賽智6000凝膠成像使用說明.ppt

1、1D-Gel分析,分析DNA、RNA、Protein及WB條帶的工具。,分析條帶的分子量與質(zhì)量,1D-Gel工具是凝膠電泳分析軟件最基本、最重要的功能。 通過測量條帶位置，并與Marker對比來測量條帶分子量。 通過測量條帶亮度，即累積光密度(IOD)，比較各條帶之間質(zhì)量的相對比例。,1D-Gel工具條,修飾照片,使用rotate工具旋轉(zhuǎn)圖片，使得凝膠在圖片上橫平豎直。而且必須將加樣孔置于圖片上方，否則將影響到條帶的分析結(jié)果。 將凝膠邊上多余的部分裁切掉，既可美化圖片畫面，也可減少電腦處理數(shù)據(jù)時的工作量。,用鼠標(biāo)拖此箭頭旋轉(zhuǎn)圖片,旋轉(zhuǎn)工具,旋轉(zhuǎn)工具窗口,1.點矩型選擇工具，然后在圖上畫出選定的

2、方框,2.點編輯 復(fù)制,3.點編輯 粘貼到一個新文檔,生成一張整齊的新圖片進行分析測量,旋轉(zhuǎn)并裁切后的照片,設(shè)置泳道,1. 點泳道調(diào)出泳道設(shè)置工具欄及泳道窗口。 2.刪除多選上的泳道，增加未選上的泳道。 3.調(diào)整泳道位置 4.調(diào)整泳道選擇寬度及上下邊界。 泳道不規(guī)則時可以調(diào)整泳道為不規(guī)則形狀的。各泳道寬度也可不一致。 設(shè)置完成后點確定關(guān)閉泳道窗口。,泳道 設(shè)置窗口,可以用鼠標(biāo)拖邊界，也可以移動泳道位置,泳道上的光密度分布曲線,當(dāng)前泳道的圖像,Lane profile,這是顯示泳道上光密度分布曲線的窗口。 曲線下方顯示了當(dāng)前選中泳道的圖像。 X與Z菜單用來調(diào)整曲線的坐標(biāo)，一般不必用它，點一下up

3、date就可以顯示比例合適的曲線。 泳道+與泳道-可以切換選擇其他泳道來觀察。,第四道的lane profile,Band:設(shè)置條帶選擇,點band按紐后，程序會自動找到一些明顯的條帶 先刪除掉不感興趣的條帶，再把那些未被自動選擇的條帶加上。 點add band或delete band再到圖片上相應(yīng)位置點一下，就能加上或刪去一個條帶。還可以在line profile曲線上作這個操作。 調(diào)整條帶的寬度。,把這個值設(shè)大點，能使自動找到的無用條帶少一些。,對熒光的電泳照片，選上bright band,再點一下查找色帶,能保證條帶曲線不反向。,照片上看不出的弱峰在lane profile曲線上能清晰地

4、識別,條帶寬度的選取原則,每個條帶的邊界應(yīng)該是line profile曲線上條帶峰的山腳處。 在對不同泳道上的同一分子量各條帶進行對比分析時，應(yīng)保持這些條帶的寬度一致。以最寬的那個條帶為準(zhǔn)。 這兩個原則經(jīng)常不能同時滿足，只能根據(jù)情況滿足其中一條。,Marker條帶上選定的條帶數(shù)必須與Marker數(shù)相同,條帶邊界在山腳處,相同分子量的條帶邊界一致,各種泳道與條帶的選擇方式,泳道跑歪了也可以處理,WB圖像的條帶選擇,扣除背景Background correction,扣除背景是必須的操作，在凝膠電泳條帶的分析中，背景值經(jīng)常遠(yuǎn)大于條帶的值，如果不扣除，將會導(dǎo)致條帶的分析數(shù)據(jù)大大偏離其真實數(shù)值。切記切

5、記！,扣除背景的必要性,在照片背景較亮?xí)r，背景強度對光密度測量值的影響非常大，導(dǎo)致的實驗誤差也會非常大，所以必須扣除背景。,相差50%，有顯著性差異,相差10%，無顯著性差異,扣與不扣背景相差甚大,在背景校正中選峰谷連接,可用峰谷連接或轉(zhuǎn)盤扣背景,設(shè)置Marker,如果要測量各條帶的分子量，就必須與marker進行對比測量。 在Marker泳道上應(yīng)該跑出全部Marker條帶，也就是說，如果marker有六個條帶，那在marker泳道中必須選定六個條帶。 如果Marker確實跑丟了一兩個條帶，則必須在以后的設(shè)置中把跑丟的那個值給刪除。,當(dāng)Mark條不在左邊時，一定要重新手動指定Mark條的位置,

6、點reset清除。點select按紐，再點照片上marker所在的條帶。該條帶就被定為marker了。 可以選多個marker條帶。 指定了Mark位置后，就要輸入各條帶的分子量數(shù)據(jù)。一張照片上只能輸入一種Marker參數(shù)，如果使用了兩種Marker,則只能用一個來定標(biāo)。,設(shè)置M. W. Standard,點重設(shè)清空所有,指定Marker泳道,1.點選擇/不選,3.在Marker泳道上點一下,4.點此確定按紐,2.彈出此窗口,新建一個Marker參數(shù),1.已經(jīng)指定了Marker泳道,2.點新建,3.在彈出的窗口里輸入分子量參數(shù),輸入各條帶的分子量數(shù)值,1.先起個名字,4.這里有顯示了才算是被寫

7、入,3.點增加將數(shù)值寫入,2.輸入一個數(shù)值,5.全部分子量值都寫入后點OK,定位Marker的各個條帶,1.剛輸入的DL2000,3.分子量數(shù)值對應(yīng)相應(yīng)的條帶,2.點自動定位,2.點確定關(guān)閉窗口,Slant-傾斜校正。,如果各泳道的速度不一致，此功能可以進行有限的校正。前提是要在兩邊各作一個同樣的Marker。然后在分別在分子量相同的Marker條帶上各點一下，它們之間就能拉出一根校正線。這樣在分析測量時能夠?qū)ε芡岬臈l帶分子量進行較正。,可以看結(jié)果了。點result.,點顯示中的兩者是顯示分子量與條帶光度,點IOD,測量分析結(jié)果,光密度分析結(jié)果該選哪一項?,Rel /bands Amount Rel ab % IOD : 選這個最保險！ Max OD,光密度與樣品量之間的關(guān)系,正相關(guān)，但不是正比。也就是說，光密度相差一倍并不意味著樣品的量也相差一倍。 IOD是累積光密度，此項是直接反映了樣品量之間的對比。但要注意的是，IOD與樣品量之間不是正比關(guān)系，因此用IOD的比例來表達兩個條帶之間的量的對比屬于半定量的分析