工作文檔DNAMAN使用說明

1、DNAMAN使用說明書     DNAMAN 是一種常用的核酸序列分析軟件。由于它功能強(qiáng)大，使用方便，已成為一種普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 為例，簡單介紹其使用方法。打開DNAMAN，可以看到如下界面：第一欄為主菜單欄。除了幫助菜單外，有十個(gè)常用主菜單，第二欄為工具欄：第三欄為瀏覽器欄：在瀏覽器欄下方的工作區(qū)左側(cè)，可見Channel 工具條，DNAMAN 提供20 個(gè)Channel，(如左所示：)點(diǎn)擊Channel 工具條上相應(yīng)的數(shù)字，即可擊活相應(yīng)的Channel。每個(gè)Channel 可以裝入

2、一個(gè)序列。將要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以節(jié)約存取序列時(shí)間，加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自動(dòng)載入功能，用戶只需激活某個(gè)Channel，然后打開一個(gè)序列文件，則打開的序列自動(dòng)載入被激活的Channel 中。本文以具體使用DNAMAN 的過程為例來說明如何使用DNAMAN 分析序列。1將待分析序列裝入Channel（）通過File Open 命令打開待分析序列文件，則打開的序列自動(dòng)裝入默認(rèn)Channel。（初始為channel1）可以通過激活不同的channel (例如：channel5)來改變序列裝入的Channel。（）通過Sequence/Loa

3、d Sequence 菜單的子菜單打開文件或?qū)⑦x定的部分序列裝入Channel 。通過Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打開一個(gè)對話框，通過此對話框可以設(shè)定序列的性質(zhì)（DNA 或蛋白質(zhì)），名稱，要分析的片段等參數(shù)。2 以不同形式顯示序列通過Sequence/Display Sequence 命令打開對話框，如下圖所示：根據(jù)不同的需要，可以選擇顯示不同的序列轉(zhuǎn)換形式。對話框選項(xiàng)說明如下：Sequence &Composition 顯示序列和成分Reverse Complement Sequence 顯示待分析序列的反向互補(bǔ)序列

4、Reverse Sequence 顯示待分析序列的反向序列Complement Sequence 顯示待分析序列的互補(bǔ)序列Double Stranded Sequence 顯示待分析序列的雙鏈序列RNA Sequence 顯示待分析序列的對應(yīng)RNA 序列3DNA 序列的限制性酶切位點(diǎn)分析將待分析的序列裝入Channel，點(diǎn)擊要分析的Channel，然后通過Restriction/Analysis 命令打開對話框，如下所示：參數(shù)說明如下：Results 分析結(jié)果顯示其中包括：Show summary（顯示概要） Show sites on sequence（在結(jié)果中顯示酶切位點(diǎn)）Draw res

5、triction map（顯示限制性酶切圖）Draw restriction pattern（顯示限制性酶切模式圖）Ignore enzymes with more than（忽略大于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)）Ignore enzymes with less than（忽略小于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)）Target DNA （目標(biāo)DNA 特性）circular（環(huán)型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（選擇此項(xiàng)，在Sequence Channel 中的所有序列將被分析，如果選擇了Draw restriction p

6、attern，那么當(dāng)所有的channel 中共有兩條DNA 時(shí)，則只能選擇兩個(gè)酶分析，如果共有三個(gè)以上DNA 時(shí)，則只能用一個(gè)酶分析。選擇所需的項(xiàng)目，然后按提示操作點(diǎn)擊按扭，出現(xiàn)下列對話框：參數(shù)說明如下：Enzyme代表（enzyme data file），點(diǎn)擊旁邊的下拉按鈕，出現(xiàn)兩個(gè)默認(rèn)選項(xiàng)，restrict.enz 和dnamane.enz，如果添加過自制的酶列表，則附加顯示自制酶列表文件名。其中restrict.enz 數(shù)據(jù)文件包含180 種限制酶，dnamane.enz 數(shù)據(jù)文件包含2524 種限制酶。選擇其中一個(gè)數(shù)據(jù)文件，相應(yīng)的酶在左邊的顯示框中列出（按酶名稱字母表順序），鼠標(biāo)雙擊酶

