分子生物學(xué)格式人和小鼠shrna文庫

1、shRNA 文庫：RNA 干擾研究者的Nature 428, 427 - 431 (25 March 2004);:10.1038/nature02370A resource for large-scaleRNA-erference-based screensammalsPATRICK J. PADDISON1,*, JOSE M. SILVA1,*, DOUGLAS S. CONKLIN1,*,MIKE SCHLABACH2, MAMIE LI2, SHOLA ARUA1, VIVEKANAND BALIJA1,ANDY OSHAUGHNESSY1, LIDIA GNOJ1, KIM SCO

2、BIE1, KENNETH CHANG1,THOMAS WESTBROOK2, MICHELE CLEARY3, RAVI SACHIDANANDAM1,BIE1, STEPHEN J. ELLEDGE2, & GREGORY J. HANNON1W. RICHARD1 Cold Spring Harbor Laboratory, Watson School of Biological ScienHarbor, New York 11724, USA, 1 Bungtown Road, Cold Spring2 Department of Biochemistry, Howard Hughes

3、 Medical Institute, Baylor College of Medicine, One BaylorPlaza, Houston, Texas 77030, USA3 Rosetta Inpharmatics, 12040 115venue NE, Kirkland, Washington 98034, USA* These authors contributed equally to this work Present addresses: Department of Biomedical Scien, Center for Functional Genomics, Univ

4、ersity ataer, New York 12144-2345, USA (D.S.C.);Albany, East Cus, B342A, One University Place, RenDepartment of Genetics, Harvard Partners Center fenetics and Genomics, Harvard Medical SchoolRoom 158D, NRB, 77 Avenue Louis Pasteur,S.J.E.)ton, Massachusetts 02115, USA (M.S., T.W. andCorrespondence an

5、d requests for materials should be addressed to G.J.H. (hannoncshl.().) or S.J.E.Gene silencing by RNAerference (RNAi)ammalian cells using irpin RNAs (shRNAs) hassmallerfering RNAs (siRNAs) and shore a valuable genetic tool. Here, we report the construction andapplica

6、tion of a shRNA expreslibrarying 9,610 human and5,563 mouse genes. This library is presently comed of about 28,000sequence-verified shRNA exprescassettes contained withinmulti-functional vectors, which permit shRNA cassettes to be packagedin retroes, trackedixed cell populations by means of DNA barc

7、odes, and shuttled to customized vectors by bacterial mating. In orderto validate the library, we used a genetic screen designed to reportdefects in human proteasome function. Our resultggestt ourlarge-scale RNAi library can be used in specific, genetic applications inmammals, and will discovery.e a

8、 valuable resource feneysis and2004 年 3 月 30 日，Open Biosystems 公司正式宣布 ExpresMouse Short Hairpin RNA (shRNA) Libraries 對外發(fā)售。該 Expres Arrest Human &Arrest shRNALibraries 構(gòu)建者們設(shè)計(jì)、并克隆了上千個小分子發(fā)夾 RNA，研究者只需在網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫中選擇特定的 shRNA 克隆就可在近期內(nèi)得到用于RNAi 用的shRNA。-世界著名分子生物學(xué)冷泉港實(shí)并克隆獲驗(yàn)室（CSHL）的 Dr. Hannon 設(shè)計(jì)、得了大量的shRNA 克隆，shR

9、NA 可以在常規(guī)的 DNA載體上表達(dá)。ExpresArrest shRNA 克隆可以通過轉(zhuǎn)染方法進(jìn)入細(xì)胞，或者也可以通過介導(dǎo)（腺或逆轉(zhuǎn)錄）進(jìn)入細(xì)胞。體外穩(wěn)定轉(zhuǎn)染可以構(gòu)建持續(xù)的細(xì)胞系，持久抑制目標(biāo)表達(dá)。 全球的研究或商業(yè)性的目前正在大范圍的使用RNAi 技術(shù)評價的功能，而ExpresArrest功能研shRNA 文庫的產(chǎn)生促進(jìn)了人和小鼠的究，具有非常重要的科研和應(yīng)用價值。ExpresArrest shRNA 文庫由Open Biosystems 公司上市，目前人和小鼠的文庫主要是一些非常有應(yīng)用前總共包括 6,500 個，每個包括 1-4 個shRNA 克隆。這些景的，其蛋白質(zhì)成分有可能在將來的疾

