用Material Studio構(gòu)建復(fù)雜模型及轉(zhuǎn)換成poscar的2種方法

用MaterialStudio構(gòu)建復(fù)雜模型及轉(zhuǎn)換成poscar的2種方法這里我介紹''用MaterialStudio構(gòu)建稍微復(fù)雜的表面模型〃。這里介紹的是構(gòu)造一個(gè)根號(hào)3x2的pt（111）表面。用MSModeling制作slab模型結(jié)構(gòu)圖1，打開(kāi)MSmodeling,建立一個(gè)項(xiàng)目，如test；2，右擊test項(xiàng)目，在下拉菜單中選擇import,在彈出的菜單中選擇Structures/metals/pure-metals/Pt;在主菜單中的Build選擇surfaces/Cleavesurface,在彈出的菜單中處理數(shù)據(jù)⑴在surfacebox界面下a） 你所要做的表面，如［111］;也就是將cleaveplane［hkl修改成［111］；b） 修改深度，即將depth修改成你所需要的原子層數(shù)，如4；（ii） 在options界面下將Orientationstandard選項(xiàng)改成U矢量沿x軸方向，V在xy平面（iii） 在surfaceMesh的界面下修改U,V矢量。如保持U不變，將V矢量修改成0.50.5-1點(diǎn)擊cleave，產(chǎn)生一個(gè)［111］的表面模型，6，在主菜單中的Build選擇Crystals/BuildVaccumSlab7,在彈出的菜單中修改相應(yīng)的參量，比如將真空厚度修改成14angstrom,點(diǎn)擊build產(chǎn)生一個(gè)Slab模型；8,在主菜單中的Build選擇Symmetry/supercell,將單胞修改成你所需要的大小，如將A修改成2，點(diǎn)擊Createsupercell這樣產(chǎn)生了你所要的表面在該表面，你可以非常簡(jiǎn)單的看出hcp與fcc的差別，以及top，bridge位置。如果你需要產(chǎn)生vasp的poscar文件，那么你可以從ms模塊導(dǎo)出這個(gè)文件為.car文件（它是卡迪爾坐標(biāo)），簡(jiǎn)單進(jìn)行處理下就變成vasp了。比如我這里有個(gè)。car坐標(biāo)：Quote:舊IOSYMarchive3PBC=2DMaterialsStudioGeneratedCARFile!DATEThuNov1609:42:172006PBC11.5352 4.994990.0000(pAu10.000000000 2.6799171311)-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au25.7675871712.679917131-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au32.8837935862.679917131-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au48.6513807572.679917131-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au51.4418967930.182478626-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au67.2094839640.182478626-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au74.3256903790.182478626-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au810.0932775500.182478626-2.354607603XXXX1xxAu0.000Au91.4418967931.8474376290.000000000XXXX1xxAu0.000Au107.2094839641.8474376290.000000000XXXX1xxAu0.000Au114.3256903791.8474376290.000000000XXXX1xxAu0.000Au1210.0932775501.8474376290.000000000XXXX1xxAl0.000Au130.0000000004.344876134-0.000000000XXXX1xxAu0.000Au145.7675871714.3448761340.000000000XXXX1xxAu0.000

Au152.8837935864.3448761340.000000000XXXX1xxAu0.000Au168.6513807574.3448761340.000000000XXXX1xxAu0.000endend要轉(zhuǎn)換成vasp,下面貼出我的程序是:CODE：[Copytoclipboard]parameter(nsum=16,nsun=0,n=16)realx(n),y(n),z(n)reallx(3),ly(3),lz(3)reallatticecharacterpcharacter*18selectivecharacter"directlx=0.0ly=0.0lz=0.0lattice=4.64lx(1)= 11.8800/latticely(2)=6.5761/latticelz(3)=15.8554/latticeopen(1,file="Au(111)(4).car")doi=1,5read(1,*)enddodoi=1,nread(1,*)p,x(i),y(i),z(i)enddodoi=1,2read(1,*)enddoclose(1)open(2,file="POSCAR")write(2,*)"rutile.TiO2(110)”write(2,15)lattice

