遺傳群體文獻(xiàn)解讀集

1、部分文章解讀-遺傳群體SLAF 遺傳圖譜篇11、SLAF-seq 高密度遺傳圖譜棉花重 QTL12、SLAF-seq 構(gòu)建高密度遺傳圖譜3、基于 SLAF 技術(shù)高密度遺傳圖譜白菜抗霜霉病機(jī)理3大豆耐低磷機(jī)理54、SLAF-seq 技術(shù)構(gòu)建西瓜高密度遺傳圖譜75、SLAF 構(gòu)建丹參高密度遺傳圖譜96、SLAF-seq 技術(shù)構(gòu)建黃瓜高密度遺傳圖譜107、花椰菜高密度遺傳圖譜128、首張壇紫菜的高密度遺傳圖譜149、SLAF 構(gòu)建南美白對(duì)蝦高密度遺傳圖譜1710、東鄉(xiāng)野生稻由于具有多個(gè)抗冷的位點(diǎn)而表現(xiàn)出了適合高緯度環(huán)境生長的特點(diǎn)1911、SLAF 助力核桃高密度遺傳圖譜構(gòu)建及炭疽病抗性 QTL.21

2、12、高密度遺傳圖譜枝性狀23遺傳圖譜大豆抗核菌病 QTL 位點(diǎn)26密度遺傳圖譜構(gòu)建27密度遺傳圖譜構(gòu)建2913、全組關(guān)聯(lián)分析14、SLAF 技術(shù)助力牡丹首15、SLAF 技術(shù)助力茶樹首16、SLAF 技術(shù)再次構(gòu)建葡萄高密度遺傳圖譜3017、利用 SLAF 和 SSR 標(biāo)記構(gòu)建鴨茅高密遺傳圖譜并進(jìn)行開花期 QTL. 3218、櫻桃高密度遺傳圖譜樹干直徑 QTL3419、珍珠蚌圖譜20、SLAF-seq珍珠品質(zhì)相關(guān)性狀機(jī)理35水稻抗寒性狀3821、SLAF-seq 構(gòu)建冰草 P組首密度遺傳圖譜3922. SLAF 構(gòu)建中蝥蟹高密度遺傳圖譜及 QTL 分析4023、玉米 GBS 圖譜4424、海參

3、高密度遺傳圖譜的構(gòu)建和 QTL.4925. SLAF 遺傳圖譜助力揭示水稻籽粒調(diào)控機(jī)制5126. 海膽 SLAF-遺傳圖的構(gòu)建及主要性狀相關(guān) QTL55重遺傳圖譜篇59大豆抗性591、利用重2、基于重3、利用重構(gòu)建大豆高密度遺傳圖譜并精細(xì)遺傳圖譜和 RNA-seq分析黃瓜果色和果刺.62水稻產(chǎn)量相關(guān)機(jī)制和提升親本組水平644、四倍體棉花重5、表型組學(xué)、遺傳圖66組轉(zhuǎn)錄組學(xué)整合分析發(fā)現(xiàn)多個(gè)增產(chǎn)的雜種優(yōu)勢相關(guān)位點(diǎn)70枯病746、利用重高密度遺傳圖譜甜瓜轉(zhuǎn)錄組遺傳圖譜篇791、油菜 RNA-seq 遺傳圖文獻(xiàn). 79SLAF-BSA 篇821、SLAF-BSA 技術(shù)油菜千粒重候選. 822、SLAF

4、-BSA甜瓜果味性狀843、SLAF-BSA 對(duì)桃樹植株高度的. 86.87Cf-19894、SLAF-BSA5、SLAF-BSA水稻稻瘟病抗性番茄葉霉病抗性6、SLAF-BSA7、SLAF-BSA8、SLAF-BSA辣椒疫霉根腐病抗性PhR1091黃瓜抗蚜蟲候選.93紫薇植株矮化性狀候選949、Super BSA 技術(shù)關(guān)聯(lián)分析玉米花序分生組織突變性狀9610、Super BSA 技術(shù)快速水稻粒重性狀9711、BSA高粱莖含水量性狀9812、Super BSA擬南芥與疫霉菌免疫互作機(jī)制99品質(zhì)性狀的 QTL10013、SLAF 技術(shù)助力陸地棉14、BSA大白化性狀102黃瓜果肉厚度10415、

5、SLAF-BSA16、SLAF-BSA 挖掘黃瓜抗白粉病的候選. 10617、Super BSA 技術(shù)高效棉花多枝 QTL 位點(diǎn)107（CMV）10918. SLAF-BSA辣椒抗黃瓜花葉19.利用 SLAF-BSA 快速鑒定小麥空間輻射突變體中抗條紋病.11320.SLAF-BSA 助力黃瓜耐水淹機(jī)制.118BSA 篇1353重1、重酵母 BSA 文獻(xiàn)解讀123.1242、基于二代3、水稻耐鹽性狀的陸地棉短Li2.1264、水稻抗低溫研究1275、抗大豆疫霉菌的識(shí)別1286. DNA-BSA 助力芥菜突變.131轉(zhuǎn)錄組 BSA-BSR 篇1351、轉(zhuǎn)錄組 BSR 技術(shù)研究玉米雄性不育候選.1

6、352、向日葵抗霜霉病 BSR1393、BSR 技術(shù)快速組物種抗病141復(fù)雜技術(shù)類文章1441、不同簡化組方法的比較1442、單細(xì)胞揭示卵細(xì)胞全組重組和異常分離147SLAF 遺傳圖譜篇1、SLAF-seq 高密度遺傳圖譜棉花重 QTLConstruction of a high-density genetic map by specific locus amplified fragment sequencing (SLAF-seq) and its application to Quantitative Trait Loci (QTL) analysis for boll weight in

