Cytoscape使用方法(正式版本)

1、Cytoscape2. 6使用手冊(cè)鄭國(guó)毅譯目錄目錄1一、Cytoscape介紹及其安裝的一些要求：2Cytoscape2. 6 的新特點(diǎn)2Cytoscape 的安裝3系統(tǒng)性能的要求3安裝過(guò)程3開(kāi)始應(yīng)用3內(nèi)存的消耗說(shuō)明4棧的大小分配4Cytoscape 的界面5菜單6File （文件）6Edit （編輯）7View （視圖）7Selcct （選擇）7Layout （布局7Plugins （插件）8Help （幫助）8二、AH Cytoscape9三、Cytoscape中基本的數(shù)據(jù)表達(dá)分析 16一、Cytoscape介紹及其安裝的一些要求：Cytoscape是一個(gè)少注丁開(kāi)源網(wǎng)絡(luò)可視化和分析的軟件它

2、的核心是捉供基礎(chǔ)的功能布局和査詢 網(wǎng)絡(luò)，井依據(jù)甚木的數(shù)據(jù)的結(jié)介成町視化網(wǎng)絡(luò).它可以通過(guò)插件擴(kuò)展的，為了適應(yīng)快速發(fā)展的附加的 計(jì)算分析和和其他功能。他皿先用丁生物學(xué)，為了整介分子何相互作用的網(wǎng)絡(luò)(高復(fù)雜的，和其他的分子狀態(tài)信息)。M 然適應(yīng)任何分子系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)和相互關(guān)系。他是非常強(qiáng)大的，在丁聯(lián)含大的數(shù)據(jù)席(蛋門質(zhì)，DNA,和 對(duì)人類和生物II益幣:耍的遺傳)。Cytoscape允許可視化的網(wǎng)絡(luò)與文件，顯科，其它分子狀態(tài)信息，和 鏈接網(wǎng)絡(luò)到功能注釋。Cytoscape的重要組織方式冕網(wǎng)絡(luò)，因子，蛋白質(zhì)和分子用點(diǎn)表示，兩點(diǎn)間的交互關(guān)系用鏈接也 就是邊Cytoscape的發(fā)展Cytoscape軟件是山以

3、 F的機(jī)構(gòu)聯(lián)合完成的:Institute for Systems Biology (Leroy Hood lab), theUniversity of California San Diego (Trey Ideker lab), Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (ChrisSander lab), the Institut Pasteur (Benno Schwikowski lab), Agilent Technologies (Annette Adler lab) andthe University of California. San Fr

4、ancisco (Bruce Conklin lab).可以訪問(wèn)http: www. cytoscape. org得知詳細(xì)惜況許可Cytoscape是受the GNU LGPL (Lesser General Public License)保護(hù)的。它是這個(gè)使用 F冊(cè)的 附屈品但是町以在線http:www gnu. org/copyleft/lesser txt.找到.Cytoscape包括許多的開(kāi)源 庫(kù)，詳細(xì)的解釋在這個(gè)使用F冊(cè)/Acknowledgements KCytoscape2. 6的新特點(diǎn)Cytoscape2. 6包含了許多新的特色，増加改進(jìn)軟件的執(zhí)行性和可用性.這些新增功能包括：W

5、eb Service Client Manager frame work to integrate web service clients into Cytoscape. 網(wǎng)絡(luò)客戶服務(wù)管理Web Service client plugins for downloading networks from Pathway Commons, IntAct, and NCBI EntrezGene.網(wǎng)絡(luò)客戶服務(wù)插件從路冷命令。IntAct和NCBI EntrezGene卜載Annotation import web service plugin for BioHart This is mainly fo

6、r ID translation/synonym mapping.注籽進(jìn)入BioMart.這采個(gè)上耍的ID翻譯/同義映射。Cytoscape themes.CytoscapeDynamic filters.動(dòng)態(tài)過(guò)濾Network Manager supports multiple network selection.網(wǎng)絡(luò)管理支持多個(gè)網(wǎng)路的選擇。Label Positioning has been improved.標(biāo)簽位的改進(jìn)Session saving occurs in memory節(jié)的保存記錄XGMML Improvements.改良的XGMMLNetwork loading impro

7、vements.改良的網(wǎng)絡(luò)加載。Linkout integrated with attribute browser Linkout1 jW性瀏覽器整合。Extra sample Visual Styles using new visual properties introduced in 25新的可 視化逍具.Many, many bug fixes!很多的咬探器.Cytoscape的安裝n先耍安裝Java程序，才能夠在Linux, Windows, and Mac OS X系統(tǒng)上運(yùn)疔。雖然沒(méi)仃職位 上的支持關(guān)系.苴它的UNIX平臺(tái)例如Solaris or FreeBSD需耍髙丁Java 5以

8、上的版本。系統(tǒng)性能的要求Cytoscape的系統(tǒng)件能耍求上要取決它耍處理的網(wǎng)絡(luò)的犬小、視圖和操作。小型網(wǎng)絡(luò)的可 視化大型網(wǎng)絡(luò)的分析和 可視化主頻1GHz盡可能的快內(nèi)存512MB2GB以上顯卡集成顯卡專業(yè)的顯卡顯示器XGA ( 1024 X768)寬或雙安裝過(guò)程第一步:安裝Java程序Cytoscape 2. 5 will noiuJR你的計(jì)算機(jī)沒(méi)有安裝請(qǐng)下載Java SE 5 或 6. Cytoscape 2. 5 不 能再運(yùn)行在低Tjava versionl. 4x的版本下.你必須安裝Java SE 5或6。般說(shuō)來(lái) Java SE 6比5快 如果你的機(jī)子兼容6系列，請(qǐng)應(yīng)用version 6第

