第十章 微生物的分類和鑒定

上次教學回顧第九章傳染非特異性免疫特異性免疫免疫學方法及其應用生物制品及其應用傳染、傳染與傳染病、決定傳染結局的三大因素、傳染的3種可能結局表皮和屏障結構、吞噬細胞及其吞噬作用、炎癥反應、正常體液或組織中的抗菌物質免疫器官、免疫細胞及其在細胞免疫中的作用、免疫分子及其在體液免疫中的作用抗原、抗體反應的一般規(guī)律抗原、抗體間的主要反應免疫標記技術人工自動免疫類生物制品人工被動免疫類生物制品任汝芬餓我是的我玩兒法教學目的與要求了解和掌握通用分類單元、微生物的分類和命名，了解微生物分類鑒定的方法。教學內(nèi)容1、通用分類單元(☆)2、微生物在生物界的地位3、各大類微生物的分類系統(tǒng)綱要4、微生物分類鑒定的方法(★)第十章微生物的分類和鑒定分類學的具體任務分類個體→一般，具體→抽象第十章微生物的分類和鑒定鑒定一般→特殊，抽象→具體命名確定一個新學名分類系統(tǒng)知類、辨名確定新學名戰(zhàn)略性戰(zhàn)術性開拓性一、種以上的系統(tǒng)分類單元(分類階元或分類群)界(Kingdom)門(Phylum或Division)

亞門，超綱綱(Class)

亞綱，超目目(Order)

亞目，超科科(Family)

亞科，族，亞族屬(Genus)種(Species)第一節(jié)通用分類單元一、種以上的系統(tǒng)分類單元注意幾個概念：種(species,又稱物種):是表型特征高度相似、親緣關系極其接近、與同屬內(nèi)其他物種有明顯差異的一大群菌株的總稱。模式種(typespecies)：模式活標本。具體分類時，被指定的、能代表這個種群的模式菌株或典型菌株(typestrain)?！镏挥兴需b別特征都與已知的模式種相同時才能定為同種。新種(speciesnova,sp.nov或novsp.):是指權威性的分類、鑒定手冊中從未記載過的一種新分離并鑒定過的微生物?！镄路N發(fā)表時應在其學名后標上sp.nov.的符號，新種發(fā)表前應將其模式菌株的培養(yǎng)物存放在一個永久性的保藏機構?！镉袝r屬名已定，但種名未定,可在屬名后暫加“sp.”或“spp.”第一節(jié)通用分類單元二、亞種以下的分類名詞1、亞種(subspecies,subsp,ssp.)：是進一步細分種時所用的單元，一般指除某一明顯而穩(wěn)定的特征外，其余鑒定特征都與模式種相同的種。2、變種(variety,var)：與亞種同義，已廢用。3、型(form)：曾用作菌株的同義詞，已廢用。僅作若干變異型的后綴(var)，如：生物變異型(biovar)、形態(tài)變異型(morphovar)、致病變異型(pathovar)、噬菌變異型(phagovar)血清變異型(serovar)第一節(jié)通用分類單元二、亞種以下的分類名詞4、菌株(srrain)：又稱品系(病毒中稱毒株或株)，表示任何由一個獨立分離的單細胞(或單個病毒粒)繁殖而成的純遺傳型群體及其一切后代?！镆环N微生物的每一不同來源的純培養(yǎng)物(pureculture)或純分離物(pureisolate)均可稱為某菌種的一個菌株。菌株涵義的說明：①菌株是一個物種內(nèi)遺傳多態(tài)性的客觀反映，其數(shù)目幾乎是無數(shù)的。②菌株這一名詞強調的是遺傳型純的譜系。③菌株與克隆(即無性繁殖系)的概念相同。第一節(jié)通用分類單元二、亞種以下的分類名詞菌株涵義的說明：④在同一菌種的不同菌株間，作為鑒定一些主要性狀上雖個個相同，但不作為鑒定用的一些“小”性狀卻可有很大差異，尤其是一些生化性狀、代謝產(chǎn)物的產(chǎn)量性狀等。⑤菌株是達到遺傳型純的標志，一旦某菌發(fā)生自發(fā)或人工變異后，均應標以新的菌株名稱。⑥當進行科學研究或學術交流時，必須在菌種后標出該菌株的名稱⑦菌株的名稱可隨意確定，一般可用字母加編號表示。如EscherichiacoliK12(最常用的E.coli菌株)E.coliO-157:H7(致病性E.coli，O與H代表其抗原特征)第一節(jié)通用分類單元第一節(jié)通用分類單元三、學名1、俗名(commonname,vernacularname)2、學名(scientificname)：

為某一菌種的科學名稱。是按“國際命名法規(guī)”進行命名并受國際學術界公認的通用正式名稱。

由拉丁詞或拉丁化了的詞組成。在一般的出版物中，學名應排斜體字，在書寫或打字材料中，應在學名之下劃一橫線，以表示它應是斜體字母。第一節(jié)通用分類單元三、學名3、命名法：屬名字首大寫，種名加詞字首小寫例：枯草芽孢桿菌(簡稱“枯草桿菌”)Bacillussubtilis

(Ehrenberg)Cohn1872

排斜體字排正體字(一般省略)表示該微生物的主要特征的名詞或用作名詞的形容詞表示該微生物的次要特征，若為形容詞，則詞性應與屬名一致。1）雙名法：

學名=屬名+種名加詞+(首次定名人)+現(xiàn)名定名人+現(xiàn)名定名年月

學名=屬名+種名加詞+符號subsp或var+亞種或變種的加詞

排斜體

排正體(可省略)排斜體(不可省略)第一節(jié)通用分類單元三、學名2）三名法：當某種微生物是一個亞種或變種時，學名就應按三名法拼寫。例:釀酒酵母橢圓變種(橢圓醇酒酵母)Saccharomycescerevisiae

