基因組學課件第六章解剖

第六 組解剖原核生 真核生 人 擬南 1原核組解原核生物組的物理結一般為5Mb以內(nèi)的環(huán)狀典型：大腸桿菌Escherichia

2原核組解原核生物組的物理結細菌結大腸桿菌Escherichia3原核組解原核生物組的物理結細菌結Fis,Lrp,JMolMicrobiolBiotechnol.2014;24(5-6):371-4原核組解原核生物組的物理結質(zhì)粒：通常為小分子環(huán)狀DNA，通常情況下攜帶的對細菌的生并非必須，可在細菌間轉(zhuǎn)Therootnodulesofa4-week-oldMedicagoinoculatedwith固氮菌Sinorhizobium 原核組解原核生物組的物理結古細菌archaea結構：有類組蛋白IntJMolSci.2014Sep25;15(9):17162-87. 6原核組解6.1.2原核生物組的遺傳組子operon：一組由多順反子組成的獨立的轉(zhuǎn)錄單元，含有啟動子與調(diào)控因子結合控制轉(zhuǎn)錄起始的因子序列7原 組解6.1.2原核生 組的遺傳組最 CarsonellaruddiiPachypsyllavenusta(木虱symbiont,whichconsistsofacircularchromosomeof159,662basepairs,averaging16.5%GCcontent，182openreadingframes(ORFs)NakabachiA.,etal.Science,314.2678原核組解6.1.2原核生物組的遺傳組獨立生活的生物中的最 Science.2005Aug19;309(5738):1242-

Pelagibacterubique.Oneofedmostabundantmicrobesofthemarineworld,belongstothecladeofSAR11α–proteobacteria.NamedduetotheirdiscoveryintheSargassoSeain1990.9原 組解6.1.2原核生 組的遺傳組人工合成細 真核組解 真核生物?數(shù) 組chromosomeset. 牛頭犬蟻jackjumperant(Myrmeciapilosula)Onechromosome（male,femalehasapair)