9、步：安裝Cytoscape軟件Cytocape的下載和安裝有很多方案。所有的方法都可以從http:/cytoscape. org website. F載1、自動(dòng)安裝適合Windows. Mac OS X和Linux系統(tǒng)2、你可以通過(guò)斥縮包安裝3、你可以利用源代碼建龍Cytoscape4、你可以升級(jí)你的軟件Cytoscape安裝（不包括平臺(tái)）包折以下文件和忖錄文件描述cytoscape jar主嚶的Cytoscape應(yīng)用文檔（Java文檔）cytoscape sh通過(guò)控制命令運(yùn)行Cytoscape (Linux, Mac OS X)cytoscape bat動(dòng)運(yùn)行Cytoscape (Wingd

10、ows)LICENSE, txt/htmlCytoscape GNU LGPL 許可lib/庫(kù)文件docs/不同版本的使用手冊(cè)licenses/Cytoscape不同庫(kù)分布許可證plugins/jar格式中，目錄包介插件sampleData/galFiltered. gml 樣木分子交互網(wǎng)絡(luò)文件galFiltered. sif -同樣的網(wǎng)絡(luò)在簡(jiǎn)單的交互格式galExpData. pvals -樣本基因農(nóng)達(dá)矩陣文件galFiltered. nodeAttrTable. xls EXCEL格式的樣本點(diǎn) 屈性文件galFiltered. cys -樣本節(jié)文件BINDyeast. sif在BIND數(shù)據(jù)

11、庫(kù)中所右的蛋白質(zhì)與蛋白 質(zhì)交互網(wǎng)絡(luò)開(kāi)始應(yīng)用雙擊安裝后的圖標(biāo)或者通過(guò)命令輸入Cytoscape. sh （ Linuxor Mac OS X）或雙擊 4cytoscapebat (Windows) o你可以經(jīng)過(guò)jar文件到Java艮接利用命令java -Xmx512M -jar cytoscape. jar -p plugins。Xmx512M標(biāo)訴Java分配更多的內(nèi)心給Cytoscape和p plugins選項(xiàng) 吿訴cytoscape克接導(dǎo)入所冇的插件。導(dǎo)入插件是很重要的因?yàn)楹芏嚓P(guān)鍵的功能通過(guò)它導(dǎo)入Cytoscape 如：布局，過(guò)濾和屈件瀏覽模塊.看命令欄章節(jié)了解更多細(xì)節(jié).Windows系統(tǒng)中

12、，可以克接雙擊.jar 文件導(dǎo)入。片成功&入Cytoscape.可以看到如卜窗Lh內(nèi)存的消耗說(shuō)明用八導(dǎo)入人型的網(wǎng)絡(luò)，Cytoscape需要內(nèi)心的人小取決丁網(wǎng)絡(luò)點(diǎn)和邊的數(shù)雖和屈性的數(shù)雖。下血 冇一些粗糙的內(nèi)存分配意見(jiàn)：建議內(nèi)存分配沒(méi)有View點(diǎn)和邊的總數(shù)建議內(nèi)存大小0 - 70,000512M (default)70,000 - 150,000800M建議內(nèi)存分配ff View點(diǎn)和邊的總數(shù)建議內(nèi)存大小0 - 20,000512M (default)20, 000 - 70, 000800M70,000 - 150,0001G全部的內(nèi)存給Cytoscape為了讓Cytoscape最大的使用

13、內(nèi)存，你通過(guò)命令可以指定.例如，你想分配1GB的內(nèi)存，輸入命令:Java -XbxIGB -Jar cytoscope. Jar -p plugins棧的大小分配還冇一個(gè)選項(xiàng)涉及到內(nèi)存。在Cytoscape中的一些功能需用到大的?？臻g(一些暫時(shí)的操作，如布局功能）這個(gè)值是獨(dú)立丁加設(shè)亂 有時(shí)候布局運(yùn)算法則出錯(cuò)就是發(fā)生內(nèi)存不夠的廉因。為了避免 出借，你町以設(shè)更人的尺寸利用-Xss命令。如果布局大型網(wǎng)絡(luò)失敗，訂；、試以b . Java -XbxIGB -XsslOM -Jar cytoscope. Jar -p plugins -XsslOMJZ：設(shè)iT找的大小為10MB «人多數(shù)情況下.

14、這就能解決空 間不足的問(wèn)題.Cytoscape的界面'勺網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)入后,Cytoscape的界面如下: Cytoxapc Version 2.40Hit Me* Seca Uywt hugn> Hc<p【創(chuàng).負(fù)Wit triK IttwHt *>< Xwmt ) to Cyin«r>|M >60t-dklr "列?o ZOOM曲9 to PAN6#卞窗口冇以下兒個(gè)成分組成：菜單欄在頂部（卜何有其它菜單的詳細(xì)信息）工具欄，包括普通功能的圖標(biāo)。這些功能町通過(guò)菜單找到。網(wǎng)絡(luò)處理而板（頂部左邊板塊）O它包金可選擇整個(gè)網(wǎng)絡(luò)的謝口（底部左邊）網(wǎng)絡(luò)

15、卞視圖謝口，展示網(wǎng)絡(luò)屈性瀏覽板塊（底部板塊），展示選擇的點(diǎn)或邊的屁性和能夠修改屈性值。網(wǎng)絡(luò)處理仙板和屈性瀏覽板塊仃使其獨(dú)立的圖標(biāo)，J：是被稱為CytoPanelSo你町以點(diǎn)擊CytoPanel 右上角：如果你選擇了這個(gè)控件，例如屬性瀏覽板塊，你就町以得到兩個(gè)Cytoscape竊口，一個(gè)匸窗I I, 一個(gè)新的CytoPanel2類似J-下面所示的。當(dāng)你把M標(biāo)移到單元上，就會(huì)彈出顯示。aceOauBQSOfKQlfcytrlIDYMLOMC VGIQWC VFLOSC W22比 YOUUW YMR04)W TFL02ew VNROSOC Vd*2ttW Vtft24tC YCIOWC WUX片 V

