NCBI完全功略

1、成都艾力生物技術(shù)研究所創(chuàng)立于1999年，由5名留學(xué)歸國博士牽頭組建，是目前國內(nèi)專業(yè)化的動保產(chǎn)品科研機構(gòu)。研究所主要致力于獸用生物疫苗（豬苗、犬苗）、新型飼料原料、動物藥品的開發(fā)工作，同時，也為規(guī)?；B(yǎng)殖企業(yè)提供疾病防治成套解決方案。目前，研究所已為國內(nèi)200多家獸藥、飼料生產(chǎn)企業(yè)，規(guī)?；B(yǎng)雞場、養(yǎng)豬場提供了多項技術(shù)成果和技術(shù)方案。-  中國生命科學(xué)論壇  (-  文獻與檢索技巧  (-  PubMed完全攻略  (-  作者：tianlanlan-

2、0; 發(fā)布時間：2004-6-12 16:30:00-  PubMed完全攻略第一章 進入PubMed魔法學(xué)校-PubMed 概述     有位退休的老教授不止一次的向我感嘆："你們現(xiàn)在真是幸福，我們那時候要查一篇相關(guān)的文獻，要到圖書館一本一本目錄去檢索。尤其是做一些別人不太做的課題時，要搜集幾篇有用的文獻，竟要花上3，4個月時間，而你們現(xiàn)在。"趁他打頓的時候，我告訴他，"快的話，可能只要3秒鐘"。從他兩個厚厚的酒瓶底后面露出一絲羨慕的眼神。我可以想見他當(dāng)時在一大堆期刊中埋頭查閱的情形

3、，但對于現(xiàn)在的醫(yī)學(xué)工作者來說，我已經(jīng)無法想像，如果我們失去PubMed，世界將會怎樣。盡管在因特網(wǎng)上，類似于PubMed的醫(yī)學(xué)文獻檢索系統(tǒng)并不少，但就其信息量，使用的方便程度，更新速度等多方面因素而言，PubMed都首屈一指。還有非常重要的一點，正如它的名字（PubMedPublic+Medicine）所暗示的, PubMed是免費向公眾開放的。無論何時何地，你只要在瀏覽器地址欄中輸入：/pubmed/ 就可以立刻進入PubMed的界面并開始享受PubMed所給你帶來的無窮便利。     &#

4、160;  俗話說，喝水不忘掘井人。PubMed是美國國家醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)所屬的國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)開發(fā)的因特網(wǎng)生物醫(yī)學(xué)信息檢索系統(tǒng)，位于美國國立衛(wèi)生研究院（NIH）的平臺上。有不少西方人有在飯前祈禱感恩的習(xí)慣，不知道我們是否也有必要每次使用PubMed前都感謝NCBI呢？   PubMed覆蓋了全世界70多個國家4300多種主要生物醫(yī)學(xué)期刊的摘要和部分全文。其覆蓋的時間段也非常長，早的可以追溯到20世紀(jì)60年代，通常而言，這已經(jīng)足夠早了，很少有人會需要查閱在此之前的文獻。當(dāng)然，研究生物醫(yī)學(xué)史的工作者可能是個例外。而最新的文獻幾乎就在此時

5、此刻。與PubMed掛鉤的出版商會自動向PubMed提供最新的文獻摘要，而往往在這個時候文獻還沒有正式出版。所以盡管生物醫(yī)學(xué)的文章從被期刊接受到出版往往要好幾個月的時間，但借助于PubMed，我們?nèi)耘f可以隨時掌握最新的動向，從而大大有利于自己的臨床和研究工作。還有些出版商通過PubMed提供文獻的全文，有時甚至是免費的，這樣，我們就可以在PubMed上真正享受"坐擁書城"的感覺了（關(guān)于如何獲取全文將在以后的章節(jié)中詳述）。    進入PubMed的主界面后， 首先映入我們眼簾的就是頁面上方的檢索框和功能鍵（如下圖）。這是PubMed的核

6、心部分。大部分工作，我們只要利用這"一框五鍵"（檢索框，Limit鍵, Preview/Index鍵, History鍵，Clipboard鍵和Details鍵）即可完成。 在主界面的左側(cè)框（如左圖），有：· Journal Browser 期刊瀏覽· MeSh Browser可以用它來分層流覽MeSH表· Single Citation Matcher輸入期刊的信息可以找到某單篇的文獻或整個期刊的內(nèi)容。· Batch Citution Matcher用一種特定的形式輸入期刊的信息一次搜索多篇文獻。· Clinical Qu

7、eries這一部分為臨床醫(yī)生設(shè)置，通過過濾的方式將搜索的文獻固定在4個范圍：治療、診斷、病原學(xué)與預(yù)后。· Old PubMed (使用舊式的PubMed查詢方式)3) Related Resources· Order Documents可以使用戶在當(dāng)?shù)氐玫轿墨I的全文， 但這是要收費的，至于如何免費獲得文獻全文，我將在后面的有關(guān)章節(jié)中詳述。· Grateful Med是對另一個NLM基于網(wǎng)絡(luò)的查詢系統(tǒng)的鏈接。Grateful Med也提供MEDLINE的接入，并且還有一些其他的數(shù)據(jù)庫如AIDSLINE、HISTLINE等等。· Consumer Healt

