PubMed數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng).ppt

1、PubMed數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng),PubMed重點,PubMed數(shù)據(jù)庫的建立維護機構(gòu)：NCBI NLM 和NCBI的全稱和中文含義 PubMed的文獻收錄范圍 其對應(yīng)的光盤數(shù)據(jù)庫（MEDLINE）和印刷型檢索工具的名稱（醫(yī)學(xué)索引、牙科文獻索引、國際護理索引） PubMed檢索方式：主題詞檢索、自由詞檢索、索引瀏覽檢索、字段限定檢索、邏輯組配檢索、截詞檢索、強制檢索（短語）,PubMed檢索功能界面：基本檢索、主題詞檢索、期刊瀏覽、引文匹配（單篇引文和多篇引文）、臨床咨詢。 PubMed不同檢索界面的使用，強調(diào)不同檢索內(nèi)容在哪個界面使用。檢索式的組配檢索，檢索式表達的內(nèi)容。 PubMed主題詞標(biāo)引所用

2、詞表：MeSH PubMed主題詞加權(quán)檢索的含義（主要主題詞）和擴展檢索的含義（主題詞及下位詞同時檢索） 檢索結(jié)果中題錄的著錄格式,一.歷史與背景,INDEX MEDCUS MEDLINE (MADLARS on line) 美國國立醫(yī)學(xué)圖書館（National Library of Medicine, NLM）建立并維護的一個大型的醫(yī)學(xué)文獻數(shù)據(jù)庫。屬于MADLARS 檢索系統(tǒng)中使用頻率最高的數(shù)據(jù)庫。 Medline 數(shù)據(jù)庫收錄了自1966年以來70多個國家40多個語種的約4，300多種生物醫(yī)學(xué)期刊的題錄及文摘，其中80%以上為英文文獻，75%-85%含有文摘。,MEDLINE包括三種索引：

3、醫(yī)學(xué)索引（Index Medicus）、 牙科文獻索引(Index to Dental Literature)、 國際護理索引(International Nursing Index)。 MEDLIN數(shù)據(jù)庫涉及內(nèi)容包括：基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、護理學(xué)、口腔科學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、衛(wèi)生保健、營養(yǎng)衛(wèi)生、職業(yè)衛(wèi)生、衛(wèi)生管理等。,MEDLARS MEDLARS （Medical Literature Analysis and Retrieval System），是美國國立醫(yī)學(xué)圖書館建立的大型生物醫(yī)學(xué)信息檢索系統(tǒng)。于20世紀(jì)60年代開始提供脫機檢索服務(wù)，70年代形成了第一個聯(lián)機檢索數(shù)據(jù)庫MEDLARS ON-LINE

4、，首先將MEDLINE數(shù)據(jù)庫進行了聯(lián)機檢索，并很快建立了國際聯(lián)機檢索系統(tǒng)。 MEDLINE CD,MEDLINE WEB PubMed,/pubmed /pubmed,一、PubMed簡介 （一） 數(shù)據(jù)庫建立和維護 美國國立醫(yī)學(xué)圖書館下屬的生物技術(shù)信息中心（ National Center for Biotechnology Information , NCBI)建立并維護。 文獻類型：期刊論文、綜述、以及與其他數(shù)據(jù)資源鏈接。 特點：提供原文獲取服務(wù),（二）PubMed數(shù)據(jù)庫來源 1MEDLINE 主

5、要收錄1966年至今的文獻。,文獻標(biāo)記中除了有PMID號和MEDLINE UI號 外，還注有PubMed- indexed for MEDLINE 的說明。,2 PreMEDLINE 主要保存處于加工階段的文獻（PubMedIn process）,3直接提供的其它文獻記錄,這部分文獻記錄中只有PubMed識別碼PMID,另外還有PubMed in process的說明。,PubMed檢索方式 PubMed主要提供以下幾種檢索方式： 1主題詞檢索。 2自由詞檢索。 3索引詞表檢索。 4字段限定檢索。,二、PubMed檢索功能,Author address AD Author AU Languag

6、e LA Journal Title TA EC/RN Number RN MeSH Major Topic MAJR MeSH Subheadings SH MeSH Terms MH Publication Type PT Text Words TW Title TI Title/Abstract TIAB,5組配檢索。 注意：布爾組配符號AND、OR、NOT 需大寫，順序自左到右。 6.截詞檢索 transplant* 7. 強制檢索 短語檢索 “l(fā)iver cancer”,PubMed引文和期刊全文查詢功能 由于PubMed與生物醫(yī)學(xué)文獻出版商聯(lián)合，使其作為檢索引用文獻以及鏈接這些出版

