2013ASCO腫瘤生物標(biāo)記物進(jìn)展

主要內(nèi)容基因指導(dǎo)的個(gè)體化治療肺癌驅(qū)動(dòng)基因突變譜靶向治療耐藥問(wèn)題基因檢測(cè)研究進(jìn)展通過(guò)驅(qū)動(dòng)基因選擇靶向治療可以延長(zhǎng)患者OS14家LCMC成員單位入組1102例轉(zhuǎn)移性肺腺癌患者檢測(cè)KRAS,EGFR,HER2,BRAF,PIK3CA,AKT1,MEK1，NRAS

突變，ALK

重排和

MET擴(kuò)增1007例至少一個(gè)基因檢測(cè)的患者中，622例檢測(cè)到至少一個(gè)驅(qū)動(dòng)基因狀態(tài)的改變；733例行多重基因組檢測(cè)的患者中，465例檢測(cè)到至少一個(gè)基因狀態(tài)改變JohnsonBE,etal.2013ASCOAbstract8019.LCMCIncidenceofMutationDetected通過(guò)驅(qū)動(dòng)基因選擇靶向治療可以延長(zhǎng)患者OS279例(28%)伴驅(qū)動(dòng)基因突變患者的數(shù)據(jù)用于選擇靶向治療或入組靶向研究在有后續(xù)臨床隨訪(fǎng)信息的938例患者中，總生存分析如下：中位生存時(shí)間(年)伴驅(qū)動(dòng)突變沒(méi)有接受靶向治療的患者(n=313)伴某種驅(qū)動(dòng)突變接受靶向治療的患者(n=264)不伴驅(qū)動(dòng)突變的患者(n=361)P<0.0001結(jié)論：伴有已確定驅(qū)動(dòng)突變的患者中，接受靶向治療者的生存時(shí)間較未接受靶向治療者明顯延長(zhǎng)多重基因組檢測(cè)有助于臨床醫(yī)生選擇適當(dāng)?shù)幕颊哌M(jìn)行靶向治療和入組靶向治療臨床研究JohnsonBE,etal.2013ASCOAbstract8019.NSCLC驅(qū)動(dòng)基因突變譜：歐美人群迄今晚期NSCLC患者中開(kāi)展的規(guī)模最大的生物標(biāo)志物研究BarlesiF,etal.2013ASCOAbstract8000;GiacconeG,etal.2013ASCOAbstract7513.首個(gè)評(píng)估生物標(biāo)志物配對(duì)治療療效的前瞻性臨床研究NSCLC腺癌基因突變譜：亞洲研究EGFR依然是亞裔腺癌最常見(jiàn)的驅(qū)動(dòng)基因KohY,etal.2013ASCOAbstract7572.WuYL,etal.2011.140例日本肺腺癌370例中國(guó)肺腺癌BRAFM+2%PI3KM+4%C-METAmp5$PTENM+6%EML4-ALK7%KRAS7%EGFRM+40%未知29%KRAS17.6%EGFR43%PIK3CA14.1%MLH14.9%STK116.3%CTNNB15.6%GNAS0.7%PTPN110.7%VHL11.4%SMAD41.4%早期肺腺癌中EGFR突變率和晚期相似ZhangX,etal.2013ASCOAbstract1547.

YangPC,etal.2012ASCOAbstract1534.2013ASCO早期NSCLCICANEGFR突變狀態(tài)(%)2012ASCO晚期NSCLCPIONEEREGFR突變狀態(tài)(%)8023：NTRK1基因融合作為肺癌新的癌基因靶點(diǎn)結(jié)論在肺腺癌中通過(guò)NGS/FISH發(fā)現(xiàn)了一種新的癌基因NTRK1融合需要開(kāi)展更多研究以明確NTRK1融合在肺癌中的發(fā)生率和特征該研究提示需要在NTRK1融合陽(yáng)性患者中開(kāi)展前瞻性Trk抑制劑的臨床研究35例泛陰性(EGFR,KRAS,ALK,ROS1)肺腺癌樣本新的Break-Apart

