Maxquant使用說(shuō)明復(fù)習(xí)課程

1、精品文檔Summary該總結(jié)文件包含了所有在Maxquant運(yùn)行當(dāng)中所有原始數(shù)據(jù)文件的信息名稱(chēng)分隔描述說(shuō)明Raw file原始數(shù)據(jù)的處理加工En zyme用于消化蛋白樣品的蛋白水解酶En zyme mode同上En zyme first search用于first search的蛋白水解酶En zyme mode first search同上Use en zyme first search當(dāng)有不同的蛋白酶用于設(shè)置firstsearch 時(shí)，標(biāo)記為 + ”Variable modificatio ns（翻譯為可變修飾）用于多肽鑒定當(dāng)中的可變修飾Multi modificati ons多重修飾用于

2、鑒定多肽當(dāng)中Variablemodificati onsfirstsearch在first search 當(dāng)中的可變修飾Use variable modifications first當(dāng)有不冋的可變修飾用于設(shè)置firstsearchsearch 時(shí)，標(biāo)記為 + ”Requa ntify用在鑒定當(dāng)中的標(biāo)簽的數(shù)量（例如冋位素標(biāo)簽，這里應(yīng)該特質(zhì)同位素標(biāo)簽）的數(shù)量Multiplicity同上Max. missed cleavages允許取大的漏切數(shù)量Labels。用于標(biāo)簽實(shí)驗(yàn)當(dāng)中的標(biāo)簽，其中，0為輕標(biāo)，1為中標(biāo)，2為重標(biāo)LC-MS run typeLC-MS運(yùn)行的模式，當(dāng)用于數(shù)據(jù)依賴(lài)性的傳統(tǒng)的鳥(niǎo)槍法來(lái)

3、做蛋白質(zhì)組學(xué)時(shí)，設(shè)置為standard （標(biāo)準(zhǔn)模式）Time-depe ndent recalibrati on時(shí)間依賴(lài)性的再校準(zhǔn)：當(dāng)出現(xiàn)該校準(zhǔn)時(shí)，數(shù)據(jù)框內(nèi)標(biāo)記為“ +”時(shí)間依賴(lài)性的校準(zhǔn)用于提高數(shù)據(jù)的質(zhì)量MS在原始數(shù)據(jù)當(dāng)中的 MS1記錄的數(shù)據(jù)量MS/MS在原始數(shù)據(jù)當(dāng)中的MS2記錄的數(shù)據(jù)量MS3在原始數(shù)據(jù)當(dāng)中的MS3記錄的數(shù)據(jù)量MS/MS submitted用于軟件分析的串聯(lián)的 MS的數(shù)量1MS/MS submitted (SIL)用于軟件分析的串聯(lián)的MS的數(shù)量，這里檢測(cè)的是作為標(biāo)記簇（重標(biāo)組， labeling cluster ）的母離子被檢測(cè)。MS/MS submitted (ISO)用于軟

4、件分析的串聯(lián)的 MS的數(shù)量， 這里檢測(cè)的是作為冋位素模式的母離 子被檢測(cè)。MS/MS submitted (PEAK)用于軟件分析的串聯(lián)的MS的數(shù)量，這里檢測(cè)的是作為單個(gè)峰（single peak，這里的單個(gè)峰的意思應(yīng)該是沒(méi) 有冋位素峰）的母離子被檢測(cè)。MS/MS ide ntified鑒定到的串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)的總數(shù)量MS/MS ide ntified (SIL)鑒定到的串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)的總數(shù)量，這里 檢測(cè)的是作為標(biāo)記簇（重標(biāo)組， labeling cluster ）的母離子被檢測(cè)。MS/MS ide ntified (ISO)鑒定到的串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)的總數(shù)量，這里 檢測(cè)的是作為冋位素模式的母離子被 檢測(cè)。MS