7、名稱，則對應(yīng)的酶被選中，在右邊空白框中列出。要自制酶切列表，可以從左邊酶列表中雙擊鼠標(biāo)選擇多種酶（例如puc18 multiple cloning sites），然后點(diǎn)擊按鈕出現(xiàn)下列對話框：輸入要保存酶列表的文件名，點(diǎn)擊按鈕即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位點(diǎn)。Cutter 酶切識別序列長度；End 酶切產(chǎn)生的末端，其中包括，Blunt（平頭末端），5Overhang（5突出粘性末端）,3Overhang(3突出粘性末端)，系統(tǒng)根據(jù)cutter 和end 的設(shè)定情況,在左邊酶列表中顯示符合條件的酶。最后，點(diǎn)擊按鈕執(zhí)行操作。4DNA 序列比對分析（Dot Matrix Comparis

8、ion）要比較兩個(gè)序列，可以使用DNAMAN 提供的序列比對工具Dot Matrix Comparision（點(diǎn)矩陣比較）通過Sequense/Dot matrix comparision 命令打開比對界面，如下圖：點(diǎn)擊對比界面左上角的按鈕，出現(xiàn)下列對話框：參數(shù)說明如下：Sequence type 序列類型Sequence 1 參加比對的第一序列選擇框，框內(nèi)選項(xiàng)說明如下：如果要比對的序列在Channel 中，點(diǎn)擊下拉箭頭，選擇相應(yīng)的Channel，則被選中的Channel 中的序列作為參加比對的第一序列；也可以從文件夾中選擇參加比對的序列，在File 選擇框上點(diǎn)擊即可。通過Length 選擇參

9、加比對的序列片段。Sequence 2 參加比對的第二序列選擇框；選項(xiàng)說明同上Show Sequence 選擇此項(xiàng)，當(dāng)同源性大于設(shè)定值時(shí)，將顯示同源性；（此功能未見）Annotations 是否顯示注釋Comparision 比對參數(shù)，其中Window 代表Window size（單位比對長度），Mismatch 代表Mismatch size（單位比對長度中許可的錯(cuò)配值）要快速比對，需將此項(xiàng)設(shè)為0。Both stran 代表Both strand（雙鏈比對）選擇此項(xiàng)，是指用Sequence 2 中的序列的正鏈和負(fù)鏈分別和Sequence 1 比較。Sequence 2 正鏈與Sequence

10、 1 比較結(jié)果用黑色點(diǎn)表示，Sequence 2 負(fù)鏈比對結(jié)果用紅色點(diǎn)表示。Plot box 點(diǎn)陣圖表顯示參數(shù)，Position（起點(diǎn)坐標(biāo)）Width（寬度值）Height（高度值）Frame size（邊框線粗度值）Dot size（點(diǎn)粗度值）Gridline（虛線框數(shù)）。參數(shù)設(shè)定好后，點(diǎn)擊按鈕執(zhí)行操作。5序列同源性分析（1）兩序列同源性分析通過Sequence/Two Sequence Alignment 命令打開對話框，如下所示：參數(shù)說明如下：Alignment method 比對方法，通?？蛇xQuick(快速比對)或Smith&Waterman(最佳比對)，當(dāng)選擇快速比對時(shí)，設(shè)

11、置較小的k-tuple 值，可以提高精確度，當(dāng)序列較長時(shí)，一般要設(shè)置較大的k-tuple 值。（dna序列：k-tuple 值可選范圍26；蛋白質(zhì)序列：k-tuple 值可選范圍13。其它參數(shù)說明從略。（2）多序列同源性分析通過打開Sequence/Multiple Sequence Alignment 命令打開對話框，如下所示：參數(shù)說明如下：File 從文件中選擇參加比對的序列Folder 從文件夾中選擇參加比對的序列Channel 從channel 中選擇參加比對的序列Dbase 從數(shù)據(jù)庫中選擇參加比對的序列Remove 清除選擇的序列（鼠標(biāo)點(diǎn)擊左邊顯示框中的序列名選擇）Clear 清除全

