RDP軟件分析指南

RDP軟件分析指南Introduction

RDP4(RecombinationDetectionProgramversion4)

是一個(gè)檢測和分析重組信號的軟件，包括7種基本檢測程序（RDPmethod,GENECONV,Bootscanning,MaxChi,Cimaera,3SEQandSiScan）和4種附加檢測程序（LARD,PHYLPRO,distanceplotsandTOPAL）。操作基本步驟打開一個(gè).meg格式的文件：左擊鼠標(biāo)open按鈕。點(diǎn)擊頁面頂端options按鈕，進(jìn)入General頁面選擇一系列參數(shù)：左擊主界面上的X-over按鈕開始進(jìn)行重組分析。分析完畢后出現(xiàn)四個(gè)界面，順時(shí)針方向依次為：SequencedisplayTherecombinationinformationdisplaySchematicsequencedisplay

PlotdisplayFigure1.ThemaincomponentsoftheRDPinterface.

Commandbuttons命令按鈕Treedisplay進(jìn)化樹顯示Matrixdisplay矩陣顯示Recombinationinfo.Display重組信息顯示Sequencedisplay序列顯示Plotdisplay繪圖顯示Schematic

sequencedisplay圖解序列顯示Identitydisplay同源性顯示RDP4界面的主要組成部分分析進(jìn)度條Positionindicator位點(diǎn)指示Identitydisplay同源性顯示Sequencedisplay序列顯示SequencenamesTogglesequencedisplayIdentityindicatorToggleidentitydisplaysequencedisplay.左擊序列中的部位可以顯示不同顏色代表的含義鼠標(biāo)懸空在某個(gè)核苷酸上會(huì)顯示出該核苷酸處于何序列的具體位置右擊鼠標(biāo)可以保存不同形式你想要的序列Warningsandadditionalmethodspecificinfo.P-ValuesProbablerecombinant(recombinant)andparentalsequencesBreakpointpositions:Insequence(inalignment)MethodusedtodetectrecombinantregionTherecombinationinformationdisplay現(xiàn)以下情況，該界面還會(huì)出現(xiàn)warning標(biāo)示（紅色）：（1）在比對序列中只有一個(gè)可能為父母代毒株的序列（2）有可能(約30%或更大的可能)誤認(rèn)為重組序列(即實(shí)際上父母代的序列中的某個(gè)才是真正的重組毒株)如果是這樣會(huì)在后面顯示出實(shí)際上可能為重組毒株的父母代毒株的名字。（3）無法識別出一個(gè)或全部兩個(gè)突變位點(diǎn)。（4）一個(gè)或兩個(gè)突變位點(diǎn)是錯(cuò)位的。（5）重組信號微弱（6）如果復(fù)合信號可能是一個(gè)分析錯(cuò)誤的人工制品?！癱onfirmationtable”部分表明了用不同方法檢測出發(fā)生該重組事件的毒株數(shù)和關(guān)于目前檢測到的重組事件的符合程度Confirmationtable下面是一個(gè)總結(jié)性的柱狀圖，對于99%的用戶來說前三條柱狀圖代表的是有用的信息。柱狀圖下面的分?jǐn)?shù)大于60%代表這該毒株幾乎確定為重組毒株。大于40%小于60%的分?jǐn)?shù)代表軟件可能犯了錯(cuò)誤，但也可能沒有。小于40%表示該毒株很可能不是重組毒株。TheschematicsequencedisplayCurrentviewCyclethrough

displayoptions

改變視圖顏色Recombinant

region

重組區(qū)域Background

sequence背景序列主要親本與重組序列的同源性潛在的重組區(qū)域P-value次要親本與重組序列的同源性主要親本與次要親本的同源性ThePlotDisplay“Recombinant”sequence“Parental”sequencesPortionofalignmentusedtodrawtreeCyclethroughtreesViewalltreesSimultaneouslySwitchtorecombinationinformationdisplaySwitchtocompatibilitymatrixdisplayFigure6.Thedendrogramdisplay.KeyScalebarTreeDisplay點(diǎn)擊右上角的“cyclethroughtrees”按鈕即可以用該序列的不同部分進(jìn)行做樹分析。包括：（1）根據(jù)重組序列的不同部分分別作樹（2）只有已確認(rèn)的重組區(qū)域做樹（即用minorparent部分）（3）只用已確認(rèn)的非重組區(qū)域做樹（即majorparent部分）（4）忽略重組的所有區(qū)域做樹。你還可以選擇不同方法做樹，包括：neighbourjoining,leastsquares,maximumlikelihood,andBayesiantrees.

“Mark[sequencename]asalsohavingevidenceofthisevent”和“Mark[sequencename]asnothavingevidenceofthisevent.”選項(xiàng)可以使你在樹上手動(dòng)修改你認(rèn)為RDP所犯的錯(cuò)誤.“Goto[sequencename]”選項(xiàng)可以指引你在schematics