啟動子生物信息學(xué)分析軟件

啟動子生物信息學(xué)分析軟件啟動子生物信息學(xué)分析軟件啟動子生物信息學(xué)分析軟件V:1.0精細整理，僅供參考啟動子生物信息學(xué)分析軟件日期：20xx年X月

1.PromoterPrediction/seq_tools/promoter.html2.PlantCARE（plant

cis-actingregulatoryelements）,adatabaseofplant

cis-actingregulatoryelementshttp://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/3.promoter2.0predictionserverhttp://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/4.啟動子分析網(wǎng)址:

1/seq_tools/promoter.html

2http://alggen.lsi.upc.es/recerca/menu_recerca.html

3http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

4/~molb470/...s/solorz/index.html

5/molbio/proscan/

http://bip.weizmann.ac.il/toolbo...ters.html#databases

/seq_tools/promoter.html

.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm

/pub/programs.html#pmatch

.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter

http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html

http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/

http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

/molbio/proscan/

/molbio/signal//thread-41571-1-1.htm常用啟動子分析網(wǎng)址：http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html#databases

/seq_tools/promoter.html

.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm

/pub/programs.html#pmatch

.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter

http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html

http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/

http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

/molbio/proscan/

/molbio/signal/

首先就是想直接查找有沒有人做過這條基因的啟動子，在pubmed中輸入genename+promoter

接著就想看看有沒有數(shù)據(jù)庫可以直接給出啟動子序列的，很幸運竟然發(fā)現(xiàn)一個極好的啟動子搜索講義網(wǎng)站，如下，.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html

第一步就是要找到基因確定基因所在基因組區(qū)域，其中列出很多網(wǎng)站，不過偶還是習慣genbank，在gene欄中search某個基因，不要搞錯基因種屬！進入后即可看到該基因的詳細條目，別眼花，就點擊右側(cè)link欄的Mapviewer鏈接，進入即可看到該基因在染色體上的形象定位，鼠標懸停在基因的起始位點時，即可在瀏覽器下方的狀態(tài)欄中顯示該位點在染色體上的明確定位，比如110997788，結(jié)合給出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概確定該啟動子在基因組中的大概定位，即110778899-110997788；

第二步搞清楚基因組狀態(tài)，我沒搞太清楚，不過其中給的一個鏈接來查出啟動子所在克隆（查出克隆號可以購買）/genome/guide/mouse/

該鏈接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一個clonelist；

第三步搜索啟動子，其中可以用啟動子數(shù)據(jù)庫和啟動子預(yù)測軟件，當然如果啟動子數(shù)據(jù)庫中有最好，但很失望給出的數(shù)據(jù)庫均不能查到！只好用啟動子預(yù)測軟件，使用了幾個在線預(yù)測工具后覺得下面這個速度賊快，推薦http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

我把該基因的dna序列submit之后返回了很多個PolII識別位點，到底哪個是呢我個人理解啟動子應(yīng)該是翻譯起始位點附近，所以在這個dna序列中定位翻譯起始位點即可找到最近的Highlylikelyprediction，那么怎么定位呢利用blast2這個利器，只要把dna和mrna序列粘貼進去提交就ok，正好在翻譯起始位點上游幾百bp有個識別位點，ok！啟動子序列就是翻譯起始位點上游大概1kb長度的序列了！

直接用ensemble數(shù)據(jù)庫的話，可以直接知道基因外顯子和起始位點的位置，然后直接可以查到之前的序列，再選3k-4k的長度預(yù)測就比較方便了。啟動子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點數(shù)據(jù)庫及預(yù)測工具

(2009-05-1423:54:56)轉(zhuǎn)載忽然感覺很GUILTY的，BLOG里竟然不放一點點和研究有關(guān)的重要工具。換了電腦之后才發(fā)現(xiàn)，很多有用的鏈接都沒有COPY下來，于是，從頭開始做吧。這是Andrew給我的他的PAPER里的有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的數(shù)據(jù)庫，還有其他網(wǎng)友整理的，都很有用，這個星期有空再核下幾個重要基因的SNP。

PROMOTERFINDINGANDANALYSISPROGRAMSONTHEINTERNET

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TRANSPLORER(TRANScriptionexPLORER)

Dnanalyze(TFmapping)

DragonPromoterFinder1.2(TSSfinderandpromoterregionanalysis)

FunSiteP2.1

HCtata(TATAsignalprediction)

McPromoterVer.3

MatInspector(SearchforTFbindingsites)

ModelGeneratorandModelInspector

NNPP2.1(TSSfinder)

PromoterInspector(Strandnon-specificpromoterregionfinder)

Promoter2.0(TSSfinder)

PromoterScanII(Promoterregionprediction)

RGSiteScan

SignalScan(SearchforEukaryoticTranscriptionalElements)

TESS(SearchforTranscriptionElements)

TFSEARCH(PredictsTFbindingsitesbasedonTRANSFACdata)

TRANSFAC(TFdatabaseandanumberofassociatedprograms)

