基因檢測(cè)服務(wù)詳細(xì)流程

1、因泰生命科技公司服務(wù)流程2018.1.1前言 成都因泰生命科學(xué)技術(shù)有限公司（以下簡(jiǎn)稱：因泰生命）依托四川大學(xué)華西醫(yī)院轉(zhuǎn)化神經(jīng)科學(xué)中心神經(jīng)疾病研究室、四川大學(xué)華西醫(yī)院遺傳研究室暨生物治療國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室疾病基因組學(xué)研究室，致力于“打造基于基因技術(shù)的個(gè)體差異化精準(zhǔn)醫(yī)療和健康管理系統(tǒng)”,我們以基因檢測(cè)技術(shù)、信息工程、移動(dòng)互聯(lián)網(wǎng)技術(shù)和傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)的治未病為紐帶,秉承“差異化治療"的理念,形成涵蓋“測(cè)、防、治”三個(gè)方面的完整體系,全面介入服務(wù)大眾的大健康產(chǎn)業(yè).總體來(lái)說(shuō)，基因檢測(cè)服務(wù)是從檢測(cè)前咨詢開(kāi)始:首先要了解受檢者的預(yù)期,明確患者的檢測(cè)目的，如用藥指導(dǎo)，耐藥后尋找新的方案，是僅檢測(cè)一個(gè)基因或多個(gè)基

2、因突變狀態(tài)等,幫助他們選擇合適的產(chǎn)品。還有更重要的是及時(shí)發(fā)現(xiàn)是否有家族遺傳史，保證家庭成員可以及早調(diào)整生活方式，作體檢時(shí)就密切關(guān)注的相關(guān)問(wèn)題。這些都是需要在這部分搞清楚。其次就是樣本的獲取與運(yùn)輸、DNA制備與文庫(kù)構(gòu)建、質(zhì)控與上機(jī)測(cè)序。應(yīng)該取多少組織樣本，應(yīng)該采取哪些樣本,這根據(jù)檢測(cè)目的不同而不同。血液樣本應(yīng)該在醫(yī)療機(jī)構(gòu)采集，而唾液、口腔上皮細(xì)胞則可以用我們提供的采集盒,按要求要家中自行完成。然后，快遞到華西精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心。由專家進(jìn)行處理，然后進(jìn)行基因序列的檢測(cè)。得出數(shù)據(jù)后，由相關(guān)的遺傳學(xué)家，分子生物學(xué)家進(jìn)行專業(yè)的數(shù)據(jù)分析，要沒(méi)有分析這一步，再多的數(shù)據(jù)也是沒(méi)有用的，我們?yōu)槭軝z者做的,就是從大量的數(shù)

3、據(jù)中，找出有用的信息.最后就是解讀了，對(duì)受檢者提出風(fēng)險(xiǎn)提示,為臨床醫(yī)生提供,對(duì)臨床實(shí)踐又何指導(dǎo),這就是做基因檢測(cè)的核心意義。一、基因檢測(cè)總體步驟我們目前的服務(wù)流程,主要由四個(gè)部分組成：檢測(cè)前咨詢；實(shí)驗(yàn)室處理；信息分析；臨床解讀.有以下幾個(gè)步驟:1、受檢者通過(guò)醫(yī)院?？崎T(mén)診醫(yī)生或直接向具有臨床檢測(cè)資質(zhì)的機(jī)構(gòu)提出檢測(cè)需求。目前絕大多數(shù)受檢者都是通過(guò)醫(yī)院或醫(yī)生的建議送檢，也有少數(shù)自己送檢，這主要是因?yàn)槟壳按蟊妼?duì)基因檢測(cè)的認(rèn)識(shí)程度和檢測(cè)后續(xù)的指導(dǎo)治療和遺傳咨詢都離不開(kāi)臨床醫(yī)生。2、醫(yī)生或檢測(cè)機(jī)構(gòu)的專業(yè)人員根據(jù)受檢者的實(shí)際情況制定最優(yōu)的檢測(cè)方案，并將檢測(cè)的必要信息(包括服務(wù)內(nèi)容、周期、價(jià)格、潛在的風(fēng)險(xiǎn)等）

