第十一章微生物的分類

1、第十一章第十一章 微生物的分類和鑒定微生物的分類和鑒定第一節(jié)第一節(jié) 微生物的分類單元微生物的分類單元n目前正式分類單元目前正式分類單元n非正式分類單元非正式分類單元超綱超綱亞綱亞綱亞目亞目亞科亞科族族亞族亞族域（域（DomainDomain）界（界（KingdomKingdom）門(mén)（門(mén)（PhylumPhylum或或DivisionDivision）綱（綱（ClassClass）目（目（OrderOrder）科（科（FamilyFamily）屬（屬（GenusGenus）種（種（SpeciesSpecies）亞種（亞種（SubspeciesSubspecies）群群 、組、組、系系種種型、居群、

2、型、居群、菌株、培養(yǎng)物菌株、培養(yǎng)物亞種亞種菌株菌株一些菌株一些菌株第二節(jié)第二節(jié) 微生物的命名微生物的命名一、雙名法一、雙名法二、三名法二、三名法對(duì)亞種的命名對(duì)亞種的命名第三節(jié)第三節(jié) 微生物的分類依據(jù)和方法微生物的分類依據(jù)和方法一、常規(guī)分類法一、常規(guī)分類法二、遺傳特征分類法二、遺傳特征分類法DNADNA（G+CG+C）mol% mol% 值值%100)()()()(%)(molCGTAmolCGmolCG其測(cè)定方法：其測(cè)定方法：Tm法 說(shuō)明：說(shuō)明： （G+C）mol%值相差超過(guò)5%屬不同種（且菌株之間相差2.54%，小于2%則無(wú)意義）（G+C）mol%值相差超過(guò)10%不同屬（G+C）mol%值相

3、差越遠(yuǎn)親緣關(guān)系越遠(yuǎn)注意：注意： 親緣關(guān)系很近的M，其（G+C）mol%值一定很近；反之成立嗎？ （DNA-DNA雜交一般用于測(cè)定有密切關(guān)系（種或種內(nèi)）微生物間的相似性；DNA-rRNA分子雜交用于檢查關(guān)系較遠(yuǎn)的微生物間的相似性。）說(shuō)明：一般說(shuō)明：一般7070以上以上種種2020以上以上屬屬 2.2.基本原理基本原理n用一種用一種RNARNA酶水解酶水解rRNArRNA后，可產(chǎn)生一系列后，可產(chǎn)生一系列寡核苷酸片斷，如果兩種或兩株微生物寡核苷酸片斷，如果兩種或兩株微生物的親緣關(guān)系越近，則其所產(chǎn)生的寡核苷的親緣關(guān)系越近，則其所產(chǎn)生的寡核苷酸片斷的序列也越接近，反之亦然。酸片斷的序列也越接近，反之亦然

4、。 3.3.實(shí)驗(yàn)方法（以實(shí)驗(yàn)方法（以16SrRNA16SrRNA為例）：為例）：用用T1T1核糖核酸酶水解（核糖核酸酶水解（3232P P標(biāo)記的）標(biāo)記的）16SrRNA 16SrRNA 得得 一系列一系列長(zhǎng)度不一的寡核苷酸片段。長(zhǎng)度不一的寡核苷酸片段。水解產(chǎn)物雙向電泳。水解產(chǎn)物雙向電泳。利用放射自顯影技術(shù)獲得利用放射自顯影技術(shù)獲得16SrRNA16SrRNA寡核苷酸的指紋。寡核苷酸的指紋。對(duì)對(duì)6 6個(gè)核苷酸以上的寡核苷酸進(jìn)行序列分析，并按長(zhǎng)度將個(gè)核苷酸以上的寡核苷酸進(jìn)行序列分析，并按長(zhǎng)度將分析結(jié)果編成分類目錄。分析結(jié)果編成分類目錄。最后按照目錄比較對(duì)偶（兩個(gè)被測(cè)最后按照目錄比較對(duì)偶（兩個(gè)被測(cè)M

5、 M）間的相似性，即可）間的相似性，即可知道比較對(duì)偶間的親緣關(guān)系。知道比較對(duì)偶間的親緣關(guān)系。 以相似系數(shù)以相似系數(shù)S SABAB表示表示其中：其中： NABA、B對(duì)偶所共有的寡聚物中的核苷酸數(shù)。對(duì)偶所共有的寡聚物中的核苷酸數(shù)。NA和和NB是寡聚物中的核苷酸總數(shù)。是寡聚物中的核苷酸總數(shù)。BAABABNNNS2三、化學(xué)特征分類法三、化學(xué)特征分類法 全細(xì)胞水解液的糖型全細(xì)胞水解液的糖型 CW CW化學(xué)成分化學(xué)成分 脂肪酸組成脂肪酸組成 分支菌酸分支菌酸 磷脂磷脂 醌醌 多胺分析多胺分析 可溶蛋白質(zhì)譜可溶蛋白質(zhì)譜四、數(shù)值分類法四、數(shù)值分類法定義：是根據(jù)數(shù)值分析，借助計(jì)算機(jī)將擬分類的定義：是根據(jù)數(shù)值分析

6、，借助計(jì)算機(jī)將擬分類的M M按其性狀的按其性狀的相似度歸類的方法相似度歸類的方法 根據(jù)盡可能多的性狀分類，以揭示分類單位間的真實(shí)關(guān)根據(jù)盡可能多的性狀分類，以揭示分類單位間的真實(shí)關(guān)系；系；分類時(shí)視每個(gè)性狀為同等重要，以避免分類者的主觀偏分類時(shí)視每個(gè)性狀為同等重要，以避免分類者的主觀偏見(jiàn)，使結(jié)果比較客觀，明確而且可以重復(fù)。見(jiàn)，使結(jié)果比較客觀，明確而且可以重復(fù)。按性狀的相似度，歸為等同分類單元或分類群（按性狀的相似度，歸為等同分類單元或分類群（taxontaxon）的表觀群或表元（的表觀群或表元（phenonphenon）NDNSNSS% 分類單元及性狀的選擇：通常操作分類單位（分類單元及性狀的選擇：通常操作分類單位（OTUOTU）為菌株。）為菌株。 性狀編碼：通常用性狀編碼：通常用“+”“+”“”表示，表示， 相似度系數(shù)的計(jì)算：相似度系數(shù)的計(jì)算： 系統(tǒng)聚類（或等級(jí)聚類）系統(tǒng)聚類（或等級(jí)聚類） 聚類結(jié)果的表示聚類結(jié)果的表示數(shù)值分類得到的數(shù)值分類得到的是表觀群或表元，是表觀群或表元，實(shí)踐證明：表觀實(shí)踐證明：表觀群群= =分類單元分類單元 例：約80%相似度的表觀群等于種。第四節(jié)第四節(jié) 微生物在生物界的地位微生物在生物界的地位（自習(xí)）（自習(xí)）一、生物的界級(jí)分類學(xué)說(shuō)一、生物的界級(jí)分類學(xué)說(shuō)兩界系統(tǒng)兩界系統(tǒng)三界系統(tǒng)三界系統(tǒng)四界系統(tǒng)四界系統(tǒng)五界系統(tǒng)五界系統(tǒng)六界系統(tǒng)六界系