GelPro操作示范手冊

1、Gel-PRO ANALYZER凝膠定量分析軟件操作示范手冊GelPro ANALYZER是方便快捷，功能強(qiáng)大的凝膠定量分析軟件，為幫助您快速掌握GelPro ANALYZER的功能，我們在以下的八個章節(jié)中給出一些常用功能的使用詳解，讓您輕松深入地了解Gel-PRO Analyzer凝膠定量分析軟件的常見操作以及應(yīng)用領(lǐng)域。Ø 概 述 Prot1.tif泳道分析Ø DNA分析 Slant.tif分子量計(jì)算Ø 單一條帶分析 Oneband.tif單一條帶Ø Dot-blot電泳分析 Dotblot.tifDot-blot電泳Ø 菌落計(jì)數(shù) Colon

2、y.tif菌落計(jì)數(shù)Ø 測量面積/密度 Quant.tif測量面積/密度Ø 報(bào)告輸出 報(bào)告生成器實(shí)驗(yàn)報(bào)告輸出Ø 宏 Macro宏的功能與應(yīng)用第一章 概述 - 泳道分析1. Prot1.tif 蛋白質(zhì)電泳分析第一步: 打開圖 “Prot1.tif “ 啟動個GelPro程序后，首先會看到以下畫面?？稍谠搶υ捒蛑羞x擇實(shí)驗(yàn)類型（如圖1），并輸入相關(guān)數(shù)據(jù)：圖 一a圖一b打開圖 “Prot1.tif “之后，會出現(xiàn)圖二工具框，或單擊工具欄中1D-Gel”。 第二步: 使用Rotate旋轉(zhuǎn)功能（如圖2）：凝膠成像泳道往往沒有與圖片框平行，利用 Rotate 功能對其進(jìn)行校正。如

3、圖二a和 圖二b所示。旋轉(zhuǎn)角度輸入”Angel”框中。 圖二a 圖二b第三步: 自動尋找泳道， 點(diǎn)擊“Lanes”， 出現(xiàn)圖五，單擊“Find Lanes”，軟件將自動尋找泳道（如圖3）（圖 三） （圖 四）第四步: 調(diào)整泳道范圍框的長度 利用鼠標(biāo)點(diǎn)擊泳道邊框，調(diào)整泳道范圍，（如圖 四）。第五步: 使用“Lanes”窗口的功能進(jìn)行調(diào)整有時因凝膠照片的原因，需要添加或刪除泳道。單擊“Delet Lanes”后，出現(xiàn)一對話框，點(diǎn)擊對應(yīng)泳道，刪除該泳道后，可再用Add Lanes進(jìn)行添加。“Curve Lanes” 可對彎曲泳道進(jìn)行校正，點(diǎn)擊“Labels”，再選擇相應(yīng)泳道進(jìn)行標(biāo)簽設(shè)置。（圖 五）第

4、六步: 泳道的密度輪廓窗口點(diǎn)擊“Find Lanes”后會同時出現(xiàn)一單一泳道的光密度輪廓的窗口（如圖 六），也可在”Plot”下拉菜單中選擇“show all lanes”顯示全部泳道密度輪廓曲線（如圖 七）（圖 六） （圖 七）第七步: 使用“Bands” 窗口的基本功能在“Bands” 窗口中，“Min. band height：”可對泳帶靈敏度進(jìn)行調(diào)節(jié)（如圖 八-1/2/3/4），通過“Min. band height：”指標(biāo)的調(diào)整，觀察該指標(biāo)對設(shè)定自動選擇BAND的靈敏度所起到的作用。（圖 八-1） （圖八-2）（圖 八-3） （圖八-4）第八步: “Slant 窗口的功能使用“Sla