7、商站點，獲取全文數(shù)據(jù)的一種工具。 1. 引文鏈接 2. 全文鏈接 有收費全文、免費全文兩種形式。 免費全文：出版商直接提供； PMC（PubMed Center）中心提供,三、PubMed主要功能,1、基本檢索功能 包括簡單檢索界面和高級檢索界面 2、PubMed Tools Single Citation Matcher 單篇引文匹配 Batch Citation Matcher 批引文匹配 Clinical Queries 臨床咨詢 Topic-Specific Queries 特殊主題咨詢,3、More Resources MeSH Database 主題詞數(shù)據(jù)庫Journals Dat

8、abase 期刊數(shù)據(jù)庫 Clinical Trials 臨床實驗數(shù)據(jù)庫,（一）PubMed主要檢索功能 簡單檢索、高級檢索、限定檢索,四、PubMed檢索,PubMed的自動轉(zhuǎn)換 PubMed提供詞語的自動轉(zhuǎn)換（Automatic Term Mapping）功能。在基本檢索狀態(tài)下，如果輸入的檢索詞是不加限制的，PubMed利用該功能，實現(xiàn)MeSH、刊名、短語的轉(zhuǎn)換和著者的自動轉(zhuǎn)換。通過“Search Details”可查看轉(zhuǎn)換結(jié)果。 轉(zhuǎn)換詞表： MeSH轉(zhuǎn)換表 刊名轉(zhuǎn)換表 短語列表 著者索引表,1. 簡單檢索（ Go） 簡單檢索界面允許實現(xiàn)檢索詞的邏輯組配、截詞(*) 和短語等檢索,但邏輯組配

9、需用大寫（AND；OR；NOT）。,詞匯聯(lián)想功能,舉例,1、bad breath 2、bad breath causes 3、“bad breath” 4、lung cancer AND smok*,查找作者,輸入作者的姓（last name)和名(first initial)，中間不用標(biāo)點符號。 例：alving c 結(jié)果包括Alving CR Alving CJ 等,高級檢索Advanced search,在該界面，可以進行字段檢索、索引檢索；并提供察看檢索歷史等功能。 Preview ：顯示所輸入檢索式的檢索記錄數(shù)（檢索歷史 ）；,限定字段,檢索歷史,索引檢索,直接顯示檢索結(jié)果數(shù)量,字段

10、限定檢索,舉例：檢索近5年嬰幼兒“巨細胞病毒感染與聽力損傷”方面文獻。（ cytomegalovirus、 Hearing loss ） 字段限定為“題目摘要”,索引詞表檢索（Index）。 Index：即利用數(shù)據(jù)庫中索引詞表進行檢索。該界面可以對不同的字段進行索引和檢索，并提供邏輯組配檢索功能。,舉例,1、Add to History 功能演示：endometriosis 2、Index：downs syndrom(e) downs syndrom(e) down syndrom(e) 3、p16 和p53在肝癌中的表達,對檢索結(jié)果的限定條件 可以進行出版時間、語種、文獻類型、年齡、性別等方

11、面的限定，以進一步縮小檢索范圍。 進行限制后只能檢索medline中的內(nèi)容，“in process” and “supplied by publisher”因還沒有進行字段制作，不能檢索到。 一旦勾選了某種限定條件，對后面的檢索詞語一直限定，除非取消。,舉例,查找近兩年有關(guān)子宮內(nèi)膜異位癥的綜述文獻。（ endometriosis endometriosis限定在題目摘要字段）,查找近10年發(fā)表在“Obstetrics and gynecology”雜志上的有關(guān)子宮內(nèi)膜異位癥的臨床試驗文獻。,History檢索史 回顧檢索歷史 察看檢索過的所有檢索式 重新編輯組合檢索式進行新的檢索,練習(xí),1、在

12、基本檢索界面分別輸入下列詞語并點擊“Details”察看結(jié)果： bad breath，bad breath causes，“bad breath”，lung cancer AND smok* 2、檢索“p16 在肝癌中的表達”方面的文獻 限定 人類，五年，免費全文，英文中文,練習(xí),限定和索引綜合應(yīng)用： 嬰幼兒巨細胞病毒感染與聽力損傷。（ cytomegalovirus、 Hearing loss ） 檢索PubMed收錄青島大學(xué)醫(yī)學(xué)院2000年以來所發(fā)表的文獻。,（二）主題詞檢索,進入方式： 1、在高級檢索的最下方“More Resources”有鏈接：,2、在主頁面中“More Resour