7、 upland cotton (Gossypium hirsutum.)雜志：BMC plant biologyIF：3.813合作：中國農(nóng)科院棉花研究背景棉花是重要的作物，提供了高質(zhì)量的棉用于工業(yè)生產(chǎn)和人類使用。不斷增長的工業(yè)需求給棉花增產(chǎn)提出了更高的要求。重是重要的產(chǎn)量因子之一，如何在不降低其他品質(zhì)的前提下提高產(chǎn)量是育種家孜孜以求的目標(biāo)。通過MAS輔助育種能夠直接對(duì)型進(jìn)行選擇?；谶z傳圖譜的QTL研究可以到相應(yīng)的功能或者與功能緊密連鎖的標(biāo)記，因此能極大地促進(jìn)MAS研究。常規(guī)的SSR標(biāo)記很難構(gòu)建飽和的遺傳圖譜，而利用SNP標(biāo)記則可以解決這個(gè)問題。利用高通量技術(shù)能夠?qū)θM開發(fā)SNP標(biāo)記，使高密

8、度遺傳圖譜構(gòu)建成為可能。本研究利用SLAF-seq技術(shù)對(duì)包含196個(gè)子代的陸地棉RIL群體構(gòu)重的表型數(shù)據(jù)進(jìn)行QTL定的挖掘。建高密度遺傳圖譜，并結(jié)合多年多點(diǎn)QTL位。同時(shí)材料和方法區(qū)域進(jìn)行候選本文親本是0-153和sGK9708，0-153品質(zhì)較好，而sGK9708重性狀差異極顯著。F6:8重組自交產(chǎn)量潛力適應(yīng)性廣。雙親系196個(gè)。方法：利用SLAF-seq技術(shù)構(gòu)建高密度遺傳圖譜并進(jìn)行QTL。QTL結(jié)果分析軟件：Windows QTL Cartgrapher 2.5。1、共獲得443.56M reads共計(jì)87.89GB數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)Q20為82.24%，GC含量為34.47%。親本共開發(fā)SLAF

9、102.13X。子代平均開發(fā)5萬個(gè)SLAF5.3萬個(gè)，深度分別為78.66X和，平均深度為14.5X。1基于SLAF共開發(fā)出 160876 個(gè)SNP，其中親本中多態(tài)性有 23519個(gè)，多態(tài)率為 14.62%。適合棉花作圖的 SNP 標(biāo)記（aaxbb 型）18318 個(gè)，去除低質(zhì)量、低深度和極顯著偏分離的標(biāo)記后后剩余 5521 個(gè)SNP用于遺傳圖譜構(gòu)建。2、構(gòu)建了棉花A組和D組連鎖群26個(gè)，共3259.37cM的遺傳圖譜，平均圖距0.78cM。其中A組包含標(biāo)記3550個(gè)，遺傳距離1838.37個(gè)，D組包含標(biāo)記個(gè)1971個(gè)，遺傳距離1971cM。（1）遺傳圖與棉花物理圖譜共線性分析發(fā)現(xiàn)圖譜覆蓋度良

10、好，絕大多數(shù)的SNP與物理圖譜的共線性良好，相對(duì)于A組的共線性更好。組而言，D（2）重組熱點(diǎn)分析發(fā)現(xiàn)26條連鎖群中，21條含有重組熱點(diǎn)區(qū)域，A 套中9條LG含有重組熱點(diǎn)，D套中12條LG含有重組熱點(diǎn)。所有LG中，13號(hào)含有重組熱點(diǎn)最多，有196個(gè)。3、結(jié)合多年多點(diǎn)的表型數(shù)據(jù)進(jìn)行QTL，共檢測到11個(gè)不同環(huán)境下146個(gè)重的QTL位點(diǎn)，其中16個(gè)能在至少3個(gè)環(huán)境中重復(fù)檢測到。這16個(gè)QTLs中qBW-chr13-7能在7種環(huán)境下檢測到，包含26個(gè)SNP2標(biāo)記，解釋表型變異率在6.13%-14.7%之間。結(jié)合參考組共鑒定出344個(gè)候選，其中340個(gè)含有注釋信息，并利用GO，KEGG和KOG數(shù)據(jù)分別進(jìn)

11、行種奠定基礎(chǔ)。和MAS育富集分析。為更進(jìn)一步精細(xì)2、SLAF-seq 構(gòu)建高密度遺傳圖譜Construction of a sequence-based bin map白菜抗霜霉病機(jī)理and mapping of QTLs fordowny mildewat four developmental stages incabbage (Brassica rapa L. ssp. pekinensis)雜志：Molecular breedingIF：1.543合作：北京市材料與方法：以 91-112（感霜霉病）和 T2-19（抗霜霉?。橛H本構(gòu)建 DH 系群體，100 個(gè)子代進(jìn)行圖譜構(gòu)建和 QTL；

12、抗性 DH 系DH100-88 和DH100-60 構(gòu)建 BC2 群體用于QTL 驗(yàn)證。研究技術(shù)：SLAF-seq 簡化平臺(tái)：Illumina Hiseq 2500數(shù)據(jù)：139.46 M 個(gè)reads組QTL軟件：MapQTL 3.0 ，IM法3研究結(jié)果（1）共得到親本和子代共 139.46M 的 reads。Q30 為 86.45%，GC含量為 38.72%。雙親中開發(fā) SLAF平均深度為19.48X 和24.43X，子數(shù)分別為 41969 和 43495 個(gè)，3825246 個(gè)，平均深度為11.14X。中，多態(tài)性標(biāo)記為 7230 個(gè)，多態(tài)率為 13.47%。去除不在開發(fā)的適合DH 群體的多

