miRNA相關分析網(wǎng)站

1、miRNA數(shù)據(jù)庫及靶基因分析軟件1.miRBase: miRBase序列數(shù)據(jù)庫是一個提供包括已發(fā)表的miRNA序列數(shù)據(jù)、注釋、預測基因靶標等信息的全方位數(shù)據(jù)庫，是存儲miRNA信息最主要的公共數(shù)據(jù)庫之一。miRBase提供便捷的網(wǎng)上查詢服務，允許用戶使用關鍵詞或序列在線搜索已知的miRNA和靶標信息。2.miRecords: /動物 mirna的靶相互作用的數(shù)據(jù)庫, 包括人工收集實驗驗證的, 預測的 miRNA的靶目標. 靶標預測工具DIANA-microT, MicroInsp

2、ector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.3.PMRD: http:/BioIPMRD是一個關于植物microRNA數(shù)據(jù)庫，包括了microRNA序列和它們的靶基因、二級結(jié)構(gòu)、表達譜、基因組搜索等等，并且該數(shù)據(jù)庫嘗試著整合大量的關于植物microRNA的數(shù)據(jù)。4.CoGeMiR: http:/cogemir.tigem.it/CoGeMiR數(shù)據(jù)庫總結(jié)關于在進化過程中microRNA在不同動物中的保守性。該數(shù)據(jù)庫搜

3、集已知的和預測的microRNA關于染色體定位、保守性和表達譜方面的信息。5.MicroRNAdb: MicroRNAdb是一個關于microRNA的綜合性數(shù)據(jù)庫。相比其他數(shù)據(jù)庫，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且進行了充分的注釋。如今，該數(shù)據(jù)庫有732個microRNA序列的條目和439個詳細的注釋。6.miRWalk: http:/www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/miRWalkis是一個綜合性數(shù)據(jù)庫，提供來自人類、小鼠和大鼠的miRNA的預測信息和經(jīng)過驗證的位于其靶基因上的結(jié)位點。7.TarBase:&

4、#160;http:/diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/TarBase數(shù)據(jù)庫人工搜集了實驗驗證過的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蠅、蠕蟲和斑馬魚中的miRNA的靶基因，區(qū)分出這些miRNA靶基因中的對的和不對的。8.miRGator:http:/genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.htmlmiRGator數(shù)據(jù)庫是一個引導對miRNA進行功能闡釋的工具。功能分析和表達譜結(jié)合靶基因預測，可以對miRNA的生物學功能進行推測。9.miRGen:/miRGen.html

5、miRGen是一個整合型數(shù)據(jù)庫,包括：(i)動物miRNA和基因組元件之間的位置關系;(ii)通過結(jié)合廣泛使用的靶基因預測程序得到動物miRNA靶基因。10.miRNAMap:.tw/miRNAMap數(shù)據(jù)庫搜集了多個物種的經(jīng)過試驗證明的microRNA和miRNA靶基因，其中包括人類的、小鼠的、大鼠的以及其他多細胞動物的基因組。11.Vir-Mir:.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgiVir-Mir數(shù)據(jù)庫提供預測的病毒miRNA的候選發(fā)夾結(jié)構(gòu)序列。12.ViTa:http:

6、/.tw/ViTa數(shù)據(jù)庫搜集來自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等數(shù)據(jù)庫的病毒數(shù)據(jù)，包括了已知的病毒的miRNA以及相應的由 miRanda和TargetScan預測的宿主miRNA靶基因。ViTa還提供有效的注釋，包括人類miRNA的表達情況，病毒感染的組織等。13.ASRP Database:/db/ASRP網(wǎng)站組織了擬南芥中的小RNA的信息，這些小RNA是通過ASRP或其他實驗室分離得到的。14.miRNApath:http:/lgmb.fmrp.usp.br/mirnapat

7、h/tools.phpmiRNApath是一個關于miRNA、靶基因以及代謝通路的的數(shù)據(jù)庫。15.miRex:http:/miracle.igib.res.in/mirex/miRex是一個分析microRNA基因表達的在線資源庫，搜集，整理和分析已發(fā)表的關于microRNA基因表達的數(shù)據(jù)，它允許研究者通過數(shù)千數(shù)據(jù)點來分析基因表達和提供microRNA基因表達數(shù)據(jù)的在線保存。16.PolymiRTS:/miRSNP/自然產(chǎn)生的miRNA的靶標位點DNA變異的數(shù)據(jù)庫.17.SeqBuster:http:/estivill_lab.crg.es/seq

8、buster/a bioinformatic web interface able to custom analyze deep sequencing data to study miRNA variants or isomiRs. From Genetic Causes of Disease Group, Genes and Disease Program, Centre for Genomic Regulation (CRG), Pompeu Fabra University, Barcelona, Catalonia, Spain.18.WMD3: http:/wmd3.wei

9、./cgi-bin/webapp.cgiWMD3 designs artificial microRNAs (amiRNAs). The 21mer amiRNA21mers can specifically silenceg single or multiple genes of interest in more than 90 plants. From Max Planck Institute for Developmental Biology, 72076 Tübingen, Germany.19.TargetScan:http:/www.targets