8、h提供與MEDLINEplus的鏈接，MEDLINEplus是與消費者健康信息相關(guān)的國家醫(yī)學(xué)圖書館的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點。· Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH資助的臨床研究成果的發(fā)利用左側(cè)框的這些服務(wù)，我們不僅能夠進行功能更加強大的檢索，而且還能得到不少非常有用的服務(wù)。這些都將在后續(xù)章節(jié)中介紹。   總體而言，PubMed的界面相當(dāng)簡潔清晰，幾乎是傻瓜式的。   然而傻瓜式的界面并不意味著傻瓜式的操作。我看到很多人用了幾年的PubMed，還是只知道在檢索框里輸入一個關(guān)鍵字，然后按一下"Go"按鈕這樣一種單一原始的檢

9、索方式。雖然有一半左右的情況，這樣的操作就足以得到令人滿意的信息，但對于另一半情況，就沒有那么幸運了，要么你真正所需的信息湮沒在大量紛繁蕪雜的"無用"信息中，要么你只得到了大量有用信息的冰山一角。    令人費解的是，很多醫(yī)務(wù)工作者寧可在每次檢索時都花上成倍的時間，卻不愿花上幾個小時的時間去認真研究一下PubMed。"君欲善其事，必先利其器"， PubMed就好像一把功能強大的槍，你決不能僅僅滿足于知道扣動扳機就可以發(fā)射子彈，更重要的是，你要知道如何利用準(zhǔn)星瞄準(zhǔn)，如何把這把槍的功能發(fā)揮到及至。   在以后的章節(jié)中，

10、我們將逐步深入地了解PubMed，相信通過這些章節(jié)的學(xué)習(xí)，我們可以真正熟練掌握PubMed，從而使自己的工作事半功倍。 -  作者：tianlanlan-  發(fā)布時間：2004-6-12 16:31:00-  第二章 PUBMED簡單檢索技巧 一在這一章里，我們將對如何應(yīng)用PUBMED這一得力助手檢索文獻，作以簡單介紹。   1當(dāng)你打開瀏覽器，在地址欄內(nèi)鍵入/PubMed/ 或是http:/www.PubM/后，就進入了PUBMED檢索系統(tǒng)主頁,可以見

11、到如下的頁面。2在靠近頁面上部的地方，首先映入我們眼簾的，即是供我們輸入所需查詢內(nèi)容的檢索框。    在檢索框中輸入查詢詞，然后單擊"go"按鈕或按回車鍵，PubMed將會自動開始檢索，并將檢索到的相關(guān)條目顯示在屏幕上。在檢索框前面，你還可以選定所要檢索內(nèi)容的數(shù)據(jù)庫范圍，除NCBI的數(shù)據(jù)庫以外，可供選擇的還有：PROTEIN, STRUCTURE, POPSET等等。    說到這里，很多人可能以為只需傻瓜式的輸入幾個字符然后回車一敲便可萬事大吉，其實不然。每個人搜索效率的高低往往存在很大差別。在這里提供以下建議僅

12、供讀者參考：     明確你索要檢索的關(guān)鍵概念及詞語，即關(guān)鍵字；     考慮到關(guān)鍵字的類似說法，即有可能出現(xiàn)的同義詞；     通過限定DATES, STUDY GROUP等，精煉你的檢索范圍；     多向有經(jīng)驗的人求教，因為不同的專業(yè)背景以及個人的差異，都有可能形成不同的方法和技巧。    3通過布爾（BOOLEAN）運算來提高你的效率    最常用的

13、三種布爾運算即是AND,OR,和NOT。     AND提供的運算方式即不管所輸入的兩個關(guān)鍵詞語所出現(xiàn)的位置在哪，只要他們都出現(xiàn)在索引文章的某一處，就將其列出。     而OR則是將出現(xiàn)至少一個關(guān)鍵詞的文章列出，這種運算在想將相似主題的文章羅列在一起時，十分有效。     NOT運算可以在你的檢索范圍內(nèi)將某些不需要的部分除去。但是在使用的時候要特別注意，會有可能將一些你所需要的文章漏掉。比如當(dāng)你的檢索詞為LEAD POISONING NOT CHILDREN時，除了會刪除掉那

14、些僅討論兒童的文章，同時也會刪去那些同時討論兒童及其他年齡組的文章。    4PUBMED檢索類型    通常我們所要查詢的單詞類型大致可以分為：     詞語（主題）檢索 這時我們在PubMed主頁的檢索框中鍵入的是英文單詞或短語（大寫或小寫均可）。然后回車或點擊"Go"， PubMed即使用其詞匯自動轉(zhuǎn)換功能進行檢索，并將檢索結(jié)果直接顯示在主頁下方。例如：鍵入"vitamin c common cold"后回車或點擊"Go

15、"， PubMed開始檢索并將檢索結(jié)果顯示出來。     著者檢索 當(dāng)我們所要查詢的是著作者時， 在檢索框中鍵入著者姓氏全稱和名字的首字母縮寫，格式為："著者姓 空格 名字首字母縮寫"，例如smith ja，然后回車或點擊Go，系統(tǒng)會自動到著者字段去檢索，并顯示檢索結(jié)果。     刊名檢索 在檢索框中鍵入刊名全稱或MEDLINE形式的簡稱、ISSN號，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，然后回車或點擊

16、Go,系統(tǒng)將在刊名字段檢索，并顯示檢索結(jié)果。     日期或日期范圍檢索 可以在檢索框中鍵入日期或日期范圍，然后回車或點擊Go，系統(tǒng)會按日期段檢索，并將符合條件的記錄予以顯示。日期的錄入格式為YYYY/MM/DD；如：1999/09/08 也可以不錄月份和日子，如：2000或1999/12。     檢索期刊子集（輯） 檢索的格式為：檢索詞AND jsubseta,如：neoplasm AND jsubseta?？晒z索的期刊子庫有3種：Abridged Index Medicus(有120種重要核心期刊)、Den