FISH檢測(cè)

第2代測(cè)序技術(shù)(CLIA認(rèn)證實(shí)驗(yàn)室)對(duì)表現(xiàn)為新NTRK1基因融合的細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄及藥理抑制分析56例泛陰性(EGFR,KRAS,ALK,ROS1,RET)肺腺癌樣本DoebeleRC,etal.2013ASCOAbstract8023.3/91(3.3%)肺鱗癌驅(qū)動(dòng)基因突變研究71肺鱗癌病人標(biāo)本NGS和定量PCR檢測(cè)突變和基因擴(kuò)增基因名稱(chēng)突變頻率TP5359.2%PI3KCA19.7%FGFR21.4%HRAS2.8%APC1.4%KRAS1.4%MET1.4%EGFR4.2%AKT11.4%PTEN1.4%SMAD41.4%KIF5B-RET1.4%FGFR31.4%基因名稱(chēng)變異類(lèi)型頻率CDKN2A缺失/突變/甲基化72%PI3KCA突變16%PTEN突變/缺失15%FGFR1擴(kuò)增15%EGFR擴(kuò)增9%PDGFRA擴(kuò)增/突變9%CCND1擴(kuò)增8%DDR2突變4%BRAF突變4%ERBB2擴(kuò)增4%FGFR2突變3%KohY,etal.2013ASCOAbstract7572.GovindanR,etal.2012ASCOAbstract7006.2013ASCO

178例肺鱗癌標(biāo)本127例（75%）患者確認(rèn)潛在治療靶點(diǎn)檢測(cè)基因拷貝數(shù)，外顯子突變，mRNA表達(dá)和啟動(dòng)子甲基化2012ASCO40.9%的鱗癌患者存在聯(lián)合基因突變，表明了鱗癌患者基因型的復(fù)雜性NSCLC中FGFR1基因拷貝數(shù)增加475例已行手術(shù)切除的I-III期NSCLC多因素分析，在校正吸煙、性別和腫瘤大小后，伴FGFR1基因擴(kuò)增的I/II期肺鱗癌患者的OS顯著長(zhǎng)于FGFR1未擴(kuò)增的患者（HR=0.26;95%CI:0.08-0.84,P=0.02）18%的腦轉(zhuǎn)移出現(xiàn)FGFR1拷貝數(shù)增加，而相應(yīng)原發(fā)部位無(wú)增加TangXM,etal,etal.2013ASCOAbstract7552.FISH&IHC檢測(cè)FGFR1基因擴(kuò)增手術(shù)切除的肺鱗癌患者中FGFR1擴(kuò)增對(duì)預(yù)后的影響HellmannMD,etal,etal.2013ASCOAbstract7559.63例經(jīng)組織病理學(xué)證實(shí)、臨床已切除肺鱗癌評(píng)估FGFR1狀態(tài)與臨床特征#和DFS*之間的關(guān)系FGFR1擴(kuò)增定義為FGFR1拷貝數(shù)≥2.2xCEP8拷貝數(shù)結(jié)果：FGFR1擴(kuò)增與年齡(p>0.99)、性別(p>0.99)、吸煙史(p=0.32)或疾病分期(p=0.18)之間無(wú)相關(guān)性多因素分析發(fā)現(xiàn)，F(xiàn)GFR1擴(kuò)增與DFS改善顯著相關(guān)(HR3.2,95%CI1.1-9.4)*Log-rank，#Fisher’s精確檢驗(yàn)PI3K通路驅(qū)動(dòng)IV期肺鱗癌患者的轉(zhuǎn)移模式和生存68例IV期肺鱗癌患者的FFPE腫瘤標(biāo)本FGFR1擴(kuò)增(FISH)PIK3CA突變(Sequenom)PTEN缺失(IHC)PTEN突變(外顯子測(cè)序)采用Kaplan-Meier法估算生存率采用Log-rank檢驗(yàn)和Cox比例風(fēng)險(xiǎn)法

