醫(yī)學(xué)信息檢索課件：第三章 常用醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫

第三章常用醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫PubMedWebofScience中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫（CBM）中文科技期刊全文數(shù)據(jù)庫（中國知網(wǎng)，萬方，維普）PubMed一、概況二、基本檢索途徑與方法三、檢索結(jié)果輸出四、特色功能一、概況1.收錄范圍2.檢索機(jī)制3.檢索規(guī)則4.字段構(gòu)成

PubMed是由美國國立醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）附屬美國生物技術(shù)信息中心（NCBI）研制的數(shù)據(jù)庫，是NCBI的Entrez檢索系統(tǒng)中的數(shù)據(jù)庫之一。1997年6月26日，前美國副總統(tǒng)戈爾宣布其為免費網(wǎng)站。其網(wǎng)址為：/pubmed（）。目前網(wǎng)上免費檢索MEDLINE數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)站有30多個，宗旨是為用戶在網(wǎng)上提供一個比光盤和聯(lián)機(jī)更簡單、直觀的檢索方法，PubMed是其中使用頻率最高的網(wǎng)站，它具有收錄范圍廣(醫(yī)學(xué)及相關(guān)學(xué)科)、內(nèi)容全(包括超過2000萬文獻(xiàn)記錄)、檢索途徑多、檢索體系完備等特點，部分文獻(xiàn)還可在網(wǎng)上直接免費獲取全文。1.MEDLINE：收錄1966年以來的包含醫(yī)學(xué)、護(hù)理、牙科、獸醫(yī)、健康保健系統(tǒng)等文獻(xiàn)1800萬余條書目數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)來源于70多個國家和地區(qū)的5500多種生物醫(yī)學(xué)期刊,92%的文獻(xiàn)為英文文獻(xiàn)，82%的文獻(xiàn)有摘要。記錄標(biāo)識為[PubMed—indexedforMEDLINE]2.OLDMEDLINE：包括1946~1965年MEDLINED的大約200萬條記錄，這部分記錄主要是從MEDLINE的印刷版轉(zhuǎn)錄過來的，沒有更新MeSH和文摘，其顯示格式主要取決于其印刷版的顯示格式。記錄標(biāo)識為[PubMed—OLDMEDLINEforPre1966]3.PREMEDLINE:收錄MEDLINE的中尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)，該庫中的記錄只有簡單的書目信息和文摘。該庫中的數(shù)據(jù)每星期經(jīng)MeSH詞表標(biāo)引后，轉(zhuǎn)入MEDLINE，當(dāng)進(jìn)入MEDLINE時就會被標(biāo)引MeSH詞、文獻(xiàn)類型及其他數(shù)據(jù)，然后從PREMEDLINE中刪除。記錄標(biāo)識為[PubMed—inprocess]

4.Recordssuppliedbypublisher：由出版商提供的電子文獻(xiàn)，這些文獻(xiàn)中屬于MEDLINE收錄范圍的，每日將被添加到premedline中去，并被賦于一個MEDLINE的數(shù)據(jù)標(biāo)識號UI；不屬于MEDLINE收錄范圍的，則只有PubMed數(shù)據(jù)識別號PMID，而沒有MEDLINEUI。記錄標(biāo)識為[PubMed—assuppliedbypublisher]1.收錄范圍

PubMed設(shè)有AutomaticTermMapping轉(zhuǎn)換功能，對于輸入檢索框中的檢索詞，將按一定的詞表順序進(jìn)行對照，然后進(jìn)行檢索。逐一對照的索引順序是：MeSHTranslationTable、JournalTranslationTable、Phraselist、AuthorIndex。如果在以上4個表中都找不到相匹配的詞，PubMed將把短語分開，以單詞為單位，分別重復(fù)以上的過程，檢索時各個詞之間是邏輯與（AND）關(guān)系。如果仍找不到相匹配的詞，則用單個詞在所有字段查找，各個詞之間也是邏輯與關(guān)系。2.檢索機(jī)制MeSHTranslationTable主題詞表JournalsTranslationTable期刊刊名表PhraseList詞組表AuthorIndex作者索引表NoMapping檢索詞拆分AND1.如果在短語上加雙引號，PubMed將不執(zhí)行AutomaticTermMapping功能，而將其作為特定的短語進(jìn)行檢索。

例如:“pressurepoint”2.PubMed支持布爾邏輯運(yùn)算，邏輯符的運(yùn)行次序是從左至右，括號內(nèi)的檢索式可作為一個單元，優(yōu)先運(yùn)行。