17、tal和Nursing。分別使用jsubseta, jsubsetd, jsubsetn進行限定。     檢索帶文摘的記錄 檢索的格式為：檢索詞AND has abstract, 如：liver cancer AND has abstract。要注意的是在1975年前出版的文章，其MEDLINE記錄中沒有文摘。     布爾邏輯檢索 PubMed系統(tǒng)允許使用布爾邏輯檢索，只要在檢索框中鍵入布爾邏輯運算符（AND，OR或NOT）。具體使用時要注意的問題，詳見上第3點所述。   

18、0;5如何處理檢索結(jié)果    當(dāng)你點擊GO或回車后，PubMed將會自動運行檢索命令，在屏幕的下方顯示出符合檢索要求的項目，并且在查詢框內(nèi)保留原檢索詞。此時要注意的是符合檢索要求的項目是以SUMMARY（簡要格式）顯示出來的，就是列出作者，文章題目，以及文章來源的一些信息。    在DISPLAY鍵后還可以選擇別的顯示格式，點擊DISPLAY鍵后，系統(tǒng)按所選格式全部檢索結(jié)果。    如果只需要顯示其中一部分記錄，則需點擊該記錄左邊的查詢框，使標(biāo)記后，再點擊Display鍵；如

19、果只需顯示一條記錄，則可直接點擊該記錄中的作者姓名超鏈接，系統(tǒng)會自動顯示該記錄的文摘格式。    還有一點，系統(tǒng)所設(shè)定的默認值為每頁顯示20條選項，這點可以在SHOW后的下拉菜單處選擇。    如果選中所感興趣的內(nèi)容，即可進行保存，打印等等操作。PubMed系統(tǒng)允許最多可保存5000條記錄。要保存全部檢索結(jié)果時，打開Summary下拉菜單選擇其中一種格式，然后點擊Save鍵；要保存特定記錄時，點擊記錄左邊的選擇框予以標(biāo)記后，再點擊Save鍵。    使用瀏覽器的打印功能，即可

20、把感興趣的內(nèi)容打印出來。系統(tǒng)允許每頁最多顯示500條記錄。如果想打印成文本格式，請先點擊Text鍵，然后再打印。    下一章我們將用幾個實例來使大家熟悉以上檢索技巧。-  作者：tianlanlan-  發(fā)布時間：2004-6-12 16:35:00-  第三章 PUBMED簡單檢索實例    在上一章里，我們已經(jīng)對如何用PUBMED來查詢我們感興趣問題的文獻。在這一章，我們可以通過幾個簡單的實例來具體熟悉PUBMED的用法。 例一    &#

21、160;1明確所要檢索的內(nèi)容。如果我們要查詢的問題是"維生素C對于普通感冒的防治作用"。首先我們應(yīng)分析這一問題中的關(guān)鍵詞語，主要由"維生素C"，和"普通感冒"構(gòu)成。即"VITAMIN C"和"COMMON COLD"。    2分析所要檢索的兩個相關(guān)詞語的關(guān)系。根據(jù)我們的日常生活經(jīng)驗，可以將兩個關(guān)鍵詞之間的關(guān)系定義為"AND",于是我們可以在檢索框內(nèi)鍵入"VITAMIN C AND COMMON COLD".，然后點

22、擊"GO"，進行檢索。下面的畫面即為經(jīng)過上面檢索過程后所得到的相關(guān)文章。  3以上初步檢索后所顯示的結(jié)果都以默認的SUMMER格式顯示出來，在經(jīng)過對SUMMER的閱讀后，我們可以進一步篩選文獻的內(nèi)容。如我們感興趣的是第二、三、五篇的話，選中這幾篇文獻左側(cè)的方框。如果我們想要同時看到這幾篇的ABSTRACT，在DISPLAY鍵后的下拉菜單選擇ABSTRACT，然后點擊DISPLAY。即可看到所要結(jié)果。例二   1 如果這一次我們想要查找的是與一個作者相關(guān)的文章，如這位作者的名字是Hemila h，則我們所要檢索的內(nèi)容就很明確了，是這位作者的名字H

23、emila h。2 在檢索框內(nèi)輸入Hemila h，點擊GO鍵，屏幕上即會顯示出與這位作者相關(guān)的文獻。    3 在所列出的 39項文獻內(nèi)，我們?nèi)绻朐谝黄羶?nèi)看到所有的選項，可以在SHOW后面的下拉菜單內(nèi)選擇想要顯示的數(shù)量，如50篇。   4 在PUBMED所檢索到的文獻里，我們對第 1篇很感興趣，點擊該篇文章左側(cè)的方框，然后拉下Display鍵后的多選框，選擇文獻的顯示類型，（如Abstract-摘要，Brief-提綱 ，Citation-引言等），一般情況下，以選擇Abstract居多，這樣一目了然。在確定好顯示內(nèi)容后，點擊Display鈕，即可閱讀

24、相關(guān)內(nèi)容了第三章 PUBMED簡單檢索實例    在上一章里，我們已經(jīng)對如何用PUBMED來查詢我們感興趣問題的文獻。在這一章，我們可以通過幾個簡單的實例來具體熟悉PUBMED的用法。 例一     1明確所要檢索的內(nèi)容。如果我們要查詢的問題是"維生素C對于普通感冒的防治作用"。首先我們應(yīng)分析這一問題中的關(guān)鍵詞語，主要由"維生素C"，和"普通感冒"構(gòu)成。即"VITAMIN C"和"COMMON COLD"。  

