基因芯片在腫瘤研究中的應(yīng)用整理課件

腫瘤基因組學(xué)與基因芯片第十講腫瘤的研究美國(guó)1971年頒布國(guó)家癌癥條例開(kāi)始抗癌大戰(zhàn)使癌癥成為“慢性病”ConceptofNeoplasm（瘤）“…isanabnormalmassoftissue,thegrowthofwhichexceedsandisuncoordinatedwiththatofthenormaltissues,andpersistsinthesameexcessivemanneraftercessationofthestimuliwhichevokedthechange”Willis,1952BasicBiologicFeaturesofNeoplasmsOncogenicLesion(e.g.RAS,MYC,E2FActivation)DifferentiationAbnormalProliferationAngiogenesisInvasionSenescenceApoptosisNeoplasmsEvolveinMultipleStepsInitiation:presumablyoccursthroughirreversibleorstabledamagetoDNAPromotion:anprocessbringingaboutaclonalexpansionofinitiatedcellsProgression:resultswhengeneticinstabilityleadstofurthermutagenicandepigeneticchanges腫瘤的發(fā)生（Initiation）Tumorinitiation：CooperativeDNAlesionsascommonfinalpathwayPrecancerousandincipient（初始的）lesionsMoleculartargets：Oncogenes,tumorsuppressorgenes&DNArepairgenes腫瘤的促進(jìn)（promotion）ExpansionofinitiatedcellsRepetitiveprocessInitiation&Promotion致癌劑腫瘤促進(jìn)劑低黃曲霉素B1AflaloxinB1，高殺草強(qiáng)Amitrole，砷和其化合物Arsenic&compounds，高三氧化二砷Arsenictrioxide，高三硫化砷Arsenictrisulfide，高石棉Asbestos癌基因（如myc、ras）需要反復(fù)刺激Initiation&PromotionTimeNotumorNotumorNotumorNotumorTumorTumor=Promoter=InitiatorGr.1Gr.2Gr.3Gr.4Gr.5Gr.6Initiation&Promotion

TargetGenes腫瘤的發(fā)展（progression）腫瘤組織浸潤(rùn)相鄰組織淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移和血道轉(zhuǎn)移遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移ApoptosisandTumorigenesis小結(jié)腫瘤發(fā)生發(fā)展的三個(gè)階段基于基因表達(dá)譜的分子分型為什么提倡利用分子水平進(jìn)行腫瘤的分型？腫瘤的一般臨床學(xué)知識(shí)腫瘤的診斷腫瘤的臨床分期（stage）腫瘤的臨床分級(jí)（grade）腫瘤的治療放療化療輔助治療靶點(diǎn)治療腫瘤的臨床分期(stage)TNM分期腫瘤的大小(T,tumorsize)

腫瘤是否發(fā)生臨近的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移(N,node)