進(jìn)行組間比較PaikPK,etal.2013ASCOAbstract8022.OS單因素分析：OS多因素分析：考慮到年齡、性別、KPS因素后，仍然顯示PI3K與生存期短相關(guān)HR=3.3，(95%CI:1.5-7,p=0.03)

轉(zhuǎn)移部位的驅(qū)動(dòng)基因分析腦轉(zhuǎn)移在鱗癌中不常見(jiàn)，但在PI3K異常腫瘤高達(dá)22%腦轉(zhuǎn)移僅出現(xiàn)在PI3K異常腫瘤PI3K通路驅(qū)動(dòng)IV期肺鱗癌患者的轉(zhuǎn)移模式和生存PaikPK,etal.2013ASCOAbstract8022.OS95%CIP值(vs其他)FGFR1擴(kuò)增19.510.8-NR0.059PI3K9.498.1-NR0.004其他13.79.7-NR結(jié)論：IV期PI3K異常肺鱗癌患者的生存較差腦轉(zhuǎn)移在PI3K異常的患者中更常見(jiàn)，且僅出現(xiàn)在PI3K異常的患者中PI3K通路活化具有不同的生物學(xué)特點(diǎn)，以該通路為靶點(diǎn)的治療方法可能是伴腦轉(zhuǎn)移的肺鱗癌患者的一種有效治療策略小結(jié)在不同病理類(lèi)型中，肺癌驅(qū)動(dòng)基因突變譜存在明顯的差異即使同樣的病理類(lèi)型中，東方人群與西方國(guó)家人群(高加索人種)并不完全相同常見(jiàn)的突變基因方面，EGFR突變?cè)趤喴?包括中國(guó))人群中的發(fā)生率明顯高于白種人群(30%vs.17%),而K-RAS突變則在白種人群的發(fā)生率遠(yuǎn)高于亞裔人群鱗癌患者的基因型較腺癌或更加復(fù)雜，其對(duì)生存的預(yù)后預(yù)測(cè)作用更加明顯已經(jīng)足夠了嗎？靶向治療耐藥后基因突變研究針對(duì)驅(qū)動(dòng)基因突變研制的分子靶向藥物在晚期NSCLC治療方面已經(jīng)顯現(xiàn)出巨大的優(yōu)勢(shì)。表皮生長(zhǎng)因子受體(EGFR)敏感突變的患者，可從EGFR酪氨酸激酶抑制劑(EGFR-TKI)治療中獲得更好的療效，但幾乎所有患者遲早均要發(fā)生EGFR-TKI獲得性耐藥，中位無(wú)進(jìn)展時(shí)間只有8~12個(gè)月當(dāng)靶向治療后出現(xiàn)耐藥時(shí)，臨床上面臨眾多治療困惑，也是當(dāng)今肺癌個(gè)體化治療的研究熱點(diǎn)之一EGFR-TKI耐藥機(jī)制：EGFR二次突變&其他致癌基因激活同時(shí)有EGFR擴(kuò)增機(jī)制不明SCLC轉(zhuǎn)化T790MSequistLV,etal.SciTranslMed2011;3(75);AdaptedfromSequistLV,etal.2012ASCO.cMET/ErbB3激活和過(guò)表達(dá)

在EGFR-TKI耐藥過(guò)程中的作用NSCLC

(N=44)EGFR-TKI治療收集細(xì)針穿刺或胸腔積液樣本評(píng)估EGFR和其他受體酪氨酸激酶(RTKs如ErbB2,ErbB3,cMET,IGF1R,ALK等)，和下游AKT和MAPK通路蛋白的表達(dá)和激活研究目的：1)根據(jù)RTKs和通路蛋白的表達(dá)/激活比較ORR2)評(píng)價(jià)EGFR-TKI治療期間RTK和通路蛋白的調(diào)節(jié)3)在接受EGFR-TKI治療的患者中，評(píng)估EGFR基因突變的激活和RTK激活的相關(guān)性RTK=絡(luò)氨酸激酶E/M-指數(shù)>E/M-指數(shù)(n)/<E/M-指數(shù)(n)mPFS(月)P值10010/1912.2/50.0548011/1812.2/50.0266014/1511.2/1.10.00014019/109.8/1.10.0012025/46.1/0.10.018AhnMJ,etal.2013ASCOAbstract11113.EGFR-TKI治療NSCLC耐藥過(guò)程中

