常見系統(tǒng)發(fā)育軟件使用

常見系統(tǒng)發(fā)育軟件使用方法XieLeiBJFUPaupMP流程：Mac準備nex文件(interleave和noninterleave均可)T存入新建文件夾T拖入paup或用paup打開―executeTlogfileTcstatusTtstatusThsearchTdefineoutgroupTroottreesTsavetreesTdescribetreesTcontree(savetofile)TsavepictTbootstrap(savetreefile)TprintbootstraptreeTsavepict.Tstoplog.PC版操作，可將附錄批處理文件內(nèi)容粘貼至nex文件后面，execute即可。\PaupML流程：Mac準備nex文件(interleave和noninterleave均可)T存入新建文件夾T拖入paup或用paup打開TexecuteT從modeltest軟件中打開paupblock運算檢測模型―生成scorefileT打開modeltest中的bin讀取score數(shù)據(jù)T生成結(jié)果文檔T存檔并打開此文檔TAICT將beginpaup的運算模塊貼至原nex數(shù)據(jù)文件后面T重新將其拖入paup運行T選擇ML運算模式ThsearchT打印樹圖Tsavepict.Tbootstrap.PC版操作，可將附錄5批處理文件內(nèi)容粘貼至nex文件后面，execute即可。Garli運算ML流程：準備nex文件(interleave)T存入新建文件夾T拖入paup或用paup打開TexecuteT輸出noninterleave文檔(若直接是noninterleave上述過程省略，又如果是PC機paup，無菜單操作，可在paup命令行中輸入附錄1*的命令回車即可生成noninterleave數(shù)據(jù)）。使用noninterleave文檔（數(shù)據(jù)中類群名稱不得有單引號，空格，所有方括號中內(nèi)容刪除）T新建文件夾存入T按照流程2進行modeltestT在蘋果機上打開GarliT導入數(shù)據(jù)T把model定好Trun（切記此處不要激bootstrap選項）》將上次運算數(shù)據(jù)拷貝至一新建文件夾T導入蘋果版GarliT激活bootstrap選項―定好modelTrun所有結(jié)果用paup軟件打開TsavepictT打開bootstrap樹T做50%majorityrulecontreeTsavepict.注：Garli蘋果和PC版都有，但是操作不同。數(shù)據(jù)格式：和算PAUP一樣的nexu，格式，但是這個格式有很多注意事項，一些常見的小錯誤會造成軟件無法運行。參見下列常見問題：一定要noninterleave的數(shù)據(jù)，否則軟件無法運算[]雖然在mrbayes和paup中不成問題但是在garli中有影響，里面內(nèi)容在算之前全部刪除為好。taxon名稱中可以有下劃線但是不得有空格，逗號句點等，否則無法運行。]Mac版GUI的菜單界面，只要有上述正確的nexu‘格式的數(shù)據(jù)文件即可運算。PC版Nexformatplusacommandfile每次使用時拷貝一個軟件的文件夾，將此文件夾重新命名（盡量清楚易查詢）。將正確的數(shù)據(jù)文件拷貝到此文件夾下（與garli運行程序在同一目錄下）。編輯命令文檔（名稱是garli），進行參數(shù)設(shè)置。完成后雙擊garli運行程序圖標即可運算。4Bayes流程<Noninterleave文件T貼運算程序到文件后面（見附錄）T將其拷貝至MrBayes文件夾下T打開運行程序Texecute文件名.擴展名T運算結(jié)束后用paup運行源文件T從.t文件中取樹TburninT做50%majorityrulecontreeTsavepict.r8s流程按照流程2進行modeltestT按照流程2進行ML運算T運算結(jié)束printtreeT檢查這棵帶枝長的樹是否有分支長度為0的分支T如果有在restore和deletetaxa中將這些類群去除T存儲帶枝長的樹到file（nex格式）T將樹的taxa名稱更換為實際類群名稱T將樹文件貼至運算模版（見附錄）T首先進行第一步crossvalidateT得到smooth值T替換smooth值再算一遍即可。注：r8s:該軟件與BEAST不同，是對已存在的樹進行操作，校訂分子鐘。算法為PL法。先選擇模型算出一個ML樹（要帶枝長），注意如果要用這個樹算r8s要保證該樹各個分支清晰，有較高的分辨率，沒有0枝長分枝和polytomy。|在這個樹的tre的nexus文件上面編輯各種命令，然后輸入r8s進行運算。一定要固定root,ingroup最好有一個以上的constraints.運算兩次，第一次為cross-validation得出smoothvalue,第二次再設(shè)置這個值算出最終結(jié)果。BEAST流程Noninterleave文檔TBEAUTI打開T定義節(jié)點T基本設(shè)置T化石點標定T生成xml文檔TBEAST打開運算T運算完成TTacer打開log文件TTreeAnnotator打開樹文件T生成out文件TFigtree打開out文件。DIVA*在數(shù)據(jù)文件中確定樹形，標注分布區(qū)，然后運算openDIVAproc;optimize;Batch:optimizemaxareas=8weight二bound=200hold=10000;Haplotypenetwork簡明流程：'1、 NETWORK用DNASP軟件打開fas或者nex文件T另存為RoehlFileFormat文件（rdf格式）T用NETWORK打開T進行編輯（更改名稱、連續(xù)的gap合并、添加刪除序列等）后保存T選擇MedianJoining進行calculatenetworkT在新出現(xiàn)的窗口中導入rdf文件（也可以在這一步直接導入noninterleave的nex文件而省去以上步驟，但是不能重新編輯）T設(shè)置參數(shù)后進行計算，生成out格式的輸出文件T選擇drawnetwork，在新窗口中導入out文件T按照提示就可以生成network圖，保存fdi文件或可另存為bmp或者pdf文件。