腫瘤是否有遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移(M,metastasis)乳腺癌分期TisCarcinomainsiteT1Tumor≤2.0cmingreatestdimensionT2Tumor>2.0cm–5.0cmingreatestdimensionT3Tumor>5.0cmingreatestdimensionT4TumorofanysizewithdirectextensiontochestwallorskinN0NoregionallymphnodesmetastasisN1Metastasistomoveableipsilateralaxillarynode(s)(同側(cè)腋下淋巴結(jié))N2Metastasistoipsilateralaxillarynode(s)fixedtooneanotherorotherstructuresN3Metastasistoipsilateralinternalmammarynode(s)M0NodistantmetastasisM1Distantmetastasis(includesmetastasistoipsilateralsupraclavicular（鎖骨）lymphnode(s)Stage0TisN0M0StageIT1N0M0StageIIaT1N1M0T2N0M0StageIIbT2N1M0T3N0M0StageIIIaT1,2N2M0T3N1,2M0StageIIIbT4AnyNM0AnyTN3M0StageIVAnyTAnyNM1問(wèn)題：這樣的分期是否準(zhǔn)確反映了病人的預(yù)后情況？腫瘤的臨床分級(jí)(grade)分級(jí)指標(biāo):細(xì)胞的異常形態(tài)，細(xì)胞的惡性生長(zhǎng)速度。腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的分級(jí):1到3分別對(duì)應(yīng)級(jí)別的低，中，高，在臨床上常稱(chēng)為高分化，中分化，低分化。級(jí)別越低，預(yù)后越好。級(jí)別越高，對(duì)放療和化療的敏感度也較強(qiáng)。腫瘤細(xì)胞與來(lái)源器官中細(xì)胞的相似程度，分化良好的細(xì)胞有高度的特化特點(diǎn)，組織結(jié)構(gòu)清晰，很容易辨認(rèn)。低分化的細(xì)胞組織結(jié)構(gòu)不清，很難辨認(rèn)。腫瘤的病理學(xué)診斷方法冰凍切片和石蠟切片的染色和組織化學(xué)方法：確定腫瘤細(xì)胞的分化程度；鑒別腫瘤的類(lèi)型；研究腫瘤組織發(fā)生流式細(xì)胞術(shù)定量診斷（腫瘤細(xì)胞核形態(tài)參數(shù)）：癌（瘤）細(xì)胞DNA含量的檢測(cè)；良性病變多為二倍體；惡性腫瘤多為非整倍體問(wèn)題：?jiǎn)位虻慕M織化學(xué)檢測(cè)是否能準(zhǔn)確反映腫瘤類(lèi)型及分化程度？腫瘤的傳統(tǒng)檢測(cè)傳統(tǒng)的腫瘤解剖分期(包括腫瘤大小、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移數(shù)目，TNM)對(duì)于預(yù)測(cè)腫瘤的復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移價(jià)值不可低估，是臨床上較成熟的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估指標(biāo)。傳統(tǒng)的組織病理診斷：以組織形態(tài)、免疫組織化學(xué)染色；通常以單一基因的不同表現(xiàn)對(duì)腫瘤作出診斷。問(wèn)題：組織病理學(xué)上看起來(lái)一樣的腫瘤，其自然發(fā)展史、生物學(xué)行為以及對(duì)治療的反應(yīng)和預(yù)后等都會(huì)有所不同。從活檢標(biāo)本上看都象是腫瘤的兩個(gè)病人，他們都有腫瘤灶，你可以說(shuō)它們看起一是一樣的，但事實(shí)上，一位病人已在別的部位有惡性生長(zhǎng)了。腫瘤的化療化療對(duì)分裂細(xì)胞有效，但腫瘤細(xì)胞不是體內(nèi)唯一具有分裂能力的細(xì)胞，所以化療對(duì)正常分裂的細(xì)胞有一定的傷害。腫瘤的放療放療對(duì)旺盛生長(zhǎng)和分裂的細(xì)胞有效。由于腫瘤細(xì)胞比起正常細(xì)胞在基因組上不穩(wěn)定，所以對(duì)放療的敏感度高于正常細(xì)胞，同時(shí)由于正常細(xì)胞具有完善的修復(fù)系統(tǒng)，比較耐受放療。腫瘤的輔助治療根據(jù)腫瘤的特殊性質(zhì)而制定的治療方法，如激素治療也有把放療，化療結(jié)合激素治療的方法稱(chēng)為輔助治療腫瘤的靶點(diǎn)治療根據(jù)在腫瘤發(fā)生發(fā)展中具有重要意義的靶點(diǎn)基因而研制成的藥物，如乳腺癌的治療靶點(diǎn)基因HER2，肺癌的靶點(diǎn)基因EGFR腫瘤治療中存在的問(wèn)題放療，化療，激素治療的耐受過(guò)度治療？基因芯片在腫瘤研究中的應(yīng)用應(yīng)用DNA微陣列技術(shù)和多基因RT-PCR定量檢測(cè)方法來(lái)預(yù)測(cè)乳腺癌的復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)及其對(duì)治療的反應(yīng)，取得一定突破。還存在諸如檢測(cè)方法的可重復(fù)性、腫瘤標(biāo)本的取材標(biāo)準(zhǔn)、統(tǒng)計(jì)學(xué)分析以及檢測(cè)結(jié)果核查的標(biāo)準(zhǔn)化等問(wèn)題。Ntzani和Ioannides在總結(jié)1995年到2003年4月MEDLINE共84篇關(guān)于此類(lèi)技術(shù)的論文后發(fā)現(xiàn),只有30篇涉及臨床結(jié)果,他們提出,DNA微陣列技術(shù)還需大規(guī)模前瞻性臨床試驗(yàn)證實(shí),同時(shí)應(yīng)與現(xiàn)有的一些已知預(yù)測(cè)因子聯(lián)合進(jìn)行比較,最后作出謹(jǐn)慎的審核與決定。Stanford大學(xué)的PatrickBrown認(rèn)為：有用的診斷圖譜肯定會(huì)出現(xiàn)的，“當(dāng)二個(gè)生物標(biāo)本的差異足以引起我們的重視時(shí)，那么肯定在它們的基因表達(dá)上也有相應(yīng)的差異"

