全基因組表達(dá)譜基因芯片技術(shù)服務(wù)

全基因組表達(dá)譜基因芯片技術(shù)服務(wù)康成生物為您提供全基因組表達(dá)譜芯片技術(shù)服務(wù)，您只需要提供保存完好的組織或細(xì)胞標(biāo)本，康成的芯片技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實(shí)驗(yàn)操作，并提供完整的實(shí)驗(yàn)報(bào)告。根據(jù)您的需要您可選擇不同廠家提供的全基因組表達(dá)譜芯片，包括Roche-NimbleGen和Agilent。Roche-NimbleGen全基因組表達(dá)譜芯片*無(wú)膜芯片合成技術(shù)NimbleGen表達(dá)譜芯片采用無(wú)膜芯片合成技術(shù)，使基因芯片制作從數(shù)月縮短到數(shù)小時(shí)，為客戶(hù)提供最新的芯片設(shè)計(jì)、高重復(fù)性的芯片制作和高可信度的統(tǒng)計(jì)結(jié)果。*唯一將長(zhǎng)探針與單轉(zhuǎn)錄本多探針設(shè)計(jì)相結(jié)合的表達(dá)譜芯片平臺(tái)對(duì)于基因表達(dá)分析，長(zhǎng)寡核苷酸探針（60mer）可以提供更高的信噪比、靈敏度、專(zhuān)一性和辨別能力；同時(shí)，NimbleGen的超高密度芯片（2.1M）使每個(gè)基因可通過(guò)多個(gè)獨(dú)立的探針得到結(jié)果，針對(duì)單個(gè)轉(zhuǎn)錄本的多個(gè)探針的平均信號(hào)增加了統(tǒng)計(jì)的可靠性，降低了探針表現(xiàn)不穩(wěn)定對(duì)芯片結(jié)果的影響，增加信號(hào)準(zhǔn)確性。*高密度、高通量分析、節(jié)約成本NimbleGen提供每張片子含135,000個(gè)探針的12X135K表達(dá)譜芯片，每張芯片上的單個(gè)基因設(shè)計(jì)了3-5個(gè)探針，提高了芯片檢測(cè)的準(zhǔn)確性，平均數(shù)據(jù)有更可靠的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。*至今，在國(guó)際頂級(jí)期刊上，已有很多利用NimbleGen表達(dá)譜芯片技術(shù)發(fā)表的高質(zhì)量文章。InducedPluripotentStemCellLinesDerivedfromHumanSomaticCells.ScienceConstraintandturnoverinsex-biasedgeneexpressioninthegenusDrosophilaNatureFunctionaldemarcationofactiveandsilentchromatindomainsinhumanHOXlocibynoncodingRNAsCell更多文獻(xiàn)請(qǐng)參考NimbleGen公司網(wǎng)站：/products/pubs/publist.xml芯片名稱(chēng)CAT.No.種屬格式基因數(shù)Probe/targetDatabasesourceHomosapiensArrayA6484-00-01人12X135K440493NCBIHG18,Build36Musmusculusv2ArrayA6485-00-02小鼠12X135K441703NCBIMM9RattusnorvegicusArrayA6486-00-01大鼠12X135K264195EnsemblRGSC3.4Roche-NimbleGen還提供擬南芥、線(xiàn)蟲(chóng)、果蠅、釀酒酵母及原核生物等多類(lèi)物種的表達(dá)譜芯片。其中原核生物芯片種類(lèi)最為廣泛，有三百余種供選擇。Agilent全基因組表達(dá)譜芯片Agilent公司的原位噴墨專(zhuān)利技術(shù)（SurePrint）可以靈活地、大規(guī)模地原位合成60mer的寡核苷酸探針，每個(gè)探針的設(shè)計(jì)都要經(jīng)過(guò)反復(fù)試驗(yàn)篩選優(yōu)化。2006年美國(guó)FDA發(fā)表的現(xiàn)主流芯片平臺(tái)評(píng)估報(bào)告MAQC中，Agilentarray的結(jié)果與Taqmanarray結(jié)果的重復(fù)性最高，在國(guó)際論文期刊上，也有很多利用Agilentarray平臺(tái)發(fā)表的高質(zhì)量文章。