多基因聯(lián)合建樹圖解教程(引用高老師)(共7頁)

1、精選優(yōu)質(zhì)文檔-傾情為你奉上多基因聯(lián)合建樹圖解教程（引高老師原創(chuàng)）工具】（引用高老師原創(chuàng)） MAFFT（多序列比對(duì)及序列排序）、SequenceMatrix（多源數(shù)據(jù)合并） 、PAUP（同質(zhì)性檢驗(yàn)）、Mrbayes（支持分源數(shù)據(jù)集建樹）【流程】 .序列比對(duì)及排序在MEGA中打開序列進(jìn)行逐一進(jìn)行多重比對(duì)，并對(duì)序列名稱進(jìn)行排序。排序的目的主要是避免后續(xù)序列串聯(lián)拼接時(shí)發(fā)生錯(cuò)位，如上圖所示，點(diǎn)擊MEGA比對(duì)瀏覽器界面的左上角"Species/Abbrv"即可進(jìn)行升序/降序排列，最后導(dǎo)出Fasta格式的多重序列比對(duì)文件。2.序列合并 運(yùn)行SequenceM

2、atrix，在菜單上依次點(diǎn)擊“Import”-“Add Sequence”-選擇待目的序列，如下圖：導(dǎo)出過程會(huì)提示是否將空位標(biāo)記為問號(hào)，建議選擇選擇“全否”。逐一添加不同基因的多重比對(duì)序列后，同樣點(diǎn)擊菜單欄上方的“Export”導(dǎo)出nexus文件的合并序列文件，這里注意不同基因的前后順序。導(dǎo)出的nexus帶序列長度的標(biāo)識(shí)，建議用PAUP等軟件對(duì)序列文件進(jìn)化格式化，建議保存為non-interleaved的nexus文件。3.同質(zhì)性檢驗(yàn)同質(zhì)性檢驗(yàn)（Testing for homogeneity）兩種方法的參考腳本： （1）不相合長度差異檢驗(yàn) (Incongruence length d

3、ifference test , ILD Test)-begin set;CHARSET 01P1 = 1-825;CHARSET 02HC = 826-2220;CHARSET 03Vpg = 2221-2784;charpartition genes = gene1:01P1, gene2:02HC, gene3:03VPg;end;Begin PAUP;log file=ildtest.log;hompart partition=genes nreps=100 / start=stepwise addseq=random nreps=10 savereps=no randomi

4、ze=addseq rstatus=no hold=1 swap=tbr multrees=yes;log stop;End;-（2）同質(zhì)性檢驗(yàn)(Partition homogeneity test, PHT)-begin sets;charpartition favored = 1:1-825, 2:826-2220, 3:2221-2784;end;begin paup;hompart partition=favored nreps=100 search=bandb;end;- 這里僅演示 ILD Test 檢驗(yàn)，將上述參考文件添加在第2步得到合并的nexus文件尾，如

5、下圖添加腳本完畢，在PAUP中打開添加腳本后的nexus文件，運(yùn)行如下圖所示當(dāng)異質(zhì)性檢驗(yàn)完成后，同一目錄下會(huì)生成一個(gè)日志文件(*.log)，即為檢驗(yàn)結(jié)果，如下圖所示，p值0.01遠(yuǎn)小于數(shù)據(jù)集可聯(lián)合與不可聯(lián)合的閾值0.05，表明這些數(shù)據(jù)集最好不要聯(lián)合分析。但后來相關(guān)的研究表明，即使p值小于0.01，數(shù)據(jù)集照樣可以聯(lián)合分析。4. 聯(lián)合多基因建樹4.1數(shù)據(jù)不分區(qū)(No partition)：即合并后的數(shù)據(jù)集視為一體，只計(jì)算整體的核苷酸替換模型，操作方法如單基因的系統(tǒng)發(fā)育重建，此文不再贅述。4.2 數(shù)據(jù)分區(qū)(Partition) ：即合并的數(shù)據(jù)集中，針對(duì)每個(gè)基因分別對(duì)應(yīng)的核苷酸替換模型。目前支持分區(qū)的

6、軟件有RaxML、Mrbayes和BEAST等。以下為Mrbayes的參考腳本： begin mrbayes;CHARSET 01P1 = 1-825;CHARSET 02HC = 826-2220;CHARSET 03VPg = 2221-2784;CHARSET 04CP = 2785-3585;partition gene=4: 01P1,02HC,03VPg,04CP;set partition=gene;lset applyto=(1) nst=6 rates=propinv;lset applyto=(2) nst=6 rates=invgamma;lset applyt

7、o=(3) nst=6 rates=gamma;lset applyto=(4) nst=6 rates=propinv;Prset applyto=(all) statefreqpr=dirichlet(1,1,1,1);