一旦候選基因圖譜被確定，并集中到幾個(gè)關(guān)鍵基因上，就可利用簡(jiǎn)單的技術(shù)如PCR針對(duì)較大的人群中對(duì)有效的、重復(fù)產(chǎn)生的改變進(jìn)行檢測(cè)。如果一個(gè)基因在表達(dá)上的改變能重復(fù)出現(xiàn)，則這個(gè)基因就可用作基因診斷標(biāo)記物

基因芯片在腫瘤研究中的應(yīng)用腫瘤的生物學(xué)指標(biāo)(包括組織學(xué)分級(jí)、biomarker、增殖指標(biāo)等)不僅能夠判斷腫瘤的預(yù)后，還能夠預(yù)測(cè)腫瘤對(duì)治療的反應(yīng)，并為腫瘤的個(gè)體化治療提供依據(jù)。價(jià)值超過(guò)了解剖分期，是目前臨床研究的方向與重點(diǎn)之一。腫瘤的分子分型（分子診斷）腫瘤的分級(jí)腫瘤的分期，預(yù)后腫瘤放療化療或激素治療耐受腫瘤靶向轉(zhuǎn)移（腫瘤形成轉(zhuǎn)移的能力依賴于多種基因的聯(lián)合作用，腫瘤轉(zhuǎn)移的每個(gè)器官都需要不同組的基因）。腫瘤的分類(lèi)：用表達(dá)圖譜區(qū)分出所檢測(cè)的標(biāo)本是正常組織還是腫瘤；若是腫瘤，又能區(qū)分出是良性還是惡性。運(yùn)用基因芯片得到的Biomarker可用于腫瘤的早期診斷基因芯片在腫瘤研究中的應(yīng)用白血病的分類(lèi)腫瘤分類(lèi)學(xué)在過(guò)去的30多年間進(jìn)步不少，但是在鑒定新的腫瘤類(lèi)型（classdiscovery）和腫瘤分類(lèi)（cancerclassification）還缺乏通用的方法急性白血病的分類(lèi)方法：核的形態(tài)學(xué)分析，酶學(xué)免疫組化，染色體易位分析，任何一個(gè)分析都需要非常有經(jīng)驗(yàn)的醫(yī)師進(jìn)行詳盡的檢查以及分析，需要專(zhuān)業(yè)的實(shí)驗(yàn)室來(lái)完成，但沒(méi)有一個(gè)單獨(dú)的測(cè)試能夠足以用于診斷傳統(tǒng)的分類(lèi)方法的聯(lián)合運(yùn)用，一般而言比較準(zhǔn)確，但仍舊會(huì)出錯(cuò)運(yùn)用基因芯片表達(dá)譜對(duì)急性白血病分類(lèi)尋找在基因表達(dá)水平與預(yù)測(cè)ALL和AML密切相關(guān)的分子群運(yùn)用這一分子群，看如何能將已知分類(lèi)的樣本進(jìn)行準(zhǔn)確的分類(lèi)預(yù)測(cè)，即尋找能進(jìn)行分類(lèi)的基因群（classpredictor）（trainingset）用新的樣本群檢測(cè)classpredictor的準(zhǔn)確性(testset)PreciseClassificationofCanceristhe

FirstStepinRationalTreatmentGeneExpressionProfilesScience286:531(1999)Distinguishingbetweenacutelymphoblasticleukemia(ALL)andacutemyeloidleukemia(AML)iscrucialbecausetheirtherapiesaredifferent.RNAfrom38bonemarrowsampleswerehybridizedtoAffymetrixchipscontainingprobesfor6,817genes.Theexpressionprofilesof50genesclearlydifferentiatebetweenthetwotypesofcancer.乳腺癌的預(yù)后分類(lèi)與治療同一分期的乳腺癌病人在治療的反應(yīng)和總體的治療結(jié)果上有很大差異傳統(tǒng)的用淋巴結(jié)狀態(tài)和組織化學(xué)檢測(cè)的方法無(wú)法準(zhǔn)確判斷腫瘤的臨床表現(xiàn)化療和激素治療可以降低遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)約三分之一70－80％的病人不經(jīng)過(guò)化療等手段預(yù)后仍較好GeneExpressionSignaturesforBreastCancerApplication:GeneExpressionIdentifyinggeneexpressionsignaturethatreflectsbiologicalbehaviorofatumor(預(yù)后好與預(yù)后差)70-geneprognosticprofiletested295breastcancersamplesoutperformedallclinicalvariablesforpredictingpatientsurvivalMicroarrayclassifierstodirectcustomizedtherapyStartingpointfortargetedandrationaldrugdevelopmentClassificationonprognosticsignatureSupervisedclassificationonprognosissignaturesPredictclinicaloutcomePrognosisofadditional19patientsResults