25、60; 2分析所要檢索的兩個相關(guān)詞語的關(guān)系。根據(jù)我們的日常生活經(jīng)驗，可以將兩個關(guān)鍵詞之間的關(guān)系定義為"AND",于是我們可以在檢索框內(nèi)鍵入"VITAMIN C AND COMMON COLD".，然后點擊"GO"，進行檢索。下面的畫面即為經(jīng)過上面檢索過程后所得到的相關(guān)文章。      3以上初步檢索后所顯示的結(jié)果都以默認的SUMMER格式顯示出來，在經(jīng)過對SUMMER的閱讀后，我們可以進一步篩選文獻的內(nèi)容。如我們感興趣的是第二、三、五篇的話，選中這幾篇文獻左側(cè)的方框。如果我們想要同時看

26、到這幾篇的ABSTRACT，在DISPLAY鍵后的下拉菜單選擇ABSTRACT，然后點擊DISPLAY。即可看到所要結(jié)果。例二   1 如果這一次我們想要查找的是與一個作者相關(guān)的文章，如這位作者的名字是Hemila h，則我們所要檢索的內(nèi)容就很明確了，是這位作者的名字Hemila h。2 在檢索框內(nèi)輸入Hemila h，點擊GO鍵，屏幕上即會顯示出與這位作者相關(guān)的文獻。    3 在所列出的 39項文獻內(nèi)，我們?nèi)绻朐谝黄羶?nèi)看到所有的選項，可以在SHOW后面的下拉菜單內(nèi)選擇想要顯示的數(shù)量，如50篇。   4 在PUBMED所檢索到的文

27、獻里，我們對第 1篇很感興趣，點擊該篇文章左側(cè)的方框，然后拉下Display鍵后的多選框，選擇文獻的顯示類型，（如Abstract-摘要，Brief-提綱 ，Citation-引言等），一般情況下，以選擇Abstract居多，這樣一目了然。在確定好顯示內(nèi)容后，點擊Display鈕，即可閱讀相關(guān)內(nèi)容了。 5 在確定對檢索到的內(nèi)容感興趣后，如果想把它保存下來，可以單擊Save按鍵，如果想保存在剪貼板里，即可單擊Clipboard,保存于剪貼板。點擊"文件"菜單內(nèi)的打印即可將該文打印出來。    上述是運用Pubmed進行簡單檢索的兩個實例。如果經(jīng)過上述的檢索

28、過程，仍然不能滿足你的需要，我們可以進行較為復(fù)雜的高級檢索。在以后的幾章中，我們會詳細介紹。 -  作者：tianlanlan-  發(fā)布時間：2004-6-12 16:35:00-  第四章 PUBMED高級檢索技巧   在以上兩章我們已經(jīng)掌握了如何運用初級檢索法達到檢索文獻的目的。不過在我們所要檢索的問題相對較為復(fù)雜的時候，僅僅靠初級檢索就遠遠達不到需求了。為了使得我們的檢索更為準(zhǔn)確，高效，我們可以充分利用PubMed所提供的高級檢索功能。在你進入PubMed首頁之后，在檢索框的下方，有PubMed所提供的五個重

29、要的功能按鈕，即Limits按鈕, Preview/Index按鈕, History按鈕, Clipboard按鈕,及Details按鈕。如果你能夠充分的利用好這幾個功能按鈕，那你的檢索則很有可能事半功倍。   首先，讓我們來簡單的了解一下這幾個按鈕的主要功能。    1. Limits 按鈕當(dāng)你單擊Limits按鈕后，你可以看到如下界面。（fig1）第四章 PUBMED高級檢索技巧   在以上兩章我們已經(jīng)掌握了如何運用初級檢索法達到檢索文獻的目的。不過在我們所要檢索的問題相對較為復(fù)雜的時候，僅僅靠初級檢索就遠遠達不到需求了。為了使得

30、我們的檢索更為準(zhǔn)確，高效，我們可以充分利用PubMed所提供的高級檢索功能。在你進入PubMed首頁之后，在檢索框的下方，有PubMed所提供的五個重要的功能按鈕，即Limits按鈕, Preview/Index按鈕, History按鈕, Clipboard按鈕,及Details按鈕。如果你能夠充分的利用好這幾個功能按鈕，那你的檢索則很有可能事半功倍。   首先，讓我們來簡單的了解一下這幾個按鈕的主要功能。    1. Limits 按鈕當(dāng)你單擊Limits按鈕后，你可以看到如下界面。（fig1）在這里可以進行以下設(shè)定：  

31、0;  將搜索范圍設(shè)定在一個特定的域。     將搜索范圍設(shè)定在特定的年齡組、性別組、人類或動物學(xué)范圍。     也可以將搜索限定在某一語種出版的或某一特定的文章類型（如綜述）。     設(shè)定只搜索包含摘要的文獻。     設(shè)定搜索Entrez數(shù)據(jù)庫或Publication數(shù)據(jù)庫。     設(shè)定搜索范圍為PubMed數(shù)據(jù)庫的某一子數(shù)據(jù)庫（如Abridged Index Medicus 或

