病毒學(xué)第三章 病毒的分類與命名

本章重點(diǎn)1.病毒分類機(jī)構(gòu)2.病毒分類原則3.病毒的分類系統(tǒng)本文檔共58頁；當(dāng)前第1頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分1961年以前，這個(gè)時(shí)期是各自研究領(lǐng)域的科學(xué)家提出或建立一些分類系統(tǒng)，進(jìn)展緩慢，缺乏國際間的協(xié)作。1962-1966年，建立了國際病毒學(xué)命名委員會(huì)（InternationalCommitteeonNomenclatureofViruses,ICNV）1966-1970年，Wildy任國際病毒學(xué)命名委員會(huì)主席期間，組織國際間協(xié)作，發(fā)表了ICNV的第一次報(bào)告。1971-現(xiàn)在，病毒分類與命名的工作得到了鞏固和發(fā)展，國際病毒學(xué)命名委員會(huì)更名為國際病毒學(xué)分類委員會(huì)（InternationalCommitteeonTaxonomyofViruses,ICTV）第一節(jié)病毒分類與命名的沿革本文檔共58頁；當(dāng)前第2頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分一、1961年以前

各研究領(lǐng)域獨(dú)立進(jìn)行病毒分類與命名（一）植物病毒分類

Johnson和Hoggan（1935）：1、病毒的傳播方式及昆蟲介體

2、自然的寄主范圍及鑒別寄主

3、在活體外的存活期

4、致死溫度

5、癥狀特點(diǎn)本文檔共58頁；當(dāng)前第3頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分（二）動(dòng)物病毒分類法本文檔共58頁；當(dāng)前第4頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分本文檔共58頁；當(dāng)前第5頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分本文檔共58頁；當(dāng)前第6頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分本文檔共58頁；當(dāng)前第7頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分二、1962-1966年

1966年在莫斯科舉行的第九屆國際微生物學(xué)代表會(huì)議上，成立國際病毒命名委員會(huì)（InternationalCommitteeonNomenclatureofViruses;ICNV）。下設(shè)4個(gè)小組委員會(huì)：動(dòng)物病毒小組委員會(huì)植物病毒小組委員會(huì)無脊椎動(dòng)物病毒小組委員會(huì)噬菌體小組委員會(huì)本文檔共58頁；當(dāng)前第8頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分

1963年國際微生物命名委員會(huì)病毒分會(huì)根據(jù)安德魯斯(Andrewes)提出的分類建議提出了新的8項(xiàng)分類原則：

①核酸的類型、結(jié)構(gòu)和分子量；

②病毒粒子的形狀和大??；

③病毒粒子的結(jié)構(gòu)；

④病毒粒子對乙醚、氯仿等脂溶劑的敏感性；

⑤血清學(xué)性質(zhì)和抗原關(guān)系；

⑥病毒在細(xì)胞培養(yǎng)上的繁殖特性；

⑦對除脂溶劑以外的理化因子的敏感性；

⑧流行病學(xué)的特征。

本文檔共58頁；當(dāng)前第9頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分三、1966-1970年

1970年8月，在第十屆國際微生物學(xué)代表大會(huì)上，報(bào)告了國際病毒命名委員會(huì)的第一次報(bào)告。將當(dāng)時(shí)了解得比較清楚的500多種病毒分為RNA和DNA病毒兩大類，描述并劃定了43個(gè)屬及其成員。其中動(dòng)物病毒22個(gè)屬，還確定了兩個(gè)科，乳多空病毒科和細(xì)小病毒科；植物病毒15個(gè)組群；細(xì)菌病毒分成6個(gè)組群。本文檔共58頁；當(dāng)前第10頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分四、1971-現(xiàn)在1973年5月，在倫敦召開的ICNV執(zhí)行委員會(huì)上，國際病毒命名委員會(huì)改為國際病毒分類委員會(huì)（InternationalCommitteeonTaxonomyofViruses,ICTV）。1995年國際病毒分類委員會(huì)第六次報(bào)告中，植物病毒不再采用組、亞組，而統(tǒng)一采用科、屬、種的分類系統(tǒng)。同時(shí)將病毒分為3大類：DNA病毒、DNA及RNA反轉(zhuǎn)錄病毒、RNA病毒。本文檔共58頁；當(dāng)前第11頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分2005年，國際病毒分類委員會(huì)發(fā)布了第八次病毒分類報(bào)告。在這個(gè)長達(dá)1259頁的報(bào)告中，將目前ICTV所承認(rèn)的5450多個(gè)病毒歸屬為3個(gè)目、73個(gè)科、11個(gè)亞科、289個(gè)屬、1950多個(gè)種。在亞病毒感染因子下設(shè)類病毒、衛(wèi)星體和朊毒，其中類病毒有2個(gè)科、7個(gè)屬；衛(wèi)星病毒有2個(gè)亞組，衛(wèi)星核酸有3個(gè)亞組；朊毒分為哺乳動(dòng)物朊毒和真菌朊毒。本文檔共58頁；當(dāng)前第12頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分