231genesweresignificantlyassociatedwiththediseaseoutcome70geneswerefurtherselectedtobeoptimalmarkergenePredictionaccuracy~80%開(kāi)發(fā)公司：Agendia

芯片名稱(chēng)：MammaPrint(R)

AgendiaReceivesU.S.FDAClearanceForMammaPrintBreastCancerDiagnosticTest

AgendiaannouncedthattheU.S.FoodandDrugAdministration(FDA)hasclearedthecompany'sMammaPrintbreastcancerdiagnostictest.MammaPrintisa

geneexpressionprofilingservicetoassesstheriskofrecurrenceinbreastcancerpatients.MammaPrintrepresentsaU.S.regulatorymilestoneasthefirstInVitroDiagnosticMultivariateIndexAssay(IVDMIA)toacquiremarketclearancefromtheFDA,andistheagency'sfirststeptowardstandardizingthesemulti-geneexpressiontests.

DNA陣列雜交結(jié)果最直接的影響是診斷；雜交結(jié)果中可以得到藥物靶標(biāo)基因，可為最后治療癌癥打下基礎(chǔ)挑戰(zhàn)：隨著實(shí)驗(yàn)技術(shù)及儀器的不斷改進(jìn)和基因組數(shù)據(jù)的急劇增長(zhǎng)，基因芯片產(chǎn)生的各種基因表達(dá)數(shù)據(jù)，規(guī)模龐大，內(nèi)容復(fù)雜；如何分析挖掘數(shù)據(jù)成為生物信息學(xué)中的挑戰(zhàn)性課題。利用芯片檢測(cè)腫瘤組織中基因表達(dá)譜將成為研究腫瘤的一種標(biāo)準(zhǔn)方法?；蛐酒谀[瘤研究中的應(yīng)用小結(jié)目前腫瘤診斷和治療中存在的問(wèn)題利用基因芯片進(jìn)行分子分型其他基因芯片類(lèi)型在腫瘤研究中的應(yīng)用miRNA芯片CGH芯片甲基化芯片等miRNA芯片microRNA

microRNA(miRNA)是20～24nt的單鏈RNA,在進(jìn)化上具有高度的保守性，它通過(guò)與靶mRNA不完全互補(bǔ)配對(duì)，抑制蛋白翻譯,調(diào)節(jié)內(nèi)源基因表達(dá)，在基因調(diào)控中扮演了重要的角色。MicroRNA一般通過(guò)堿基配對(duì)結(jié)合到mRNA的3‘非翻譯區(qū)（3’-UTR），從而抑制mRNA的翻譯發(fā)揮功能，在細(xì)胞分化，生物發(fā)育過(guò)程中起到重要的作用，并且參與疾病發(fā)生發(fā)展DifferencesinmiRNAModeofActionmiRNAmicroRNA在動(dòng)植物中廣泛并保守的存在；

microRNA參與廣泛的生物學(xué)過(guò)程，尤其是發(fā)育相關(guān)過(guò)程和組織特異性維持；

microRNA與target基因的交叉調(diào)控關(guān)系；

microRNA表達(dá)的基因芯片實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)在癌癥組織中miRNA廣泛失調(diào)；