13、態(tài)性標(biāo)記和低深度標(biāo)記后共得到 3482 個(gè)標(biāo)記用于圖譜構(gòu)建。（2）結(jié)合開發(fā)的 slaf 標(biāo)記和已經(jīng)的 206 個(gè)標(biāo)記進(jìn)行圖譜構(gòu)建，最終上圖標(biāo)記 3688 個(gè)，共獲得白菜 10 個(gè)連鎖群。將共分離的標(biāo)記作為一個(gè)bin，共開發(fā)出 1064 個(gè)bin，構(gòu)建了總圖距 858.98cM 的遺傳圖譜，平均圖距為 0.81cM。這是迄今為止白菜中標(biāo)記密度最高的圖譜。如下圖所示：（3）結(jié)合表型數(shù)據(jù)進(jìn)行A08Bin46 和A0848 之間QTL， 在第 8 號(hào)上的 Bin到一個(gè)主效的QTL-sBrDM8，LOD 值4高達(dá) 20.71，PVE 高達(dá) 66.9%。該QTL 區(qū)域與前人研究的區(qū)間一致，證明了該遺傳圖譜

14、進(jìn)行QTL的準(zhǔn)確度。（4）基于該區(qū)域 SNP 信息設(shè)計(jì)了 3 個(gè) KASP 標(biāo)記，在 BC2 群體中驗(yàn)證 QTL 準(zhǔn)確性。利用 KASP 標(biāo)記 A08-709 檢測發(fā)現(xiàn)，含有抗性基因且雜合的 82 個(gè)植株中抗性評(píng)級(jí)為 0-3 級(jí)，而在 82 個(gè)感病植株中（抗性評(píng)級(jí)為 5-9），79 個(gè)該區(qū)域?yàn)榧兒稀ｒ?yàn)證了的準(zhǔn)確性，同時(shí)說明該標(biāo)記與抗性緊密連鎖，可作為MAS 育種的功能標(biāo)記。3、基于SLAF 技術(shù)高密度遺傳圖譜大豆耐低磷機(jī)理High-Density Genetic Mapping Identifies New Major Loci for Tolerance to Low-Phosphorus

15、Stress in Soybean雜志：FRONTIERS IN PLANT SCIENCEIF：3.948合作：河業(yè)大學(xué)94-156（利用率）和 Bogao（低磷利用率）材料與方法：以為親本構(gòu)建 RIL 群體，146 個(gè)子代研究技術(shù)：SLAF-seq 簡化平臺(tái)：Illumina Hiseq 2500數(shù)據(jù)：188.77 M 個(gè)reads組QTL軟件：WinQTlCart 2.5 ，CIM法5研究結(jié)果（1）本研究共獲得 188.77M 的 reads，親本中開發(fā) SLAF數(shù)為23W 個(gè)左右。94-156 中 SLAF 平均深度為 20.69X，Bogao 深度為 20.87X，子代深度為 2.9

16、3X-7.86X，平均深度為 4.48X。（2）質(zhì)控過濾后獲得 253809 個(gè)高質(zhì)量的SLAF，其中多態(tài)性標(biāo)簽為 34551 個(gè)，多態(tài)率為 13.61%。完整度過濾后剩余 30354 個(gè) slaf編碼的aaxbb 型標(biāo)記為 6178 個(gè)用于遺傳用于圖譜構(gòu)建。型編碼，（3）利用 HighMap 軟件構(gòu)建了大隊(duì) 20 個(gè)連鎖群圖譜，上圖標(biāo)記為6159 個(gè)，完整度達(dá)到 95%。上圖標(biāo)記在親本中的深度分別為 54.19X和 54.02X，子為 7.89X。該圖譜覆蓋了大豆組 3020.59cM 的上圖標(biāo)記有 616遺傳距離，平均圖距為 0.49cM。其中第 15 號(hào)個(gè)，平均圖距為 0.25cM。（3

17、）圖譜評(píng)估構(gòu)建好的圖譜進(jìn)行熱圖評(píng)估，共線性評(píng)估和單體來源評(píng)估：顯示出圖譜構(gòu)建的精確度和準(zhǔn)確度。（4）結(jié)合多年的表型數(shù)據(jù)進(jìn)行 QTL，總共到 85 個(gè)與低磷性狀相關(guān)的QTL 位點(diǎn)。遺傳圖距在 5cM 以內(nèi)的稱為同一個(gè)區(qū)域，以此為標(biāo)準(zhǔn)，85 個(gè)QTL 分為 20 個(gè)區(qū)域，其中 12 個(gè)區(qū)域與前人研究結(jié)果一致（同樣的群體），新發(fā)現(xiàn)的區(qū)域有 8 個(gè)。其中一個(gè) q4-2 在多個(gè)環(huán)境均能檢測到，LOD 值在 3.36-8.57 之間，解釋表型變異率在67.42-28.1%之間，如下左圖所示。同時(shí)到結(jié)合前人研究結(jié)果有交了QTL 的克隆。如下右集的QTL 區(qū)域，縮小了圖所示。區(qū)間，大大文章亮點(diǎn)：將高密度遺傳圖

18、譜QTL結(jié)果與前任研究結(jié)果對(duì)比，將磷利用效率的QTL 區(qū)域顯著縮小，大大促進(jìn)改QTl 的克隆進(jìn)程。4、SLAF-seq 技術(shù)構(gòu)建西瓜高密度遺傳圖譜Constructionofahigh-densitygeneticmapforwatermelon(Citrulluslanatus L.) based on large-scale SNP discovery by specific lengthamplified fragment sequencing (SLAF-seq)雜志：Scientia HorticulturaeIF：1.365合作：中國農(nóng)科院鄭州果樹所材料與方法：以 ZXG1478（