5、/MS ide ntified (PEAK)鑒定到的串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)的總數(shù)量，這里1這里所說(shuō)的串聯(lián)質(zhì)譜可以認(rèn)為是二級(jí)質(zhì)樸檢測(cè)的是作為單個(gè)峰（single peak , 這里的單個(gè)峰的意思應(yīng)該是沒(méi)有同位 素峰）的母離子被檢測(cè)。MS/MS ide ntified %被鑒定到的串聯(lián)質(zhì)譜的比例MS/MS ide ntified (SIL) %被鑒定到的串聯(lián)質(zhì)譜的比例，這里檢 測(cè)的是作為標(biāo)記簇（重標(biāo)組，labeli ng cluster ）的母離子被檢測(cè)。MS/MS ide ntified (ISO) %被鑒定到的串聯(lián)質(zhì)譜的比例，這里檢 測(cè)的是作為冋位素模式的母離子被檢 測(cè)。MS/MS ide ntified

6、 (PEAK) %被鑒定到的串聯(lián)質(zhì)譜的比例，這里檢 測(cè)的是作為單個(gè)峰（single peak，這 里的單個(gè)峰的意思應(yīng)該是沒(méi)有同位素 峰）的母離子被檢測(cè)。Peptide Sequences Identified通過(guò)記錄在二級(jí)質(zhì)譜上的譜圖而鑒定出來(lái)的氨基酸序列的多肽的總數(shù)量Peaks被檢測(cè)到的 MS1（full sea ns）的總數(shù)量Peaks Seque need通過(guò)MS2測(cè)出氨基酸序列的多肽的總數(shù)量Peaks Seque need %通過(guò)MS2測(cè)出氨基酸序列的多肽的 比例（這里指的應(yīng)該是串聯(lián)質(zhì)譜鑒定 到的多肽的數(shù)量與 MS1鑒定到的數(shù)量之比）Peaks Repeatedly Seque nee

7、d在二級(jí)質(zhì)譜當(dāng)中被重復(fù)鑒定的次數(shù)（超過(guò)1次）Peaks Repeatedly Seque need%在二級(jí)質(zhì)譜當(dāng)中被重復(fù)鑒定的多肽的數(shù)量站總鑒定多肽數(shù)量的比率Isotope Patter ns檢測(cè)到的同位素峰的總數(shù)量Isotope Patter ns Seque need被二級(jí)質(zhì)譜（測(cè)序）鑒定到的同位素序列的總數(shù)量IsotopePatter nsSeque need(z1)被二級(jí)質(zhì)譜（測(cè)序）鑒定到的同位素序列的總數(shù)量（電荷數(shù) 1）Isotope Patter ns Seque need %被二級(jí)質(zhì)譜（測(cè)序）鑒定到的同位素序列的比例IsotopePatter nsSeque need(z1) %

8、被二級(jí)質(zhì)譜（測(cè)序）鑒定到的同位素序列的比例（電荷數(shù)1）Isotope Patter ns RepeatedlySequeneed用串聯(lián)質(zhì)譜對(duì)冋位素重復(fù)（超過(guò)1次）測(cè)序的總數(shù)量Isotope Patter ns RepeatedlySequeneed %用串聯(lián)質(zhì)譜對(duì)冋位素重復(fù)（超過(guò)1次）測(cè)序的比率Reealibrated重新校準(zhǔn)：當(dāng)原始數(shù)據(jù)當(dāng)中的質(zhì)量被 重新校準(zhǔn)時(shí)，會(huì)在該框下顯示“ + ”Av. Absolute Mass Deviati onppm被鑒定的多肽和數(shù)據(jù)庫(kù)當(dāng)中的多肽對(duì) 比后，其檢測(cè)質(zhì)量與理論質(zhì)量偏差的平均值，單位為百萬(wàn)分之一Mass Stan dard Deviatio n ppm

