NGS用于指導晚期惡性腫瘤治療的2016參考幻燈片.ppt

1、NGS用于指導晚期惡性腫瘤治療2016ASCO新進展-精準檢測，精準治療InsightonNovelMechanismsandPrecisionCare,方勇浙江大學醫(yī)學院附屬邵逸夫醫(yī)院腫瘤內科,基因檢測一覽,PresentedByClaudineIsaacsat2016ASCOAnnualMeeting,遺傳性腫瘤重疊表型,同病異治異病同治,Sequencingis,PresentedByDavidHayesat2016ASCOAnnualMeeting,測序的優(yōu)勢價格更低廉品質更高適用范圍更廣機器試劑盒軟件組織靈活性更高石蠟標本無需細胞甚至RNA！,近8年，ASCO年會上與NGS相關的摘要

2、數(shù)目投稿,內容：NGS指導下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測與腫瘤治療NGS在多種實體腫瘤治療中的應用,Cancerisadiseaseof,PresentedByDavidHayesat2016ASCOAnnualMeeting,癌癥是一種的疾病?,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,以雜交捕獲法為基礎的二代基因測序法可作為預測抗PD-1/PD-L1治療黑色素瘤療效的標記物,Introduction,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,簡介在進展期黑色素瘤患者中，抗PD-1

3、治療有30-45%的有效率；反應可能持續(xù)存在；較難辨別有效人群；因此需要有效預測標記物。,Candidatebiomarkersforanti-PD-1/PD-L1,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,抗PD-1/PD-L1的候選標記物,克隆性增殖，突變或新的抗原,Aims,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,目標：假設：小片段基因能精確地代替基因突變負荷以雜交捕獲法為基礎的二代基因測序法檢測236-315個基因編碼區(qū)序列突變負荷和特殊突變與臨床結果的相關性與全外顯子測序

4、所得突變負荷相比較T細胞受體測序與結果的相關性,Methods,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,方法：,Mutationloadandresponse,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,突變負荷和反應,Mutationloadandresponse,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,突變負荷和反應,Mutationloadandresponse,PresentedByDouglasJohnsonat20

5、16ASCOAnnualMeeting,突變負荷和反應,Mutationloadandsurvival,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,突變負荷和生存率,Specificmutations,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,特定突變,Specificmutations,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,特定突變,Mutationloadcomparisons,PresentedByDouglasJohn

6、sonat2016ASCOAnnualMeeting,突變負荷比較,Mutationloadandsurvivalinunselectedpatients,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,在未選擇患者中的突變負荷及生存率,在未選擇患者中突變負荷與生存率無關,TCRclonality,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,TCR克隆,Potentialimplications,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting

7、,潛在臨床價值及意義,Conclusions,PresentedByDouglasJohnsonat2016ASCOAnnualMeeting,結論二代雜交捕獲法為基礎的NGS檢測突變負荷與抗PD-1/PD-L1療效相關236-315個基因突變負荷的檢測結果與全外顯子測序結果一致通過此法檢測突變負荷可能有助于臨床的治療決策和預測療效。,內容：NGS指導下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測與腫瘤治療NGS在多種實體腫瘤治療中的應用,ctDNAPPVvs.tissuebiopsy(NSCLC,CRC,Breast,Others),PresentedByDavidHayesat2016ASCOAnnual

8、Meeting,背景：,SerialNextGenerationSequencing(NGS)ofcellfreeDNA(cfDNA)revealsclonalevolutionofAKT1E17Kmutanttumors:analysesfrompatientsenrolledonaphaseIbasketstudyofanAKTinhibitor(AZD5363),PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,血漿游離DNA（cfDNA)的NGS揭示AKT1E17K突變腫瘤的克隆演變：一項AKT抑制劑（AZD5363）I期籃子研究的患者分析,

9、BackgroundTargetableDriverOncogenes,PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,背景靶向驅動致癌基因大量的腫瘤基因型分析已顯著提高了腫瘤驅動基因的認識，其中一部分已成為靶向基因其中一個驅動基因，AKT1E17K突變反復的（2%），人類癌癥的致癌事件一項研究治療意義的I期籃子研究正在進行中，其中一種pan-AKT抑制劑（AZD5363）的靶向治療具有較好的前景當然，目前還不清楚是否同時存在其他突變，導致腫瘤細胞對AKT1E17K依賴的改變。,Background-Liquidbiopsies,Presented