19、 F2 群體，93 個(gè)子代研究技術(shù)：SLAF-seq 簡化平臺(tái)：Illumina Hiseq 2500數(shù)據(jù)：85.60 M 個(gè)reads 研究結(jié)果）和 14CB11（父本）為親本構(gòu)建組（1）共獲得 17.61GB 數(shù)據(jù)，Q30 位 76.14%。GC 含量為 35.31%。父中 SNP 數(shù)量為 167034 和 164450，平均深度分別為 28.05X 和20.13X，子SNP 數(shù)量為 130271 個(gè)，平均深度為 5.46X。數(shù)據(jù)過濾后多態(tài)性SNP 為 8028 個(gè)，多態(tài)率為 4.45%，去除顯著偏分離標(biāo)記7和完整度低于 70%的標(biāo)記后剩余標(biāo)記用于遺傳圖譜構(gòu)建，（2）構(gòu)建了西瓜 11 個(gè)連

20、鎖群的遺傳圖譜，包含了 2817 個(gè)SNP，總圖距為 1906.31cM。平均圖距為 0.72cM。最大的為第 9 號(hào)連鎖群，包含 478 個(gè)標(biāo)記，平均圖距為 0.40cM。（3）利用遺傳圖譜錨定西瓜參考scaffold 共計(jì) 276.68Mb 的參考組 scaffold。共錨定了 184 個(gè)組。在第 2-第 10上錨定效果好，在第 1 號(hào)第 11 號(hào)錨定效果一般。（4）與西瓜物理圖譜進(jìn)行共線性分析除了第 1 號(hào)第 11 號(hào)之外，其他均表現(xiàn)出良好的共線性。與第（4）點(diǎn)結(jié)果一致。85、SLAF 構(gòu)建丹參高密度遺傳圖譜Construction of the first highdensity ge

21、netic linkage map of Salvia miltiorrhiza using specific length amplified fragment (SLAF) sequencing雜志：Scientific ReportsIF：5.578研究物種：丹參研究技術(shù)：SLAF-seq 簡化組材料選?。簝蓚€(gè)親本及 96 個(gè)F1 子代策略：Illumina Hiseq 2500數(shù)據(jù)：155,958,181 pair-end reads主要結(jié)果（1）此研究總共獲得 155.96Mb 的高質(zhì)量reads，Q30 為 89%，GC 含量為 41.96%，父數(shù)據(jù)，155,958,181 個(gè)的平

22、均深度為83.43× ，子代平均深度為 10.36× 。（2）通過嚴(yán)格的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)，共獲得了 151,035 個(gè)高質(zhì)量的 SLAF 片段，其中 62,834 個(gè)具有多態(tài)性，多態(tài)率為 41.60%。過濾父信息、完整度過低，和不適合該群體作圖的多態(tài)性標(biāo)記后，采用HighMap 作圖軟件，計(jì)算兩兩標(biāo)記之間的重組率和 LOD 值，采用最短距離法進(jìn)行聚類分析，選擇回歸算法和MST 算法估算相鄰標(biāo)記間的遺傳距離，通過回歸排序分析獲得連鎖群內(nèi)標(biāo)記的最佳線性排列順序，將所有標(biāo)記劃分到 8 個(gè)連鎖群中，構(gòu)建了丹參首密度遺傳圖譜。此圖譜包含 5,164 個(gè)標(biāo)記，總圖距為 1519.04 cM ，

23、標(biāo)記間平均距離為 0.29 cM。（3）HighMap 軟件對(duì)構(gòu)建的圖譜進(jìn)行了獨(dú)創(chuàng)性的圖譜評(píng)價(jià)，雙交換及比例小于 0.02%。文章亮點(diǎn)：首張丹參高密度遺傳圖譜，之前只有一張丹參遺傳圖，上圖標(biāo)記9僅有 97 個(gè)；親本及子代高深度，保證標(biāo)記分型的準(zhǔn)確性。6、SLAF-seq 技術(shù)構(gòu)建黃瓜高密度遺傳圖譜A High-Density Genetic Map for Cucumber (Cucumis Sativus L.) Based on Specific Length Amplified Fragment (SLAF) Sequencing and QTL Analysis of Fruit Tr

24、aits in Cucumber雜志：FRONTIERS IN PLANT SCIENCEIF：3.948合作：上海交通大學(xué)材料與方法：以 S1000（、小葉短果）和S1002（父本、大葉長果）為親本構(gòu)建F2 群體，153 個(gè)子代研究技術(shù)：SLAF-seq 簡化平臺(tái)：Illumina Hiseq 2500數(shù)據(jù)：93.46 M 個(gè)reads 研究結(jié)果（1）此研究總共獲得 22.98.69G 的高質(zhì)量組數(shù)據(jù)，143.63 M 個(gè)reads，Q30 為 81.35%，GC 含量為 39.04%，父本的深度為 39.95為 29.05× ，子代平均深度為 3.45× 。×

25、 ，（2）通過嚴(yán)格的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)，共獲得了 115,789 個(gè)高質(zhì)量的 SLAF 片段，其中 15,946 個(gè)具有多態(tài)性，多態(tài)率為 13.77%。過濾父信息、完整度過低，和不適合該群體作圖的多態(tài)性標(biāo)記后，采用HighMap 作圖軟件，計(jì)算兩兩標(biāo)記之間的重組率和 LOD 值，采用最短距離法進(jìn)行聚類分析，選擇回歸算法和MST 算法估算相鄰標(biāo)記間的遺傳距離，通過回歸排序分析獲得連鎖群內(nèi)標(biāo)記的最佳線性排列順序，將所有標(biāo)記劃分到 7 個(gè)連鎖群中，構(gòu)建了黃瓜高密度遺傳圖譜。此圖譜包含 3,057 個(gè)標(biāo)記，總圖距為 1061.19 cM ，標(biāo)記間平均距離為 0.35 cM，是目前標(biāo)記密度最高的黃瓜圖譜。10（3