例如：檢索有關(guān)藥物治療哮喘或枯草熱的文獻(xiàn)，其檢索式為：

drugtherapyAND(asthmaORhayfever)3.PubMed支持截詞檢索，截詞符采用*表示。

例如：bacter*

可檢出以bacter為詞干的單詞bacteria,bacterium等，但僅限于600個相同詞干的單詞。

3.檢索規(guī)則4.字段構(gòu)成PubMed的字段限定格式:檢索詞[字段標(biāo)識]例如:aspirin[ti]hepatitis[MesH]smith-ab[au]第一節(jié)PubMed一、概況※二、基本檢索途徑與方法三、檢索結(jié)果輸出四、特色功能二、基本檢索途徑與方法1.基本檢索（Search）2.主題詞檢索（MeSH）3.期刊檢索（Journal）4.引文匹配檢索（CitationMatcher）5.臨床查詢（ClinicalQueries）點擊此鍵執(zhí)行檢索檢索框1.基本檢索——主題#1cancer#2livercancer#3“l(fā)ivercancer”#4leukemiaANDchild#5livercancerORleukemia#6leukemiaNOTchild#7cancer[ti]#8review[pt]#9infection*1.基本檢索——作者#1smithab#2smithab[au]

格式：姓+名縮寫，如要查找王智彪教授發(fā)表的文章，輸入格式為：wangzb，系統(tǒng)會自動在作者字段內(nèi)進(jìn)行檢索。#1cancer[so]#2cancer[ta]1.基本檢索——期刊

建議期刊檢索使用期刊名稱檢索字段標(biāo)識[ta]或者是[so],因為：如果期刊名稱正好是一個MeSH中的詞，系統(tǒng)會將其作MeSH詞進(jìn)行檢索。如果期刊名稱是一個單詞，系統(tǒng)會在所有字段中進(jìn)行檢索。例：查找近5年有關(guān)子宮內(nèi)膜異位癥的綜述文獻(xiàn)步驟1.在檢索框內(nèi)輸入endometriosis，步驟2.在檢索結(jié)果界面中左側(cè)選擇：

在Articletypes中選擇review，在PublicationDate中選擇5years，

二、基本檢索途徑與方法1.基本檢索（Search）2.主題詞檢索（MeSH）3.期刊檢索（Journal）4.引文匹配檢索（CitationMatcher）5.臨床查詢（ClinicalQueries）2.主題詞檢索-基本操作

使用該項功能可選擇規(guī)范化的醫(yī)學(xué)主題詞（MeSH詞）、副主題詞、查看詞義注釋、瀏覽樹狀結(jié)構(gòu)表等，可執(zhí)行主題詞檢索，因而可以提高檢索效率。點擊Pubmed界面左邊的MeshDatabase，進(jìn)入主題詞檢索界面。在MeshBrower的檢索框中，輸入檢索詞，如果不是MeSH詞，系統(tǒng)將提供同義或近義MeSH詞給予選擇，同時顯示MeSH樹。2.主題詞檢索單主題詞檢索多主題詞檢索主題詞/副主題詞檢索1.輸入檢索詞2.執(zhí)行瀏覽3.點按此處可獲詳細(xì)注解2.主題詞檢索單主題詞檢索多主題詞檢索主題詞/副主題詞檢索2.主題詞檢索單主題詞檢索多主題詞檢索主題詞/副主題詞檢索主題詞注釋可選副主題詞限定作為主要主題詞檢索不進(jìn)行下位詞擴(kuò)檢該主題詞所替代的非規(guī)范詞形式主題詞樹形結(jié)構(gòu)表選取副主題詞點擊此處執(zhí)行檢索發(fā)送至檢索框二、基本檢索途徑與方法1.基本檢索（Search）2.主題詞檢索（MeSH）3.期刊檢索（Journal）4.引文匹配檢索（CitationMatcher）5.臨床查詢（ClinicalQueries）3.期刊檢索

供查詢PubMed和Entrez其他數(shù)據(jù)庫收錄期刊的信息?？麢z索的檢索詞有：刊名全稱、Medline刊名縮寫、期刊的ISSN、NLM刊號、國際標(biāo)準(zhǔn)刊名縮寫（ISOAbbreviation）和刊名中含有的詞。該數(shù)據(jù)庫的主要用途是進(jìn)行刊名縮寫和刊名全稱轉(zhuǎn)換的查詢，還可以獲得PubMed等收錄的期刊一覽（Entrezjournals）以及PubMed收錄全文電子期刊網(wǎng)站鏈接一覽（thelistofjournalswithlinkstofull-textwebsites）。關(guān)于AIDS的期刊3.期刊檢索

除此之外，還可通過如下途徑查詢某一期刊上的文獻(xiàn)：（1）直接在基本檢索中直接輸入：刊名[so]或刊名[ta]

例如：jama[ta]

（2）在單一引文匹配器中，期刊一欄輸入刊名，若查某一卷某一期，則再輸入卷和期的信息即可。

例如：Journal:jama二、基本檢索途徑與方法1.基本檢索（Search）2.主題詞檢索（MeSH）3.期刊檢索（Journal）4.引文匹配檢索（CitationMatcher）5.臨床查詢（ClinicalQueries）4.引文匹配檢索

用殘缺不全的題錄信息為線索來查特定記錄的工具。當(dāng)投稿稿件的參考文獻(xiàn)信息不完整時，可利用引文匹配器來核對補(bǔ)充信息。引文匹配器分以下兩種：

