如何查找基因的序列全

1、如何查找基因序列？（轉(zhuǎn)載）（2010-08-0111:47:41）如何查找基因序列？在Genbank中尋找目的基因的實例獻(xiàn)給受類似問題困擾的廣大酷友，以及給我動力和信心發(fā)表原創(chuàng)帖的基因酷的朋友們。酷友感言：網(wǎng)絡(luò)的世界很精彩，網(wǎng)絡(luò)的查詢很無奈。為了我們的科學(xué)研究事業(yè)，為了我們能夠順利畢業(yè)，我們的廣大酷友們在網(wǎng)絡(luò)的海洋里遨游,遨游，咋就找不到彼岸呢？今天要設(shè)計這個基因的PCR引物，明天又要查那個基因的信息，那么大一張網(wǎng)，唉想起來就郁悶,鑒此，我們推由了利用Genbank查找基因序列的帖子，希望對大家有所幫助，并請大家多多指教！當(dāng)然，如果您已經(jīng)是此中高手，那就權(quán)當(dāng)我是班門弄斧了，呵呵。1.根據(jù)文獻(xiàn)搞

2、reasearch肯定要讀文獻(xiàn)的，如果你曾經(jīng)在文獻(xiàn)中看到過你感興趣的基因，而且文中還提到了該基因在Genbank中的ID號，那就好辦了，直接打開,在Search后的下拉框中選擇Nucleotide，把GenbankID號輸入G前面的文本框中，點“GO,就可以找到他了。舉例說明，例如：在2003年JBC的文章（ConditionalKnock-outofIntegrin-linkedKinaseDemonstratesanEssentialRoleinProteinKinaseB/AktActivation）中由現(xiàn)了“calreticulin（

3、GenBankaccessionnumbergi16151096）”,那么把“16151096'輸入GO前面的文本才g中，點“GO,就可以找到該基因了（當(dāng)然包括基因序列等相關(guān)信息）。在由現(xiàn)了檢索結(jié)果界面（下圖）后，直接點擊紅箭頭所指的AY047586就可以看到基因的相關(guān)信息了（呵呵，是不是有點太easy了）這里需要指由一下，在顯示基因的頁面右側(cè)有一個Link，點擊后由現(xiàn)一個小菜單，里面是與該基因相關(guān)的鏈接，很有用的，值得一個一個地去看看，這里我就不多說了。點擊AY047586后由現(xiàn)的界面如下：如果你只想獲得序列（例如去設(shè)計PCR引物的時候），那就可以選擇FASTA這樣就得到了FASTA

4、格式的序列文件，沒有其他數(shù)字和格式的干擾。（縮略圖，點擊圖片鏈接看原圖）這就是FASTA各式的序列：（縮略圖，點擊圖片鏈接看原圖）2.根據(jù)已經(jīng)獲得的基因的相關(guān)信息進(jìn)行查找（待續(xù)）豉勵一下吧，累壞了正如路漫漫所說，如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？還是舉例說明，比如我想做的基因名稱是人的VEGFS因，那么怎么在Genbank中找到它呢？還是一步一步來打開/在search后面的下拉框中選擇Gene,然后在中間的文本框中輸入基因名稱“VEGF，點擊GO.搜索結(jié)果由來了，letmesee.啊，怎么這么多？689條，哪一條是我想要的基因呢？（作者注

5、：這也許是大多數(shù)人對Genbank的第一印象，即東西太多了，不知道是哪個。）別急，咱們慢慢來，我就要亮生去偽存真的秘密武器了，呵呵點擊箭頭所指的LimitsLimits的意思其實就是高級檢索，你可以在這里對檢索詞進(jìn)行很多限制，這樣能大大精簡查詢結(jié)果。我們接著來，在Limits這個界面，先選擇查詢的限定范圍。我們要找什么基因來著？想起來了，是人的VEGF8因，那就開始選擇：先選Genename（基因名稱）；然后再選擇LimitbyTaxonomy（生物分類限定）中的Homosapiens（人類），然后再點擊“GO哇，只有一個結(jié)果，是不是搞定了？（呵呵，好有面子哦口）直接點擊基因名稱“VEGFA就

6、可以看到有關(guān)基因的信息了。需要指由的是，在Genbank中，基因有很多別名（Aliases），和Genbank中記錄的名稱有可能不一致，大家要睜大眼睛哦。比如在這里，VEGFA是Genbank中記錄的基因名稱，而它還有很多別名，比如MGC70609,VEGF（這就是我們要找的基因名稱），VEGF-A,VPF;還有，在這里可以看到該基因在染色體上的位置點擊VEGFAf由現(xiàn)界面再往下看，可以看至11Genomicregions,transcripts,andproducts,這里顯示了該基因在基因組中的位置，以及轉(zhuǎn)錄本的生成情況：就看見了目的基因的mRNA勺鏈接（如NM_001025366.1）和

7、蛋白質(zhì)的鏈接（如NP_001020537.2）這里得說兩句，有的基因也許只有一個編碼序列，但有的基因有很多的mRN碘接體，但都是歸在一個基因名稱下面。比如，在VEGF®因下面有7個序列，分別是vascularendothelialgrowthfactorAisoforma,isoformc,isoformd,isoforme,isoformf,isoformg,isoformbprecursor，但是哪個是自己想找的基因呢？這就需要根據(jù)你自己查閱的文獻(xiàn)以及在這些基因序列后面的解釋來確定了。如果我想找的基因是第一個序列即isoforma,就可以點擊NM_001025366.1,得到如下界面：怎么，是不是很熟悉，下面的東西就不用我羅嗦了吧（磚頭來了，我閃）總結(jié)一下說來其實很簡單，就是利用Genbank的檢索功能。也許大家的檢索文獻(xiàn)能力很強(qiáng)，但是面對Genbank這個龐然大物有卻些打怵，加之初涉基因，相關(guān)知識不足，所以很多時候都是費力無窮卻無功而返。還是那句話，戰(zhàn)略上藐視，實踐中重視。多花些時間了解Genbank,不要上來就狂查一通