生物信息學(xué)實驗報告2

1、二實驗項目名稱：雙序列比對實驗?zāi)康模壕毩?xí)使用動態(tài)規(guī)劃算法進行雙序列比對；理解打分矩陣和參數(shù)對雙序列比對結(jié)果的影響；理解動態(tài)規(guī)劃算法的原理。教學(xué)基本要求：動態(tài)規(guī)劃算法是序列比對最基本的算法，可以確保找到最優(yōu)比對。分為全局比對（ Needleman-Wunch algorithm ） 和局部比對算法（Smith-Waterman algorithm）。通過本實驗的練習(xí)，更好的理解動態(tài)規(guī)劃算法。實驗內(nèi)容提要：對如下的兩條序列進行雙序列比對分析：> Drosophila Sex-lethal proteinASNTNLIVNYLPQDMTDRELYALFRAIGPINTCRIMRDYKTGYSY

2、GYAFVDFTSEMDSQRAIKVLNG> Mouse Huc RBDMDSKTNLIVNYLPQNMTQDEFKSLFGSIGDIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYSDPNDADKAINTLNGL這些蛋白質(zhì)包含一個 RNA 識別模體（RNA Recognition Motif，RRM）。該模體包含兩個高度保守的兩個功能區(qū)RNP1 和RNP2（已用紅色標記）。通過ebi 網(wǎng)站的在線工具完成練習(xí)（ :/ ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/）。1. RNP1 和RNP2 是否得到比對？選擇至少三個（差別大的）空位罰分和延伸值來進行比對，1) .

3、空位罰分： 1 延伸值：0.00052）空位罰分：100 延伸值：0.00053）空位罰分：1，延伸值：10RNP1得到了對比，RNP2沒有得到對比。2a. 算法是否找到RNP1 和 RNP2 的正確比對？1是2否b. 當空位開啟罰分高時，結(jié)果發(fā)生什么變化？沒變化，空位罰分由10升到100時，序列對比情況完全一樣。c. 當空位延伸罰分高時，結(jié)果發(fā)生什么變化？沒變化，延伸值由0.5升到10時，d. 為什么k 個連續(xù)的空位罰分要小于k 個間隔的空位罰分？使用PAM250 矩陣重復(fù)上述過程。1） 空位1罰分0.00052） 空位100罰分0.00053） 空位1罰分103. 比對結(jié)果是否發(fā)生變化？有變化繼續(xù)進行這兩條序列的局部比對，通過ebi 網(wǎng)站的在線工具完成練習(xí)，（ :/ ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/）1） 空位：1 延伸：0.00052） 空位：100 延伸：0.00053） 空位：1 延伸：104a. RNP1 和RNP2 是否在局部比對中得到比對？是b. 局部比對的生物學(xué)意義是什么？c. 為什么在這種比對中我們選擇局部比對而不是全局比對？采用不同的打分參數(shù)和其它打分矩陣。采用PAM