單一引文匹配器（SingleCitationMatcher）：查找特定一篇文獻(xiàn)；

組引文匹配（BatchCitationMatcher）:查找一組特定的文獻(xiàn)。得出其他著者單一引文匹配virusgenes|1992|6|393||p27423-1|yeast|1992|8|253|sasnausk|p24813-1|

組引文匹配二、基本檢索途徑與方法1.基本檢索（Search）2.主題詞檢索（MeSH）3.期刊檢索（Journal）4.引文匹配檢索（CitationMatcher）5.臨床查詢（ClinicalQueries）5.臨床查詢

是一個專門為臨床醫(yī)生和臨床試驗工作者設(shè)計的檢索服務(wù)，有以下三個方面的檢索：研究類別查詢：治療、診斷、病因及預(yù)后系統(tǒng)評價查詢醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)查詢：診斷、臨床描述、管理、基因、分子遺傳學(xué)、基因測試等內(nèi)容。第一節(jié)PubMed一、概況二、基本檢索途徑與方法三、檢索結(jié)果顯示與輸出四、特色功能三、檢索結(jié)果的顯示與輸出1.結(jié)果顯示2.結(jié)果輸出3.相關(guān)鏈接1.結(jié)果顯示顯示記錄格式：PubMed檢索結(jié)果的默認(rèn)顯示格式是Summary，即題錄格式，包括作者、標(biāo)題、出處和PMID號。在Display下拉菜單中，還有多種顯示格式可選擇。常用的顯示格式有：（1）Summary：包括著者、篇名、出處、語種（非英語時列出）、出版物類型（只有當(dāng)是綜述文獻(xiàn)時列出）、PMID、記錄狀態(tài)等；（2）Brief：著者、篇名前30個字母、PMID；（3）Abstract：Summary格式中的所有字段加上摘要、著者單位和地址、人名主題；（4）Citation：Abstract格式中的所有字段加上MeSH、化學(xué)物質(zhì)名稱、基金號等字段；若要查看MeSH字段，首選Citation格式；（5）Medline：全字段顯示，所有的字段都以字段標(biāo)識符開頭。若要將檢索結(jié)果輸出到ReferenceManager之類的文獻(xiàn)管理軟件中，應(yīng)選用Medline格式。每屏顯示數(shù)量：限定每屏顯示的篇數(shù)，選項包括每屏5、10、20、50、100、200至500條。由于打印或存盤以每屏為單位進(jìn)行，因此根據(jù)檢索結(jié)果的數(shù)量，可選擇適宜的每屏顯示數(shù)值。顯示特定記錄：PubMed設(shè)有不同選項，可顯示特定的記錄。點擊Display按鈕，可瀏覽所有的記錄；點擊題錄前的方框，對所需文獻(xiàn)進(jìn)行標(biāo)記，然后再點擊“Display”，則顯示標(biāo)記的記錄；點擊某一感興趣記錄的著者名，僅顯示該條記錄。排序：對當(dāng)前顯示的記錄可按出版時間、第一作者、最后作者、期刊和標(biāo)題進(jìn)行排序。沒有文摘有文摘有免費全文2.結(jié)果輸出保存：檢索結(jié)果顯示頁上的sendto提供了多種保存方式。保存操作時，可先用鼠標(biāo)對記錄左邊的復(fù)選框打標(biāo)記，從Display下拉菜單中選擇欲保存的記錄格式，然后選用下列主要操作：（1）選Sendto下拉菜單中的Text，點擊Sendto，屏幕按文本格式顯示當(dāng)前頁面上的記錄（或選定的記錄），然后通過瀏覽器中的保存功能保存所見頁面。（2）選File，點擊Sendto，直接將所有檢出的記錄（或選定的記錄）按文本格式進(jìn)行保存，最大保存記錄數(shù)為1萬條。（3）選Clipboard，點擊Sendto，將所有記錄（或選定的記錄）添加到臨時的粘貼板中。用Clipboard適用于將多個檢索式查到的文獻(xiàn)記錄集中保存到一個文件中。（4）選E-mail，點擊Sendto，將檢索結(jié)果發(fā)送到指定的電子信箱中。（5）選Order為原文訂購，此項服務(wù)不對中國國內(nèi)用戶開放。打印：（1）選Sendto中的Text，然后通過瀏覽器中的打印功能進(jìn)行打?。ㄎ谋靖袷剑?。（2）直接使用瀏覽器中的打印功能打印所見的頁面（html格式）。（3）直接選Sendto下拉菜單中的Printer進(jìn)行檢索顯示檢索結(jié)果的打印。3.相關(guān)鏈接

PubMed在詳細(xì)記錄格式（即Abstract、Citation和MEDLINE）每條記錄間建立了相關(guān)鏈接，該鏈接可鏈至相關(guān)的文獻(xiàn)記錄，可鏈至Entrez其他分子生物數(shù)據(jù)庫中的相關(guān)信息，還可鏈至文獻(xiàn)的全文。操作方法是點擊記錄右側(cè)的“RelatedArticles”獲得相關(guān)記錄；點擊