10、ByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,背景液體活檢對腫瘤發(fā)展及耐藥產生的理解很大程度上依賴于取得新鮮腫瘤組織而單個病灶的活檢存在很多挑戰(zhàn)（異質性，局限的可行性，侵襲性以及價格昂貴）都可能被液體活檢克服腫瘤來源的血漿游離DNA,Background-Liquidbiopsies,PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,檢測腫瘤基因組的改變發(fā)現(xiàn)疾病基因組的復雜性（異質性）監(jiān)測治療中的腫瘤動力學追蹤現(xiàn)實中耐藥機制的演變（監(jiān)測分子性疾?。?背景液體活檢,Objectives,PresentedByLillian

11、Smythat2016ASCOAnnualMeeting,目標在基因富集（含有AKT1E17K突變）的人群中，正在接受靶向治療，嘗試運用cfDNA以：1.發(fā)現(xiàn)及追蹤AKT1E17K突變2.描述具有AKT1E17K突變的腫瘤中同時發(fā)生的突變3.監(jiān)測分子耐藥機制的演變，通過平行追蹤所有腫瘤突變辨別新近獲得的突變的出現(xiàn),Studydesign,PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,研究設計前瞻性，單中心，相關性研究合適的患者AKT1E17K突變陽性的實體腫瘤入組參加AZD5363的1期多中心籃子研究，一種口服的催化性pan-AKT抑制劑，作用于

12、AKT1突變的進展期實體腫瘤（NCT01226316）-已知具有RAS/RAF突變的腫瘤患者被排除-根據(jù)RECISTv1.1標準定義，具有可測量病灶,StudySchema,PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,研究綱要,SampleCollection,PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,血樣本收集,Patientdemographics,PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,患者統(tǒng)計學資料,AKT1E17Kdetected

13、andmonitoredincfDNAbyddPCR,PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,在22/25個（88%）患者中，ddPCR檢測到AKT1在D21，AKT1的減少預示PFS的升高,以ddPCR檢測及監(jiān)控cfDNA中的AKT1E17K,AKT1追蹤腫瘤反應持續(xù)的（21天）AKT1清除與持續(xù)的RECIST反應相關（P=0.025）,AKT1mutantallelefraction(MAF)incfDNAhighlyconcordantbetweenddPCRandNGS,PresentedByLillianSmythat2016AS

14、COAnnualMeeting,cfDNA的AKT1突變等位基因分數(shù)（MAF）在ddPCR和NGS中高度一致,NGSofPre-treatmentcfDNA(n=25)capturedtumorheterogeneity,PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,治療前cfDNA（n=25）的NGS發(fā)現(xiàn)腫瘤異質性在8個（38%）病人中檢測到17種額外的改變（共21個病人具有可比較的治療前腫瘤）發(fā)現(xiàn)3個（12%）病人中同時出現(xiàn)了相關的突變（ARAF，RAF1，KRAS），但是所有都對藥物治療沒有反應,Slide13,PresentedByLil

15、lianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,治療前最常見的突變基因,Pre-treatmentcfDNAcapturedtumorheterogeneity,PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,治療前的cfDNA發(fā)現(xiàn)腫瘤異質性,Conclusions,PresentedByLillianSmythat2016ASCOAnnualMeeting,結論在這項探索性研究中，對通過基因panel捕獲的cfDNA進行二代測序是可行的，并且與ddPCR得到的結果高度一致發(fā)現(xiàn)疾病異質性能夠監(jiān)測腫瘤克隆動力學/發(fā)現(xiàn)克隆演變/突出反

16、應的不同模式辨別在治療過程中獲得的或富集的潛在相關的基因組改變?yōu)榍捌诜肿影邢蛩幬锏难邪l(fā)提供了一種有效方法。,內容：NGS指導下的腫瘤免疫治療cfDNA檢測與腫瘤治療NGS在多種實體腫瘤治療中的應用,二代基因測序在未治療、轉移性EGFR突變肺癌中發(fā)現(xiàn)并發(fā)的基因改變,TITLE,二代基因測序膽管腫瘤揭示腫瘤體系變異和化療耐藥性的聯(lián)系,二代基因測序膽管腫瘤揭示腫瘤體系變異和化療耐藥性的聯(lián)系,TP53,CDKN2A,ARID1A基因突變,TITLE,對主要的中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤進行二代基因測序，作為個體化治療腫瘤研究項目的一部分，發(fā)現(xiàn)與靶向抑制劑治療敏感性相關的變異,對主要的中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤進行二代基因測序，作為個體化治療腫瘤研究項目的一部分，發(fā)現(xiàn)與靶向抑制劑治療敏感性相關的變異,Slide1,BRCA1/2陰性的乳腺及卵巢腫瘤家族的二代基因測序,BRCA1