4、告知受檢者，做到知情同意;3、受檢者簽署知情同意書(shū)。4、樣本采集：受檢者在醫(yī)院采集血液樣本,或利用檢測(cè)機(jī)構(gòu)提供的樣本采集裝置如唾液采集盒、口腔上皮細(xì)胞采集棒等，按照要求采集樣本并郵寄至檢測(cè)機(jī)構(gòu);5、華西精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心按照標(biāo)準(zhǔn)流程完成基因檢測(cè);6、華西分子生物學(xué)和遺傳學(xué)家，對(duì)檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行專業(yè)的分析,出具檢測(cè)報(bào)告。7、然后將檢測(cè)報(bào)告發(fā)送給醫(yī)生或直接發(fā)送給受檢者,并協(xié)助醫(yī)生為愛(ài)檢者對(duì)報(bào)告進(jìn)行解讀，使受檢者能完整、準(zhǔn)確地理解檢測(cè)結(jié)果。8、所需要進(jìn)一步服務(wù)的，可以預(yù)約到華西醫(yī)院遺傳室進(jìn)行進(jìn)一步咨詢.二、操作規(guī)范1、檢測(cè)前咨詢部分1。1患者預(yù)期.主治醫(yī)生與患者需要充分溝通,明確該基因檢測(cè)的目的,知道檢測(cè)技術(shù)

5、的局限性，做好患者的預(yù)期控制.1。2產(chǎn)品選擇.對(duì)于基因檢測(cè)產(chǎn)品來(lái)說(shuō)，產(chǎn)品選擇幾乎等同于檢測(cè)基因的選擇。哪些基因需要強(qiáng)行檢測(cè)、哪些基因推薦檢測(cè)、哪些基因有一定的檢測(cè)價(jià)值，這些需要闡述清楚。實(shí)際操作過(guò)程中，不應(yīng)以經(jīng)濟(jì)利益為導(dǎo)向，而是根據(jù)患者的經(jīng)濟(jì)情況與病情，綜合選擇.1.3臨床信息?；颊叩呐R床信息對(duì)于基因檢測(cè)報(bào)告者有重要意義，信息掌握越全面報(bào)告越個(gè)性化，咨詢解讀也更有針對(duì)性。因此,需要提供完整詳實(shí)的臨床申請(qǐng)單。二、實(shí)驗(yàn)部分2.1樣本類型。需要明確一點(diǎn)，能夠運(yùn)用無(wú)創(chuàng)的盡量用無(wú)創(chuàng)（唾液與血液)。固體：手術(shù)樣本，穿刺樣本，石蠟包埋組織,石蠟切片組織;液體:全血，血清+血細(xì)胞,胸水,腹水，唾液。1）手術(shù)樣

6、本：（腫瘤組織50mg，癌旁正常組織25mg,收到組織后立即用至少5倍體積的10%中性福爾馬林固定液固定），切片25張以上,厚度5 m，腫瘤細(xì)胞占比50%，壞死組織區(qū)域<10%,48且24h內(nèi)送達(dá)實(shí)驗(yàn)室.2）穿刺樣本：穿刺一針以上,腫瘤細(xì)胞占比50，壞死組織區(qū)域<10，48且24h內(nèi)送達(dá)實(shí)驗(yàn)室。3）石蠟包埋組織:常溫保存運(yùn)輸即可，最好是1年以內(nèi)。4)石蠟切片組織：常溫保存運(yùn)輸即可，最好是6周以內(nèi)。5)全血:6ml-10ml for NGS （Streck管，含有保存液,負(fù)壓真空抽滿），輕輕垂直平面90°旋轉(zhuǎn)10次，625（常溫）運(yùn)輸，3(7）日內(nèi)送達(dá)，可用干冰/制熱劑制造

7、維持環(huán)境溫度.6）血漿+血細(xì)胞 （普通試管):抽血后 2h 內(nèi)將全血4 1600g離心 10min，分別收集上清和沉淀至離心管中;上清再 4°C 16000g 離心 10min，收集上清血漿轉(zhuǎn)移至 15mL 離心管中。血漿+血細(xì)胞樣品，均封口膜封口,干冰運(yùn)輸.2.2：質(zhì)量控制。質(zhì)控不合格,只有重新采樣.標(biāo)準(zhǔn)流程只需要0。11g DNA，DNA的OD 260/280在1。82。0之間，RNA的RIN值8.0。實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn),只要RIN值大于7，就可以獲得比較滿意的結(jié)果。(RIN:RNA完整值）?？偟膩?lái)說(shuō)，質(zhì)控兩個(gè)指標(biāo)：足夠的DNA量和完整的DNA基因組。這個(gè)步驟在構(gòu)建文庫(kù)后上機(jī)測(cè)序前完成。