5、nt”（如圖 九），”Auto Slant Lines”功能將自動對傾斜電泳的矯正，也可通過”Add Slant Line”,先將鼠標(biāo)放于相應(yīng)Band之上（這時光標(biāo)會變?yōu)樾菭睿?，至少選擇兩條以上Bands（如圖 十），點(diǎn)擊提示框中的“OK”即可，“Next MW”，將對下一條Line 進(jìn)行校正。（圖 九） （圖 十）第九步: 設(shè)定分子量標(biāo)準(zhǔn)單擊”1D-Gel”中”MW Standard”，可在下面對話框中（如圖 十一）設(shè)定分子量；設(shè)定的分子量可顯示在圖像中（如圖 十二）。（如圖 十一） （如圖 十二）第十步: 計(jì)算結(jié)果軟件對總量（如圖 十三）、分子量（如圖 十四）、匹配比較（如圖 十五）、OD

6、值（如圖 十六）的計(jì)算結(jié)果顯示如下。（圖 十三） （圖 十四）（圖 十五） （圖 十六）單擊”1D-Gel”中”Result”即將顯示上述數(shù)據(jù)表格，數(shù)據(jù)計(jì)算包括分子量和帶的含量，在菜單”Show”中可以選擇顯示其中之一或二者同時顯示。帶的量以下列形式之一表示：帶單位的質(zhì)量（在表格上方選擇框中選擇”Amount”），在整個泳道中含量的百分比（選擇”%”），相對豐度（選擇”Rel.ab”， 這里相對豐度值也就是百分比的數(shù)值形式）；絕對積分光密度（選擇”IOD”，即帶在整個泳道中的量）；最大積分光密度（選擇”max.IOD”，即在整個泳道中的光密度最大值）。分子量由用戶在第九步設(shè)定標(biāo)準(zhǔn)（Marker

7、）泳道后，其余泳道參照Marker算出。各帶分子量有以下兩種顯示方式：1. In rows of equal Mol. Weight/ Rf，同排表格中的帶分子量有相似的數(shù)據(jù)，最大相差間隔可在Amounts Calibration Options對話框中調(diào)整，默認(rèn)值為3%。如選擇In rows of equal Rf，則分子量根據(jù)事先選定的分子量參考數(shù)據(jù)得出。2. Packed，緊湊型：每一帶以在泳道中的順序表現(xiàn)。同排表格中數(shù)據(jù)不一定有相似的分子量。帶的含量計(jì)算有以下幾種顯示方式：1. 在”Loads”中設(shè)定每條泳道上樣的總質(zhì)量，在表格中各帶的質(zhì)量參照各泳道上樣的總質(zhì)量計(jì)算獲得。同時在”Cal

8、ibrate : Ratio to Band/Lane”選擇”The amount loaded in lans”。2. 在”Calibrate : Ratio to Band/Lane”中選擇” The amount in the same band in 列數(shù)”，數(shù)據(jù)將選中列的各帶量為標(biāo)準(zhǔn)或1，其余帶參考其值計(jì)算。3. 在”Calibrate : Ratio to Band/Lane”中選擇” The amount in band on row in 行數(shù)”， 數(shù)據(jù)將選中行的各帶量為標(biāo)準(zhǔn)或1，其余帶參考其值計(jì)算。4. 在”Calibrate : Ratio to Band/Lane”中選擇

9、” The band in lane row ”， 數(shù)據(jù)將選中所在行，列的帶含量為標(biāo)準(zhǔn)或1，其余帶參考其值計(jì)算。5. 根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)刻度計(jì)算”the standard calibration”。其后在”Calibrating amounts from known bands”對話框進(jìn)行調(diào)整。如圖調(diào)整時先單擊Add/Change 按紐，然后在相應(yīng)帶上點(diǎn)擊，對Band amount中出現(xiàn)的質(zhì)量進(jìn)行調(diào)整即可，至少應(yīng)選擇兩點(diǎn)進(jìn)行曲線校正。在其它電泳的處理中，校正方法與此類似。 圖十七顯示方式選項(xiàng)的旁邊有一選擇框”Rel/Band”。如果80 ng質(zhì)量樣品上樣，帶的量為整個泳道的15%，則帶的質(zhì)量為80 x