16、MR174WIwoauteV tnonrtrrd 3odEdeotrug do la rmcMnsm n wtwh the step* w pgwgt gw y c«r wai * v tht ><x<r>ct o* . |a relr$trut>oft of sosbOgd, to the rwer It-. |D I » acuraua 叭 Me*.) ：0au $uQ9e$t t»c mxlurs ? lAmiono arid mQun ofS«2IWi PfOCtin HtnxKrUHCfor H”C24IfnoMi

17、f 仙nuuit'MOXM hn The resuK «-xl»ote an a:em<I1H64F2 it 17?- (K7M«l.rt rM7M2d “"oy 17/(177O949.H 177 (1HJ1J7.H177 (I776BA.M 17?IK77019.M 177 2”川“ 17?|177»S2$Ut 17« li/r>o)>.4u m； (1779510.« 177wKECC pAthwjmesBonmlKECC paihwar OMliW? ptrnphoryuton) :KGCC

18、 p駅2* MXPKpathway)KECC Pathway Mx>K sfuioQ pathwl winy p« uUig Rthw對(duì) mg pithwiri Xvrg" KPGC eMf*l wboHmlEiabGcE/ GM(rwov«fwiii /C'vc<r*eo0<nes«i) a4. 丿O cell rtmv tM KWt5 “u<Ul Z0KEX5 rcpoaui.iuch Al 5)<WtMVAnxr-pOXi fxtO*<imuNede Attnbvte Bro»wr Ede At

19、thbult Br©wi<* Netwxic AttntuU lrow%trCytoscape也右編輯功能.能計(jì)你創(chuàng)建和修改交4式網(wǎng)絡(luò)通過(guò)面圖和從上網(wǎng)絡(luò)視圖窗I】的模板拉 出點(diǎn)和邊點(diǎn)的形狀和邊的箭頭在模板中以宦義為普通的町視風(fēng)格。編紺-個(gè)網(wǎng)絡(luò)，就選擇編輯標(biāo)記 CytoPanel 1編軻一個(gè)例子模板包會(huì)CytoPanel 1和定義BioMoleculeEditor可視風(fēng)恪.展示如下.0 H RCviOK4H(MwSnsM063&SQSID回回二八i隔ms曜晝0i ««*»«W)（«M» AfWbtfT* XVMV

20、 lk»MW T州 A«rW« wWck«m.toCv<OM40<2 $ “ ZOOMUM g« 吋菜單File （文件）File菜總包介很多基礎(chǔ)文件功能：File open （打開(kāi)一個(gè)Cytoscape文件）File-New （建立-個(gè)新的網(wǎng)絡(luò)，空的或C經(jīng)存在的網(wǎng)絡(luò)）FileSave （保存文件）FileImport （導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)和屈性）File-Export （輸出數(shù)據(jù)和圖）FilePrint （打印圖）File-Quit（關(guān)閉所冇窗口退出程序）1 Edit View S«NewOpciSaveCSSave As.S

21、SImportExportPrint.Quit7Edit (編輯編輯菜單包含撤消(Undo)和重做(Redo)功能,這兩命令影響屈性瀏覽窗口,網(wǎng)絡(luò)編輯窗口和 布局窗口.還冇創(chuàng)建視圖(create view)和撤消視圖(destroy view),刪除當(dāng)前網(wǎng)絡(luò)所選的點(diǎn)和 邊(destroy Network) 所有已經(jīng)制除的點(diǎn)和邊都可以恢復(fù)通過(guò):EditUndo. Properties的參數(shù) 編弭和扌幣件町以找到通過(guò)：EditPreferencesPropertiesEditUndo: Move2Rcdc入YCreate ViewDesvoy View7Destroy Network八OWDele

22、te Selected Nodes and Edges E>Prefer eiKC5View (視圖)視圖菜的允許你打開(kāi)和隱藏網(wǎng)絡(luò)處理板塊Control Panel (CytoPanel 1),屈性瀏覽Data PanelView(CytoPanel 2) * 網(wǎng)絡(luò)瀏覽Results Panel (在 CytoPanel 1) » 和制圖VizMapperSelect Layout Plugins Hel Hide Control PaneHide Data Panel Show Results PanelShow Graphics DetailsVS也 Open VizMap

23、perArrange Network WindowsSelect (選擇)選擇菜m包介不同選擇點(diǎn)和邊選項(xiàng)。還仃選擇使用過(guò)濾器，它町以創(chuàng)坐|'|動(dòng)選擇-部分網(wǎng)絡(luò)的點(diǎn) 和邊.那些點(diǎn)和邊符介過(guò)濾規(guī)則.Layout Plugins HelpMouse DragSelectsNodesEdgeSelect all nodes and edgesDeselectAllNodes and Edges 人弋OAH Use Old FiltersS Use FiltersnLayout (布局)這個(gè)菜單安排可視化組織的網(wǎng)絡(luò)。這個(gè)菜單有操作網(wǎng)絡(luò)町視化的I具(Rotate, Scale. Align and

24、 Distribute)。菜阻底部的選項(xiàng)列出了冬種11動(dòng)布局網(wǎng)絡(luò)的運(yùn)算法則。LayoutPlugins HelpRotateScaleAlign and DistributeSettings.J/yFilesJCraph LayoutsCylo5Cdpe LayoutsPlugins （插件）插件菜單包含管理M件（install/update/delete ）和添加（2經(jīng)安裝的報(bào)i件，例如Agilent Literature Search or Merge Networkso你看到的插件可能和出現(xiàn)的不-樣.取決插件的導(dǎo)入。PluginsHelpManage PluginsUpdate Plug

25、insMerge networks| MCODEI注釋：一系列可用到的Cytoscape插件可以在： ittp:/cytoscape org/plugins2Help (幫助招助菜的可以福助你了解使用這個(gè)軟件的些使用說(shuō)明。HelpConte ms.flConiaci Help DeskAbout插件和插件的管理把要的插件從網(wǎng)絡(luò)上下載.并復(fù)制到系統(tǒng)盤的Cytoscope程序下的Plugins下就可以用了n Cytoscape入門1、打開(kāi)Cytoscape。您應(yīng)該會(huì)看到一個(gè)謝口，看起來(lái)像這樣:2 .導(dǎo)入如卜的一個(gè)網(wǎng)絡(luò)。在File菜單卜選iBport.然Jri Networks從您的測(cè)試數(shù)據(jù)11 錄