32、AIDS相關(guān)的條目）。    例如 在All Fields域選擇下拉菜單里，你可以把搜索詞限定在一個特定的域，缺省設(shè)置是所有的域；打開下拉菜單就可以選擇所需的域名了。又如"Only items with abstracts"指只檢索那些有文摘的記錄（1975年前出版的文章的記錄中沒有文摘）    2Preview/Index 按鈕    在按下Preview/Index按鈕之后，我們可以進行的設(shè)定有：     在顯示

33、條目之前顯示所查到的文獻數(shù)。     隨時通過增加查詢單詞來修改查詢方案。     在特定的搜索域中向方案里加入查詢詞。     從Index中查看并選擇詞語來修改查詢方案。     在你修改查詢時查看方案。    Preview(預(yù)覽) 使用此功能可以在顯示條目之前顯示所查到的文獻數(shù)。使用時，在輸入框中鍵入搜索詞，然后單擊Preview，PubMed返回的信息是條目的數(shù)量。  

34、;  Index（索引） 使用此功能,可以從特定域中選擇以索引的單詞，并把他們加入查詢方案之中;可以查看某一個特定搜索域中詞語列表；也可以使用布爾運算符來建立一個查詢方案。    3History 按鈕    History （歷史記錄）歷史記錄中保存的是你所有的查詢方案與查詢結(jié)果，只有當(dāng)你運行了一次查詢之后，History中才有內(nèi)容。History屏幕將會顯示：你的查詢方案、查詢時間、查詢到的文獻數(shù)量。Preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄，而使用History可以看到最近100次的查

35、詢結(jié)果。一旦查詢數(shù)量超過100，PubMed會將最早的查詢除去，加進最新的一次查詢。如果兩次查詢內(nèi)容相同，PubMed會將頭一次的去除。    4Clipboard 按鈕    剪貼板可以幫助你保存或查看在一個或多個查詢中選擇的條目，然后就可以打印、保存、訂購剪切板中的內(nèi)容了。將條目左邊的復(fù)選框選中，單擊"Add to clipboard"就可以將其加入剪切板中。當(dāng)點擊 Clear History可以將History中的所有內(nèi)容清除。    剪切板中最大的

36、儲存數(shù)是500條。而放在剪切板中的內(nèi)容如果在一小時內(nèi)沒有任何操作，將會自動消失。    5Details  按鈕    Details是用于幫助你查看PubMed的檢索策略。即在提問框中鍵入的檢索詞被PubMed自動地轉(zhuǎn)換成了那些詞，并使用了什么樣的檢索規(guī)則和檢索語法。此外，使用Details鍵可以對檢索策略進行編輯，然后再一次檢索。在PubMed Query框內(nèi)顯示的是PubMed實際使用的檢索策略和語法。該框下有四個區(qū)域：Result區(qū)顯示檢索結(jié)果的記錄總數(shù)，點擊這個數(shù)字，可回到檢索結(jié)果顯示

37、屏；Translation區(qū)顯示檢索詞轉(zhuǎn)換的詳細情況；Database區(qū)顯示檢索的數(shù)據(jù)庫；User Query 區(qū)顯示用戶鍵入的檢索詞或檢索式。    要對檢索策略進行編輯可直接點擊PubMed Query框中的檢索策略，將其增加、刪除或修改后點擊Search鍵。    除了以上五個主要功能鍵以外，利用PubMed提供的其他一些功能，如MeSH 等，也可以在很大一部分程度上提高我們的檢索效率。在以后的若干章里，我們將會以詳盡的筆墨來系統(tǒng)的剖析這些功能用法。    通過對Pub

38、Med的進一步認識，我們可以在初級檢索的基 -  作者：tianlanlan-  發(fā)布時間：2004-6-12 16:36:00-  第五章 PUBMED高級檢索技巧實例    在我們對如何運用PubMed進行較為復(fù)雜的檢索有了初步的了解后，我們來看幾個應(yīng)用性的實例。     例一 現(xiàn)在讓我們來查找一下有關(guān)于"鋅對于兒童成長的作用"的文獻。     步驟一，我們先來對這一話題進行初步的檢索。我們確定了它的關(guān)鍵字應(yīng)為&

39、quot;Zinc Infant Growth"，把它輸入查詢框，按GO鍵進行檢索。共有492篇相關(guān)文獻。顯然如果我們對這些文獻一一打開逐項閱讀，將是一項非常繁復(fù)的工作。這時我們就需要用高級檢索的方法來減少工作量。     步驟二，如果我們所要檢索的文獻要求是反映比較新的動態(tài)進展，那么我們可以點擊功能鍵Limits按鈕.在其中的Publication Date的輸入框內(nèi)輸入FROM"2000 01 01" TO"2002 01 01".（"Entrez Date"指錄入系統(tǒng)的日期；&q

40、uot;Publication Date"指出版日期）步驟三，如果我們進一步要求文章是用英文發(fā)表，且PubMed可以顯示出Abstract的，我們可以依照上面的方法類推，在Languages下拉菜單內(nèi)選擇English,選中"Only items with abstracts"前的方框。然后點擊GO鍵，開始檢索。共有61篇，在當(dāng)前頁內(nèi)顯示出最新的20篇。（fig1） 其實，如果我們一開始就很明確所要檢索的Limits限制，以上三步其實可以合成一步完成。在此僅僅是為了方便說明問題，我們將其分開描述。      例二

