中藥指紋圖譜相似度分析之TXT文本導入

1、中藥指紋圖譜相似度分析之TXT文本導入話說很多同行都無法將高效液相，氣相，氣質(zhì)聯(lián)用跑出來的色譜圖導入到指紋圖譜相似度分析軟件進行分析。目前對譜圖相似度分析的軟件也只有接下來幾個版本：、B版、藥檢所版的中藥色譜圖分析和數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)、浙大版的中藥指紋圖譜相似度計算軟件及中南版的相似度分析軟件，在寫這邊帖子之前，前三個版本我都反復安裝試過很多次，第四個一方面需要matlab的只是、另一方我也沒有在網(wǎng)上找到資源。最后我選擇了使用藥典版的中藥色譜指紋圖譜相似度評價系統(tǒng)A版，以下簡稱（A系統(tǒng)）。藥典版的中藥色譜指紋圖譜相似度評價系統(tǒng)有A，B版兩個版本，即：研究版（2004 A）和檢驗版（2004 B）。研

2、究版主要用于科學研究工作，具有生成對照圖譜功能。檢驗版?zhèn)戎赜谏V指紋圖譜的檢驗工作，功能簡化，不具有生成對照圖譜的功能。軟件就不詳細介紹了，直接進入主題如何將得到的TXT文件轉(zhuǎn)換成能夠?qū)階系統(tǒng)的TXT文件。本系統(tǒng)支持三種格式文件的導入：AIA(*.cdf)文件，文本文件（*.txt）和Scp(*.Scp)格式文件的導入（如圖1）。建議采用通用的AIA（*.cdf）格式文件導入（但是我試過導出的AIA依然無法導入，并且AIA文件沒辦法編輯，也許是能力不夠，至今沒有找能編輯AIA文件的方法）。注意AIA（*.cdf）文件中應包含樣本圖譜的峰面積信息，在色譜工作站導出AIA（*.cdf）文件前應現(xiàn)

3、進行積分。否則導出的AIA（*.cdf）文件可能因不包含峰面積信息而無法導入（我用TXT文件試了，沒有積分依然可以導入，只是無法匹配，也就是無法進入下一步相似度分析）。文本文件（*.txt）的導入需要采用特殊的格式，可以參考本系統(tǒng)導出的文本文件格式【文后附上標準文本文件格式】。Scp(*.Scp，即Standard Chromatographic Project的簡寫)是本系統(tǒng)為生成的對照圖譜的導入提供的一種特殊的文件格式。我用的是島津GC-MS跑出來的質(zhì)譜圖試驗的，文后附三個版本的分析軟件及需要的文檔，其他液相氣相的沒有使用過，也不知道如何導出TXT或者AIA文件，如有知道的，還希望您不吝賜

4、教）圖1第一步，導出text文件，做好準備工作打開GCMSSolution軟件，導出你需要處理的圖譜（如圖2），當然如果要導出AIA文件，也可以如圖3那樣導出。但是只能導出AIA文件，無法導出TXT文件。圖221圖3 那么如何導出TXT文件呢，莫著急，且看下文如圖4，右鍵點擊*.qgd，在出現(xiàn)的菜單里點擊文件轉(zhuǎn)換，是不是發(fā)現(xiàn)原來可以轉(zhuǎn)出很多種格式？ASCII文件轉(zhuǎn)換出來的即為TXT文件，其他四種無需多介紹，包括的信息應該都是一樣的。123圖3點擊“ASCII文件轉(zhuǎn)換”，如下圖4，點擊輸出項目，里面有很多選項，當然相似度軟件分析的只用兩個就可以了，即“定性峰表”和“色譜圖（TIC/MIC）”，可