12、部序列點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn)方法選擇對話框：選擇其中一種方法，點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn)下列對話框：如果在前一對話框選擇的是Fast alignment,則在此對話框中選擇Quick alignment,否則選擇Dynamic alignment 即可。其它參數(shù)不必改變，點(diǎn)擊對話框中間的使其它參數(shù)取原始默認(rèn)值。點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn)下列對話框：點(diǎn)擊對話框中間的，然后點(diǎn)擊執(zhí)行操作。結(jié)果如下所示：點(diǎn)擊左上角按鈕，可以從彈出的對話框中選擇不同的結(jié)果顯示特性選項(xiàng)。點(diǎn)擊按鈕下的按鈕，出現(xiàn)下列選擇項(xiàng)：可以通過這些選項(xiàng)，繪制同源關(guān)系圖（例如Tree/homology tree 命令）。顯示蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)（ProteinSecondar

13、y Structure 命令），繪制限制性酶切圖（Restriction Analysis 命令）等。同源關(guān)系圖舉例如下：（Tree/Homology Tree 命令）6.PCR 引物設(shè)計(jì)首先，將目標(biāo)DNA 片段裝入Channel,并激活Channel。點(diǎn)擊主菜單欄中的Primer 主菜單，出現(xiàn)下拉菜單，如下所示：點(diǎn)擊Design PCR Primers for DNA 命令，出現(xiàn)下列對話框：參數(shù)說明如下：Primer locations on target 引物定位其中包括下列選項(xiàng)：Product size（擴(kuò)增目的片段大小）Sense primer (正向引物選擇區(qū))Antisense p

14、rimer(反向引物選擇區(qū))Primer 引物特性包括Length(引物長度)，Tm 值, GC 含量等參數(shù)；Reject primer 引物過濾（將符合引物過濾條件的引物過濾掉）包括下列選項(xiàng)：3dimer(可形成3端自我互補(bǔ)的堿基數(shù))Hairpin stem(可形成發(fā)卡頸環(huán)結(jié)構(gòu)的堿基數(shù))PolyN(多聚堿基)3Uique(3端嚴(yán)格配對堿基數(shù))Primer-Primer(含義未知)All matches(引物互補(bǔ)配對百分?jǐn)?shù))Consentrations 濃度設(shè)定Product for hybridyzat（ion） PCR 產(chǎn)物用于Southern Blot 探針雜交點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn)下列對話框：

15、.選擇需要的選項(xiàng)，點(diǎn)擊按鈕，出現(xiàn)：點(diǎn)擊按鈕，完成操作。7畫質(zhì)粒模式圖我們常常要用到各種質(zhì)粒圖，無論是制作幻燈片，還是發(fā)表文章，常常需要質(zhì)粒圖。DNAMAN提供強(qiáng)大的繪質(zhì)粒圖功能，能滿足我們的需要。通過Restriction/Draw map 命令打開質(zhì)粒繪圖界面：將鼠標(biāo)移動(dòng)到圓圈上，等鼠標(biāo)變形成“I”時(shí)，單擊鼠標(biāo)左鍵，出現(xiàn)如下菜單：菜單說明如下：Position 當(dāng)前位置Add Site 添加酶切位點(diǎn)Add Element 添加要素Add Text 添加文字Insert Fragment 插入片斷Copy Fragment 復(fù)制片斷Cut Fragment 剪切片斷Remove Fragment 清除片斷Frame Thickness 邊框線粗細(xì)調(diào)節(jié)點(diǎn)擊Add Site 選項(xiàng)，出現(xiàn)如下對話框：參數(shù)說明如下：Name 要添加的酶切位點(diǎn)的名稱(例如HindIII)Position 位置（以堿基數(shù)表示）點(diǎn)擊Add Element 選項(xiàng)，出現(xiàn)如下對話框：參數(shù)說明如下：Type 要素類型（共有三種類型，鼠標(biāo)點(diǎn)擊即可切換）（c）olor/Pattern 填充色（共有16 種顏色供選擇）Name 要素名稱Start /End/Size 要素起點(diǎn)/終點(diǎn)/粗細(xì)度點(diǎn)擊Add Text 選項(xiàng)，出現(xiàn)如下對話框：輸入要添加的文字，點(diǎn)擊Font 按鈕設(shè)置字體和