第八次報(bào)告的特點(diǎn):1、進(jìn)一步明確了“種”作為病毒分類系統(tǒng)中的最小分類階元，在每一個(gè)確定種下面列出了至少一個(gè)、至多幾十個(gè)不同的分離物以及它們在GenBank上的登錄號(hào)。2、增加了許多反映病毒基因序列同源性關(guān)系的系統(tǒng)樹圖。3、將原子分辨率的粒子三維結(jié)構(gòu)插入到相應(yīng)的科或?qū)僦?，使讀者對病毒粒子空間結(jié)構(gòu)有更詳細(xì)的了解。本文檔共58頁；當(dāng)前第13頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分

有關(guān)病毒分類的論文及信息在ICTV的官方期刊“Archives[a:kaivz]

ofVirology”發(fā)表，1990年前“Intervirology”是其官方期刊。

本文檔共58頁；當(dāng)前第14頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分第二節(jié)病毒的命名（一）一般規(guī)則（1）病毒分類和命名應(yīng)該是國際性的，并且普遍適用于所有的病毒。

（2）國際病毒分類系統(tǒng)采用目（order）、科(family)、亞科(subfamily)、屬(genus)、種(species)、分類階元。

（3）ICTV不負(fù)責(zé)病毒種以下的分類和命名，病毒種以下的血清型、基因型、毒力株、變異株和分離株的名稱由公認(rèn)的國際專家小組確定。本文檔共58頁；當(dāng)前第15頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分

（4）人工產(chǎn)生的病毒和實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的雜種病毒在病毒分類上不予考慮，其分類由公認(rèn)的國際專家小組負(fù)責(zé)。