26、）收集了 F3 群體 3 年的表型數(shù)據(jù)(2013autumn，2014 spring and2015 spring)代表 F2遺傳圖進(jìn)行果實(shí)長度和（F2:3），利用本獲得的黃瓜高密度到 15 個(gè) QTLs，解的QTL，共釋表型變異 5.7%-13.6%。117、花椰菜高密度遺傳圖譜Genome-WideSingle-NucleotidePolymorphismsDiscoveryandUsingHigh-DensityGeneticMapConstructioninCauliflowerSpecific-Locus Amplified FragmentSequencing雜志：FRONTIER

27、S IN PLANT SCIENCE合作：浙江農(nóng)業(yè)研究物種：花椰菜研究技術(shù)：SLAF-seq 簡化組分別為花球緊湊型“4305”和花球松散型“ZN198”，材料選?。焊笜?gòu)建DH 群體，獲得 79 個(gè)子代策略：Illumina Hiseq 2500 數(shù)據(jù)：77.92 M pair-end reads文章解讀：1、雙親的深度分別為 52.66×和 49.35×，子代平均深度為4.71×,Q30 達(dá)到 91.07%。通過嚴(yán)格的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)，共獲得了 81,311 個(gè)高質(zhì)量的SLAF markers，其中 6815 個(gè)具有多態(tài)性，多態(tài)率為 8.38% ； 2、構(gòu)建了包含 9

28、條連鎖群的花椰菜高密度遺傳圖譜，1776 個(gè)SLAF（2741 個(gè) SNP），總圖距為 890.01 cM, 物理距離為 364.9Mb，標(biāo)記間平均距離為 0.50 cM；3、通過花椰菜遺傳圖和物理圖譜的共線性比較，發(fā)現(xiàn)在 4 號(hào)連鎖群上存在明顯的片段倒置,可能與花椰菜和甘藍(lán)的分化有關(guān)；124、通過HighMap 構(gòu)圖軟件對(duì)花椰菜圖譜進(jìn)行了獨(dú)創(chuàng)的質(zhì)量評(píng)估：組是甘藍(lán)（B.首先是共線性評(píng)估，由于本用的參考o(jì)leracea var. capitata），通過花椰菜遺傳圖和甘藍(lán)物理圖譜的共線性比較，發(fā)現(xiàn)在 4 號(hào)連鎖群上存在明顯的片段倒置,可能與花椰菜和甘藍(lán)的分化有關(guān)；為了評(píng)價(jià)圖譜的準(zhǔn)確性，構(gòu)建的單體

29、來源圖，用來分析鑒定有沒錯(cuò)誤的分型數(shù)據(jù)。單體來源評(píng)估包含每條連鎖群上雙交換位點(diǎn)及13比例的統(tǒng)計(jì)。在一條連鎖群中，雙交換的比例越高，表示圖譜的在 3%以下。在本研分型或順序存在一定的問題，通常把雙交換比例都為 0。究中，雙交換和最后是熱圖評(píng)估，可以直觀的展示每條連鎖群上標(biāo)記之間的重組關(guān)系，通過相鄰標(biāo)記間重組率大小可以評(píng)估排圖準(zhǔn)確性。8、首張壇紫菜的高密度遺傳圖譜Construction of a dense genetic linkage map and mapping quantitative trait loci for economic traits of a doubled haploi

30、d population of Pyropia haitanensis (Bangiales, Rhodophyta)期刊：BMC Plant Biology合作：集美大學(xué)14研究背景紫菜是最重要的海洋大型藻類之一，分布廣泛且價(jià)值高。在中國，壇紫菜占總紫菜產(chǎn)量的 75%。到目前為止，由于種質(zhì)相對(duì)匱乏，傳統(tǒng)標(biāo)記密度低且匱乏，工作量大，培育高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)壇紫菜品種工作進(jìn)展十分緩慢。通過 NGS 技術(shù)構(gòu)建高密度遺傳圖譜極大地促進(jìn)了功能挖掘研究。SLAF-seq 是基于酶切的簡化組技術(shù)，在大幅降低基因組復(fù)雜度的同時(shí)還可以避開重復(fù)序列，且成本低廉，不受參考組的限制，適用于大規(guī)模遺傳群體的標(biāo)記開發(fā)，已經(jīng)應(yīng)用在水

31、稻，玉米，棉花，大豆，核桃，牡丹，黃瓜，茶樹，白對(duì)蝦等不同物種上。數(shù)量性狀尤其是復(fù)雜數(shù)量性狀結(jié)合MAS 育通過高密度遺傳圖譜種是培育高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)紫菜品種的高效的途徑。本研究利用 SLAF-seq 技術(shù)構(gòu)建了首張壇紫菜的高密度遺傳圖譜，并結(jié)合表型性狀進(jìn)行 QTL礎(chǔ)。方法與結(jié)果1、遺傳圖譜構(gòu)建，為壇紫菜育種奠定堅(jiān)實(shí)基，最終選擇 HaeIII 和Hpy166II 雙酶切，以包含 100通過酶切的壇紫菜 DH 系為材料，結(jié)合 SLAF-seq 技術(shù)個(gè)。共獲得120.33Gb 的數(shù)據(jù)，Q30 達(dá)到 78.52%，GC 含量為 53.19%。其中父母量分別為 1.6Gb（75.5X）和 1.5Gb（74.02