41、還是查找有關(guān)于"鋅對于兒童成長的作用"的文獻。    如果當(dāng)我們進行了很多檢索（包括上述的例一檢索）之后，我們發(fā)現(xiàn)在以前的檢索步驟中還有想要翻看的檢索的歷史，首先我們可以點擊Preview/Index按鈕。這時屏幕上將會顯示出我們檢索過的內(nèi)容。(fig2)使用History可以看到最近100次的查詢結(jié)果，而Preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄。其次，輸入我們想要看的以前那次檢索過的檢索字，如"Zinc Infant Growth"，點擊Preview按鍵，屏幕上則會顯示出以前檢索過"Zinc I

42、nfant Growth"的記錄。    如果我們要進一步修改查詢方案，可以在檢索框內(nèi)加入另外的單詞，如"iron"等,點擊Preview。依此方法我們可以繼續(xù)加入另外的詞語，點擊Preview直到你希望得到的內(nèi)容。使用這種功能可以幫助你看到以前的搜索方案與查詢結(jié)果的數(shù)量。    以上的兩個簡單實例，說明了如何應(yīng)用PubMed所提供的強大功能按鈕來提高我們的檢索效率。其實在實際應(yīng)用中還有很多技巧有待于我們?nèi)ヌ剿鳎ＭP者的介紹能起到拋磚引玉的作用，幫助你在PubMed的海洋里自在地暢游

43、。-  作者：tianlanlan-  發(fā)布時間：2004-6-12 16:36:00-  第六章 談MeSH Browser（醫(yī)學(xué)主題詞瀏覽器）何為MeSH？     MeSH其實是Medical Subject Headings的縮略詞，即醫(yī)學(xué)主題詞，是用規(guī)范化的醫(yī)學(xué)術(shù)語來描述生物醫(yī)學(xué)概念。NIH的工作人員按MeSH詞表規(guī)定，瀏覽生物醫(yī)學(xué)期刊全文后標(biāo)引出每篇文獻中的MeSH主題詞，其中論述文獻中心的主題詞稱主要主題詞（major topic headings），論述主題某一方面的內(nèi)容的詞稱為

44、副主題詞。 那么為什么要使用醫(yī)學(xué)主題詞呢？      我們先來看個比喻，如果有人問你感冒了嗎？你會不會回答"沒有啦，我只是有點著涼發(fā)燒而已"呢？當(dāng)然不會，因為你知道感冒就是著涼發(fā)燒。但一個檢索系統(tǒng)，如果你不告訴它的話，它就有可能不知道這一點。在期刊中，對于同一個概念往往可能有不同的描述形式，如Tumor和Neoplasm都是指腫瘤。當(dāng)一個查詢者希望查閱腫瘤和diet(飲食)相關(guān)的文獻時，他可能會輸入Tumor，也可能輸入Neoplasm作為關(guān)鍵字，但其實這兩者之間是沒有區(qū)別的。一個愚蠢的檢索系統(tǒng)可能就認識不到這點，而像PubMed這樣

45、的"智能化"檢索系統(tǒng)就能夠準(zhǔn)確的意識到這點，從而不會造成檢索結(jié)果的遺漏。 如何使用     如果你希望使用醫(yī)學(xué)主題詞進行檢索，可以從PubMed首頁上點擊PubMed Services下方的MeSH Browser即可進入以下界面。 舉例說明，如果你想要檢索Neoplasms和bone的相關(guān)文獻，首先在MeSH Browser的檢索框內(nèi)輸入檢索詞Neoplasms，然后點擊Browse按鈕，系統(tǒng)顯示其定義及在樹狀等級結(jié)構(gòu)中的位置，如下圖。如果需要的話，你可以選擇Detailed display,如同所示：   &#

46、160;  在這里，檢索系統(tǒng)將顯示詳細的內(nèi)容，可選擇特定的副主題詞，也可進行主要主題詞或單個主題詞檢索，其選項如下：    （1）Add the search to the following subheadings：點擊副主題詞前的方框，表示選中該副主題詞，可連續(xù)選擇多個詞，它們之間的邏輯關(guān)系為OR。    （2）Restrict Search to Major Topic headings only：若將檢出結(jié)果限定在主要主題詞（Major Topic Heading）則可提高查準(zhǔn)率。 &#

47、160;  （3）Do Not Explode this term：系統(tǒng)要檢索某一主題詞時，會自動擴展檢索（Explode），即將該主題詞的下位詞一并檢出。如果只需檢索單個主題詞，可點擊此按鈕。    完成上述選項后，點擊"Add"按鈕，稍后在下一屏Current Query的方框中將顯示所選的主題詞。    然后，我們再在MeSH瀏覽器內(nèi)輸入bone, 按檢索按鈕，系統(tǒng)會告訴你bone不是一個主題詞，但它會自動將其轉(zhuǎn)換成主題詞Bone and Bones, 同樣，其下方也會

48、顯示出其定義及在樹狀等級結(jié)構(gòu)中的位置。你一樣可以選擇Detailed display以便進行更為精細的選擇，選擇完成后，點擊"Add"按鈕，則進入下面的界面。這時，你只需點擊PubMed Search按鈕即開始檢索，查詢出用這兩個主題詞為關(guān)鍵字以及所選擇的相應(yīng)邏輯關(guān)系的文獻檢索結(jié)果。  總而言之，主題詞檢索法雖然稍嫌繁瑣，但其檢索結(jié)果的準(zhǔn)確性高，遺漏率低，是最佳的檢索方法，一旦熟練掌握，將使得我們的檢索工作事半功倍。-  作者：tianlanlan-  發(fā)布時間：2004-6-12 16:36:00-  