（5）只有在病毒代表種的特性得到了充分了解和在公開出版物上進(jìn)行過描述，才能確定建立一個(gè)分類階元，以便與其他類似的分類階元相區(qū)別。

（6）當(dāng)病毒有明確的科、而分屬未確定時(shí)，這一病毒種在分類學(xué)上稱為該科的未確定種（unassignedspecies）。

（7）與規(guī)則2各分類階元相關(guān)聯(lián)，并得到ICTV批準(zhǔn)的名稱是唯一可以接受的。本文檔共58頁；當(dāng)前第16頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分（二）關(guān)于分類單元的命名規(guī)定在分類單元和病毒的命名中不遵循優(yōu)先律。在提出新的分類單元時(shí)不使用人名。在提出新名稱時(shí)，不使用下標(biāo)、上標(biāo)、連字符、斜線和希臘字母。新名稱不應(yīng)與已通過的名稱重復(fù)。病毒名稱由ICTV認(rèn)定，其命名與細(xì)菌不同，不再采用拉丁文雙名法，而是采用英文或英語化的拉丁文，只用單名。目、科、亞科、屬分別用拉丁文后綴“-virales”、“-viridae”、“-virinae”和“-virus”，并采用斜體。本文檔共58頁；當(dāng)前第17頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分（三）關(guān)于種的規(guī)定一個(gè)病毒種應(yīng)是一類具有多種共同特征的病毒，并組成一個(gè)正在復(fù)制的世代譜系，且在生態(tài)位中占有特定的位置。1、病毒種應(yīng)當(dāng)是群體，是類別。2、病毒種所共有的特征不是一種而是多種。3、病毒種是演化譜系中某時(shí)期的一分子。4、病毒種應(yīng)當(dāng)占據(jù)某特定生態(tài)位。本文檔共58頁；當(dāng)前第18頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分一新種不能確定，或不能將這一新種確定到已設(shè)立的屬中時(shí)，新種將作為暫定種。種名必須賦予種恰如其分的鑒別特征。本文檔共58頁；當(dāng)前第19頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分（四）關(guān)于屬的規(guī)則屬是具有某些共同特征的種。屬名應(yīng)是一個(gè)以“---virus”結(jié)尾的單詞。Lyssavirus（狂犬病毒屬）T4likeviruses（T4樣病毒屬）通過一個(gè)新屬名的同時(shí)，必須承認(rèn)一個(gè)代表種。本文檔共58頁；當(dāng)前第20頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分鑒定一個(gè)種的歸屬時(shí)，有用的特征基因組序列相關(guān)性天然寄主范圍細(xì)胞和組織的趨向性致病性和細(xì)胞病理學(xué)傳播方法病毒蛋白的抗原性本文檔共58頁；當(dāng)前第21頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分（五）關(guān)于亞科的規(guī)則亞科是一群具有某些共同特征的屬，這一分類單元只在需要解決復(fù)雜等級(jí)結(jié)構(gòu)問題時(shí)才使用亞科。亞科名應(yīng)是一個(gè)以“---virinae”結(jié)尾的單詞。Parvovirinae（細(xì)小病毒亞科）本文檔共58頁；當(dāng)前第22頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分（六）關(guān)于科的規(guī)則科是一群具有某些共同特征的屬（不管這些屬是否組成了亞科）科名應(yīng)是一個(gè)以“---viridae”結(jié)尾的單詞。Parvoviridae（細(xì)小病毒科）本文檔共58頁；當(dāng)前第23頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分區(qū)分屬或科毒粒形態(tài)基因組結(jié)構(gòu)復(fù)制方法結(jié)構(gòu)蛋白和非結(jié)構(gòu)蛋白的數(shù)目和大小本文檔共58頁；當(dāng)前第24頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分（七）關(guān)于目的規(guī)則目是一群具有某些共同特征的科。ICTV對病毒目的建立持謹(jǐn)慎態(tài)度，僅限于已有足夠的證據(jù)說明其系統(tǒng)演化的相關(guān)性的病毒科。目名應(yīng)是一個(gè)以“---virales”結(jié)尾的單詞。有尾噬菌體目（Caudovirales）單分子負(fù)鏈RNA病毒目（Mononegavirales）成套病毒目（Nidovirales）本文檔共58頁；當(dāng)前第25頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分（八）關(guān)于亞病毒因子的規(guī)則

類病毒有關(guān)病毒的分類規(guī)則，適用于類病毒的分類。類病毒的分類單元的規(guī)范詞尾是：種“viroid”、屬“viroid”、亞科“viroinae”、科“viroidae”。其他亞病毒因子衛(wèi)星體和朊病毒不按病毒分類，采用任意分類（arbitraryclassification）

，這種任意分類對專門領(lǐng)域的研究工作者似乎是有用的。本文檔共58頁；當(dāng)前第26頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分（九）關(guān)于書寫的規(guī)則在規(guī)范的分類學(xué)慣例，病毒目、科、亞科、屬的認(rèn)可名稱，均用斜體印刷，名稱的第一個(gè)字母需大寫。Adenoviridae(腺病毒科)種的名稱用斜體印刷，第一個(gè)詞的首字母需大寫，除專有名詞或?qū)Ｓ忻~的一部分之外，其他詞首字母一律不大寫。Humanimmunodeficiencyvirus1(人免疫缺陷病毒1型)本文檔共58頁；當(dāng)前第27頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分規(guī)范的慣例，各分類單元正式的描述是

