甲基化與多組學(xué)研究專題03甲基化研究與多組學(xué)研究

?甲基化研究與多組學(xué)研究解螺旋|

知識(shí)金牌知識(shí)金牌010203高通量技術(shù)發(fā)展多組學(xué)研究現(xiàn)狀多組學(xué)分析策略CONTENTS課程目錄解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌高通量技術(shù)發(fā)展編年史1981

1986

1989

1991

1994

1998

2000

2002

2003

2005

2006

2007

2009 2010

2011-12AffylaunchesGeneExpressionmicroarraysRise

ofGenbankdatabasesfromDNAABIcommercializesfirst

automatedDNA

sequencerfoundedLow

hangingfruit:

cysticfibrosismutationidentifiedsequencing3700

DNAAnalyzer

inHumanGenomeProject;

DNAsequencinggoes

industrialFirst

microarraypublication

-

onArabidopsisILMNlaunchesgeneexpressionarraysHumanGenomeProject

&CeleraGenomicscompletesfirst

draftgenomeHapmapprojectlaunchedHapmap

1st

phase

datareleaseAffy

&

ILMN

bothlaunched

100Kgenotyping

arraysRise

ofGenomeWideAssociationStudies(GWAS)Roche

GSFLXlaunchedILMNboughtSolexa;launchesGAABI

SOLiD

1.0Launched!SOLiD

3.0:100GBout

of

thebox!ILMNHiSeq2000launchedABISOLiD4&

5500launched2014-15X-tenX-fiveHiSeq3000HiSeq4000PacBio

RSPGMPacBio

RSIIProtonNextseq

5002016

20172018futureOxfordNanoporeMiseqHiSeq2500iSeq100MiniSeqNova

seq解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)瀚海GinoCare解

螺

旋

| 陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長(zhǎng)知識(shí)金牌高通量測(cè)序成本趨勢(shì)知識(shí)金牌腫瘤的基因突變的復(fù)雜性對(duì)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的挑戰(zhàn)異病同治同病異治解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)解

螺

旋

| 陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長(zhǎng)知識(shí)金牌不同腫瘤基因突變的復(fù)雜性/10.1016/j.cell.2017.09.042肝癌宮頸癌知識(shí)金牌不同類型肺癌中基因突變的復(fù)雜性Lung

adenocarcinomasLungadenocarcinomas+squamous

cellcarcinomasSCLCpulmonary

carcinoidsLung

adenocarcinomas解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)large-cell

neuroendocrinecarcinomas知識(shí)金牌多組學(xué)研究策略發(fā)現(xiàn)差異基因或位點(diǎn)整合分析

不同層面的差異整合聚類挖掘關(guān)鍵通路、基因闡明機(jī)制共性個(gè)性biologyMedicineMathematicsStatisticsbioinformatics解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌多組學(xué)研究策略在食管癌中的應(yīng)用鱗癌解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)腺癌知識(shí)金牌解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)旋

| 陪

伴

醫(yī)

生

科

研

成

長(zhǎng)知識(shí)金牌多組學(xué)研究案例：肝癌通過多平臺(tái)的整合分析，獎(jiǎng)HCC分為了3個(gè)亞型，其中一個(gè)和不良預(yù)后相關(guān)，

