基因組大項(xiàng)目-ont建庫測序結(jié)題報(bào)告

基于OxfordNanoporeTechnologies平臺DNA建庫質(zhì)控報(bào)告合同名稱 合同編號 項(xiàng)目期號 客戶單位 XXXX大報(bào)告單位 聯(lián)系人 ： 真報(bào)告日項(xiàng)目 審核 項(xiàng)目概 合同關(guān)鍵指 分析結(jié)果概 原 實(shí)驗(yàn)流 2數(shù)據(jù)質(zhì) 數(shù)據(jù)產(chǎn)出比例統(tǒng) 數(shù)據(jù)污染評 3總 參考文 合同關(guān)鍵指樣品檢測合格后，乙方基于Nanopore技術(shù)平臺進(jìn)序。260Gb。分析結(jié)果概通過三代Nanopore平臺儀共測得317.46Gb原始數(shù)據(jù)280.75GbCleanData；NT污染評估結(jié)果顯示數(shù)據(jù)無污染。原[1]DNA/RNADNA/RNA分子通過納米孔通道時(shí)，會(huì)引起不學(xué)信號的變化[2]。通過對這些信號進(jìn)行檢測及圖1ONT原理圖Nanopore根據(jù)電流的大小及電流大小的變化情況，通過“遞歸神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（RecurrentNeuralNetwork）”的復(fù)雜算法對堿基進(jìn)行判讀[4]。圖2ONT原理圖實(shí)驗(yàn)流實(shí)驗(yàn)流程按照OxfordNanoporeTechnologies(ONT)公司提供的標(biāo)準(zhǔn)protocol執(zhí)行，包括樣品質(zhì)量檢測文庫構(gòu)建文庫質(zhì)量檢測和文庫等流程主要包括如下步驟BluePippin文庫構(gòu)建（SQK-LSK109連接試劑盒DNAQubit上機(jī)3Nanopore2數(shù)據(jù)質(zhì)數(shù)據(jù)產(chǎn)出比例Nanopore的下機(jī)數(shù)據(jù)的原始數(shù)據(jù)格式為包含所有原始信號的二進(jìn)制fast5格式，單條read對應(yīng)單個(gè)fast5文件。通過MinKNOW軟件包進(jìn)行basecalling后會(huì)將fast5格式數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為fastq格式，用于后續(xù)分析。表1統(tǒng)計(jì)了本項(xiàng)目的1Data注Datatype:數(shù)據(jù)類型；SeqNum：序列條數(shù)；SumBase:總堿基數(shù)；N50Len：數(shù)據(jù)N50長度；N90Len：數(shù)據(jù)N902。2CleanreadsData Clean 注Datatype:數(shù)據(jù)類型；SeqNum：序列條數(shù)；SumBase:總堿基數(shù)；N50Len：數(shù)據(jù)N50長度；N90Len：數(shù)據(jù)N90將reads33CleanreadsReadsTotalLengthAverageLength注：Length：指reads的各個(gè)長度范圍；ReadsNumber：指各個(gè)長度范圍內(nèi)序列的數(shù)目；TotalLength(bp)：指各個(gè)長度范圍內(nèi)序列的總長度；Percent：占總數(shù)據(jù)量比例；AverageLengthbp)：各個(gè)長度范圍內(nèi)序列的平均長度。通過對reads44數(shù)據(jù)污染評致組大小、雜合率、重復(fù)序列比例、GC含量等組特征評估結(jié)果出現(xiàn)較大偏差，使得組組裝建庫策略，最終影響后續(xù)的組組裝效果。為了判斷的數(shù)據(jù)是否包含污染，我們從數(shù)據(jù)中，隨機(jī)取2,000條單端reads，與NT庫進(jìn)行BLAST[5]比對。評估標(biāo)準(zhǔn)：如果有一定比例（1%及以上）的reads比對上進(jìn)從總數(shù)據(jù)集中隨機(jī)挑取2,000條reads與NT對能夠比對上的reads共95.2%XXXXXXX44NTAligned317,531bp，ReadN5029,746bp，最長read1,491,549bp，且不存在DeamerD,AkesonM,BrantonD:Threedecadesofnanoporesequencing.NatBiotechnol2016,34:518-524.MagiA,SemeraroR,MingrinoA,GiustiB,D'AurizioR:Nanoporesequencingdataysis:stateoftheart,applicationsandchallenges.BriefBioinformJainM,OlsenHE,PatenB,AkesonM:TheOxfordNanoporeMinION:deliveryofnanoporesequencingtothegenomicscommunity.GenomeBiol2016,17:239.KrishnakumarR,SinhaA,BirdSW,JayanH,EdwardsHS,SchoenigerJS,PaKD,BrandaSS,BartschMS:SystematicandstochasticinfluencesontheperformanceoftheMinIONnanoporesequenceracrossarangeofnucleotidebias.SciRep2018,8:3159.5AltschulSF,Gis