基因組數(shù)據(jù)庫(kù)

生物學(xué)術(shù)語(yǔ)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)01簡(jiǎn)介線蟲數(shù)據(jù)庫(kù)TDB數(shù)據(jù)庫(kù)GDB數(shù)據(jù)庫(kù)酵母數(shù)據(jù)庫(kù)核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)目錄0305020406基本信息基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(GDB)為人類基因組計(jì)劃(HGP)保存和處理基因組圖譜數(shù)據(jù)。GDB的目標(biāo)是構(gòu)建關(guān)于人類基因組的百科全書，除了構(gòu)建基因組圖譜之外，還開發(fā)了描述序列水平的基因組內(nèi)容的方法，包括序列變異和其它對(duì)功能和表型的描述。簡(jiǎn)介簡(jiǎn)介基因組數(shù)據(jù)庫(kù)是分子生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)的重要組成部分?；蚪M數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容豐富、名目繁多、格式不一，分布在世界各地的信息中心、測(cè)序中心、以及和醫(yī)學(xué)、生物學(xué)、農(nóng)業(yè)等有關(guān)的研究機(jī)構(gòu)和大學(xué)?；蚪M數(shù)據(jù)庫(kù)的主體是模式生物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，其中最主要的是由世界各國(guó)的人類基因組研究中心、測(cè)序中心構(gòu)建的各種人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。小鼠、河豚魚、擬南芥、水稻、線蟲、果蠅、酵母、大腸桿菌等各種模式生物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)或基因組信息資源都可以在網(wǎng)上找到。隨著資源基因組計(jì)劃的普遍實(shí)施，幾十種動(dòng)物、植物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)也紛紛上網(wǎng)，如英國(guó)Roslin研究所的ArkDB包括了豬、牛、綿羊、山羊、馬等家畜以及鹿、狗、雞等基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，美國(guó)、英國(guó)、日本等國(guó)的基因組中心的斑馬魚、羅非魚(Tilapia)、青鳉魚(Medaka)、鮭魚(Salmon)等魚類基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。英國(guó)谷物網(wǎng)絡(luò)組織(CropNet)建有玉米、大麥、高粱、菜豆農(nóng)作物以及苜蓿(Alfalfa)、牧草(Forage)、玫瑰等基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。除了模式生物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)外，基因組信息資源還包括染色體、基因突變、遺傳疾病、分類學(xué)、比較基因組、基因調(diào)控和表達(dá)、放射雜交、基因圖譜等各種數(shù)據(jù)庫(kù)。GDB數(shù)據(jù)庫(kù)GDB數(shù)據(jù)庫(kù)由美國(guó)JohnsHopkins大學(xué)于1990年建立的GDB是重要的人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，由加拿大兒童醫(yī)院生物信息中心負(fù)責(zé)管理。GDB數(shù)據(jù)庫(kù)用表格方式給出基因組結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，包括基因單位、PCR位點(diǎn)、細(xì)胞遺傳標(biāo)記、EST、疊連群(Contig)、重復(fù)片段等；并可顯示基因組圖譜，其中包括細(xì)胞遺傳圖、連鎖圖、放射雜交圖、疊連群圖、轉(zhuǎn)錄圖等；并給出等位基因等基因多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(kù)。此外，GDB數(shù)據(jù)庫(kù)還包括了與核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)GenBank和EMBL、遺傳疾病數(shù)據(jù)庫(kù)OMIM、文獻(xiàn)摘要數(shù)據(jù)庫(kù)MedLine等其它網(wǎng)絡(luò)信息資源的超文本鏈接。GDB數(shù)據(jù)庫(kù)是用大型商業(yè)軟件Sybase數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)開發(fā)的，并用Java語(yǔ)言編寫基因圖譜顯示程序，為用戶提供了很好的界面，缺點(diǎn)是傳輸速度受到一定限制。GDB數(shù)據(jù)庫(kù)是國(guó)際合作的成果，其宗旨是為從事基因組研究的生物學(xué)家和醫(yī)護(hù)人員提供人類基因組信息資源。