TSSGandTSSW

PROMOTER2.0

http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

通常確定啟動子的算法可以分成兩種,一種根據(jù)啟動子區(qū)各種轉(zhuǎn)錄信號,如TATA盒、CCAAT盒,結(jié)合對這些保守信號及信號間保守的空間排列順序的識別進行預(yù)測。如PROMOTER2.0,用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法確定TATA盒、CCAAT盒、加帽位點(capsite)和GC盒(GCbox)的位置和距離,識別含TATA盒的啟動子。

PROMOTERSCAN

/molbio/proscan/

根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位在基因組中分布的不平衡性,將轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位分布密度與TATA盒的權(quán)重矩陣(weightmatrix)結(jié)合起來,從基因組DNA中識別出啟動子區(qū)[3]。但上述程序預(yù)測的假陽性率較高,PROMOTER210每23kb出現(xiàn)一個假陽性;PRO2MOTERSCAN平均每19kb出現(xiàn)一個假陽性。

PromoterInspector

http://www.genomatix.de/products/PromoterInspector/PromoterInspector2.html

另一種方法根據(jù)啟動子區(qū)序列的特征進行預(yù)測。Promo2terInspector從一組訓(xùn)練序列中提取出啟動子區(qū)的環(huán)境特征,并將外顯子、內(nèi)含子和3’端非翻譯區(qū)的特征與啟動子區(qū)加以區(qū)分,從而在基因組中確定啟動子位置

FirstEF

/tools/FirstEF/

近來還有一些程序?qū)⑸鲜龇椒ㄅcCpG島(CpGislands)信息相結(jié)合。CpG島是一段200bp或更長的DNA序列,核苷酸G+C的含量較高,并且CpG雙核苷酸的出現(xiàn)頻率占G+C含量的50%以上。許多脊椎動物的啟動子區(qū)都與CpG島的位置重合。FirstEF(http://rulai1cshl1org/tools/FirstEF/)搜索通過5’UTR定位技術(shù)構(gòu)建的第一外顯子數(shù)據(jù)庫,識別第一剪切點(firstsplicingdonorsite),結(jié)合CpG島信息,確定啟動子區(qū)。這種方法使預(yù)測的敏感性和特異性都明顯提高。該程序預(yù)測含CpG島的啟動子的敏感性和特異性都高于90%,預(yù)測不含CpG島的啟動子的精確性相對略低。

TRRD數(shù)據(jù)庫http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/

收錄了真核基因調(diào)控區(qū)結(jié)構(gòu)和基因表達方式的信息,每個條目對應(yīng)一個基因。

應(yīng)用權(quán)重矩陣數(shù)據(jù)庫搜索轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位的程序包括

SIGNALSCAN

/molbio/signal/

MatInspector

http://www.genomatix.de/products/index.html

轉(zhuǎn)錄因子搜索程序(transcriptionalfactorsearch,

TF2SEARCH)http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html

等等。盡管基于PWM的搜索比較敏感,但它最大的缺點就是假陽性率過高,在預(yù)測的結(jié)果中有很多結(jié)合部位并不真正具有生物學(xué)功能。

COMPEL數(shù)據(jù)庫

http://compel.bionet.nsc.ru/new/index.html

經(jīng)實驗確定的復(fù)合元件不多,COMPEL數(shù)據(jù)庫中收錄了近200條經(jīng)實驗確定的復(fù)合元件的信息。如果轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位的預(yù)測結(jié)果中包含復(fù)合元件,顯然比單個元件更有可能具有生物學(xué)功能。Co-Bind程序通過建立兩個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位的PWM及其復(fù)合作用的模型,可以預(yù)測序列中的復(fù)合元件。還有一些程序利用COMPEL數(shù)據(jù)庫中已知的復(fù)合元件去搜索基因組序列。

Consensus/pub/consensus/

AlignACE/cgi-bin/alignace.pl

等是用來搜索高含量基序(overrepresentedmotiffinding)的一些算法,可以對一組基因簇中的基因調(diào)控區(qū)進行比較,以發(fā)現(xiàn)其中存在的高含量的基序,調(diào)控元件可能就存在于這些基序之中。

摘自tjogzt's的BLOG，有些挺好的收錄/archive.html

1.NCBI上的FindingPromoter（NCBI推薦的）

（/Class/NAWBIS/Modules/DNA/dna21b.html）

PromoterScanfromtheBioinformaticsandMolecularAnalysissectionof

NIH.

TFSearchfromtheComputationalBiologyResearchCenterofJapan.

DRAGONGeneStartFinderfromtheDRAGONGenomeExplorersite.

2.Promoter2.0PredictionServer

（http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/）

Promoter2.0predictstranscriptionstartsitesofvertebratePolII

promotersinDNAsequences.Ithasbeendevelopedasanevolutionof

simulatedtranscriptionfactorsthatinteractwithsequencesinpromoter

regions.Itbuildsonprinciplesthatarecommontoneuralnetworksand

geneticalgorithms.

3.TFSEARCH（http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html）