format(f15.8)write(2,16)lxwrite(2,16)lywrite(2,16)lzformat(3f15.8)write(2,17)nsum,nsunformat(2l5)Selective="Selectivedynamics"direct="direct"write(2,171)Selectivewrite(2,172)"direct"format(A18)format(A6)doi=1,nwrite(2,18)x(i)/lx(1)/lattice,y(i)/ly(2)/lattice,z(i)/lz(3)/latticeformat(3f15.8,"TTT")enddoclose(2)end那么產(chǎn)生的poscar文件：Quote:rutile.TiO2(110)4.640000002.56034500.00000000.00000000.000000001.41726300.00000000.00000000.000000003.4171120016 0Selectivedynamicsdirect.00000000.40752380-.14850510TTT.48548710.40752380-.14850510TTT.24274360.40752380-.14850510TTT.72823070.40752380-.14850510TTT.12137180.02774876-.14850510TTT.60685890.02774876-.14850510TTT.36411530.02774876-.14850510TTT.84960250.02774876-.14850510TTT.12137180.28093210.00000000TTT.60685890.28093210.00000000TTT

.36411530.28093210.00000000TTT.84960250.28093210.00000000TTT.00000000.66070720.00000000TTT.48548710.66070720.00000000TTT.24274360.66070720.00000000TTT.72823070.66070720.00000000TTT如果覺(jué)得有用的話，大家就拍下磚啊，讓更多的同志們能探討和學(xué)習(xí)表面構(gòu)建.支持下我的嘔心原創(chuàng)人_人！第二種構(gòu)建poscar進(jìn)階方法，可構(gòu)建高指數(shù)面，納米線管等復(fù)雜結(jié)構(gòu)在ms模塊中搭建好所需要的的結(jié)構(gòu)，然后點(diǎn)一個(gè)模塊比如castep下拉菜單中的“calcualtion”，出現(xiàn)一個(gè)菜單，在該菜單最下方出現(xiàn)三個(gè)選項(xiàng)，run，files，help，我們選擇點(diǎn)擊“files”，然后點(diǎn)擊“savefiles”。這個(gè)時(shí)候你建立的結(jié)構(gòu)就會(huì)默認(rèn)保存在項(xiàng)目下。你到項(xiàng)目下打開(kāi)你保存的文件。會(huì)看到一個(gè)*.cell文件，如果看不到，你就到工具欄下設(shè)置下顯示隱藏的文件，*.cell是隱藏的文件。打開(kāi)這個(gè)cell文件，你會(huì)看到前面是坐標(biāo)文件，比如：CODE：[Copytoclipboard]%BLOCKLATTICE_CART2.555294556406364000000.00000000000000000000-1.4753000000000012.9506000000000000.00000000000.0000000000

00000%ENDBLOCKLATTICE_CART%BLOCKPOSITIONS_FRAC00000%ENDBLOCKLATTICE_CART%BLOCKPOSITIONS_FRACTi0.3333333333333334Ti-0.3333333333333334%ENDBLOCKPOSITIONS_FRAC%BLOCKKPOINTS_LIST-0.50000000000000000.010000000000000-0.50000000000000000.010000000000000-0.50000000000000000.010000000000000-0.50000000000000000.040000000000000-0.50000000000000000.040000000000000-0.50000000000000000.6666666666666667-0.6666666666666667-0.5000000000000000-0.5000000000000000-0.50000000000000000.40000000000000000.40000000000000000.40000000000000000.25000000000000000.75000000000000010.41666666666666660.25000000000000000.08333333333333330.41666666666666660.25000000000000000.08333333333333330.040000000000000cell文件第2行到第5行的數(shù)字顯示的是晶格矢量，對(duì)應(yīng)就是poscar前面的第3行到第6行的基矢量，不過(guò)這個(gè)時(shí)候poscar的第二行的晶格常熟要設(shè)置為1,因?yàn)閏ell文件的晶格矢量包含了晶格常數(shù)進(jìn)去了。cell文件第7行空格，第8行顯示說(shuō)是坐標(biāo)了，而且是分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，呵呵，很清楚了，在pos