(var)

ellipsoideus

第一節(jié)通用分類單元學名縮寫原則屬及以上分類單元的名稱不能省略，只有種名可省略。首次出現(xiàn)時，不能省略，必須寫全，以后均可省略，省略時，只能簡略種名中的屬名，種的加詞不能省略1）屬名的第一個字母為元音的，僅用第一個元音字母代替。如Aspergillusniger可簡略為

A.niger；

Escherichiacoli可簡略為E.coli。2）屬名的第一個字母為輔音的，僅視第一個音節(jié)中元音前輔音字母數(shù)做相應的保留。如Candidautilis可簡略為

C.utilis；Pseudomonasaeruginosa可簡略為Ps.aeruginosa;Streptomycesaureofaciens可簡略為Str.aureofaciens。3)為避免省略后保留字母相同產(chǎn)生混淆，也可寫2~3個字母。Es.coli和Er.Carotovora。一、生物的界級分類學說兩界系統(tǒng)、三界系統(tǒng)（原生生物界，1866）、四界系統(tǒng)（原始生物界、菌界,1956）、五界系統(tǒng)（原生生物界、真菌界、原核生物界,1969）、六界系統(tǒng)（原生生物界、真菌界、真細菌界和古細菌界，1996）二、三域學說20世紀70年代末，美國C.R.Woese等人提出細菌域、古生菌域、真核生物域總之：人類對微生物的認識水平是生物界級分類的核心，微生物在所有界級中，具有最寬的領域。第二節(jié)微生物在生物界的地位一、Bergey氏原核生物分類系統(tǒng)綱要目前有三個比較全面的分類系統(tǒng)：①前蘇聯(lián)克拉西尼科夫1949《細菌和放線菌鑒定》②法國普雷沃1961《細菌分類學》③美國細菌學會1923《伯杰氏鑒定細菌學手冊》(簡稱《伯杰氏手冊》)，至今共11版。從1980年初起，改名為《伯杰氏系統(tǒng)細菌學手冊》（簡稱《系統(tǒng)手冊》），是目前國際上最為流行的實用版本。（細菌分類學的“圣經(jīng)”）二、Ainsworth等人的菌物分類系統(tǒng)綱要目前較廣泛采用的是Ainsworth第七版（1983年）第三節(jié)各大微生物的分類系統(tǒng)綱要第四節(jié)微生物分類鑒定的方法概述1、鑒定方法的不同水平：①細胞的形態(tài)和習性：形態(tài)特征、運動、酶反應、營養(yǎng)要求及生長條件等②細胞組分水平：細胞壁成分、氨基酸庫、脂類、醌類、光合色素等的分析③蛋白質水平：氨基酸序列分析、凝膠電泳和血清學反應等④基因或DNA水平：核酸分子雜交、（G+C）mol%、轉化和轉導、16SrRNA寡核苷酸族分分析、DNA或RNA核苷酸序列分析等鑒定早期的表型特征(經(jīng)典的分類鑒定法)現(xiàn)代化分類鑒定方法（化學分類法、數(shù)值分類法）第四節(jié)微生物分類鑒定的方法一、微生物分類鑒定中的經(jīng)典方法1、鑒定的主要步驟：獲得純培養(yǎng)物——測定一系列必要的鑒定指標——查找權威性鑒定手冊2、經(jīng)典的鑒定指標不同的微生物往往有自己不同的重點鑒定指標真菌：形態(tài)特征為主；放線菌和酵母菌：形態(tài)+生理細菌：生理、生化和遺傳指標病毒：生化、免疫、致病性等在對各種細胞型微生物進行鑒定工作中，經(jīng)典的表型指標很多，是微生物鑒定中最常用、最方便和最重要的數(shù)據(jù)，也是任何現(xiàn)代化的分類鑒定方法的基本依據(jù)。第四節(jié)微生物分類鑒定的方法一、微生物分類鑒定中的經(jīng)典方法3、微型、簡便、快速或自動化鑒定技術①API細菌數(shù)值鑒定系統(tǒng)（APISystem）基本液體培養(yǎng)基第四節(jié)微生物分類鑒定的方法一、微生物分類鑒定中的經(jīng)典方法3、微型、簡便、快速或自動化鑒定技術②“Enterotube”系統(tǒng)（又稱“腸管系統(tǒng)”）第四節(jié)微生物分類鑒定的方法一、微生物分類鑒定中的經(jīng)典方法3、微型、簡便、快速或自動化鑒定技術③“Biolog”細菌鑒定系統(tǒng)水第四節(jié)微生物分類鑒定的方法二、微生物藥物分類鑒定的現(xiàn)代方法1、通過核酸分析鑒定微生物遺傳型1)DNA堿基比例的測定是指（G+C）mol%值，簡稱“GC比”，表示DNA分子中鳥嘌呤和胞嘧啶所占的摩爾百分比值。是目前發(fā)表任何微生物的新種時所必須具有的重要指標。各大類生物GC比的范圍不同有的很寬：如細菌；有的很窄：如動物。AT間僅形成2個氫鍵，GC間可形成3個氫鍵。GC值根據(jù)樣品的Tm值計算。第四節(jié)微生物分類鑒定的方法二、微生物藥物分類鑒定的現(xiàn)代方法1、