北京師范大學并行計算實驗室作業(yè)調(diào)度

北京師范大學并行計算實驗室作業(yè)調(diào)度主要內(nèi)容一、作業(yè)提交流程二、WEB作業(yè)提交及管理三、命令行作業(yè)提交及管理四、常見問題及錯誤作業(yè)提交流程作業(yè)提交一覽Ssh至登錄節(jié)點（0）新建工作目錄(mkdirtest)進入工作目錄(cdtest編輯作業(yè)提交腳本（vi）提交作業(yè)腳本(qsub)查看作業(yè)運行狀態(tài)(qstat)WEB作業(yè)提交-基本屬性1. 作業(yè)提交基本屬性：0:8080/TSJMWEB作業(yè)提交-基本屬性作業(yè)提交基本屬性介紹作業(yè)名稱

自定義作業(yè)名稱，用于區(qū)分該作業(yè)與其他作業(yè)（必填，英文）2. 隊列

選擇作業(yè)所要提交的隊列（必選）資源（必填，串行作業(yè)為1:1）

作業(yè)運行所需要的資源。以節(jié)點數(shù)：核數(shù)形式列出

如2:4，即需要2個節(jié)點，每個節(jié)點4個核心注意：節(jié)點數(shù)不要超過5，每節(jié)點核心不要超過10工作目錄

指定作業(yè)運行的工作目錄。作業(yè)運行產(chǎn)生的中間數(shù)據(jù)將存放在此目錄作業(yè)提交腳本（必填）

指定作業(yè)提交腳本（也可以在線編輯）WEB作業(yè)提交-高級屬性1. 作業(yè)提交高級屬性刪除線表示不常用作業(yè)提交高級屬性介紹選擇網(wǎng)絡(luò)

集群中多套網(wǎng)絡(luò)時，選擇作業(yè)運行所在網(wǎng)絡(luò)（IB，千兆）2. 正確輸出

作業(yè)的正確輸出文件路徑（默認輸出在工作目錄下）錯誤輸出

作業(yè)的錯誤輸出文件路徑（默認輸出在工作目錄下）報警

可以選擇是否要在作業(yè)開始、結(jié)束或發(fā)生故障時報警檢查點

指定作業(yè)是否設(shè)置檢查點，以及作業(yè)添加檢查點時間間隔（只支持串行作業(yè)）WEB作業(yè)管理作業(yè)列表:當前登錄用戶所有已提交作業(yè)刪除線表示不常用作業(yè)管理操作說明運行

使作業(yè)無需排隊，直接運行（需要管理員權(quán)限）2. 停止、釋放

使作業(yè)暫時停止、恢復(fù)作業(yè)運行刪除

刪除一個作業(yè)保存檢查點

手動保存當前時刻作業(yè)檢查點獲取檢查點、從檢查點恢復(fù)

獲取所有已保存檢查點，可以從中選擇一個檢查點恢復(fù)作業(yè)運行WEB作業(yè)管理作業(yè)管理右鍵操作WEB作業(yè)管理查看作業(yè)詳細信息WEB作業(yè)管理查看作業(yè)輸出WEB作業(yè)管理查看作業(yè)調(diào)度日志命令行作業(yè)提交準備一、注意先要申請帳號，獲得帳號后，通過遠程登錄，執(zhí)行以下操作，完成無密碼訪問配置：1：”cp/opt/ssh/ssh-configure/hostfile.”2:”/opt/ssh/ssh-configure/step1.expusername”3:”/opt/ssh/ssh-configure/step2.expusernamepassword”二、服務(wù)器集群節(jié)點信息：刀片節(jié)點cu01~cu05胖節(jié)點：fatGPU節(jié)點：gpu管理節(jié)點：mu01（禁止在管理節(jié)點上運行自己的任務(wù)）命令行作業(yè)提交qsubxx.sh-lnodes=2:ppn=4

需要2個節(jié)點，每個節(jié)點上4核-epath

錯誤信息輸出的路徑-opath

正常輸出信息輸出的路徑 -qbatch

作業(yè)提交隊列（目前有batch和gpu兩個隊列）作業(yè)提交串行腳本編寫-N作業(yè)名

-lnodes=2:ppn=4需要2個節(jié)點，每個節(jié)點4個核-lnodes=cu01指定具體計算節(jié)點cu01-lnodes=cu01+cu02指定具體節(jié)點cu01,cu02注意：提交作業(yè)時，1個作業(yè)不要占用集群所有資源。如當前6個節(jié)點每個節(jié)點12個核，不要使用nodes=

作業(yè)腳本xx.sh編寫如下：#PBS–Njob_name#PBS–lnodes=2:ppn=4#PBS–Pzhangsansleep1000作業(yè)提交并行腳本編寫（拷貝下面粗體腳本內(nèi)容，存儲為xx.sh）#/bin/bashEXEC=“/home/【你的用戶名】/【可執(zhí)行文件】"ARGS=""echo$PBS_NODEFILEcat$PBS_NODEFILE>~/nodefileNP=`cat$PBS_NODEFILE|wc-l`/opt/intel/impi/08/intel64/bin/mpirun-hostfile~/nodefile-np$NP$EXEC$ARGScat~/nodefile注意：一般情況只要復(fù)制上面的腳本，修改紅色部分就可以了。不要用中文作業(yè)提交查詢

qstat無參數(shù)查詢所有作業(yè)信息-B查詢服務(wù)器狀態(tài)-Q查詢隊列狀態(tài)-n查詢每個作業(yè)的基本信息