9、被鑒定的多肽和數(shù)據(jù)庫(kù)當(dāng)中的多肽對(duì) 比后，其檢測(cè)質(zhì)量與理論質(zhì)量偏差的 標(biāo)準(zhǔn)差，單位為百萬(wàn)分之一Av. Absolute Mass Deviati on被鑒定的多肽和數(shù)據(jù)庫(kù)當(dāng)中的多肽對(duì)mDa比后，其檢測(cè)質(zhì)量與理論質(zhì)量偏差的平均值，單位為百萬(wàn)分之一道爾頓Mass Standard Deviation mDa被鑒定的多肽和數(shù)據(jù)庫(kù)當(dāng)中的多肽對(duì) 比后，其檢測(cè)質(zhì)量與理論質(zhì)量偏差的 標(biāo)準(zhǔn)差，單位為百萬(wàn)分之一道爾頓Label free norm param用于label-free實(shí)驗(yàn)當(dāng)中測(cè)定峰強(qiáng)度值的標(biāo)準(zhǔn)因素Evidence名稱(chēng)分隔描述說(shuō)明Sequenee鑒定出來(lái)的多肽的序列Len gth保存在sequenee

10、 框內(nèi)的序列長(zhǎng)度Modificati ons在被鑒定的多肽上的轉(zhuǎn)錄后修飾Modified seque nee包含修飾位點(diǎn)的多肽序列， 修飾位點(diǎn) 會(huì)標(biāo)記在被修飾的氨基酸前面， 修飾 方式會(huì)以縮寫(xiě)的形式呈現(xiàn)出來(lái)，一般 情況下，多肽會(huì)被下劃線標(biāo)記Carbamidomethyl (C) Probabilities半胱氨酸被烷基化的可能性： 包含翻 譯后修飾的多肽可能出現(xiàn)修飾的可 能性，其中概率為0 1其中1為最 大，該列表示半胱氨酸烷基化的可能 性O(shè)xidatio n (M) Probabilities甲硫氨酸氧化的可能性：包含翻譯后 修飾的多肽可能出現(xiàn)修飾的可能性， 其中概率為0 1其中1為最大，該

11、 列表示甲硫氨酸氧化的可能性Carbamidomethyl (C) Score Diffs通過(guò)計(jì)算PTM添加到的那個(gè)位置以及沒(méi)有PTM位點(diǎn)之間的差異計(jì)算，如果值為負(fù)，則說(shuō)明其修飾的可能性近乎沒(méi)有Oxidation (M) Score Diffs通過(guò)計(jì)算PTM添加到的那個(gè)位置以 及沒(méi)有PTM位點(diǎn)之間的差異計(jì)算， 如果值為負(fù)，則說(shuō)明其修飾的可能性 近乎沒(méi)有Acetyl (Protein N-term)發(fā)生在蛋白質(zhì) N末端的乙?；臄?shù)量Carbamidomethyl (C)發(fā)生在半胱氨酸上的烷基化修飾的數(shù)量Oxidatio n (M)發(fā)生在甲硫氨酸上的氧化修飾的數(shù)量Missed cleavages水

12、解酶漏切多肽的數(shù)量Protei ns根據(jù)多肽而推斷出來(lái)的蛋白質(zhì)的名稱(chēng)Leadi ng prote insLeadi ng razor prote inGene n amesProtein n amesTypeRaw fileMS/MS m/zChargem/zMassResolutio nUn calibrated - Calibrated m/z ppmUn calibrated - Calibrated m/z DaMass error ppmMass error DaUn calibrated mass error ppmUn calibrated mass error DaMax in

13、ten sity m/z 0Retention timeRete nti on len gthCalibrated retention timeCalibrated retention time startCalibrated retention time finishRetention time calibrationMatch time differe neeMatch m/z differe neeMatch q-valueMatch scoreNumber of data pointsNumber of sca nsNumber of isotopic peaksPIFFract ion of total spectrumBase peak fractionPEPMS/MS countMS/MS sca n