32、X），子代平均深度本為 6.14X。共獲得 188,982 個(gè)高質(zhì)量的SLAF，其中多態(tài)性 SLAF有 8553 個(gè)，去除不適合 DH 系作圖的標(biāo)記后，適合上圖的標(biāo)記僅僅只剩下 2 個(gè)。這個(gè)時(shí)候顯然需要轉(zhuǎn)變思路利用這些標(biāo)記。在過濾掉的標(biāo)記中有大量的片段長度多態(tài)性標(biāo)記（與組比對(duì)，暫未組），即SLAF 序列一致，但是片段長度在親本之間不一致，該標(biāo)記，利用這個(gè)特點(diǎn)，在 180,394 個(gè)被過濾的非這也可作為一種SNP 多態(tài)性標(biāo)記中，篩選得到 86190 個(gè)長度多態(tài)性標(biāo)記，去除低深度，偏分離的標(biāo)記后篩選到 6713 個(gè)長度多態(tài)性標(biāo)記用于連鎖圖譜構(gòu)建。通過連鎖分析之后，共有 4550 個(gè)標(biāo)記上圖，另外

33、2181 個(gè)標(biāo)記未檢測到與連鎖群連鎖。利用這 4550 個(gè)上圖標(biāo)記構(gòu)建了 740 個(gè) Bins，繼續(xù)以 Bins 為標(biāo)記上圖，最終得到覆蓋組 874.33cM 的遺傳圖譜，5 個(gè)連鎖群，平均圖距為 1.18cM。利用單體來源評(píng)估和熱圖評(píng)估評(píng)價(jià)15該圖譜的質(zhì)量。結(jié)果表明通過以上流程得到一密度的遺傳圖譜，可用于QTL和輔助組組裝。2、QTL利用以上構(gòu)建的高密度遺傳圖譜進(jìn)行葉片長度，寬度，厚度，鮮重，葉片生長速度和鮮重增長速度QTL，軟件為winQTLCart，LOD 值為 2.5，共檢測到 15 個(gè)不同性狀的QTL 位點(diǎn)。單個(gè) QTL解釋表型變異率在 9.59% 到 16.61%之間， 置信區(qū)間在

34、 0.97cM 到16.51cM 之間。研究結(jié)論本研究利用 SLAF-seq 技術(shù)構(gòu)建了壇紫菜第一密度遺傳圖譜，并QTL 精細(xì)到了 15 個(gè)與重要、壇紫菜高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)的 QTL 位點(diǎn)，為后續(xù)的育種奠定堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。同時(shí)這張高密度遺傳圖譜也將助力壇紫菜組組裝到水平。169、SLAF 構(gòu)建南美白對(duì)蝦高密度遺傳圖譜Genome survey and high-density genetic map construction providegenomicandgeneticresourcesfor Litopenaeus vannamei雜志：Scientific ReportsIF：5.578研究物

35、種：南美白對(duì)蝦thePacificWhiteShrimp研究技術(shù)：SLAF-seq 簡化組材料選?。簝蓚€(gè)親本及 149 個(gè)F1 子代策略：Illumina Hiseq 2500，PE100 數(shù)據(jù)：456,620,260 個(gè) reads主要結(jié)果：本研究采用 Illumina Hiseq 2500，PE100 的策略，所用的群體類型是F1，149 個(gè)，利用SLAF-seq 技術(shù)對(duì)樣品進(jìn)行高通量標(biāo)記。共獲得 456,620,260 個(gè) reads，開發(fā)了 114，829 個(gè)SLAF開發(fā)，其中多態(tài)性標(biāo)記 25,140 個(gè)，編碼的高質(zhì)量標(biāo)記 6359 個(gè)，采用擬測交的原理構(gòu)建了包含 44 個(gè)連鎖群的遺傳

36、圖譜，總圖距為4,271.43 cM，平均圖距為 0.7cM，其中雄性圖包含 4201 個(gè)標(biāo)記，雌性圖包含 4396 個(gè)標(biāo)記，中性圖包含 6146 個(gè)標(biāo)記，同時(shí)對(duì)構(gòu)建的圖譜進(jìn)行了獨(dú)創(chuàng)性的圖譜評(píng)價(jià)。白對(duì)蝦部分連鎖群結(jié)合白對(duì)蝦生長性狀的數(shù)據(jù)分析到 11 個(gè)與體長緊密相關(guān)的QTL 位點(diǎn)，7 個(gè)與體重相關(guān)的 QTL 位點(diǎn)，分布于不同連鎖群上，其17中只有Marker 7605 與兩種性狀同時(shí)顯著相關(guān)，對(duì)于后續(xù)的輔助育種具有很好的利用價(jià)值。標(biāo)記體長相關(guān)的 QTL到體重和體長 QTL 共 11 個(gè)，共可解釋表利用區(qū)間作圖法，型變異為 38.56%。其中位于連鎖群 33 標(biāo)記 24250 位置的 QTL 解

37、釋表型變異達(dá)到 17.9%，LOD 值為 6.5，為一主效QTL。白對(duì)蝦是一個(gè)高雜合物種，其組含有 80%的重復(fù)序列，其基因組組裝是一個(gè)很大的難題。本研究通過對(duì)遺傳圖譜、白對(duì)蝦初步組裝的 Scaffold、BAC的序列進(jìn)行共線性比較，最終使得 5922 個(gè)標(biāo)記錨定到 5885 個(gè)Scaffold 上 ，有利于后續(xù)白對(duì)蝦的組組裝。遺傳圖、Scaffold、BAC 共線性比較1810、東鄉(xiāng)野生稻由于具有多個(gè)抗冷的位點(diǎn)而表現(xiàn)出了適合高緯度環(huán)境生長的特點(diǎn)Multiple coldloci confer the high cold tolerance adaptation ofDongxiang wil

38、d rice (Oryza rufipogon) to its high-latitude habitat.雜志：Theor Appl Genet合作：中國亞熱帶農(nóng)業(yè)研究物種：禾本科稻屬水稻研究技術(shù)：SLAF-seq 簡化材料選?。耗屠溆H本 DXWR組和 不耐冷親本Xieqingzao B 構(gòu)建的 94個(gè) BILs(BC1F7)群體；耐冷親本 DXWR 和不耐冷親本 1504 構(gòu)建的146 RILs 群體；由 DXWR 和 0298 雜交選育而成的超級(jí)耐冷的材料DY1，用于構(gòu)建高密度圖譜和進(jìn)行QTL；選取分布于 5 種型的 39 個(gè)栽培水稻和來自全世界的 40 個(gè)普通野生稻，用于DXWR 的系