49、第七章 如何獲取全文     當(dāng)很多人開始了解PubMed，并且逐漸得心應(yīng)手的時候，都會面臨一個棘手的問題，即如何獲取全文？的確，PubMed真正向公眾（public）免費開放的只是摘要部分，而絕大部分文章都沒有全文提供。當(dāng)然，最省事最直截了當(dāng)?shù)淖龇ㄊ窃赑ubMed上花錢購買，但一篇文章動輒十幾甚至幾十美金，使很多醫(yī)學(xué)工作者只好望而卻步。其實，只要我們掌握一些技巧，還是有可能獲得一些文章的全文的。筆者查閱文獻數(shù)年，為獲取全文也做了不懈努力，積累了一些經(jīng)驗供大家參考。一、PubMed    PubMed上約有5的文獻

50、是可以免費看到全文的，通常這些文獻的左上角會有一個Free Full Text的小標(biāo)記。你只要點擊這個圖標(biāo)，系統(tǒng)就自動鏈接入該文獻的全文。但有兩點值得注意的是，第一，很多時候，這個圖標(biāo)在PubMed處于顯示簡要（summary)狀態(tài)下并不出現(xiàn)，而只有在選擇顯示摘要（abstract)時才出現(xiàn)。因此，如果你不只是泛泛瀏覽，而希望看到全文的話，我強烈建議你在display下拉菜單中選擇摘要（abstract)狀態(tài)。第二，有些時候，小圖標(biāo)上僅標(biāo)著Full Text，而并沒有Free字樣，但仍然可以鏈接入全文，你不妨試一試。二、免費提供全文的期刊    天下沒有

51、免費的午餐，這句老話也不一定正確。有些期刊就提供全文免費檢索。比如著名的美國Science(科學(xué)）雜志，以前國內(nèi)很多高校、研究所的資料室都流傳著Science雜志的影印本，印刷質(zhì)量低劣，而且有盜版之嫌。后來Science的老板充分理解到中國的國情，干脆順手做個人情，就與中國有關(guān)方面達成協(xié)議，使在中國大陸的讀者都可以在網(wǎng)上免費看到Science的全文。    方法如下：     （1）先登錄Science網(wǎng)址: 。注意，不是,否則你

52、得不到全文。     （2）點擊中間那個SEARCH按鈕，就進入查詢頁了。你可以選擇簡單檢索還是復(fù)雜檢索。     （3）輸入您要找的關(guān)鍵詞（不一定是MESH標(biāo)準(zhǔn)主題詞），再點擊search就可以了。     （4）找出文章后，點擊標(biāo)題后的Full Text，就可以瀏覽原文了。    除了Science， 其他一些期刊如美國科學(xué)院院報（PNAS)，Genetics等都可以在網(wǎng)上獲取全文，甚至能夠下載文獻的pdf格式，這樣就和真正在期刊上

53、的排版形式一模一樣了。一般而言，那些相應(yīng)期刊的網(wǎng)址是以org為域名的，往往提供免費的全文。例如上面提到的兩家期刊的網(wǎng)址就分別是： ； 。    這里，我特別推薦一個提供免費全文的網(wǎng)站 High Wire Press。該網(wǎng)站號稱擁有地球上最大最全的免費的科學(xué)文獻全文數(shù)據(jù)庫。輸入網(wǎng)址/即可登錄該網(wǎng)站，首頁即列出幾個生物醫(yī)學(xué)相關(guān)欄目，包括：    1、生命科學(xué)（包含：生物化學(xué)，細胞和分子生物學(xué) / 微生物學(xué)與病毒學(xué) /

54、免疫與免疫學(xué) / 神經(jīng)科學(xué)與神經(jīng)生物學(xué) / 生理學(xué) / 植物學(xué) / 其他生命科學(xué) /）    2、醫(yī)學(xué)（包含：心血管醫(yī)學(xué) / 臨床醫(yī)學(xué) / 精神病學(xué)與心理學(xué) / 醫(yī)學(xué)研究 /）    3、自然科學(xué)    以及其他科學(xué)欄目。    你可以在這些欄目中選擇自己需要的期刊。然后，你需要重點看一下該期刊后面的的說明信息，尤其是提供免費全文的方式，如 free ISSUES是在多長時間內(nèi)可以享受免費索取原文，從5年到一個月不等。而 free TR

55、IAL 是在限定時間內(nèi)，可以免費提供原文。至于free SITE 則是可以完全免費獲取全文的站點。    當(dāng)然，你也可以在檢索框內(nèi)輸入關(guān)鍵字，然后點擊首頁右上方的 Search all journals ，你就可以在所有的224種期刊里查找文獻了。不過由于所檢索到的結(jié)果僅僅局限于這200多種期刊，因此你一定要記住絕對不能用此網(wǎng)站來代替PubMed，來 了解所研究課題的最新進展。我個人的建議是，先在PubMed上檢索，而僅以High Wire Press作為獲取全文的一個途徑而已。三、利用一些高校圖書館網(wǎng)站    國

56、內(nèi)一些高等院校，尤其是一些名牌高校的圖書館經(jīng)常和國外一些大的出版商簽訂協(xié)議，支付不菲的費用，從而可以檢索并看到所有由這些出版商出版的期刊的全文。你可以就近到這些高校的圖書館的電子檢索廳去檢索，或者鏈接到大學(xué)圖書館的網(wǎng)站（如復(fù)旦大學(xué)圖書館的網(wǎng)址是),然后通過該網(wǎng)站的鏈接進入相應(yīng)的檢索系統(tǒng)?？上У氖牵瑥墓娋W(wǎng)到教育網(wǎng)之間的傳輸效率太低，很有可能等它等到你心痛，網(wǎng)頁還是猶抱琵琶半遮面。四、Free Medical Journals    與High Wire Press相似，該網(wǎng)站也提供了免費各種可能搜集到的全文期刊的列表。網(wǎng)址是 在這里，除了英文期刊，你還能