13、ces”有鏈接：,利用MEDLINE主題詞/副主題詞檢索,并可提供多個主題詞之間的邏輯組配檢索。 注意： PubMed中的MeSH檢索將查不到references in process 或 the publisher supplied references 中的記錄，因為這些記錄還未標(biāo)引MeSH詞。 主題詞檢索有時會漏檢最新出版、發(fā)表的文獻。 為查找到有關(guān)某一主題的相關(guān)文獻，需要同時需采用自由詞和主題詞結(jié)合檢索.,使用該功能可選擇規(guī)范化主題詞、副主題詞、查看詞義注釋、瀏覽樹狀結(jié)構(gòu)表等 ，可執(zhí)行主題詞檢索，可以提高檢索效率。 在MeSH Database的檢索框中，輸入檢索詞，如果不是MeSH詞

14、，系統(tǒng)將提供同義或近義MeSH給于選擇，同時顯示MeSH樹。,例 ：主題詞檢索界面的輸入框內(nèi)輸入liver cancer，點擊GO按扭，系統(tǒng)提示liver cancer不是MeSH詞，規(guī)范主題詞應(yīng)該是liver neoplasms。,點擊主題詞liver neoplasms，顯示副主題詞，可供選擇。,系統(tǒng)同時還顯示檢索的限定。如主要主題詞限定；限制下位詞擴檢。,系統(tǒng)同時還顯示其樹狀結(jié)構(gòu)表。,用liver neoplasms選擇副主題詞radiotherapy、therapy，點擊Add to search builder添加到檢索框中，點擊Search PubMed進行檢索。（見后頁）,舉例

15、P16和P53在肝癌中的表達,練習(xí) 檢索近兩年重點研究“前列腺癌診斷” 的文獻 。Prostate cancer 要求：主要主題詞檢索 ;將檢索時間限定在近兩年 。,（三）臨床咨詢。 是一個關(guān)于臨床治療、診斷、病因和預(yù)后四個方面的臨床文獻查詢界面。,舉例：檢索癲癇(epilepsy)的治療方面的文獻。,（四） 期刊瀏覽檢索。 查詢特定期刊及特定期刊論文的檢索界面。 點擊主頁面的Journals database按扭。系統(tǒng)轉(zhuǎn)到期刊數(shù)據(jù)庫首頁界面。 期刊數(shù)據(jù)庫，可通過刊名全稱、刊名簡稱Medline縮寫格式、ISSN號、刊名中的單個或若干個詞來查找特定的期刊。 點擊界面中部的links to fu

16、ll-text web sites將列出與PubMed有全文鏈接的期刊刊名，按字順排列?？刹檎移诳械奈墨I。,舉例：在檢索框中輸入“science”,查找某期刊中的文獻,1、基本檢索界面下，刊名可輸入全稱；或MEDLINE認可的標(biāo)準(zhǔn)縮寫形式；以及ISSN。 如 Molecular biology of the cell 2、利用“Journals database” 3、利用“single citation matcher”,如何查找在“science ” 雜志上發(fā)表的文獻,1. 在高級檢索界面 science 限定字段Journal 2. 在期刊檢索界面 science選中send to s

17、earch boxsearch 3. 在期刊名字的右邊的 Links 按鈕 點擊PubMed檢索該刊中的文獻,（五）引文匹配 提供通過已知的文獻線索，查詢特定文獻的摘要、作者、文獻題目等信息。包括單篇引文匹配和成匹引文匹配兩個界面。,檢索Tang BK在Biochemical Pharmacology 雜志第29卷第14期上發(fā)表的文章 。 要求： 用單篇引文匹配檢索。,練習(xí),1、期刊檢索 查找在“Adv Cancer Res” 雜志上發(fā)表的文章。 2、引文匹配檢索：要求寫出其他合著者和找到全文。 Brown BK, et al. Monoclonal antibodies to hosphatidylinositol phosphate neutralize human immunodeficiency virus type 1: role of phosphate-binding subsites. J Virol. 2007 Feb;81(4):2087-91. Epub 2006 Dec 6.,Special Queries,檢索結(jié)果顯示和下載,文獻顯示格式： summary ； xml ；abstra