Clustalx_多重序列比對圖解教程(圖解使用)

1、 Clustalx 多重序列比對圖解教程(By Raindy)本帖首發(fā)于Raindyblog,請保留作者信息，！歡迎有寫生物學(xué)軟件專長的戰(zhàn)友，加入生信教程寫作群：13559330，接頭暗號：你所擅長的生物學(xué)軟件名稱軟件簡介:CLUSTALX是CLUSTAL多重序列比對程序的Windows版本。Clustal X為進(jìn)行多重序列和輪廓比對和分析結(jié)果提供一個(gè)整體的環(huán)境。 序列將顯示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比對中加亮保守區(qū)的特征。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統(tǒng)多重比對和輪廓比對需要的所有選項(xiàng)。 主要功能：你可以剪切、粘貼序列以更改比對的順序；你可以選擇序列子集進(jìn)行比對；你可以選擇比對的子

2、排列(Sub-range)進(jìn)行重新比對并可插入到原始比對中；可執(zhí)行比對質(zhì)量分析，低分值片段或異常殘基將以高亮顯示。當(dāng)前版本:1.83PS:如果你是新手或喜歡中文界面,推薦使用本人漢化的Clustalx 1.81版地址:./index.php?Go=Show:ist&ID=7435(請完整復(fù)制)應(yīng)用:Clustalx比對結(jié)果是構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的前提實(shí)例：植物呼腸孤病毒屬外層衣殼蛋白P8(AA序列)為例流程：載入序列編輯序列設(shè)置參數(shù)完全比對比對結(jié)果1.載入序列：運(yùn)行ClustalX，主界面窗 口如下所圖（圖1），依次在程序上方的菜單欄選擇“File”“Load Sequence

3、”載入待比對的序列，如圖2所示，如果當(dāng)前已載入序列，此時(shí)會提示是否替換現(xiàn)有序列(Replace existing sequences)，根據(jù)具體情形選擇操作。圖1圖22.編輯序列： 對標(biāo)尺(Ruler)上方的序列進(jìn)行編輯操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘貼)、Select All sequences(選定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列選定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(僅移除選定序列的空位

4、)圖33.參數(shù)設(shè)置： 可以根據(jù)分析要求設(shè)置相對的比對參數(shù)。通常情況下，我們可以使用默認(rèn)參數(shù)。比對參數(shù)主要有六個(gè)，分別是Reset New Gaps before Alignment(比對前重置新的空位參數(shù))，Reset All Gaps before Alignment（比對前重置所有空位參數(shù)），Pairwise Alignment Parameters（兩兩序列比對參數(shù)），Multiple Alignment Parameters（多重序列比對參數(shù)），Protein Gap Parameters（蛋白空位參數(shù)），Secondary structure Parameters（二級結(jié)構(gòu)參數(shù)），如

5、圖4所示：圖4修改參數(shù)只需點(diǎn)擊相應(yīng)標(biāo)簽，示例比對的是多序列比對，故可選擇“Multiple Alignment Parameters”彈出參數(shù)設(shè)置窗口，如圖5所示：圖54.完全比對： 返回菜單欄選擇“Complete Alignment”標(biāo)簽，此時(shí)會彈出輸出文件路徑的設(shè)置窗口，設(shè)置Guide Tree File（向?qū)浠蛑笇?dǎo)樹文件）、Alignment File（比對文件）的保存位置（存放路徑），點(diǎn)擊“Align”按鈕程序自動開始序列的完全比對，比對所需時(shí)間因序列文件大小和長度、計(jì)算機(jī)性能而異， 如圖6-8所示：圖6圖7圖8當(dāng)主界面的左下狀態(tài)欄會提示“CLUSTAL-Alignment Fil

6、e created ”時(shí)說明比全完畢，這時(shí)文件保存位置的目錄下會生成生成兩個(gè)文件，分別是*.aln和*.dnd，aln是序列比對的文件，可以進(jìn)一步用于構(gòu)樹系統(tǒng)發(fā) 育樹，dnd是向?qū)湮募ㄖ笇?dǎo)樹），這兩個(gè)文件可以用Windows系統(tǒng)中的“記事本”或第三方程序“UltraEdit”等打開，如：圖9 ALN文件圖10 dnd文件5.后續(xù)分析：1)Clustalx比對生成的結(jié)果可讀性不是太好，一般需要專業(yè)的序列著色軟件處理，如Boxshade、ESPript，這兩個(gè)工具都是在線進(jìn)行，其中Boxshade圖解教程詳見本Blog日志。Boxshade在線 ./software/

7、BOX_form.htmlESPript在線 espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi2)轉(zhuǎn)換ALN文件，進(jìn)一步構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，轉(zhuǎn)換格式依不同軟件而有所不同，如在PHYLIP分析前需要將ALN格式轉(zhuǎn)換為PHY格式方可.注意事項(xiàng)：1)dnd是向?qū)湮募梢杂肨reeViews軟件查看樹圖。注意：向?qū)洳皇窍到y(tǒng)發(fā)育樹，兩者區(qū)別敬請關(guān)注近期系統(tǒng)發(fā)育分析專題。2)多重比對文件推薦要求為規(guī)的FASTA格式，文件擴(kuò)展名不限，格式大致如下：引用:RGDV_BAA02676MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVNRGDV_ABC75537MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFCHLWVIMSFIAVFGRYYTVNR