8、2。3：文庫(kù)構(gòu)建.這步是為獲取足夠量的/目的的/前期適合上機(jī)測(cè)序而標(biāo)準(zhǔn)處理的DNA。其程序主要有：片段化，連接,擴(kuò)增.2。4：上機(jī)測(cè)序。我們把采集到的樣品分離提純成需要的基因組DNA，再把這些DNA打成小片段，然后再在這些DNA小片段兩頭接上識(shí)別標(biāo)記和測(cè)序接頭，最后再通過(guò)基因捕獲技術(shù)篩選出目的DNA，根據(jù)需求PCR擴(kuò)增.然后，就可以上機(jī)測(cè)序了。上機(jī)測(cè)序的過(guò)程就是讀取這些DNA小片段的序列,如ATCTGGCTT。.（160bp）,這樣萬(wàn)級(jí)、億級(jí)的DNA片段個(gè)數(shù)。三、信息分析部分3.1:下機(jī)數(shù)據(jù)識(shí)別。每個(gè)患者都有數(shù)以億計(jì)的DNA小片段，10到90G的數(shù)據(jù)量，每次又會(huì)同時(shí)做幾個(gè)到幾十個(gè)，這時(shí)就必須將

9、不同患者的DNA小片段進(jìn)行分類。在構(gòu)建文庫(kù)的加接頭步驟時(shí)，都加上了Barcode序列，同一個(gè)患者使用同一個(gè)Barcode，不同的患者使用不同的Barcode，那么計(jì)算機(jī)通過(guò)這個(gè)Barcode就可以識(shí)別出不同受檢者的數(shù)據(jù)，然后分類.3。2:圖像轉(zhuǎn)換。下機(jī)的時(shí)候那些DNA片段最初其實(shí)是圖像格式的，例如紅色表示堿基A，綠色表示堿基T，借助計(jì)算機(jī)將圖像轉(zhuǎn)換成基因序列.3。3：比對(duì)到基因圖上.將這些上以億級(jí)的DNA小片段歸位,當(dāng)然每個(gè)染色體上的每個(gè)位置下面一般不止一條DNA片段,這就是測(cè)序深度,如果測(cè)序深度為10000，那么理論上該位置下面就應(yīng)該有10000條DNA片段。這也是在上機(jī)之前構(gòu)建文庫(kù)時(shí)，通過(guò)

10、調(diào)節(jié)PCR擴(kuò)增來(lái)實(shí)現(xiàn)。這一步就是將散亂的DNA小片段比對(duì)到參考基因組上，從而實(shí)現(xiàn)它們的定位. 3。4：計(jì)算突變頻率。假如1號(hào)染色體的500位到第650位有10000個(gè)DNA片段，那么測(cè)序深度就真的是10000嗎？在這里需要做一個(gè)辨別，如果這10000條DNA片段有9000條是一模一樣的，那么我們認(rèn)為這是一條DNA片段PCR擴(kuò)增出來(lái)的,這9000條只能算作1條，這時(shí)候有效測(cè)序深度為1001。在某個(gè)特定的位點(diǎn)，如果這1001條DNA片段有100條發(fā)生同樣的與參考基因組不一樣的變化，我們就認(rèn)為該點(diǎn)的突變頻率為10。這10的突變頻率（血液腫瘤驅(qū)動(dòng)基因突變?yōu)槔┮馕吨貉褐械腸fDNA有10是ctDNA,從而反應(yīng)患者的腫瘤病灶有一部分癌細(xì)胞發(fā)生了該突變,若有針對(duì)該位點(diǎn)的靶向藥，那么可根據(jù)情況推薦使用.3。5：1）原始數(shù)據(jù)過(guò)濾；2）數(shù)據(jù)比對(duì)BWA；3）比對(duì)文件處理;4）去除PCR重復(fù)dedup；5）mpileup文件生成samtools;6)體細(xì)胞SNV、Indel變異檢測(cè)；7)體細(xì)胞Fusion檢測(cè);8）體細(xì)胞SNV、Ind