26、中加載文件RUAL. subset, sif.這個(gè)網(wǎng)絡(luò)包括419人類蛋白質(zhì)之間的1089相互作用,它是-個(gè)大型 人類互動(dòng)數(shù)據(jù)的子集可在 /cgi-bin/moin.cgi/Data-Sets/ 找到。這個(gè) 子集包括蛋白質(zhì)相圮作用TP53一個(gè)具存特別匝耍的癌癥研究轉(zhuǎn)錄IM子?，F(xiàn)在，你的辟幕看起來(lái)應(yīng) 該如卜：3丫1擊4廣加裁網(wǎng)絡(luò)彈出式獅口中的Close根據(jù)Layout累單中選擇Apply Spring EmbeddedLayouto經(jīng)過(guò)簡(jiǎn)短的計(jì)算布丿你的胖隼看起來(lái)應(yīng)該如下：4、在Cytoscape視圖顯示窗口中（藍(lán)色謝口顯示網(wǎng)絡(luò)圖形人你可以選擇的節(jié)點(diǎn)用

27、就標(biāo)按一下 他們，或拖延馭標(biāo)左鍵。選擇兒個(gè)節(jié)點(diǎn)，町以同時(shí)將它們?cè)谄敛贤蟿?dòng)。5、您（£ Cytoscape視圖顯示謝口可以選擇邊（藍(lán)-部分胖幕顯示網(wǎng)絡(luò)）通過(guò)select菜臥，選 擇Mouse Drag Selects.而口"以選抒Edges或Nodes and Ed«es可以1接用就標(biāo)點(diǎn)擊選抒-哎邊 緣.或者使用啟標(biāo)確定一個(gè)選擇區(qū)域迭擇他們。6、請(qǐng)注盤垠底層的網(wǎng)絡(luò)址隱藏的CytoPanel 3 ,這是標(biāo)記H點(diǎn)屈性瀏覽器。讓這個(gè)血板成為一個(gè)單獨(dú)的窗I.具體惜況如卜：A、找到浮動(dòng)窗L1控制在左上角的CytoPanel 3所示：B、按一下此控制.現(xiàn)在,你應(yīng)該有兩個(gè)Cyt

28、oscape窗口： 一個(gè)Cytoscape桌而,和一個(gè)新的窗口標(biāo)記CytoPanel 3 , 個(gè)類似J如卜_所示。這種瀏覽器將顯示選定的節(jié)點(diǎn)的屈性。選擇兒個(gè)節(jié)點(diǎn).其窗口視圖如下,C、提示現(xiàn)莊（2經(jīng)在CytoPanel 3 Dock Window控制.如下所示。點(diǎn)擊此控件對(duì)接CytoPanel 3 . 然后妝擊Float控件的獨(dú)立此謝口.D、在您的網(wǎng)絡(luò)窗口中，找到最大限度拎制按鈕（如圖所示），并點(diǎn)擊它以報(bào)大限度的擴(kuò)大你的 網(wǎng)絡(luò)竊口。E. 使您的網(wǎng)絡(luò)在此窗口中央點(diǎn)擊頂部菜單欄的圖標(biāo):F. 您Cytoscape桌浙固口現(xiàn)在應(yīng)該會(huì)出現(xiàn)如下:7、在這個(gè)網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)是以數(shù)字節(jié)點(diǎn)標(biāo)識(shí)確定的（具體的Entrez

29、ID）o TP53 H點(diǎn)的編號(hào)7157 ° 選擇此節(jié)點(diǎn)如下：A、在Select 單中,通過(guò)名稱選擇節(jié)點(diǎn).B、彈出一個(gè)謝口應(yīng)該會(huì)出現(xiàn)標(biāo)記Select Nodes by NameC、輸入7157 ,然后點(diǎn)擊搜索。D、該被選節(jié)點(diǎn)在中心的屏幕應(yīng)該變成黃色.E、關(guān)閉彈出窗口8、取消送中的節(jié)點(diǎn)，按一下背景Cytoscape板塊。9、按卜Ctrl - F： Select Nodes by Name彈出謝口巫新出現(xiàn)。按Ctrl - F是鍵盤快捷健方式 利用名了選擇-個(gè)節(jié)點(diǎn).許多Cytoscape菜爪選項(xiàng)冇進(jìn)盤快捷鍵，它們被列在右側(cè)的下拉菜巾中。10、乘新選擇節(jié)點(diǎn)7157 ( TP53 ) 11、直接

30、選擇與TP5 3有關(guān)的節(jié)點(diǎn),操作如下:A、在 Select 菜單中.選擇 Nodes 和 First neighbors of selected nodes您應(yīng)該會(huì)看到 _ 個(gè)網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)與一些黃色的中心.如圖所示。B、在“ CytoPanel 1 "在左側(cè)謝口中,您應(yīng)該看到以下內(nèi)容。這圖衷明,網(wǎng)絡(luò)中有419個(gè)節(jié)CytoPanel 1Si|f* NetworkNetworkNodesEdgesRUALsubset.sif419(64)1089(0)點(diǎn).有64名目前被選定的您的網(wǎng)絡(luò)還據(jù)有1089年的邊緣.但目曲沒(méi)有選定的.12、復(fù)制選圧的盯點(diǎn)及其邊緣到-個(gè)阻獨(dú)的網(wǎng)絡(luò)，人體悄況如下A、在 S