2、 TCS準備noninterleave的nex或者phy文件T導入TCST設(shè)置ParsimonyLimit或FixconnectionLimit,并定義gap后點擊runT運行完成后就會自動生成network圖，編輯后保存GML文件或可另存為postscript或者PICT文件。9.推薦使用：Mega5.全能系統(tǒng)發(fā)育分析軟件，從序列校對到系統(tǒng)發(fā)育分析、分子鐘、性狀演化、居群分析全能做。Mesquite也很全能，但是主要還是做性狀演化分析。McClade是其收費版。TNT是原來的Hennig86，做系統(tǒng)發(fā)育分析。PAST十分強大的統(tǒng)計軟件，居群分析，分類學的morphometric分析很好。S-DIVA川大開發(fā)的帶統(tǒng)計功能的地理分析軟件。建議訪問：附錄1?最大簡約法分析批處理文件1.beginPAUP;logfile二;setautoclose二yes;《setmaxtrees=100increase二auto;hsearchstart二stepwiseaddseq=randomnreps=1000savereps=yesrandomize=addseqrstatus二yeshold=1swap二tbrmultrees=yesnchuck=200chuckscore=1;savetreesfile二brlens=yes;filterbest二yespermdel=yes;savetreesfile二file二all/majrule=yestreefile=；logstop;end;2.】beginPAUP;logfile=;setautoclose=yes;setmaxtrees=100increase=auto;hsearchstart=stepwiseaddseq=randomnreps=1000savereps=yesrandomize=addseqrstatus=yeshold=1swap=tbrmultrees=yes;savetreesfile=brlens=yes;filterbest=yespermdel=yes;savetreesfile=file=all/majrule=yestreefile=;[logstop;end;2的策略較好，是hsearch中首選，而如果此程序運算時間太長則用上面一個程序。本實用方法只提供hsearch，而branchandbound和exhaustive方法省略。附錄1*exportformat二nexusinterleaved二nofile=（此為生成noninterleave文件命令）*附錄2.ILD分析;endblock;charpartitiondna=ITS:1-848,trnLF:849-3051;beginpaup;setcriterion=parsimony;logfile=；hompartpart=dnanreps=100/addseq二random;（hsearchswap二tbr;endblock;附錄3.Bayes分析1.單一模型beginmrbayes;lsetnst=6rates二gamma;mcmcpngen=2000000printfreq=1000samplefreq=100nchains=4savebrlens=yesfilename=P_combined;mcmc;sumtfilename二burnin=2000;end;Beginmrbayes;2.多模型beginmrbayes;charsetits=1-622;#charsettrnlf=623-1696;charsetmatk=1697-3221;charsetchs=3222-4406;charsetpsbm2trnd=4407-5506;charsetpsbm=5507-6279;charsetgpd=6280-6972;charsetLFY=6973-8426;partitionNames=8:its,trnlf,matk,chs,psbm2trnd,psbm,gpd,LFY;(end;beginmrbayes;[ThefollowinglinessetupamodelinwhichallfourgeneshavetheiruniqueGTR+gamma+propinvmodel]setpartition=Names;prsetratepr=variable;Isetapplyto=(1,2,3,4,5,6,7)nst=6;Isetapplyto=(8)nst=2rates二gamma;unlinkshape=(all)pinvar=(all);end;beginmrbayes;mcmcpngen=100000printfreq=1000samplefreq=100nchains=4savebrlens=yesfilename二solms8mys;'mcmc;sumtfilename二burnin=3000;end;帶支長contree的運算batchbeginmrbayes;logstartfilename=；mcmcfilename二cpngen=2000000samplefreq=100;{sumpburnin=5000filename二cpprinttofile二yesoutputname=；sumtburnin=5000filename=cpcontype=allcompat;logstop;end;附錄4.bootstrap分析beginpaup;logfile=;{setmaxtrees=100increase=auto;setcriterion二parsimony;setroot=outgroup;outgroup5657;bootstrapnreps=1000conlevel=50 treefile二 keepall=yescutoffpct=50/start二stepwiseaddseq=randomnreps=100savereps=yesnchuck=20chuckscore=5dstatus二none;logstop;end;附錄5.Paup運行ML分析蘋果機：BEGINPAUP;LsetBase=Nst=6Rmat=Rates=gammaShape=Pinvar=;EN