microRNA的表達(dá)譜可以對(duì)不同癌癥甚至同種癌癥的不同亞型進(jìn)行分類(lèi)。miRNA在癌癥中的作用1.miRNA處于基因組中的脆性位點(diǎn)，在癌癥中常常缺失或擴(kuò)增2.miRNA基因所在位點(diǎn)在癌癥中在表觀遺傳層面上被修飾調(diào)控3.miRNA發(fā)生相關(guān)基因如Drosha,Dicer在癌癥中表達(dá)失調(diào)Remainslargelyamestery!探針寡核苷酸探針SangermirBase7.0中已知的Human,Mouse,Rat,Drosophila,C.elegans和zebrafish的探針http://www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/mirna/index.shtml前體和成熟的miRNA都可以設(shè)計(jì)探針點(diǎn)于芯片上Case1433wasinitiallydiagnosedasERMSbasedonitshistologyandreactivityfordesmin,smoothmuscleactinandCD99，thiscaseclusteredtightlywiththeotherARMSincludedinthestudy.SubsequentdemonstrationofthefusiontranscriptPAX3-FKHRbyreversetranscription(RT)–PCRandsequencinginthissampleconfirmsthatthiscaseisindeedanARMScase5918wasinitiallydiagnosedasaGISTbasedonitsorigininthewallofthecolonandreactivityforCD34.HoweverthiscaseclusteredawayfromtheeightotherGISTsandinsteadclusteredlooselywithPRMS.BothKITandDOG1arehighlyexpressedinthevastmajorityofGIST.Case5918didnothaveimmunoreactivityforKITorDOG1andnomutationswerefoundinKITexon11,themostcommonmutationinGIST.Histologicreviewofthetumorsuggestedanewdiagnosisofdedifferentiatedliposarcoma.27sarcomas,5normalsmoothmuscleand2normalskeletalmuscletissuesmicroRNAexpressionprofilesclassifyhumancancersLeukemiaSolidTumormicroRNA表達(dá)譜的不一致性很高

不同實(shí)驗(yàn)室得出的microRNA表達(dá)譜結(jié)果很不一致：microRNA芯片技術(shù)的難度和不成熟性。RNA類(lèi)型：總RNA進(jìn)行實(shí)驗(yàn)可能同時(shí)檢測(cè)了成熟的miRNA與前體miRNA。如果miRNA成熟受阻，則可以解釋此矛盾。這暗示，前體miRNA可能含有獨(dú)立的，還未知的功能。使用純化的小RNA進(jìn)行實(shí)驗(yàn)可能會(huì)引入錯(cuò)誤：目前無(wú)法測(cè)量小RNA在總RNA中的比例情況，如果癌癥與良性組織含有不同比例的小RNA，那么純化小RNA實(shí)驗(yàn)的前提（同樣量的miRNA被純化得出）則會(huì)受到根本的影響。樣本量對(duì)結(jié)果的影響PC3cellsweretransducedwithadenoviruseitherencodingp53orcontaininganemptyvector.After48h,smallRNAwascharacterizedwithPCRArrayscontaining376humanmiRNA-specificassays.Theheatmapvisualizesthefold-differencesinmiRNAexpressionuponp53over-expression(red,up-regulatedmiRNA;green,down-regulatedmiRNA;black,nodifference).PCRArraysarethemostreliabletoolsforanalyzingtheexpressionofafocusedpanelofgenes.Each96-wellor384-wellplateincludesSYBRGreen-optimizedprimerassaysforathoroughlyresearchedpanelofrelevant,pathway-ordisease-focusedgenes.PCRArrayscanalsobecustomizedtocontainapanelofgenestailoredtoyourspecificresearchinterests.比較基因組雜交芯片