cMET/ErbB3激活和過(guò)表達(dá)的作用無(wú)論EGFR突變狀態(tài)如何，EGFR/cMET相對(duì)水平高的患者PFS顯著更好隨著cMET參與的程度越高或E/M指數(shù)越低，NSCLC的臨床獲益越差PFS越短(<8個(gè)月)的患者總體和磷酸化ErbB3水平(陽(yáng)性率67%vs.27%)顯著高于PFS越長(zhǎng)(>8個(gè)月)的患者結(jié)論：cMET和ErbB3在NSCLC患者對(duì)EGFR-TKI產(chǎn)生耐藥過(guò)程中具有重要作用E/M指數(shù)及其活化可作為選擇EGFR抑制劑和cMET抑制劑的預(yù)測(cè)標(biāo)志物，但還需要前瞻性臨床研究的驗(yàn)證AhnMJ,etal.2013ASCOAbstract11113.NGS發(fā)現(xiàn)NSCLC靶向治療新的合并突變?cè)谌祟?lèi)H3255NSCLC細(xì)胞株(攜帶EGFRL858R，但無(wú)BRAFV600E，對(duì)厄洛替尼敏感)中，BRAFV600E的過(guò)表達(dá)會(huì)導(dǎo)致耐藥性的產(chǎn)生BRAFV600E介導(dǎo)的厄洛替尼耐藥可通過(guò)BRAF抑制劑Vemurafenib逆轉(zhuǎn)結(jié)論：EGFR突變NSCLC可包含額外BRAF致癌驅(qū)動(dòng)突變且在治療前發(fā)生率低EGFRTKI治療可以導(dǎo)致BRAFV600E表達(dá)腫瘤細(xì)胞擴(kuò)增，產(chǎn)生獲得性EGFRTKI耐藥，而B(niǎo)RAF抑制劑治療后可逆轉(zhuǎn)突變率治療前EGFRL858R95%BRAFV600E～6%獲得耐藥性后EGFRT790M～14%BRAFV600E60%10倍BlakelyCB,etal.2013ASCOAbstract11004.收集EGFR-TKI治療前及EGFR-TKI耐藥后的FFPE標(biāo)本，使用IlluminaHiSeq2000進(jìn)行398個(gè)腫瘤相關(guān)基因的外顯子測(cè)序伴T(mén)790M突變的EGFR突變型NSCLC患者

中ROR1mRNA表達(dá)（來(lái)自EURTAC研究）入組EURTAC研究中的95例患者：65%伴有治療前T790M突變，評(píng)估45例患者的ROR1表達(dá)與治療和生存的關(guān)系厄洛替尼組(n=24)化療組(n=21)同時(shí)伴T(mén)790M突變、接受厄洛替尼治療的患者(n=15)ROR1高表達(dá)ROR1低/中表達(dá)ROR1高表達(dá)ROR1低/中表達(dá)ROR1高表達(dá)ROR1低/中表達(dá)中位PFS,月5.811.895.62.710.8P值0.0330.0174結(jié)論：高ROR1表達(dá)顯著限制伴T(mén)790M突變患者的PFSROR1導(dǎo)向治療可提高厄洛替尼治療伴ROR1過(guò)表達(dá)的EGFR突變型NSCLC患者的療效*僅在低ROR1表達(dá)者中有效KarachaliouN,etal.2013ASCOAbstract11027.EGFR-TKI獲得性耐藥的綜合基因組分析從11例EGFR突變NSCLC患者中獲取厄洛替尼敏感性和耐藥性腫瘤的FFPE活檢標(biāo)本從所有腫瘤和相應(yīng)正常組織標(biāo)本中提取DNA，進(jìn)行全外顯子組測(cè)序從所有腫瘤標(biāo)本中提取RNA，進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序已知耐藥驅(qū)動(dòng)基因包括MET和AXLNSCLC中再突變包括ALK,STK11已確定的胚胎干細(xì)胞標(biāo)簽的組成成分包括Nanog,Oct4,Sox2,c-Myc靶點(diǎn)神經(jīng)元譜系特異性調(diào)節(jié)因子包括NTRK3,NRCAM,ALK,LRP4上調(diào)基因天然免疫和獲得性免疫的組成成分包括HLA-A,-B,DQ,CD40調(diào)控生存信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的磷酸酶包括PTEN,PTPRD促凋亡成分包括BNIP3L,IKIP下調(diào)基因WeissmanJS,etal.2013ASCOAbstract11010.通過(guò)全外顯子和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)Χ蚵逄婺岖@得性