真核組解真核生物?組 AndreasBolzer,etal.,(2005)PLoSBiol3(5):e157真核組解Karyoty:核型分析,是指在顯微鏡下對細胞的大小, 真核組解真核生物 顯 （bandingpattern)，這一技術稱 顯帶chromosomepq真核組解真核生物DNA環(huán)，結構域和基質(zhì)附著 SAR:與與的DNA序列MAR:matrix真核組解出形成25-600kb長的環(huán)突.構區(qū)域拓撲酶II可與MAR結合,因此推測MAR成分與DNA有關SAR可用二碘水揚酸鋁分離MAR則用高鹽NaCl溶液分離MAR或SAR之間的距離平均為30kb,DNA環(huán)突長約25-600kb,因此并非位置是動態(tài)的,不固定的.SAR和MAR由于發(fā)現(xiàn)許多功 異染色質(zhì)位置效應和相 彼此干擾的功能因此為了提高 的表達水平,在構建表達載體時可 兩側安裝SARMAR順序,以減少 真核組解真核生物?組中富含雙堿基CpG的序列，主要在脊椎動物中發(fā)現(xiàn)300~500bp55%以上C+G，CpG雙堿基觀測值與期望值之比大于含有許多限制酶HpaII識別位點，被稱為HTF島。占人類組 達的5末端側翼序列區(qū)和的第一個外顯子區(qū)，人類75%的含大多數(shù)CpG島中雙堿基CpG均未被甲基化，而整個組中約60~80%CpG均被甲基真核組解真核生物為何會產(chǎn)生CpG島（CpG由于細胞內(nèi)胞嘧啶甲基化與脫氨基常常發(fā)生,導致時的C→A 時原來的胞嘧啶(C)位置由胸腺嘧啶(T)取代,即發(fā)生堿基代換.因此 “轉(zhuǎn)換”,即DNA時以同源DNA單鏈為模板進行,使子DNA出現(xiàn)高G/C比的轉(zhuǎn)換管家對生物的存活極其重要,啟動子區(qū)是調(diào)控的主要成分,此很少發(fā)生可遺傳的C→A的突變,保留了較平均值更高的G/C比真核組解 %,重組率隨長度的增加而減少，短臂高長臂近著絲粒低，近端部連鎖不平衡區(qū)域分布不均，強連鎖不平衡區(qū)富含E不平衡區(qū)域富NE和域 值。強連鎖不平衡區(qū)域富含housekeegene而弱連鎖不平衡區(qū)域多含免疫，感應相關 沒 序內(nèi)部多順反子之間的間隔序列比原核的RNA切，產(chǎn)生單個順反子前體A6.2真 組解 細胞 組的特線粒體和葉綠體，環(huán)狀DNA分半自主性細胞多拷大小與生物復雜性無細胞 轉(zhuǎn)移到 細胞 轉(zhuǎn)移到細胞 細胞 最終被丟失或突變,原來的細胞器 拷貝仍然保留;當細 獲得轉(zhuǎn)移肽順序后,留在細胞器中的拷貝就失去存在的意義,將發(fā)生丟失或突變成為假 禾本科線粒體rps19的進真核組解高等植物線粒體組的結構特 順序重排,是MtDNA頻繁突變的主要原因.真核組解6.2.2真核生物細胞器葉綠體組的進轉(zhuǎn)座子與分散重轉(zhuǎn)座子與分散重內(nèi)源逆轉(zhuǎn)錄(endogenousretro,長散在元件(longinterspersednuclearelement,小反向重復因子(Miniatureinvertedrepeatelement,BarbaraControlling 轉(zhuǎn)座子與分散重轉(zhuǎn)座子與分散重6.3轉(zhuǎn)座子與分散重植物組中存在許多DNA轉(zhuǎn)座玉米Ac-Ds系統(tǒng)Spm-系統(tǒng)Mu-擬南芥:Basho,Pong,MULEs,hAT等新的位置后,在原位均留下一個插入順序.絕大多數(shù)現(xiàn)存的植物和生物(如果蠅)DNA轉(zhuǎn)座子仍然保留著活性,它們是組進化的主要驅(qū)動力之一.油菜組DNA轉(zhuǎn)座子的含量為6%.6.3轉(zhuǎn)座子與分散重植物組中的逆轉(zhuǎn)座目前為止高等植物中尚未發(fā)現(xiàn)逆轉(zhuǎn)錄高等植物,包括葉和雙子葉植物組均含有I類逆轉(zhuǎn)座子(LTR類但缺少II類(由mRNA反轉(zhuǎn)逆轉(zhuǎn)座子也是高等植組擴增的主要成分,在不同作物中所占比例:水稻14玉米50%-60%;大麥70小麥90高粱6油菜辣椒6.3轉(zhuǎn)座子與分散重 6.3轉(zhuǎn)座子與分散重人類組中的分散重復序L1+Alu60%LINEandSINE轉(zhuǎn)座子與分散重6.3.3人 主要來源與PolIII 的RNA逆轉(zhuǎn)錄cDNA,如7SLRNA和tRNA )a)完整的逆轉(zhuǎn) 串聯(lián)重復序列及DNA(sa liteDNA),總長可達數(shù)百kb,單位人類組組?五種真核生物蛋白 比?人類組組人類組序列分析后的新發(fā)現(xiàn)還鑒定了2188個編碼蛋白質(zhì)的片段.色體約25%的區(qū)段重復,主要集中在中間和端部.人類組在過去的400萬年中發(fā)生了迅速的功能創(chuàng)新和結構改變 ,大多與免疫,嗅覺和生殖有關.如懷孕專一性β-1糖蛋白與人類的孕期延長有關.人類嗅覺 5)從完成順序中鑒定了因點突變而失去功能的33個假基因,但其中5個同源 人類組含有大多數(shù)已知的非編碼RNA 7SLRNA，端粒酶RNA，7SKRNA，XistRNA由小分子核