31、elect 菜單中選抒 To New Network和 Selected nodes, All edgesB、清理您的面板：1、垠佳化您的子網(wǎng)窗口。2、選打 Layout Apply Spring Embedded Layout, and All Nodes.3、使用縮放控制可放大這個(gè)網(wǎng)絡(luò).4、您的顯示現(xiàn)在應(yīng)該會(huì)出現(xiàn)如圖所示13. 這個(gè)網(wǎng)絡(luò)”點(diǎn)通過(guò)numeric IDs進(jìn)行識(shí)別?？拷@些節(jié)點(diǎn).你會(huì)看到他們的nuneric labels» 一個(gè)共同鬧性文件把這些numeric IDs泄為標(biāo)準(zhǔn)基因名稱。A、加載屬性文件如下:1、在File菜單下選擇Import.然后點(diǎn)擊Node Attr

32、ibutes.2、選擇文件RUAL.na.,然后單擊Open.3、彈出個(gè)曲口標(biāo)記為“ Loading Node Attributes"就會(huì)出現(xiàn)。十此謝口報(bào)告“ Status: Done ”， 的擊Close4、看看文件RUAL. na利用你卻愛(ài)的文本編輯審責(zé)其格式.B、査看這些屈性如下：1、轉(zhuǎn)到節(jié)點(diǎn)屬性瀏覽器(CytoPanel 3 ).井點(diǎn)擊Select Attributes：2、在下拉菜小中出現(xiàn)左Official右鍵單擊以退出菜單.3、現(xiàn)在.節(jié)點(diǎn)屈性瀏覽器將顯示ID和在這個(gè)網(wǎng)絡(luò)里向選擇的止式節(jié)點(diǎn)名稱。在中央的網(wǎng)絡(luò)獅口 中點(diǎn)擊7157節(jié)點(diǎn).那么在節(jié)點(diǎn)風(fēng)性瀏覽器應(yīng)該會(huì)出現(xiàn)如圖所示。1

33、4、現(xiàn)在.我們將修改視覺(jué)樣式.展示官方節(jié)點(diǎn)名稱作為節(jié)點(diǎn)的標(biāo)簽。A、在 Cytoscape 平臺(tái).d： Visualization 菜單選擇 Set Visual Properties：視化風(fēng)格的彈出窗口應(yīng)該會(huì)出現(xiàn).如圖所示.B、點(diǎn)擊Duplicate按鈕來(lái)圧義一個(gè)新的風(fēng)恪。命名此風(fēng)格"Classi M 。C、點(diǎn)擊Define按妞這將會(huì)彈出Set Visual Properties窗D、點(diǎn)擊Node Label標(biāo)簽.E、在 Mapping section* 找到 Map Attribute 卜拉菜單中.默認(rèn)選擇 canonicalNaneF、如上所示點(diǎn)擊Official.G、按 卜按i

34、i! Apply to Network* R次楚Close按鈕。移動(dòng)Visual Styles巣單中的 邊。15、節(jié)點(diǎn)現(xiàn)在應(yīng)該標(biāo)示其正式名稱?，F(xiàn)在，我們可以通過(guò)縮放命令，放大仔細(xì)看看。A放大網(wǎng)絡(luò)使用放大按鈕。B. 您也可以使用縮小按鈕縮小.C此外.您還可以使用縮放選宦區(qū)域按鈕縮放選定的區(qū)域。4|16、此數(shù)據(jù)集包含多種類型的邊緣：一些代衣實(shí)驗(yàn)確定的*11互作用(Y2HandcoAP).以及一些 從文學(xué)獲得的(non.core, core, and hyper_core)?，F(xiàn)在我們可以通過(guò)類樂(lè)代農(nóng)的每-個(gè)相互關(guān)系 即邊，具體如下：A、返何Visual樣式窗口，進(jìn)一步確定您的Classi視覺(jué)樣式.B

35、、Set Visual Properties 彈出窗口中» 單lf Edge Attributes 按鈕。C、選擇邊顏色標(biāo)簽.D、根據(jù)Mapping部分，去拉下標(biāo)示None-向下滾初到BasicDiscrexeE、現(xiàn)在菜單匕應(yīng)該會(huì)列出Map Attribute的interaction.并列出了這個(gè)網(wǎng)絡(luò)的丘種類空的柑 互作用(Y2H , coAP , core, hyper_core , non_core )。F、按一下Y2H旁邊的空間選擇Y2H類型邊顏色.G、取復(fù)匕述步驟.為英他邊設(shè)直類型.選擇您的顏色，使Y2H和coAF頹色相似(例如綠色和藍(lán) 色)和core, hyper_core

36、和non_core顏色相似(如橙，紅，粉紅色)。這樣，您就可以看到理論 和實(shí)跋上是否是一致的。H、您所設(shè)定的Set Visual Properties謝11現(xiàn)金八Vi亥類似J -匕國(guó)所不。I、點(diǎn) Jr Apply to Network-并點(diǎn).1. Close 按鈕在彈出的 Visual Styles °J.您應(yīng)該會(huì)看到一個(gè)網(wǎng)絡(luò)類似如卜。這是呆常見(jiàn)的邊緣？垠常見(jiàn)的？K、注嵐 您可以快速切換在視覺(jué)樣式之間使用Set Visual Properties下拉菜單。在一些預(yù)先 定義的視覺(jué)特性之間切換和觀賞網(wǎng)絡(luò)如何變化。17、耍査看詳細(xì)的具體邊的資料，請(qǐng)執(zhí)行卜列：A、在 CytoPanel 3

37、Edge Attribute Browser 選項(xiàng)卡在窗口的底部。B、Cytoscape Desktop 口下./i： Select 菜單中.選If Mouse Drag Selects-和 Edges.C、選擇網(wǎng)絡(luò)窗口中的邊是經(jīng)過(guò)在網(wǎng)絡(luò)窗I中點(diǎn)擊鼠標(biāo)左鍵，按住聯(lián)標(biāo)用鍵（本應(yīng)產(chǎn)生一個(gè)矩形）. 并拖動(dòng)遙遠(yuǎn)的角落矩形相交選泄的邊緣。D、觀察名單的邊緣變化的邊緣皿性瀏覽器作為您選擇的額外優(yōu)勢(shì)。18、冇時(shí)它可以是非常冇益的網(wǎng)絡(luò)略冇條改：添加或刪除節(jié)點(diǎn)或邊緣。本節(jié)將介紹如何做到這一 點(diǎn)。A、在 File 菜單下的 Cytoscape 桌面選擇 SetEditor，井 DefaultCytoscapeEd