39、統(tǒng)進(jìn)化分析。策略：Illumina Hiseq 2500數(shù)據(jù)：46,594,650 pair-end reads文章解讀：水稻是一個(gè)對(duì)冷害敏感的作物，冷害會(huì)減少水稻產(chǎn)量，是影響水稻減產(chǎn)的重要因素。本研究發(fā)現(xiàn)了利用水稻野生種DXWR 和稻0298 選育出了一個(gè)高抗冷害的水稻品系 DY1 ，并對(duì)水稻野生種DXWR 的抗冷遺傳性狀進(jìn)行了分析，采用 SLAF-seq 技術(shù)開發(fā)標(biāo)記，利用 HighMap 軟件排圖構(gòu)建高密度遺傳圖譜，結(jié)合表型性狀對(duì)該性狀進(jìn)行QTL，并利用進(jìn)化樹分析對(duì)來自 5 個(gè)類型的 39個(gè)栽培水稻和來自全世界的 40 個(gè)普通野生稻進(jìn)行了分析，發(fā)現(xiàn)水稻野生種DXWR 屬于Or-III 類

40、群。主要結(jié)果：1、將水稻野生種DXWR 及其衍生系DY1 和常規(guī)栽培品系冷害處理6 天，DXWR 存活率達(dá)到 100%，DY1 的存活率達(dá)到 90%，其存活率顯著高于栽培品系XQZB 和 1504，這兩個(gè)品系在該處理下存活率幾乎為零，表明DXWR 和DY1 抗冷性極強(qiáng)。192、雙親的平均深度為 67.3×，子代平均深度為 4×。通過嚴(yán)格的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)，共獲得了 50,109 個(gè)高質(zhì)量的 SLAF 片段，其中10,519 個(gè)具有多態(tài)性，多態(tài)率為 21.0% 。過濾父信息、完整度過低，和不適合該群體作圖的多態(tài)性標(biāo)記后，獲得 4740 個(gè)量的SLAF marker。構(gòu)建了包含 480

41、3 個(gè)標(biāo)記，總圖距為 1537.1 cM, 標(biāo)記間平均距離為 0.32 cM 的連鎖群。3、與水稻組進(jìn)行共線性分析，結(jié)果顯示標(biāo)記的排列和順序與基因組一致，除了在 8 號(hào)和 11 號(hào)上。并且 SLAF 標(biāo)記覆蓋了大部分組，除了 2 號(hào)上有約 7Mb 的區(qū)間無 SLAF 標(biāo)記。然而通過PCR 分析顯示在雙親中有特異擴(kuò)增產(chǎn)物，說明無大片段。4、對(duì)構(gòu)建的 BIL 進(jìn)行了 QTL3、7、8、9、11、12 個(gè)，共檢測到了 15QTL，分別位于 2、上。這些 QTL 的加性效應(yīng)為 0.21-0.61，對(duì)存活率的貢獻(xiàn)為 9.5%-26.9%，可以解釋 13.8-35.7%的表型變異。并對(duì)這些QTL 在 RI

42、L 群體中進(jìn)行了驗(yàn)證，QTL 包括qCTS7.2、qCTS2.1、20qCTS2.3、qCTS3.3、qCTS12.1、 qCTS12.3 、qCTS2.2、qCTS7.1 和qCTS12.2 均可在 RIL 群體中檢測到。qCTS3.2、5、利用進(jìn)化樹分析對(duì)來自5個(gè)類型的39個(gè)栽培水稻和來自全世界的40個(gè)普通野生稻進(jìn)行了分析，發(fā)現(xiàn)水稻野生種DXWR屬于Or-III 類群，而Japonica也來源于Or-III 類群，Indica來源于Or-類群，因此推斷其抗冷來源于Japonica。11、SLAF 助力核桃高密度遺傳圖譜構(gòu)建及炭疽病抗性 QTLConstructionofahigh-dens

43、itygeneticmapusingspecificlengthamplified fragment markers and identification of a quantitative trait locusforosein walnut (Juglans regia L.)21雜志：BMC Genomics合作：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)研究物種：核桃研究技術(shù)：SLAF-seq 簡化組為 Yuan Lin（感?。副緸?Qing Lin（抗?。?，構(gòu)材料選取：建F1 群體，獲得 84 個(gè)子代群體策略：Illumina Hiseq 2500數(shù)據(jù)：472,66 M pair-end reads文章解讀：

44、核桃，為植物，種植面積廣泛，且核桃仁含有豐富的營養(yǎng)素，與扁桃、腰果、榛子并稱為世界著名的“四大干果”。由于易炭疽病，導(dǎo)致核桃的產(chǎn)量嚴(yán)重受到影響。傳統(tǒng)的抗病已滿足不了生產(chǎn)要求，因此通過抗病育種，提高抗病能力才是防御炭疽病的有效途徑。1、本研究總共獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù) 161.64M pair-end reads，GC 含量為 41.50%，Q20 為 83%，父本深度為 127.19×為 99.38×，深度為 15.04 ×。子代平均圖 1.子代標(biāo)記深度和數(shù)量2 、通過嚴(yán)格的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)， 共獲得了 153,820 個(gè)高質(zhì)量的 SLAFmarkers，其中 49,174 個(gè)具