CGHarray雜合性缺失（lossofheterozygosity）雜合性指同源染色體中不同等位基因存在于一個(gè)或多個(gè)基因位點(diǎn)中的現(xiàn)象；野生型拷貝或等位基因發(fā)生缺失就稱(chēng)為雜合性缺失（LOH），LOH通常是由染色體缺失或重組引起。絕大多數(shù)人類(lèi)腫瘤都存在非隨機(jī)性的染色體片段丟失。雜合性缺失在腫瘤細(xì)胞中是一種非常常見(jiàn)的DNA變異。腫瘤中存在基因的擴(kuò)增通過(guò)比較腫瘤組織與體細(xì)胞組織中野生型和突變DNA的比值可以檢測(cè)LOH以及基因的擴(kuò)增；比較基因組雜交（comparativegenomichybridization，CGH）一種分子細(xì)胞遺傳學(xué)技術(shù)，能夠通過(guò)一個(gè)簡(jiǎn)單的雜交反應(yīng)檢測(cè)出整個(gè)基因組DNA拷貝數(shù)改變。主要原理是采用經(jīng)過(guò)熒光標(biāo)記的腫瘤基因組DNA和正?；蚪MDNA為探針，與正常人中期染色體標(biāo)本進(jìn)行原位雜交，根據(jù)兩種探針熒光信號(hào)的強(qiáng)度差異找出基因組中DNA的增加或缺失區(qū)域。DNAExtraction&LabelHybMetaphaseChromosomeScanImageaCGH(ArrayComparativeGenomicHybridization)比較基因組雜交（簡(jiǎn)稱(chēng)CGH）的方法被用來(lái)監(jiān)測(cè)染色體基因組的改變。CGH最突出的優(yōu)點(diǎn)在于：通過(guò)一次實(shí)驗(yàn)就能完成對(duì)整個(gè)基因組中所有遺傳物質(zhì)增加或丟失的分析，實(shí)驗(yàn)所使用的DNA可以是從新鮮凍存的組織中提取的，也可以提取自福爾馬林固定石蠟包埋的保存材料。CGH主要用于腫瘤細(xì)胞染色體DNA片段的缺失和增加的檢測(cè),同時(shí)對(duì)其它與染色體拷貝數(shù)變化有關(guān)的疾病也能進(jìn)行分析和檢測(cè)，如小兒自閉癥，先天性發(fā)育遲緩等一系列遺傳病癥。ArrayCGH就是一種新的用于檢測(cè)腫瘤細(xì)胞染色體拷貝數(shù)變化的技術(shù)，該項(xiàng)技術(shù)能夠通過(guò)一個(gè)簡(jiǎn)單的雜交反應(yīng)檢測(cè)出整個(gè)基因組DNA拷貝數(shù)改變。主要原理是采用經(jīng)過(guò)不同顏色熒光標(biāo)記的腫瘤基因組DNA和正?；蚪MDNA與芯片上結(jié)合的覆蓋全部人類(lèi)基因組的寡核苷酸探針雜交，根據(jù)雜交后兩種探針熒光信號(hào)的強(qiáng)度差異找出基因組中DNA的增加或缺失區(qū)域。

aCGH的特點(diǎn):高通量（覆蓋人類(lèi)全基因組的探針設(shè)計(jì)，包括針對(duì)基因外顯子、內(nèi)含子和基因間序列的探針，一張芯片上探針的數(shù)量接近24萬(wàn)個(gè)探針），高分辨率（24萬(wàn)個(gè)探針的平均分辯率在6.4KB,對(duì)目前較為了解的基因來(lái)說(shuō)，可以檢測(cè)到這些具體的基因的單個(gè)拷貝數(shù)的變化Agilent，Nimblegen分辨率為6KB）。利用基因芯片并行檢測(cè)前列腺癌

染色體畸變和基因表達(dá)譜研究所用48例前列腺癌樣本和10例正常樣本（9例前列腺組織和1例腎臟組織）由北京大學(xué)附屬第一醫(yī)院提供表達(dá)譜分析25例前列腺癌樣本和3例正常前列腺組織進(jìn)行了表達(dá)譜芯片實(shí)驗(yàn)，以混合的人類(lèi)胚胎組織為通用參照。運(yùn)用平均ratio值（R≥0.5orR≤-0.5）和非參數(shù)t檢驗(yàn)（p≤0.1）雙重標(biāo)準(zhǔn)篩選前列腺癌差異表達(dá)基因，并對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行EASE分析。array-CGH18例前列腺癌樣本和1例腎臟組織（正常對(duì)照）進(jìn)行了array-CGH實(shí)驗(yàn)。運(yùn)用ACE算法分析實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，尋找前列腺癌染色體擴(kuò)增和缺失。整合分析11例前列腺癌樣本同時(shí)進(jìn)行了表達(dá)譜和CGH實(shí)驗(yàn)。芯片類(lèi)型：博星基因芯片有限公司的8000點(diǎn)的基因芯片（cDNA芯片）整合分析11例前列腺癌樣本同時(shí)進(jìn)行了表達(dá)譜和CGH實(shí)驗(yàn)。我們對(duì)這11個(gè)樣本的每個(gè)樣本計(jì)算了余弦相關(guān)系數(shù)以考察CGH和表達(dá)譜的一致性。為了尋找表達(dá)受到染色體畸變影響的基因，挑選處于染色體擴(kuò)增區(qū)（在≥10%的18例前列腺