10、病治療領(lǐng)域發(fā)揮作用。該文庫正在發(fā)展壯大，OpenBiosystems 寄希望將來的文庫能包括目前所有證實(shí)的人和小鼠shRNA 克隆。包括 6-10 個，且每個ExpresArrest shRNA 文庫的出現(xiàn)是大規(guī)模 RNAi 篩選技術(shù)的突破，科研工作者可以通過非常簡單的方式直接從該文庫中找到針對某特定的 shRNA，無需耗時耗力的 siRNA 設(shè)計(jì)、和驗(yàn)證過程。Benefits of shRNA vs. siRNA使用代價持久性 宿主類型設(shè)計(jì)獲取siRNA高shRNA相對較低最多 2 周細(xì)胞系復(fù)雜的設(shè)計(jì)方法需要可選擇獲得穩(wěn)定整合的細(xì)胞原代細(xì)胞，胚胎干細(xì)胞、細(xì)胞系Completed Comple

11、ted應(yīng)用瞬時轉(zhuǎn)染瞬時轉(zhuǎn)染、穩(wěn)定轉(zhuǎn)染、侵染W(wǎng)estern 雜交、表型分析Western 雜交、表型分析、RT-PCR、檢測檢測方法RT-PCR、細(xì)胞培養(yǎng)檢測研究領(lǐng)域細(xì)胞培養(yǎng)&體外研究ExpresArrest Human shRNA Library冷泉港（CSHL）的 Dr. Hannon 構(gòu)建的人的shRNA 文庫由大量針對驗(yàn)證的目標(biāo)設(shè)計(jì)的shRNA 克隆組成。human shRNA 1.1 版本的文庫包括8,500 shRNA 克隆，涉及5,700人類。該文庫可以快速、高效地對哺乳動物細(xì)胞進(jìn)行功能缺失的遺傳篩選和遺傳相互作用的檢測。冷泉港煩惱，針對目標(biāo)表達(dá)水平，每個（CSHL）提供的人的 s

12、hRNA 文庫的出現(xiàn)可以免去客戶設(shè)計(jì)和siRNA 的的每個小分子shRNA 均被克隆和驗(yàn)證。為了確保最有效的調(diào)控的都設(shè)計(jì)了多個 shRNA 克隆，每個 shRNA 序列都分別與目標(biāo)的特異序列相對應(yīng)。當(dāng)您訂購對某一個下單時，該所有的shRNA 克隆都會一起提供給您。載體元件意義pSM1 VectorU6 啟動子產(chǎn)生的RNA 的3端有4 個突出的U逆轉(zhuǎn)錄信 與包裝蛋白的成分形號序列成復(fù)合物哺乳動物細(xì)胞PKG-Puro哺乳動物細(xì)胞中轉(zhuǎn)染穩(wěn)定性的選擇氯霉素細(xì)菌篩選標(biāo)記同源重組位點(diǎn) 通 過同 源重 組將 shRNA 表達(dá)框轉(zhuǎn)入載體ExpresArrest Mouse shRNA Library（CSHL

13、）的 Dr. Greg Hannon 構(gòu)建了針對小鼠特異目標(biāo)的shRNA冷泉港文庫。1.1 版本的文庫包括 3,500 shRNA 克隆，覆蓋 850 小鼠。該文庫可以快速、高效地對哺乳動物細(xì)胞進(jìn)行功能缺失的遺傳篩選和遺傳相互作用的檢測。冷泉港的煩惱，針對目標(biāo)的表達(dá)水平，每個（CSHL）提供的小鼠的 shRNA 文庫的出現(xiàn)可以免去客戶設(shè)計(jì)和siRNA的每個小分子shRNA 均被克隆和驗(yàn)證。為了確保最有效的調(diào)控都設(shè)計(jì)了多個 shRNA 克隆，每個 shRNA 序列都分別與目標(biāo)的特異序列相對應(yīng)。當(dāng)您訂購對某一個下單時，該所有的 shRNA 克隆都會一起發(fā)給您。Zebrafish Morpholin