45、有多態(tài)性，多態(tài)率為 31.97% 。過濾父母本信息、完整度過低和不適合該群體作圖的多態(tài)標(biāo)記后，獲得13,635 個(gè)高質(zhì)量的多態(tài)性SLAF。3、通過計(jì)算標(biāo)記間的遺傳距離，將 2,577 個(gè)多態(tài)性劃分到 16 個(gè)連鎖群，構(gòu)建了包含 5，043 個(gè)SNP 位點(diǎn)的核桃高密度遺傳圖譜，總圖距為 2,457.82 cM，相鄰標(biāo)記間的平均距離為 0.95 cM。圖譜包含三22，SNP_only，InDel_only，SNP&InDel，種類型的多態(tài)性其中SNP_only比例達(dá)到 89.25%。圖 2.核桃高密度遺傳圖譜到一個(gè)與炭疽病抗性相關(guān)的QTL 區(qū)間，位于4、采用區(qū)間作圖法LG16 連鎖群上 1

46、65.51-176.33cM 的區(qū)間范圍內(nèi)，此區(qū)間包含 10 個(gè)多，表型貢獻(xiàn)率為 16.2%-19.9%，LOD值為 3.22-4.04。態(tài)性圖 3.炭疽病抗性相關(guān)QTL結(jié)果12、高密度遺傳圖譜枝性狀High-density genetic map construction and identification of a locuscontrolling weeping trait in an ornamental woody plant (Prunus mume23Sieb. et Zucc).雜志：DNA Research合作：北京林業(yè)大學(xué)研究物種：薔薇科李屬梅研究技術(shù)：SLAF-seq

47、簡化組為LiuBan（直立性狀），父本為 Fen Tai Chui Zhi（垂材料選?。褐π誀睿?，構(gòu)建F1 群體，獲得 387 個(gè)子代策略：Illumina Hiseq 2500數(shù)據(jù)：472,66 M pair-end reads文章解讀：對(duì)于觀賞樹木(包括灌木)來講，和枝姿同花一樣具有同等重要的觀賞價(jià)值。許多觀賞樹木具有垂枝類型(penduloustype),如龍爪槐、垂枝桑、垂枝榆、垂枝梅等等。因此，狀對(duì)改良梅性狀具有重要的意義。垂枝性本研究采用SLAF-seq 技術(shù)開發(fā)標(biāo)記，利用 HighMap 軟件排圖構(gòu)建高密度遺傳圖譜，結(jié)合表型性狀進(jìn)行QTL。此外，借鑒Mupmap-like 和 B

48、SA 的研究策略對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分組分析，通過計(jì)算每個(gè)SLAF marker 的(SLAF-index)值的方法，進(jìn)一步精細(xì)性狀。主要結(jié)果：垂枝1、雙親的平均深度為 35.15×，子代平均深度為 4 ×。通SLAF 片段，其中過嚴(yán)格的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)，共獲得了 230,584 個(gè)高質(zhì)量的93,103 個(gè)具有多態(tài)性，多態(tài)率為 40.35% 。過濾父信息、完整度過低，和不適合該群體作圖的多態(tài)性標(biāo)記后，獲得 9412 個(gè)量的SLAF marker。242、構(gòu)建了包含 8007 個(gè)標(biāo)記，總圖距為 1550.63 cM, 標(biāo)記間平均距離為 0.195 cM 的連鎖群。其中父本標(biāo)記深度為 155.7

49、7×，為98.21×，子代平均深度為 8.18×，標(biāo)記平均完整度為 96%。3、與桃組進(jìn)行共線性分析，6,837 個(gè) SLAF markers 可以比對(duì)到桃屬物種組上，其中梅花 LG5 比對(duì)到桃 ch2 和 ch4 上，說明梅與桃李發(fā)生了或易位。4、在 F1 群體中，垂枝：直枝性狀比為 165:222 ，偏離 1:1 的分離比，說明在LiuBan 和FenTaiChuiZhi 親本中垂枝性狀由一個(gè)主效協(xié)同幾個(gè)微效共同調(diào)控。5、通過 R/qtl 軟件將垂枝性狀在 7 號(hào)上。通過計(jì)算每個(gè)SLAF marker 的(SLAF-index)值的方法，進(jìn)一步精細(xì)在 7 號(hào)染

50、色體 1.14 Mb （10.5411.68 Mb）區(qū)域內(nèi)，獲得 18 個(gè)候選對(duì)其進(jìn)行功能注釋。，并2513、全位點(diǎn)Loci and大豆抗核菌病 QTL組關(guān)聯(lián)分析遺傳圖譜candidate gene identification forto Sclerotiniasociation andsclerotiorum in soybean (Glycine max L. Merr.) v linkage maps.雜志：Plant Journal合作：東北農(nóng)業(yè)大學(xué)研究物種：豆科研究技術(shù)：SLAF-seq 簡化材料選?。?06 份大豆品種(從組收集的 2000 份大豆種質(zhì)中篩選出，306 份材料包括

51、抗病和感病材料、不同地理區(qū)域的 105 份地方品種和201 份骨干品種)和 24 份國外種質(zhì)為研究材料進(jìn)行 GWAS 分析；以Maple Arrow（抗?。┖?Hefeng 25（易感）為親本構(gòu)建重組自交系遺傳群體 128 株，通過 SSR 標(biāo)記構(gòu)建遺傳圖譜。所有材料經(jīng) 40mM 草酸處理 48 小時(shí)后測定OD518 值。策略：Illumina Hiseq 2500數(shù)據(jù)：11.39 Gbp文章解讀：大豆是我國重要的農(nóng)作物，對(duì)保障糧食生產(chǎn)安全有著重要意義。自然界存在的各種病害嚴(yán)重影響大豆的生長與產(chǎn)量，而大豆菌核?。⊿WM）的發(fā)生不僅降低了產(chǎn)量，也降低了大豆含油量，是影響大豆經(jīng)營成果的重要病害之一。大豆菌核病主要影響地上部，在大豆苗期、成株期均可發(fā)病，造成苗枯、葉腐、莢腐等癥狀。