statistics數(shù)據(jù)窗口。幾個(gè)object的測(cè)量數(shù)據(jù)就已經(jīng)在里面了。如果你還想繼續(xù)增加objcet，可以直接用irregular工具畫AOI，然后點(diǎn)convertAOItoobject。這期間把數(shù)據(jù)窗口留著不關(guān)閉，可以看到新增的objec