其數(shù)據(jù)來(lái)自于世界各國(guó)基因組研究的成果，經(jīng)過(guò)注冊(cè)的用戶可以直接向GDB數(shù)據(jù)庫(kù)中添加和編輯數(shù)據(jù)。線蟲數(shù)據(jù)庫(kù)線蟲數(shù)據(jù)庫(kù)AceDB是線蟲(Caenorhabditiselegans)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。需要說(shuō)明的是，AceDB既是一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，又是一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)。AceDB基于面向?qū)ο蟮某绦蛟O(shè)計(jì)技術(shù)，是一個(gè)相當(dāng)靈活和通用的數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)，可用于其它基因組計(jì)劃的數(shù)據(jù)分析。AceDB最初是基于Unix操作系統(tǒng)的X窗口系統(tǒng)，適用于本地計(jì)算機(jī)系統(tǒng)。AceDB提供很好的圖形界面，用戶能夠從大到整個(gè)基因組小到序列的各個(gè)層次觀察和分析基因組數(shù)據(jù)。新開發(fā)的WebAce和AceBrowser則是基于網(wǎng)絡(luò)瀏覽器。Sanger中心已經(jīng)將其用于線蟲和人類基因組數(shù)據(jù)庫(kù)的瀏覽和搜索。庫(kù)內(nèi)的資源包括限制性圖譜，基因結(jié)構(gòu)信息，質(zhì)粒圖譜，序列數(shù)據(jù)，參考文獻(xiàn)等等。酵母數(shù)據(jù)庫(kù)酵母數(shù)據(jù)庫(kù)酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)SGD（Cherryetal.,1998）是已經(jīng)完成基因組全序列測(cè)定的啤酒酵母基因組數(shù)據(jù)庫(kù)資源，包括啤酒酵母的分子生物學(xué)及遺傳學(xué)等大量信息。通過(guò)因特網(wǎng)可以訪問(wèn)該數(shù)據(jù)庫(kù)的全基因組信息資源，包括基因及其產(chǎn)物，一些突變體的表型，以及各種有關(guān)的注釋信息。酵母基因組是于1998年完成基因組全序列測(cè)定的第一個(gè)真核生物基因組，其重要性不言而喻。SGD將各種功能集成在一起，生物學(xué)家可通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行序列的同源性搜索，對(duì)基因序列進(jìn)行分析，注冊(cè)酵母基因名稱，查看基因組的各類圖譜，顯示蛋白質(zhì)分子的三維結(jié)構(gòu)，設(shè)計(jì)能夠有效克隆酵母基因的引物序列等。該數(shù)據(jù)庫(kù)通過(guò)方便實(shí)用、形象生動(dòng)的圖形界面為用戶提供酵母基因組的物理圖譜、遺傳圖譜和序列特性圖譜等信息。TDB數(shù)據(jù)庫(kù)TDB數(shù)據(jù)庫(kù)美國(guó)基因組研究所TIGR的TDB數(shù)據(jù)庫(kù)包括DNA及蛋白質(zhì)序列、基因表達(dá)、細(xì)胞功能以及蛋白質(zhì)家族信息等，并收錄有人、植物、微生物等的分類信息，是一套大型綜合數(shù)據(jù)庫(kù)。此外，該數(shù)據(jù)庫(kù)還包括一個(gè)模式生物基因組信息庫(kù)，收錄了TIGR世界各地微生物基因組信息，包括致Lyme病螺旋體（B.Burgdorferi）、流感嗜血菌（H.Influenzae）、幽門螺桿菌（H.Pylori）和生殖道支原體（M.genitalium）等，以及寄生蟲數(shù)據(jù)庫(kù)(iparum)，人、鼠、水稻、擬南芥（A.Thaliana）等基因組信息資源，其中有些數(shù)據(jù)可以由TIGR的FTP站點(diǎn)下載。核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)GenBank核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)涵蓋了從完整基因組到單個(gè)基因等序列數(shù)據(jù)及部分注釋信息，稱一次數(shù)據(jù)庫(kù)。此外，還有些更有針對(duì)性的基因組資源，或稱專用數(shù)據(jù)庫(kù)。這些專用數(shù)據(jù)庫(kù)既包括了上述一次數(shù)據(jù)庫(kù)的部分?jǐn)?shù)據(jù)，也包括從其它數(shù)據(jù)庫(kù)資源獲得的信息或交叉鏈接。這種專門數(shù)據(jù)庫(kù)主要分為兩大類，一類是模式生物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)，另一類則與特殊的測(cè)序技術(shù)有關(guān)。這類數(shù)據(jù)庫(kù)盡管也包含序列數(shù)據(jù)，但它們的特色主要是為某一特定的模式生物提供一個(gè)完整的數(shù)據(jù)資源，如酵母（Saccharomycescerevisiae）、線蟲（Caenorhabditiselegans）、果蠅（Drosop