p53靶基因的表達(dá)與不良生存率相關(guān)。

WNT信號(hào)通路及免疫檢查點(diǎn)蛋白是潛

在的靶向治療目標(biāo)。解螺知識(shí)金牌中科普瑞多組學(xué)研究策略解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)實(shí)驗(yàn)平臺(tái)的選擇甲基化數(shù)據(jù)分析多組學(xué)數(shù)據(jù)的整合分析（分型與聚類）多組學(xué)數(shù)據(jù)篩選與挖掘新的思路知識(shí)金牌基因芯片的種類及應(yīng)用基因組層次轉(zhuǎn)錄組層次表觀遺傳學(xué)層析SNP芯片比較基因組雜交芯片表達(dá)譜芯片miRNA芯片ChIP-ChipDNA甲基化芯片用于研究各種生用于研究基因拷用以大規(guī)模分析用以研究miRNA用于研究蛋白質(zhì)在全基因組水平物DNA序列的差貝數(shù)目的變化，一定的生物對(duì)象在不同組織中的與DNA在染色質(zhì)下研究DNA甲基異和單核苷酸多從而明確疾病相在特定的生物過表達(dá)情況。環(huán)境下的相互作化分布。態(tài)性。關(guān)遺傳基因。程中基因表達(dá)變用?；娜嫘畔ⅰ；蛐酒苡糜趶幕蚪M、轉(zhuǎn)錄組到表觀遺傳學(xué)層次的各項(xiàng)研究。解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌高通量測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用全基因組de

novo

測(cè)序全基因組重測(cè)序外顯子/目標(biāo)區(qū)段捕獲測(cè)序宏基因組測(cè)序mRNA/轉(zhuǎn)錄組測(cè)序RIP-seqsmall

RNA測(cè)序DNA-蛋白質(zhì)相互作用（ChIP-seq）DNA甲基化（WGBS，RRBS，MeDIP-seq）DNARNA表觀解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌850K芯片技術(shù)介紹解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌甲基化芯片還可以提供CNV結(jié)果解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌腫瘤的分類：M

class

&

C

class3,299

samples12

cancer

types（TCGA

）通過對(duì)3299份來自于12種實(shí)體瘤的樣本的分析，可以將腫瘤分為

M

class

(mutation

driven，突變驅(qū)動(dòng))和C

class(copynumberdriven，拷貝數(shù)變異驅(qū)動(dòng))，其中Cclass的腫瘤主要有卵巢癌、乳腺癌、肺(鱗)癌及頭頸癌等。解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌組學(xué)數(shù)據(jù)間相互關(guān)聯(lián)的建立甲基化對(duì)mRNA與lncRNA乃至miRNA的轉(zhuǎn)錄前調(diào)控作用；lncRNA對(duì)mRNA的轉(zhuǎn)錄前及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控作用；miRNA對(duì)mRNA的轉(zhuǎn)錄后降解和抑制的調(diào)控作用；circRNA內(nèi)源競(jìng)爭(zhēng)性RNA（ceRNA）對(duì)miRNA、mRNA的調(diào)控作用；CNV對(duì)基因表達(dá)的劑量效應(yīng)；SNV對(duì)蛋白功能的影響及對(duì)信號(hào)通路的激活和抑制作用。解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)多組數(shù)據(jù)展示：熱圖展示甲基化、mRNA與lncRNA相互作用知與識(shí)調(diào)控金關(guān)牌系解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌加入其他組學(xué)的數(shù)據(jù)以及公共數(shù)據(jù)DOI:

10.1038/s41467-018-03099-x解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)怎么樣知？識(shí)金牌數(shù)據(jù)分析的目的：是什么？為什么？解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌組學(xué)數(shù)據(jù)的挖掘：IPA解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌組學(xué)數(shù)據(jù)的挖掘：WGCNAHubGene網(wǎng)絡(luò)展示解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)模塊與表型的相關(guān)性圖TOM圖知識(shí)金牌多組學(xué)分析信號(hào)通路解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌多組學(xué)分析腫瘤免疫解螺旋|陪伴醫(yī)生科研成長(zhǎng)知識(shí)金牌從系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)到精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)系統(tǒng)生物學(xué)（研究體系）認(rèn)識(shí)健康+認(rèn)識(shí)疾病轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)（研究平臺(tái)）實(shí)驗(yàn) 臨床 實(shí)驗(yàn)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)（研究目標(biāo)）精準(zhǔn)治療

預(yù)測(cè)指導(dǎo)干預(yù)腫瘤靶向治療新型免疫治療安全保存、信息共享技術(shù)創(chuàng)新、標(biāo)準(zhǔn)增值尊重產(chǎn)權(quán)、高效利用Nat

Rev

Cancer.

2014

May;14(5):299-313.解螺旋|陪伴醫(yī)生科研