10、/TargetScan是通過搜索和每條miRNA種子區(qū)域匹配的保守的8mer和7mer位點來預測靶基因。20.microRNA.org:/miRanda數(shù)據(jù)庫提供了關于人類、果蠅和斑馬魚基因組的microRNA靶目標的預測信息以及miRNA在不同組織的表達譜。21.PicTar: /icTar是通過一定計算法則來鑒定microRNA的靶目標的。該可搜索的網(wǎng)站可以提供以下物種的關于microRNA靶目標的預測詳細信息，包 括：脊椎動物、七個果蠅種類、三個線蟲種類和人類的非保守但共表達的mi

11、croRNA的靶目標(例如：表達在同一組織的microRNA和mRNA)。22.RNAhybrid:http:/bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/RNAhybrid是一種用于尋找一條長鏈RNA和一條短鏈RNA的最小配對自由能的工具，是通過一種域碼來實現(xiàn)的。例如一條短鏈序列結(jié)合到長鏈的最佳位置上。該工具主要作為microRNA靶基因預測用.23.microInspector:http:/bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/microInspector提供miRNA結(jié)合位點的預測。24.TripletSV

12、M: TripletSVM是一個用于預測一個具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的被查詢序列是否是一個真正的miRNA前體物的程序.25.TransmiR: TransmiR是關于轉(zhuǎn)錄因子的microRNA調(diào)節(jié)的數(shù)據(jù)庫，對于用于學術(shù)研究室免費的。26.miR2Disease:8080/miR2Disease/search.jspmiR2Disease數(shù)據(jù)庫是一個人工注釋的數(shù)據(jù)庫，主要收錄的是與人類疾病相關的microRNA信息.27.S-MED: /SMED/index.phpS-MED(肉瘤microRNA表達數(shù)據(jù)庫)是一個存儲miRN

13、A表達譜的數(shù)據(jù)庫，這些miRNA是在多種人的肉瘤中以及一些選擇的正常組織中發(fā)現(xiàn)的。28.PMRD：植物microRNA數(shù)據(jù)庫26.deepBase： deepBase從新一代測序技術(shù)(深度測序技術(shù)，deep-sequencing)數(shù)據(jù)中注釋和鑒定microRNA，piRNA，siRNA基因及長非編碼RNA基因及其他們的表達模式。30.starBase： starBase 從高通量的CLIP-Seq實驗數(shù)據(jù)(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解組實驗數(shù)據(jù)中(degradome sequencing)搜尋micorRNA的靶標。提供了各式各樣的可視化界面去探討micro

14、RNA的靶標31.PITA: http:/genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.htmlPITA基于靶位點的可接性(target-site accessibility)預測microRNA的靶標。32.RNA22：RNA22基因序列特征預測microRNA的結(jié)合位點。33.miRTarBase:.tw/index.html一個全面收集已被實驗驗證的microRNA靶標數(shù)據(jù)庫。34.miRanda： /microrna/home

15、.domiRanda是John等于2003年5月開發(fā)的第一個miRNA靶基因預測軟件。miRanda適用范圍廣泛，不受物種限制，同時提供了 windows,linux,和macintosh多平臺版本，可以下載到本地運行。堿基互補方面，miRanda算法和Smith-Waterman算 法相似，但它以堿基互補(如A=U,GC等)代替Smith-Waterman算法中的堿基匹配(如A-A,U-U等)來構(gòu)建打分矩陣，允許G=U錯 配，為了體現(xiàn)miRNA3端和5端和靶基因作用過程中的不對稱性，軟件給出了scale參數(shù)(5端11個堿基得分值乘以該值，然后和3端11個堿 基得分值相加作為堿基互補得分)。同

16、時強調(diào)miRNA第2到4位堿基和靶基因精確互補，第3到12位堿基和靶基因錯配不得多于5個，9到L-5(L為 miRNA總長)位堿基至少一個錯配，最后5個堿基錯配不得多于兩個。35.DIANA-microT： http:/www.microrna.gr/microT網(wǎng)站無DIANA-microT是KiriakidouM等基于實驗和計算生物學方法開發(fā)的miRNA靶基因預測軟件。和miRanda預測結(jié)果中可能出 現(xiàn)一個miRNA對應多個靶位點或多個miRNA對應一個靶位點而丟掉了miRNA調(diào)控單個靶位點不同的是，DIANA-microT考慮了miRNA調(diào) 控單個靶位點的情況。DIANA-microT預測算法基于以下兩點來判別miRNA靶基因：miRNA和靶基因間的高親和力，主要通過結(jié)合能來衡量。 影響miRNA和靶基因所形成二聚體莖環(huán)結(jié)構(gòu)環(huán)部位置和環(huán)大小的miRNA相關蛋白可能指導miRNA和靶基因的相互作用。36.RNAhybrid： http:/bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/RNAhybrid是Behmsmeier M等基于