miRNA命名規(guī)范.doc

.miRNA命名規(guī)范一、miRNA的定義miRNA(microRNA)是一組由基因組編碼的長度約2023個核苷酸的非編碼RNA，通過和靶基因mRNA堿基配對引導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)降解mRNA或阻礙其翻譯。miRNA在物種進(jìn)化中相當(dāng)保守，在植物、動物和真菌中發(fā)現(xiàn)的miRNA大部分在特定的組織和發(fā)育階段表達(dá)。miRNA的組織特異性和時序性，決定組織和細(xì)胞的功能特異性，表明miRNA在細(xì)胞生長和發(fā)育過程的調(diào)節(jié)過程中起多種作用。二、miRNA數(shù)據(jù)庫miRBase序列數(shù)據(jù)庫是存儲miRNA信息最主要的公共數(shù)據(jù)庫之一，提供公布的miRNA序列及注釋信息。目前miRBase(Release 18.0)記錄了18226個miRNA。三、miRNA名稱與編號1) miRNA成熟體命名規(guī)則(以動物miRNA為例)確定命名規(guī)則之前發(fā)現(xiàn)的miRNA，則保留原來名字，如hsa-let-7。miRNA成熟體簡寫成miR，再根據(jù)其物種名稱，及被發(fā)現(xiàn)的先后順序加上阿拉伯?dāng)?shù)字，如hsa-miR-122；高度同源的miRNA在數(shù)字后機上英文小寫字母(a,b,c,)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等；由不同染色體上的DNA序列轉(zhuǎn)錄加工而成的具有相同成熟體序列的miRNA，則在后面機上阿拉伯?dāng)?shù)字以示區(qū)分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2；通常一個miRNA前體長度大約為7080nt，很可能兩個臂分別產(chǎn)生miRNA。以前的做法是：表達(dá)水平較高的miRNA后面不加任何符號，而表達(dá)水平較低的miRNA后面加上*號，如rno-miR-9*。有時帶“*”的miRNA就根本不出現(xiàn)。而如果沒有明顯的表達(dá)差異，則以“-5p”和“-3p”分別命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分別表明從hsa-mir-26b前體的5端臂和3端臂加工而來的。在以前的命名中，有時也會以“-s”和“-as”來命名，但現(xiàn)在已經(jīng)取消了這種命名方式。注意：miRBase 18.0對miRNA成熟體的名稱進(jìn)行了大量的修改，很多帶“*”的miRNA都變成了“-5p”或“-3p”。當(dāng)然，新名稱下面對應(yīng)有其原來的名稱。案例請見：/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI00004422) miRNA編號及名稱(以動物miRNA為例)miRBase記錄了miRNA前體序列及miRNA成熟體序列，其中： miRNA前體發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)的miRNA前體轉(zhuǎn)錄本以“mir”命名，其編號以“MI”編號，如人的miRNA 122的前體ID為hsa-mir-122，Accession為MI0000442。 miRNA成熟體大約2023nt的miRNA成熟體以“miR”命名，其編號以“MIMAT”編號，如人的miR-122有兩個成熟體，其中之一ID為hsa-miR-122-5p ，Accession為 MIMAT0000421;另一個為ID為hsa-miR-122-3p ，Accession為 MIMAT000 4590。案例請見：/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI00004423) 不同物種命名方式差別動物：miRNA前體：以動物物種縮寫+“-”+ mir+“-”+命名順序，如hsa-mir-122；miRNA成熟鏈：以動物物種縮寫+“-”+ miR+“-”+命名順序，如hsa-miR-122-5p；植物：miRNA前體：以植物物種縮寫+“-”+ MIR+命名順序，如ath-MIR156a。注意：MIR是大寫，并與命名順序之間沒有“-”；miRNA成熟鏈：以植物物種縮寫+“-”+ miR+命名順序，如ath-miR156a。注意：miR是小寫，并與命名順序之間沒有“-”； 病毒：miRNA前體：以病毒物種縮寫+“-”+ mir+命名順序，如bhv1-mir-B1；miRNA成熟鏈：以病毒物種縮寫+“-”+ miR+命名順序，如bhv1-miR-B1。四、miRNA加工及作用機制(以動物為例)miRNA是一類基因組轉(zhuǎn)錄出來的基因表達(dá)調(diào)控元件編碼基因，在動物中多位于基因間隔區(qū)及基因內(nèi)含子。1) 絕大多數(shù)miRNA基因在RNA聚合酶的作用下形成較長的莖環(huán)結(jié)構(gòu)，稱為初級miRNA(primary miRNA，pri- miRNA)。2) Pri-miRNA在Drosha-DGCR8復(fù)合體的作用下形成長度約60-70個核苷酸的發(fā)夾狀RNA，成為前體miRNA(precursor miRNA，pre-miRNA)。3) 隨后，pre-miRNA在Exprotin-5復(fù)合物2的作用下被轉(zhuǎn)運出胞核，在胞漿中由Dicer剪切成為miRNA復(fù)合體，miRNA復(fù)合物(RNA-induced silencing comlex，RISC)與該miRNA的3翻譯區(qū)(3UTR)結(jié)合到位于胞漿的P-body(processing bady)中。4) 作用方式與匹配程度有關(guān)：如果miRNA與靶mRNA匹配完全，則該復(fù)合體降解mRNA；若兩者序列部分匹配，尤其是miRNA的5端2-8個被稱為種子序列(seed sequence)的核苷酸與靶mRNA完全匹配，則通過抑制靶mRNA的翻譯來沉默特定基因。有報道指出，有些miRNA可以通過與DNA匹配的方式進(jìn)而調(diào)控表觀遺傳學(xué)變化。此外，某些miRNA，如