38、itor。CytoPanel 1現(xiàn)在應(yīng)該會(huì)出現(xiàn)如下所示.CytoPanel 1M:Network EditorrCytoscape EditorTo add a node to a network, click on ashapeon the palette, then drig and drop theship« onto tht canvasTo connect xwo nodes vwth an edge, click on an arrowon the palette drag and drop the arrow onto a node on ihe canvasihen

39、move the cursor over a seco nd node and click the mouse.» Directed EdgeAdd a NodeB. 在標(biāo)記為Add a Node的節(jié)點(diǎn)上按一下縱標(biāo)莊虢可以潦加一個(gè)節(jié)點(diǎn).抜仕就標(biāo)Ai譴.抱動(dòng)它到 Cytoscape視圖。這樣做.您應(yīng)該會(huì)看到一個(gè)新的空白圖布上出現(xiàn)節(jié)點(diǎn)。C使用鼠標(biāo)選擇節(jié)點(diǎn)。在節(jié)點(diǎn)的展性瀏覽器(Node Attribute Browser)中,你應(yīng)該會(huì)看到- 個(gè)節(jié)點(diǎn)的ID nodeO 如卜所示：iq _CytoPanel i亙 *Node Attiibute Crovsserselect zwirioute

40、screate iMew AnntuteIDntficiiinodeONode Attribute Browser Edge Attribute BrovscrD、讓您的新節(jié)點(diǎn)仃白己的名稱通過(guò)使用Node Attribute Browser. 名為Official的菜單下 輸入你想要的名稱。不過(guò)請(qǐng)注盤，您不能巫新為有ID的節(jié)點(diǎn)輸入一個(gè)新的ID。E、輸入節(jié)點(diǎn)之何的新邊以及我他些節(jié)點(diǎn)，具體步驟如下：1、在 Cytoscape 編輸器中.單擊 Directed Edge2、按住鼠標(biāo)左鍵，拖動(dòng)段標(biāo)，從Directed EdSe到另外的節(jié)點(diǎn)在Cytoscape的視圖窗I中。半 您釋放I對(duì)小人健，您應(yīng)該會(huì)

41、石到兩件事發(fā)1-： "iW標(biāo)4點(diǎn)的頂部，它咸該竹一個(gè)厚厚的黑色邊;和 將就標(biāo)移動(dòng)遠(yuǎn)離節(jié)點(diǎn)，皿的黑線應(yīng)跟隨駁標(biāo)。出點(diǎn)擊另-節(jié)點(diǎn)，-個(gè)新的邊線應(yīng)該會(huì)出現(xiàn)在兩個(gè)節(jié)點(diǎn) 之間.3、耍撤消您的新邊，根據(jù)Cytoscape操作界面選擇Edit和Undo.4、建立了兒個(gè)新的邊，在現(xiàn)有的節(jié)點(diǎn)之間.5、刪除您的新節(jié)點(diǎn)(以及任何附加的邊)通過(guò)您的取標(biāo)選擇節(jié)點(diǎn),并選擇Delete Selected NodesEdges.請(qǐng)注意，如果您刪除一個(gè)節(jié)點(diǎn).任何與這個(gè)節(jié)點(diǎn)冇關(guān)的邊也會(huì)刪除.19、保存您的網(wǎng)絡(luò)可以通過(guò)點(diǎn)J. Save Network as CML的按鈕,也可以宜接在Cytoscape匚具欄 當(dāng)中找到.1

42、8三、Cytoscape中基本的數(shù)據(jù)表達(dá)分析在這一章節(jié)當(dāng)中我們將探索Cytoscape軟件中表達(dá)效據(jù)的基本結(jié)構(gòu)，你將學(xué)到幾種數(shù)據(jù)的基本模式， 通過(guò)表達(dá)數(shù)值對(duì)點(diǎn)進(jìn)行格式化.1.這里我們一起嘗試一下Cytoscpe中的內(nèi)部數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，這節(jié)中有很多共同的數(shù)據(jù)表達(dá)模塑，其它的內(nèi)容 在使用手冊(cè)中方說(shuō)明。1 ）打開(kāi)Cytoscape軟件并直接從樣本中導(dǎo)入以“gulFMcrcd.sl廠命名的網(wǎng)絡(luò)這是一個(gè)蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)與ONA關(guān)系的網(wǎng)絡(luò).2 ）通過(guò)把CytoPanels 1 and 3獨(dú)立出來(lái)將視圖窗口放大到域大，并通過(guò)spring-embedded layout進(jìn)行排版，你就能看到如下圖所示：3）利用

43、最普通的文本編輯方式（記事本打開(kāi)刖lExpDom. mriw文件，從文件中你可以看到如下所示:GENE COMMON gallRG gallRG gaLSORYHR051W C0X6 -0.034 -0.034 -0.304YHR124W NDT80 -0 090 -0 090 -0.348YKL181W PRS1 -0.167 -0.167 0 112YGR072W UPF3 0.24S 0.245 0 7874）這個(gè)表格數(shù)據(jù)的含義是：A、第一行是由各含義的標(biāo)簽組成.B、各欄之間通過(guò)空白格隔開(kāi).C、第一欄里面包含的是點(diǎn)的名稱，并要注意這是必須和網(wǎng)絡(luò)中的點(diǎn)的名稱是匹配的。D、第二欄里面包含的是

44、共同的所在地名稱，這一欄是可選擇的，它的數(shù)據(jù)沒(méi)有立即應(yīng)用 在Cytoscape軟件中，但是包含這一欄可以提供給用戶使用（未名）.E、剩余的欄包含著實(shí)驗(yàn)要用到的數(shù)據(jù)，在這個(gè)欄里面每個(gè)點(diǎn)有六個(gè)表達(dá)結(jié)構(gòu).5）在File菜單下選擇Inport中的Attribute/ Expression Matrix File,導(dǎo)入這個(gè)文件.這個(gè)文件 導(dǎo)入之后你就可以看到點(diǎn)身份的窗口就會(huì)出現(xiàn)了，指示著有多少實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)被找到和那種類型 的數(shù)值包含在里面.6) 現(xiàn)在我們就可以通過(guò)展性瀏覽窗口 Nock Adrlbn快Browser中展示出表達(dá)的數(shù)據(jù)利用如下的方式實(shí)現(xiàn)：在 Nock Attribute Browser 中.