…Reovirideae(科),…Phytoreovirus(屬),…Woundtumorvirus（種）呼腸孤病毒科，植物呼腸孤病毒屬，傷瘤病毒未通過或暫定的名稱均印成標(biāo)準(zhǔn)體，并在西文中綴以-like字樣。T1-likeviruses(T1樣噬菌體屬)本文檔共58頁；當(dāng)前第28頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分第三節(jié)病毒的分類原理及依據(jù)穩(wěn)定性：是指病毒名稱及其隸屬關(guān)系一旦確定下來，就應(yīng)該盡可能的保留。

實(shí)用性：是指病毒分類體制應(yīng)該對病毒學(xué)研究領(lǐng)域是有用的。

認(rèn)可性：是指病毒分類階元和名稱應(yīng)該為病毒學(xué)研究者樂意接受和使用，所以，認(rèn)可性也是實(shí)用性的必然結(jié)果。

靈活性：是指病毒分類階元可以依據(jù)某些新發(fā)現(xiàn)而進(jìn)行重新修訂和再確定。本文檔共58頁；當(dāng)前第29頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分

依據(jù)：主要以病毒粒子特性、抗原性質(zhì)和病毒生物學(xué)特性等作為依據(jù)。病毒粒子特性：①病毒形態(tài)：如大小、形狀、包膜和包膜突起的有無，衣殼結(jié)構(gòu)及其對稱性;②病毒生理生化和物理性質(zhì)：如分子量，沉降系數(shù)，浮力密度，病毒粒子在不同pH、溫度、Mg2+、Mn2+、變性劑、輻射中的穩(wěn)定性；③病毒基因組，如基因組大小、核酸類型、單雙鏈、線狀或環(huán)狀，正負(fù)鏈，G+C所占的比例、核苷酸序列等；本文檔共58頁；當(dāng)前第30頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分④病毒蛋白，如結(jié)構(gòu)蛋白和非結(jié)構(gòu)蛋白的數(shù)量、大小以及功能和活性，氨基酸序列等⑤病毒脂類含量和特性；⑥碳水化合物含量和特性；⑦病毒基因組組成和復(fù)制。本文檔共58頁；當(dāng)前第31頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分病毒抗原性質(zhì)：

包括病毒血清學(xué)性質(zhì)與其抗原的關(guān)系。病毒生物學(xué)特性：

包括病毒天然的宿主范圍；

病毒在自然狀態(tài)下的傳播與媒介體的關(guān)系；

病毒的地理分布，致病機(jī)理，組織嗜親性；

病毒引起的病理和組織病理學(xué)特點(diǎn)。本文檔共58頁；當(dāng)前第32頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分第四節(jié)病毒分類系統(tǒng)國際病毒分類委員會(huì)第七次報(bào)告（1999）認(rèn)可病毒4000種，設(shè)有3個(gè)病毒目。本文檔共58頁；當(dāng)前第33頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分將所有已知的病毒根據(jù)核酸類型分為：DNA病毒——單股DNA病毒，DNA病毒——雙股DNA病毒，DNA與RNA反轉(zhuǎn)錄病毒，RNA病毒——雙股RNA病毒，RNA病毒——正單鏈RNA病毒，RNA病毒——負(fù)單鏈RNA病毒，裸露RNA病毒（真菌病毒，+ssRNA與其編碼的RNA依賴的RNA聚合酶結(jié)合在一起，存在于細(xì)胞質(zhì)中）類病毒（亞病毒因子）本文檔共58頁；當(dāng)前第34頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分本文檔共58頁；當(dāng)前第35頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分本文檔共58頁；當(dāng)前第36頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分本文檔共58頁；當(dāng)前第37頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分本文檔共58頁；當(dāng)前第38頁；編輯于星期三\6點(diǎn)38分第8次報(bào)告動(dòng)物病毒新增4個(gè)科線頭病毒科（Nimaviridae）白斑病毒屬（Whispovirus）白斑綜合征病毒Ⅰ型（WhitespotsyndranevirusⅠ

）雙順反子病毒科（Dicistro