AgilentDesignIDArrayformatGenescoverageDatabasesourceWholeGoldenpath,Ensembl,Unigene,human148504x44K~41,000HumanGenome(Build33),genomeRefseq,GebBankwholeUSCmRNAknowngenes,Natl.mouse148684x44K~41,000InstituteonAging,Genbank,genomeUnigene,Refseq,Ensembl,RIKENwholeEnsembl,UCSCGoldenpath,rat148794x44K~41,000Unigene,Refseq,Genbankgenome康成生物提供的全基因組表達(dá)譜芯片主要實(shí)驗(yàn)流程樣品RNA抽提實(shí)驗(yàn)對(duì)象為組織樣品，取適量（50-100mg）新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，使用BioPulverizerTM冰凍粉碎組織，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（Invitrogen），使用Mini-Bead-Beater-16勻漿后抽提RNA。實(shí)驗(yàn)對(duì)象為細(xì)胞樣品，每份樣品取1X106?1X107細(xì)胞，加1ml的RNA抽提試劑TRIzol（樣品為貼壁細(xì)胞，每10cm2培養(yǎng)皿TRIzol使用量為1ml），裂解后抽提RNA。RNA質(zhì)量檢測(cè)使用Nanodrop測(cè)定RNA在分光光度計(jì)260nm、280nm和230nm的吸收值，以計(jì)算濃度并評(píng)估純度。用甲醛電泳試劑進(jìn)行變性瓊脂糖凝膠電泳，檢測(cè)RNA純度及完整性。提供RNAQC報(bào)告。注意：用于芯片檢測(cè)的RNA樣品，必須是高質(zhì)量的，完整的，沒(méi)有RNase污染（降解的樣品不能用于標(biāo)記和芯片檢測(cè)），沒(méi)有基因組污染。cDNA/aRNA樣品合成和標(biāo)記標(biāo)記效率質(zhì)量檢測(cè)使用Nanodrop檢測(cè)熒光標(biāo)記效率，標(biāo)記效率合格以保證后續(xù)芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。芯片雜交在標(biāo)準(zhǔn)條件下將標(biāo)記好的探針和高密度基因組芯片進(jìn)行雜交。圖像采集和數(shù)據(jù)分析使用GenePix4000B芯片掃描儀掃描芯片的熒光強(qiáng)度，并將實(shí)驗(yàn)結(jié)果轉(zhuǎn)換成數(shù)字型數(shù)據(jù)保存，使用配套軟件對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析運(yùn)算。提供實(shí)驗(yàn)報(bào)告包括詳細(xì)的實(shí)驗(yàn)方法以及芯片實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和圖表，以雙色標(biāo)記實(shí)驗(yàn)為例：ScanningImage:Cy3、Cy5熒光掃描圖像；ScatterPlot:散點(diǎn)圖，X軸為Control(Cy3)數(shù)據(jù)值，Y軸為Exp(Cy5)數(shù)據(jù)值，表示芯片上兩通道數(shù)據(jù)總體分布集中趨勢(shì)；MA-plot:MA圖，X軸為A值[log(Exp)+log(Control)]/2，代表點(diǎn)的整體信號(hào)強(qiáng)度，Y軸為M值log(Exp)-log2(Control)表示點(diǎn)的兩通道信號(hào)差，可由MA圖觀察芯片數(shù)據(jù)是否存在強(qiáng)度依賴(lài)的系統(tǒng)偏移以及信號(hào)差異點(diǎn)的比例；RawData:探針的掃描熒光信號(hào)強(qiáng)度原始數(shù)據(jù)；NormalizedRatio:原始數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)統(tǒng)計(jì)學(xué)方法標(biāo)準(zhǔn)化后的比值的對(duì)數(shù)，log(E