45、單擊 Select Attributes 按鈕 然后選中 gallRGexp, gaMRGexp. gal8(kxp 這三個(gè)屬性.B、通過(guò)各種方式選中一個(gè)點(diǎn)，你就可在點(diǎn)的屬性瀏覽中看到它的各選中的屬性值。例如：C、選中其它的點(diǎn)你也可以看到他們的屬性.7 )増加表達(dá)值，Cytoscape軟件可以通過(guò)P-values進(jìn)行設(shè)置.8)利用記事本打開(kāi)文件galExpData.pvals,你可以看到如下的結(jié)構(gòu):GENE COMMON gallRG gaL4RG galSOR gallRG gaL4RG gal80RYHR0S1W C0X6 -0.034 0.111 -0.304 3.75720e-01 l

46、.S6240e-02 7.91340e-06YHR124V NDT80 -0.090 0.007 -0.348 2.71460e-01 9.64330e-01 3.44760e-01YKL181W PRS1 -0.167 -0.233 0.112 6.27120e-03 7.89400e-04 1.44060e-01YGRO720 UPF3 0.245 -0.4M 0.787 4. 1045%04 7.5L780"04 1. 37130"059) 注意這里有兩個(gè)gallRG和gal4RG,對(duì)于任意一對(duì)，第一欄包含著實(shí)驗(yàn)的表達(dá)嫂據(jù).第二欄是表 達(dá)數(shù)據(jù)的P-values.當(dāng)你用

47、到這各文件時(shí)，你要把每個(gè)欄正確命名.10) 利用健盤上的快捷鍵Ctrl E導(dǎo)入這個(gè)文件11) 回到Node Attribute Browser窗口，當(dāng)你選擇Select Attributes,你就可以看到三個(gè)附加的 屬性gallRGsig. gaMRGsig和gaiSORsig,選擇這三個(gè)屬性值。12) 選擇一些的點(diǎn)，這些點(diǎn)的屬性值就會(huì)顯示出來(lái).2. 大概最普通的敘述表達(dá)的行為時(shí)給點(diǎn)增加視覺(jué)上的可視化效果.這個(gè)軟件創(chuàng)造了強(qiáng)大的可視化功 能，同時(shí)描繪功能的關(guān)系和實(shí)驗(yàn)響應(yīng).下面我們來(lái)講一下步驟：1) 在 isualizatio 11 菜單下選擇 Set Visual Properties 子菜單.

48、2) 利用默認(rèn)風(fēng)格，建立一個(gè)新的以GalSO命名的可視化風(fēng)格.3) 為這個(gè)風(fēng)格定義點(diǎn)的顏色，步驟如下：A. 在Mapping下，點(diǎn)擊下來(lái)菜單的標(biāo)簽None,選擇RedGreen.B. 在下拉的菜單Mapzkttribute中，選擇galSORgtxp.這樣子每個(gè)點(diǎn)都會(huì)以GalSO的數(shù) 據(jù)給著色.a) 大的負(fù)值被著紅色.b) 小的負(fù)值被著粉紅色.C）接近零的值被著白色d）小的正值被著淺綠色。O大的正值被著深綠色.n盡頭的值被著黑色和藍(lán)色.c.提示：默認(rèn)的點(diǎn)的顏色是粉紅色的，這樣可能很難區(qū)分可那些沒(méi)定義的點(diǎn).所以要更 改默認(rèn)點(diǎn)的顏色為灰色.在Default下，點(diǎn)擊Change Default然后選

49、擇以各顏色.Set Visual Properties菜單的樣子是：D. 點(diǎn)擊Apply to Network,你將會(huì)看到變化的發(fā)生4）表達(dá)的數(shù)據(jù)是很復(fù)雜的，大量的調(diào)入改變可能使它在統(tǒng)計(jì)學(xué)上沒(méi)有了意義。這兒，我將用 點(diǎn)的名稱的方式暗含所有改變的統(tǒng)計(jì)意義.A在 Set Visual Properties 菜單下，點(diǎn)擊 NodcLnbrl。B. 注總在Mapping下有一個(gè)下拉菜單以默認(rèn)的canonical names as node labels方式命 名.向下拉菜單找到BasicPassThrough C. 通過(guò)映射可以逸擇任盤的屈性例如標(biāo)簽?，F(xiàn)在，可以在下拉菜單中看到MapAttribute

50、,起初是默認(rèn)為 canonicalNanxs 將其改成 gal80Rsig Set Visual Properties 菜單如下所示：D. 點(diǎn)擊 Apply to NetworkE. 調(diào)整網(wǎng)絡(luò)近距離的看是否點(diǎn)的名稱被數(shù)值來(lái)命名。3. 這個(gè)部分介紹一個(gè)想定，怎樣通過(guò)表達(dá)數(shù)據(jù)合并來(lái)告訴一個(gè)生物事跡.1）這里有一些數(shù)據(jù)的背景.2）你的網(wǎng)絡(luò)中結(jié)合了 pp和pd的關(guān)系.在這我們將過(guò)濾掉pp的關(guān)系邊，著直注意pd的關(guān)系.A. 創(chuàng)建一個(gè)字符模式的過(guò)濾器，選擇pp關(guān)系的邊.想婆知道更多有關(guān)過(guò)濾的信息，請(qǐng)看手 冊(cè)的Fikr說(shuō)明.B. 點(diǎn)擊Apply selected filter,你就能選中pp關(guān)系的邊了C 在