耐藥的EGFR突變NSCLC的腫瘤標(biāo)本進(jìn)行完整基因組分析本研究：證實(shí)了完整基因組分子測(cè)序在接受靶向治療的NSCLC患者的臨床管理中具可行性和實(shí)用性發(fā)現(xiàn)了NSCLC患者中厄洛替尼獲得性耐藥的已知和新的分子生物標(biāo)志物揭示了在NSCLC患者中調(diào)控干細(xì)胞和神經(jīng)元表型以及免疫逃逸的遺傳事件在厄洛替尼獲得性耐藥中具重要作用，而這一作用以往卻被忽略了使我們深入了解了NSCLC中逃逸EGFR癌基因抑制的分子發(fā)病機(jī)制WeissmanJS,etal.2013ASCOAbstract11010.耐藥驅(qū)動(dòng)基因研究小結(jié)耐藥后驅(qū)動(dòng)基因圖譜發(fā)生了變化，且這種變化在靶向治療的同時(shí)不斷演變更多的實(shí)驗(yàn)認(rèn)為這種變化是靶向治療后基因篩選的結(jié)果耐藥后再次活檢是明確新的致癌驅(qū)動(dòng)基因的有效方法更多針對(duì)獲得性耐藥的藥物正在研發(fā)中基因檢測(cè)改變了我們的臨床實(shí)踐基因檢測(cè)技術(shù)新一代測(cè)序技術(shù)所謂新一代測(cè)序方法，

包括大量基于不同技術(shù)的方法。都采用了大規(guī)模矩陣結(jié)構(gòu)的微陣列分析技術(shù)——陣列上的DNA樣本可以被同時(shí)并行分析。測(cè)序是利用DNA聚合酶或連接酶以及引物對(duì)模板進(jìn)行一系列的延伸,通過(guò)顯微設(shè)備觀(guān)察并記錄連續(xù)測(cè)序循環(huán)中的光學(xué)信號(hào)實(shí)現(xiàn)的。

MitraRD,etal.AnalBiochem,2003,320:55—65ShendureJ,etal.Science,2005,309:1728—1732優(yōu)勢(shì)：通過(guò)臨床新一代測(cè)序技術(shù)(NGS)揭示

基因變異高檢出率以指導(dǎo)肺癌的靶向治療386個(gè)肺癌FFPE標(biāo)本，95%為NSCLC(367/386)通過(guò)NGS為基礎(chǔ)的診斷性檢驗(yàn)方法來(lái)描繪基因變異圖譜檢測(cè)182個(gè)癌癥相關(guān)基因的3320個(gè)外顯子檢測(cè)腫瘤中重排頻率較高的14個(gè)基因的37個(gè)內(nèi)含子結(jié)果：確認(rèn)1205個(gè)基因改變，平均每個(gè)腫瘤3.31個(gè)改變(0-10)85%(310)標(biāo)本包含1個(gè)可作為靶點(diǎn)的基因改變*，平均每個(gè)標(biāo)本1.79個(gè)(0-6)在68%(248)的腫瘤中，至少1個(gè)檢測(cè)到的基因變異會(huì)被目前“熱點(diǎn)”檢測(cè)**所遺漏AliSM,etal.2013ASCOAbstract8020.*可作為靶點(diǎn)的基因改變定義為具有相應(yīng)的靶向抗腫瘤藥物或能夠在臨床研究中加以評(píng)價(jià)的基因靶點(diǎn)改變*

