Gauss計算步驟

1、精選文檔1) Chemdraw畫出相應(yīng)結(jié)構(gòu)式，留意芳香性分子的結(jié)構(gòu)應(yīng)用“”表示，分子結(jié)構(gòu)完成之后與正常狀況下畫出分子相比較，看看有沒有缺少C或者H原子。2) 確認(rèn)結(jié)構(gòu)無誤后，將芳香性分子粘貼到Chem3D Ultra 8.0中(ChemBio3D Ultra 12.0中無MOPAC且粘貼后分子簡潔出錯)3）點擊MOPACminimize energy4) 點擊run之后，得到半閱歷計算構(gòu)象5) 點擊Gaussiancreate input file此處計算的是自由基負(fù)離子所以只能選擇open shell，unrestricted openshell表示分別計算和電子，自由基陰離子net=-1，

2、spin為2，自旋多重度=2S+1，即單電子數(shù)目加16)點擊create之后彈出保存按鈕對話框，保存成.gjf文件7)啟動GaussView5.0，fileopen打開剛才保存的.gjf文件8)calculateGaussian calculation setup此處選擇optimization，收斂標(biāo)準(zhǔn)選擇use tight convergence criteriaMethod選擇基態(tài)；charge=-1，spin=2；選擇極化函數(shù)+彌散函數(shù)Job title用于給文件命名此處memory limit用于指定計算所占內(nèi)存大小，高斯使用默認(rèn)的內(nèi)存48M，1MW=8 MB；shared proc

3、essors用于指定多核處理器，本試驗室計算工作站可以選擇4，高斯默認(rèn)為1.一般進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化以及頻率計算的時候不保存chkpoint file文件，等單點能以及激發(fā)態(tài)計算的時候才保存chkpoint file文件。一般ignore symmetry，即忽視分子對稱性，由于有時計算結(jié)果分子對稱性會發(fā)生變化；Use Maxdisk用于指定計算所用硬盤大小，默認(rèn)2G，一般都設(shè)置的比較大一點，要不然計算可能出錯，我一般用10G或者20G. 再后面的Guess（初始猜想）、NBO（成鍵軌道分析）和Solvation（溶劑化）不用管。9) 參數(shù)設(shè)置完成，在檢查一遍無錯誤后，點擊editsave即保存Gau

4、ssian optimization的input文件，文件類型Gaussian input file。10)點擊save會彈出一個寫字板文件信息，上面分別記載了計算的一些設(shè)置以及原子坐標(biāo)信息11)關(guān)閉寫字板文件，會彈出一個提交Gaussian計算的對話框，點擊cancel。12)啟動Gaussian 09，fileopen打開剛才保存的Gaussian input file文件，再次確認(rèn)計算指令信息無誤后點擊軟件右上角的run按鈕，即可進(jìn)入計算程序進(jìn)行構(gòu)象優(yōu)化。13) 計算結(jié)束，得到高斯計算結(jié)果Gaussian Output File，構(gòu)象優(yōu)化是計算最耗時部分，一般大于10個小時。14) 打開

5、Gaussview，fileopen打開構(gòu)象優(yōu)化得到的Gaussian Output File文件，calculateGaussian calculation setup進(jìn)行下一步頻率計算的參數(shù)設(shè)置。Job type選擇frequency，其他選擇默認(rèn)不進(jìn)行改動，留意頻率計算必需和構(gòu)象優(yōu)化使用同一基組，要不然頻率計算將失去意義。15) 同構(gòu)象優(yōu)化一樣，參數(shù)設(shè)置完畢，點擊edit，保存文件為Gaussian input file，依據(jù)構(gòu)象優(yōu)化相同程序進(jìn)入頻率計算。16）頻率計算結(jié)束后，輸出文件是Gaussian Output File，打開Gaussview，fileopen打開頻率計算得到的Gaussian Output File文件，點擊Resultsvibration，彈出如下對話框，檢查有無虛頻：無虛頻則說明得到的是最有構(gòu)象，