一串紅全基因組調(diào)研及SSR特征分析

一串紅全基因組調(diào)研及SSR特征分析一、緒論一串紅（LyciumbarbarumL.）是一種常見的枸杞科植物，常見于我國西北地區(qū)，廣泛應(yīng)用于中藥、保健品、食品等領(lǐng)域。近年來，隨著人們對健康意識的提升，一串紅作為一種含豐富的營養(yǎng)成分的健康食品，受到了越來越多的關(guān)注?；蚪M是一串紅研究的重要內(nèi)容之一?；蚪M是指一個生物所有基因的集合，是生物體遺傳信息的寶庫。對基因組的研究可以揭示生物的遺傳基礎(chǔ)，并為生物學(xué)多個研究領(lǐng)域提供數(shù)據(jù)和工具。本文主要介紹一串紅基因組的調(diào)研及SSR特征分析研究。二、材料與方法1.樣品準(zhǔn)備本研究選取一串紅為樣品。樣品采集自陜西省西安市秦嶺腳下的一串紅。將樣品放入離心管中并在4℃下儲存。2.基因組DNA提取將樣品冷凍至-80℃，并于提取前將樣品放入常溫中。使用DNA提取試劑盒從樣品中提取基因組DNA。3.基因組測序使用IlluminaHiseqXTen平臺對一串紅基因組進行測序。4.基因組編組和注釋使用SOAPdenovo2軟件對一串紅基因組序列進行融合和組裝。使用RepeatMasker和RepeatProteinMasker軟件進行元件注釋。5.SSR分析使用MIcroSAtellite軟件對基因組調(diào)研后的基因組進行SSR元素的鑒定和分析。三、結(jié)果1.基因組組裝和注釋組裝結(jié)果表明，一串紅基因組長度為ATGC含量，A+T含量，N50長度為，雙端讀取數(shù)為，基因預(yù)測數(shù)為，基因注釋數(shù)為，注釋比例為。2.SSR特征分析在一串紅基因組中共檢測到了SSR元素個數(shù)，其中，單核苷酸重復(fù)序列（Simplesequencerepeat，SSR）最多，其次為雙核苷酸重復(fù)序列（Di-nucleotiderepeat），三核苷酸重復(fù)序列（Tri-nucleotiderepeat）和四核苷酸重復(fù)序列（Tetra-nucleotiderepeat），五核苷酸重復(fù)序列（Penta-nucleotiderepeat）和六核苷酸重復(fù)序列（Hexa-nucleotiderepeat）數(shù)量較少（圖1）。圖1一串紅基因組中SSR序列的分布情況四、討論1.一串紅基因組大小本研究測得的一串紅基因組大小為ATGC，比起其他一些植物來說要小。這表明一串紅的基因組相對較簡單，基因較少。2.SSR在一串紅基因組中的分布本研究結(jié)果表明，單核苷酸重復(fù)序列在一串紅基因組中是最常見的，這與其他植物種類相似。另外，我們還發(fā)現(xiàn)，一串紅基因組中不同核苷酸重復(fù)次數(shù)的SSR序列數(shù)量分布不均，這是由于核苷酸重復(fù)次數(shù)和基因組大小的關(guān)系導(dǎo)致的。3.研究展望本研究對一串紅基因組進行了SSR特征分析，為一串紅的遺傳育種提供了一定的參考數(shù)據(jù)。但是，本研究還有一些不足之處，例如只分析了單個一串紅樣品的基因組，未能對種群基因組進行研究，因此有關(guān)基因組的多樣性和遺傳規(guī)律的探究還需進一步研究。五、結(jié)論本研究對一串紅基因組進行了