51、編輯窗口下，選擇 Delete Selected NodesAsdgesoD.利用一種布局算法布局一下剩下的邊.利用）Files Organic layout 種方式不丿，你就能 看到如下所示的圖：3）注意圖上有三個(gè)黑點(diǎn)，放大近距離的看它的變化.4）仍襦要注意這里有兩個(gè)點(diǎn)和這三個(gè)黑點(diǎn)多有關(guān)系，他們分別長(zhǎng)YPL248 YOL051W,選中這三 個(gè)和直接相連的鄰居，將它們復(fù)制到一個(gè)新的網(wǎng)絡(luò)中來(lái).通過(guò)一些簡(jiǎn)單的布局和大小調(diào)整.你 將看到如下所示的圖：5）通過(guò)觀察點(diǎn)的屬性瀏覽窗口（node attnbute browse",你可以看到如下的一些東西.A. 和三個(gè)黑點(diǎn)都有關(guān)系的兩個(gè)點(diǎn)是YOLO

52、S1W和YPL248C.B. 兩個(gè)點(diǎn)在表達(dá)上相差很小，這點(diǎn)差距是沒(méi)有太大意義的.所以黑點(diǎn)的戲劇性改變和它兩 的關(guān)系不大.C. YPL248C這個(gè)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中影響很大，和它相關(guān)的點(diǎn)會(huì)有很有意義的感應(yīng).6）到NCBI網(wǎng)站（imp: vwwiicbi.nlm.iiih-gov搜索YPL248C點(diǎn)的值息.返回的信息定有Gal4. 點(diǎn)擊Gal4那一列得到更多的信息。7）閱讀Gal4的說(shuō)明，你將看到它被GM80壓制.8）將所有的這些合起來(lái)，你就能知道Gal4的活動(dòng)被GalSO壓制.這就能解釋為什么臨近；a!4的 有很多的規(guī)則.24Cytoscape基礎(chǔ)第2部分：使用插件，獲取數(shù)據(jù)，并使用過(guò)濾器1、乘新啟動(dòng)C

53、ytoscape 2、一些繪仃趙的Cytoscape功能來(lái)I外部插件?，F(xiàn)在，我們將一步步的增加新的插件。A. .£ Cytoscape桌面上，點(diǎn)擊插件菜單，看看內(nèi)容。確認(rèn)沒(méi)仃標(biāo)仃“合并所仃網(wǎng)絡(luò)”的插件。B ill H i Cytoscape C. 在 Web 瀏覽器.轉(zhuǎn)到 Cytoscape 卞頁(yè)：http"vvwwcytoscape org/ D點(diǎn)擊插件鏈接，位門#率截圖和社區(qū)。這樣能帯你進(jìn)入標(biāo)題Cytoscape 2滾插件的頁(yè)虬Graph Merge Plugin Th»$ pluginCytOGcapo 10t*o or meteVenfiod to wwr

54、i in 2.1.NctxVenioii !netwofki hio oraDgnlocrilAdgaseCWc Rjbnury 29.緲5Ad«BS«d by The Id*er Lab. Department &Bloenneeg UCSDE向下滾動(dòng)到進(jìn)入Graph Merge Plugin.如上所示-F單擊下載鏈接，并下載GraphMergejar到您的桌虬G. 復(fù)制文件GraphMergejar到您的Cytoscape的plugins文件夾【I仁H然后巫新啟動(dòng)Cytoscape °I. 看看Cytoscape桌而上的插件菜單?，F(xiàn)在應(yīng)該冇一個(gè)Merg

55、e All Graphs«.3、現(xiàn)在，我們將使用此插件的合井節(jié)點(diǎn)功能，數(shù)據(jù)來(lái)Hhttp/u*VA/cgi-biiLmoin cgiData_Sets/ eA朮新導(dǎo)入你之.詢導(dǎo)入的網(wǎng)絡(luò)，按一下the Load Network按鈕。B加載文件STELZL subset sif這個(gè)文件還包介冇關(guān)TP53相用作用.用動(dòng)類空（邊的類?。┠鷷?huì)看到有 LacZ4 SD4 和 GST_PullDown。C請(qǐng)注盤，GML文件中包含布局的數(shù)據(jù).而SIF的文件（如STELZL.subset.sif ）沒(méi)仃。早些時(shí)候,我們采用了 Spring Embedded Layout V

56、I法.在Layout菜惟下，現(xiàn)在試驗(yàn)下其他的布局算 法.D （. Piugms菜單.選擇Mcge All Networks （合并網(wǎng)絡(luò)）。這時(shí)應(yīng)該彈岀一個(gè)以Merge Networks 命名的窗口。E Available Networks.請(qǐng)點(diǎn)擊RUAL.subset gml 點(diǎn)擊向右的箭頭加入以選定的網(wǎng)絡(luò)如圖所 示.F. 巫復(fù)與 STELZL.subset.sif °6肌擊向上箭頭進(jìn)彳亍介并，并帆擊OK按鈕。H 在CytoPanel 1（在左側(cè)的Cytoscape桌而窗口現(xiàn)在應(yīng)該冇一個(gè)條訂標(biāo)記MergedNenvork.這個(gè)項(xiàng)忖是紅顏色，這表明沒(méi)令默認(rèn)創(chuàng)建的這個(gè)網(wǎng)絡(luò)（默認(rèn)悄況2不認(rèn)為Cytoscape創(chuàng)建大住 網(wǎng)絡(luò)，以及合并后的網(wǎng)絡(luò)可以是大）-25I.點(diǎn)擊kt標(biāo)人鍵選中