*熱點(diǎn)檢測(cè)包括EGFR,KRAS和EML4:ALK等通過(guò)臨床新一代測(cè)序(NGS)揭示

基因變異高發(fā)生率以指導(dǎo)肺癌的靶向治療：結(jié)果GeneAlterations（percent）EGFR6.7ERBB21.3EGFRFamilyEstimated8%STK1111PI3KCA10NF16AKT1/2/34PTEN4mTOR/PI3KpathwayEstimated30%BRAF2c-KIT1PTCH1/SMO/SUFU1結(jié)論：該研究發(fā)現(xiàn)了通過(guò)熱點(diǎn)檢測(cè)所無(wú)法檢測(cè)到的一系列基因變異，可顯著提高驅(qū)動(dòng)基因的檢出率，指導(dǎo)靶向治療決策AliSM,etal.2013ASCOAbstract8020.actionablegenomicalterations(GA)inlungcancer(LC)新一代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)NSCLC細(xì)針吸取標(biāo)本在19例NSCLCFNA組織中發(fā)現(xiàn)97個(gè)GA，平均每例患者5.1個(gè)變化68%患者的TP53上具有GA，21%在KRAS上具有GA僅16%的患者沒(méi)有顯示出可作為靶點(diǎn)的GA19例NSCLC的FNA細(xì)胞蠟塊，抽提DNA使用新一代測(cè)序，檢測(cè)14個(gè)常見(jiàn)重排基因的37個(gè)內(nèi)含子和182個(gè)腫瘤相關(guān)基因的3320個(gè)外顯子結(jié)論：新一代測(cè)序技術(shù)可以可靠地分析小的FNA標(biāo)本，所發(fā)現(xiàn)的GA與在相匹配的原發(fā)腫瘤中所發(fā)現(xiàn)的GA顯著相關(guān)本研究進(jìn)一步拓寬了常見(jiàn)標(biāo)本類(lèi)型的范圍，具有進(jìn)一步研究的價(jià)值HawrylukMJ,etal.2013ASCOAbstract11100.從血漿DNA檢測(cè)EGFR活化突變作為

FAST-ACT2研究中有利的生存預(yù)測(cè)標(biāo)志物MokT,etal.2012ESMOAbstract1226O.MokT,etal.2013ASCOAbstract8021.安慰劑厄洛替尼150mg/d既往未經(jīng)治療的IIIB/IV期NSCLC(n=451)R11PD吉西他濱+順鉑/卡鉑6個(gè)周期+安慰劑吉西他濱+順鉑/卡鉑6個(gè)周期+厄洛替尼PD分層因素：分期、組織學(xué)、吸煙狀態(tài)、化療方案治療治療后篩查研究后主要終點(diǎn)：PFS(獨(dú)立審查委員會(huì)評(píng)估)次要終點(diǎn)：亞組分析、所有患者與亞組的OS、ORR、緩解持續(xù)時(shí)間、TTP、16周未進(jìn)展、安全性、QOL從血漿DNA檢測(cè)EGFR活化突變作為

FAST-ACT2研究中有利的生存預(yù)測(cè)標(biāo)志物回顧性測(cè)定FFPET和血漿中EGFR突變(451例入組患者，268個(gè)腫瘤樣本)分析90%(241/268)的腫瘤樣本，40%(96/241)包含1個(gè)活化的EGFR突變451例患者中427份血漿樣本可用于分析，32%(136/427)為EGFR突變陽(yáng)性EGFR突變+(血漿)EGFR突變-(血漿)總數(shù)EGFR突變+(組織)692190EGFR突變-(組織)5129134總數(shù)7415