5、以同時選擇兩項，這樣導出到一個TXT文件里；當然也可以分別選擇，導出到兩個TXT文件里（如圖5）。（個人建議導出到兩個TXT文件里）21圖4這樣導出的TXT包括了兩部分：定性峰表信息（峰序號，保留時間，開始時間，結(jié)束時間，Mass，峰面積，峰高，峰面積/峰高等信息）【后文稱（積分數(shù)據(jù)）】和色譜圖信息（時間每0.008s記錄一次，信號，相對信號三列）【后文稱（色譜圖數(shù)據(jù)）】。導出的兩個TXT文件，這兩部分就分別在一個TXT里，導出的一個TXT文件，那么前面是定性峰表信息，后面是色譜圖信息。這樣我們需要的TXT文件就導出來了，這樣的TXT是無法導入A系統(tǒng)的，它會提示提供的信息格式錯誤。俗話說：萬事

6、開頭難，那么你也成功了一半了。接下來，就是編輯信息了，使之讓A系統(tǒng)采納。3圖512第二步，編輯text信息，使之為A系統(tǒng)采納在進行編輯TXT信息之前，還需要這么一個小小的插曲做一個Excel來提取你所需要的信息。新建一個Excel文件，分別給三個工作表名稱改為：色譜圖數(shù)據(jù)，積分數(shù)據(jù)，我要的數(shù)據(jù)（如圖6）。圖6將導出的TXT文件分別打開（我是導出的兩個文件，這樣選擇時可以用Ctrl+A快速選擇），將色譜圖數(shù)據(jù)全部復制到Excel中的色譜圖數(shù)據(jù)表，積分數(shù)據(jù)導入到Excel中的積分數(shù)據(jù)表。那么，到現(xiàn)在，我們需要的數(shù)據(jù)也都導入到Excel中去了。接下來就是懶人想出來的辦法了。進入第三個工資表，也就是“

7、我要的數(shù)據(jù)”中，編輯公式，提取有用信息。一般同一批色譜圖導入到Excel中的積分數(shù)據(jù)和色譜圖數(shù)據(jù)前面幾列都不會改變的，如圖7中的方框部分（為色譜圖數(shù)據(jù)表，為積分數(shù)據(jù)表）12圖7有用的數(shù)據(jù)就是色譜圖數(shù)據(jù)中的時間列（即本例中的第一列）和信號列（即本例中的第二列）及積分數(shù)據(jù)中的峰序號（即本例中的第一列）、保留時間（即本例中的第二列）、峰高（即本例中的第七列）和峰面積（即本例中的第六列）【一共六列】。那么在“我的數(shù)據(jù)表”中就提取這些信息即可。如圖8圖8PS：文后附上例子中的Excel表，熟悉的可以自己編輯，不熟悉的也沒關(guān)系，看了就能懂。好了，小插曲結(jié)束，繼續(xù)正題。首先，新建一個TXT文件，用以存儲你提

8、取的有用信息。命名好后（TEST1.txt），分別按照標準文本文件格式的信息輸入，及先把指紋圖譜采樣號數(shù)據(jù)（即色譜圖數(shù)據(jù)）復制粘貼到TEST1.txt文件中，然后再后面復制粘貼上指紋圖譜積分數(shù)據(jù)（即積分數(shù)據(jù)）。這樣就把TXT文本的信息編輯好了，那么接下來應該做什么呢？導入A系統(tǒng)試試，對就是這樣的。我們導入進去試試，結(jié)果奇怪的事情發(fā)生了，怎么會多一條直線呢，如圖9。圖9接下來的就是第三部需要解決的問題，最關(guān)鍵也是最簡單的一步第三步，刪除作怪空格，給圖以原貌將text1.txt打開，發(fā)現(xiàn)有圖10的四行中文字，它沒有錯，錯就錯在圖11，也就是它在作怪。圖10是不是發(fā)現(xiàn)指紋圖譜積分數(shù)據(jù)那兩行都多了很多空格，刪除。再導入到A系統(tǒng)試試，得到圖12的結(jié)果圖11是不是發(fā)現(xiàn)自己很厲害，祝賀你，成功了。就是這樣編輯的。但是圖1