10、0.15 = 12 ng。因?yàn)閹еg的間隔關(guān)系，所有帶之和未必是80（百分比形式則不為1），選擇該項(xiàng)調(diào)整，所有帶之和可為80（百分比形式為1）。在對話框”File”中可將數(shù)據(jù)輸出到剪貼板，文件或Excel。 在”Show”下拉菜單中選擇選擇”Match”，會出現(xiàn)匹配比較的結(jié)果，即與參考泳道比較后找出是否存在與參考泳道中帶分子量一致的帶，如有以綠色標(biāo)記和1表示，如無用紅色標(biāo)記和0 表示，如比較的泳道有參考泳道中沒有的帶，則這些帶以藍(lán)色標(biāo)記和-1 表示。 通過概述您應(yīng)了解Gel-Pro分析軟件的基本操作流程，以及結(jié)果顯示的不同方式以及數(shù)據(jù)的校正。第二章 DNA分析 分子量計(jì)算1. Slant.ti

11、f DNA電泳分析第一步: 打開圖 “Slant.tif “ (如 圖十七) 選擇實(shí)驗(yàn)類型”DNA ANALYZER”：(圖十八) (圖十九)第二步: 應(yīng)用Best fit功能，自動圖像的對比度、亮度，使圖像更便于觀察分析 (如 圖十八)第三步: 選擇“Lanes”自動尋找泳道 (如 圖十九)，應(yīng)用添加“Add Lanes”加入未找到的泳道（如圖二十）。 （圖二十a(chǎn)） （圖二十b）第四步: 選擇“Bands”窗口矯正“Bands”的彎曲度 (如 圖二十一)，選擇“Add Curves”（如 圖二十二）。(圖二十一) (圖二十二)第五步: 選擇“Bands”窗口矯正“Bands”的彎曲度 (如

12、圖二十三)，選擇“Add Curves”矯正（如 圖二十四）。(圖二十三) (圖二十四)第六步: 利用“Bands”窗口中“Labels”標(biāo)注功能 (如 圖二十五)，結(jié)果（如 圖二十六）。(圖二十五) (圖二十六)第七步: 設(shè)定分子量標(biāo)準(zhǔn)（如圖 二十七）；結(jié)果顯示（如圖 二十八）。（圖 二十七） （圖 二十八）第八步: 查看分子量計(jì)算結(jié)果“（如圖 二十九）。（圖 二十九） 本節(jié)重點(diǎn)是加深對Gel-Pro在圖像矯正方面的特點(diǎn)及分子量的計(jì)算功能等。第三章 單一條帶分析1. Oneband.tif 第一步: 打開圖 Oneband.tif “ (如 圖三十)，選擇“AOI”功能設(shè)定分析范圍(如 圖三

13、十一) 選擇實(shí)驗(yàn)類型”SINGLE BAND ANALYZER”：(圖三十) (圖三十一)第二步: 選擇“Lanes”自動尋找泳道，調(diào)整泳道范圍(如 圖三十二)，查看泳道輪廓窗口(如 圖三十三)(圖三十二) (圖三十三)第三步: 選擇“Results”查看計(jì)算結(jié)果(如 圖三十四)(圖三十四) 本節(jié)重點(diǎn)是了解Gel-Pro針對單一條帶分析的解決方案。第四章 Dot-blot電泳分析1. Dotblot.tif 第一步: 打開圖 Dotblot.tif “ (如 圖三十五)。 選擇實(shí)驗(yàn)類型” Dot-blot ANALYZER”或單擊工具欄中”Dot blot”：圖三十五第二步: 打開 “Dots