14、o Library（斑馬魚） 文庫ExpresArrest Zebrafish Morpholino 文庫由美國著名的 Gene Tools, LLC 公司開發(fā)， OpenBiosystems 是該公司的獨(dú)家。通過該模式生物可以為科研工作者提供了解譯功能的途徑。嗎啉寡聚核苷酸（Morpholino oligonucleotides，MF）嗎啉寡聚核苷酸（MF）是非離子型 DNA 類似物，其中 的核糖被嗎啉 所代替，磷 酸二酯鍵 被 phosphoroamidate 所代替，可從 Gene Tools LLC 公司（Corvallis，OR，USA）購得。最近，已經(jīng)有綜述介紹載體元件意義pSM1

15、 VectorU6 啟動子產(chǎn)生的RNA 的3端有 4 個突出的U逆轉(zhuǎn)錄信 與包裝蛋白的成分形號序列成復(fù)合物哺乳動物細(xì)胞PKG-Puro哺乳動物細(xì)胞中轉(zhuǎn)染穩(wěn)定性的選擇氯霉素細(xì)菌篩選標(biāo)記同源重組位點(diǎn) 通 過同源重 組將 shRNA 表達(dá)框轉(zhuǎn)入載體了它在應(yīng)用上的成功和局限性，尤其聚焦于發(fā)育生物學(xué)上的應(yīng)用，因?yàn)榇蠖鄶?shù)合物的文章是用斑馬魚胚胎進(jìn)行研究的。Genesis 雜志的整個一期（volume30，i的關(guān)于嗎啉復(fù)e3，2001）都是關(guān)于利用這項(xiàng)技術(shù)進(jìn)行的功能研究。用 MF 對斑馬魚胚胎中廣泛表達(dá)的GFP（轉(zhuǎn)產(chǎn)物）在所有的細(xì)胞中進(jìn)行了敲除。在這項(xiàng)研究中建立了等量的已知突變和人類疾病模型，利用 MF 確

16、定了一些新的功能。有說MF 可以糾正突變的 b 球蛋白前體 mRNA 的錯誤剪接，具有潛在的治療意義。用與錯誤剪接位點(diǎn)互補(bǔ)的寡聚核苷酸處理地中海貧血外周血中的紅細(xì)胞祖先，可以糾正錯誤剪接，提高血色素A 的。Catalog Number: PZF1245 - Individual Zebrafish MorpholinoZebrafish Morpholino 文庫包括上千個寡核苷酸序列，每個寡核苷酸序列都是針對目標(biāo)序列的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)而設(shè)計(jì)的，可以快速誘導(dǎo)表達(dá)水平的下調(diào)。Morpholinos 寡核苷酸特異性非常高并且具有核酸酶抗性，因此其可以長效地、特異性誘導(dǎo)目標(biāo)的表達(dá)下調(diào)。Morpholino 一般與目標(biāo)起始位點(diǎn)的序列互補(bǔ)（大概互補(bǔ)區(qū)間長度在25-50 個堿基左右），。時，每個 morpholino 的量是 50 nM（凍每個寡核苷酸都通過質(zhì)譜檢測驗(yàn)證，無菌包裝干粉）。特異性與目標(biāo)高核酸酶抗性的起始位點(diǎn)互補(bǔ)可單獨(dú)，也可以 96-well 板形式到貨周期短RNAi 文庫果蠅Catalog Number:RDM1189 - Drosophila RNAi Collection RDM1190 - Individual RNAi Co