14、 “窗口（如 圖三十六），在選項(xiàng)功能中設(shè)定相關(guān)數(shù)值，選擇“FIND DOTS” (如 圖三十七)。 （圖三十六） （圖三十七）第三步: 打開 “Mass /IOD“窗口，查看IOD計(jì)算結(jié)果 (如 圖三十八)。在該窗口菜單”Show”中可顯示積分光密度，最大光密度，最小光密度，以及經(jīng)校正后的質(zhì)量。圖三十八第四步: 打開 “Show“菜單中的“Options”選項(xiàng)窗口，選擇參照行或列，進(jìn)行相似比較 (如 圖三十九)。（圖三十九） 第五步: 觀察數(shù)據(jù)窗口變化(如 圖四十)(圖四十) 本節(jié)重點(diǎn)是了解Gel-Pro針對Dot-blot電泳分析的解決方案。第五章 菌落計(jì)數(shù)-培養(yǎng)皿計(jì)數(shù)1. Colony.t

15、if 第一步: 打開圖 “Colony.tif “ (如 圖四十一)。 選擇實(shí)驗(yàn)類型” Colony Counting”：圖四十一第二步: 打開“Colony Counting”窗口，選擇自動計(jì)數(shù)或手動計(jì)數(shù)功能。(如 圖四十二)。 (圖四十二)第二步: 我們主要介紹手動計(jì)數(shù)功能，選擇“NO”，打開“計(jì)數(shù)”選項(xiàng)窗口(如 圖四十三)。(圖四十三)第三步: 在“Measure”菜單中選擇“Select Measurements”窗口選擇想要的計(jì)算結(jié)果(如 圖四十四)（圖四十四）第四步: 在“Ranges”中選擇計(jì)數(shù)范圍(如 圖四十五、四十六)通過在圖四十五Segmentation對話框中調(diào)節(jié)Leve

16、l范圍，可對顯示的記數(shù)點(diǎn)進(jìn)行選擇，被選中的點(diǎn)將在圖四十六中顯示出來。四十五 四十六第五步: 點(diǎn)擊“Count”觀察原圖中的變化，及“Total Count”數(shù)值(如 圖四十七、四十八)(圖四十七) （圖四十八）第六步: 點(diǎn)擊“View”菜單查看不同的計(jì)算項(xiàng)目：“計(jì)算數(shù)據(jù)”、“統(tǒng)計(jì)”、“分布直方圖”(如 圖四十九、圖五十、圖五十一)（圖四十九） （圖五十） （圖五十一） 本節(jié)重點(diǎn)是讓客戶了解Gel-Pro應(yīng)用在菌落計(jì)數(shù)等相關(guān)實(shí)驗(yàn)中的解決方案。第五章 測量面積/密度1. Slant.tif 第一步: 打開圖 Slant.tif “及” Area Density Tools”窗口 (如 圖五十二)。

17、 選擇實(shí)驗(yàn)類型” Area Density”： 圖五十二第二步: 點(diǎn)擊“Efine Region” 可以選擇以下兩種選擇范圍的工具(如 圖五十三) (圖五十三)兩種工具中前者是魔術(shù)棒工具，鼠標(biāo)左鍵單擊自動選擇，按住Ctrl鍵即可多個選擇，后者為手動選擇工具。第三步: 利用上面的工具點(diǎn)在圖中選取需要計(jì)算的范圍，點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵確定目標(biāo)，可反復(fù)操作(如 圖五十四)(圖五十四) (圖五十五)第四步: 在” Area Density Tools”窗口中可以實(shí)時得到相關(guān)的計(jì)算結(jié)果：“平均密度”、“面積”等(如 圖五十四) 本節(jié)重點(diǎn)是了解Gel-Pro中“ Area Density Tools”測量工具的應(yīng)用。第六章 實(shí)驗(yàn)報(bào)告輸出Gel-Pro具有自動生成實(shí)驗(yàn)報(bào)告的功能，單擊工具欄中的”Report Generator”，選擇一模版后即可。在報(bào)考中可插入實(shí)驗(yàn)中的圖像，表格，使您能輕松完成報(bào)告，并