57、檢索到一些小語種的期刊全文。方法是在這個網(wǎng)站的左面是導(dǎo)航條，點擊"Other Languages"，里面有：法語、德語、加泰羅尼亞語、荷蘭語、希臘語、意大利語、挪威語、土耳其語、西班牙語和葡萄牙語等等。五、向作者索要    這種方法究竟效率如何，沒有人統(tǒng)計過，不過在以上方法都沒有用時不妨試一試。你可以根據(jù)作者的Email地址給作者去封信，先把對方的文章大大的吹捧一番，說它如何如何exciting，如何如何innovative，對自己的研究如何如何重要，然后說自己目前無法access to the full text，最后非?？锨械卣埱?/p>

58、他能否通過email把全文寄來。這里，我有兩條重要的建議。第一，不要簡單的套用所謂的書信模板，應(yīng)該多談一談你現(xiàn)在的研究內(nèi)容以及對方的文章對自己的研究的重要性。這樣才有可能引起作者的興趣，不至于因為千篇一律而被對方直接刪除到垃圾箱里。我總結(jié)的另一個技巧是，向第一作者而不是通信作者要全文。為什么這樣說呢？我們知道，一篇醫(yī)學(xué)文獻往往有好幾個作者。文獻上有一個所謂的通信作者，通常是該實驗室的老板。既然是老板，往往各種應(yīng)酬套磁自然頗多，每天email信箱里的信雜七雜八一大堆，他的私人秘書只會挑選出一些重要的信件，而那些明顯無關(guān)緊要的訊問信件自然就遭受冷落了。而文獻的第一作者，即該實驗的主要承擔(dān)者，應(yīng)酬不

59、會那么多，有email來訊問或索取文獻也樂于答復(fù)。那么又如何知道第一作者的email地址呢？其實這很容易，你只要到PubMed上顯示出文獻摘要，上面亦包括作者的單位，然后從google上找到該單位網(wǎng)址，從網(wǎng)站上通常就不難查找到作者的通信方法。筆者就曾經(jīng)多次用這種方法獲取過全文，第一作者有一半以上都及時給予了答復(fù)，而通信作者大部分都有如石沉大海。六、作者主頁    有些作者會在他們的個人主頁或?qū)嶒炇抑黜撋戏派纤l(fā)表論文的全文，你也可以去看看。我就曾經(jīng)為查找一篇文獻的全文嘗試了各種方法，最后竟然就在其作者的主頁上意外地發(fā)現(xiàn)了。大有踏破鐵鞋無覓處，得來全不費工

60、夫之感覺。    當(dāng)然，盡管在網(wǎng)絡(luò)化生存的世界里，你也不要忘記最傳統(tǒng)的辦法，即到圖書館、資料室去查閱期刊文獻，聞聞印刷品的特殊香味，聆聽嘩嘩的翻頁聲，這些都是網(wǎng)絡(luò)世界中無法體驗的獨特感受。-  作者：tianlanlan-  發(fā)布時間：2004-6-12 16:37:00第八章 期刊瀏覽器、引文匹配器及其他瀏覽器的使用     在PubMed首頁PubMed Services下方，點擊Journal Browser按鈕即進入期刊瀏覽器的界面。在檢索框中你可輸入刊名全稱、MED

61、LINE 的期刊縮寫或國際標(biāo)準(zhǔn)期刊號（ISSN），然后點擊"Go"按鈕，便可獲得上述信息。此外通過journals with links to full-text web sites，便可鏈接入所有與PubMed建立鏈接的生物醫(yī)學(xué)期刊列表。這一期刊列表不斷更新，目前約有兩千六百多種，每一期刊后面列出其相應(yīng)的MEDLINE 標(biāo)準(zhǔn)縮寫形式，這在當(dāng)你發(fā)表文章列參考文獻時還是很有用的。后面還可鏈接入期刊的全文，只是大多是收費的。     同樣在PubMed首頁PubMed Services下方，還有Single Citation Matche

62、r（引文匹配器） 和Batch Citation Matcher。有不少人以為Citation Matcher（引文匹配器）只是一些輔助功能，甚至用了數(shù)年P(guān)ubMed也沒有嘗試去了解它。其實使用引文匹配器，絕對能夠大大提高你的工作效率。我舉一個最簡單的例子。在查找文獻的過程中，我們可能每個人都遇到過下面的情形，如記得某篇文獻所發(fā)表的期刊和作者，但不太清楚它具體的標(biāo)題，或是隱約記得標(biāo)題中的某個詞和作者等等。這時候，當(dāng)然你可以嘗試用復(fù)雜檢索模式去搜索，但通常不容易準(zhǔn)確定位，而如果用Citation Matcher（引文匹配器）一切就可迎刃而解了。你在Citation Matcher界面中對應(yīng)的框內(nèi)

63、輸入你所知道的信息（見下圖），不知道的就空在那兒，然后按"search"按鈕就可以迅速得到結(jié)果，很少會有出入。需要特別說明的是，作者姓名的格式一定要符合標(biāo)準(zhǔn)，否則將會檢索不到結(jié)果。此外，如輸入Smith j將會同時檢索出Smith ja, Smith jb, Smith jc等等作者的文獻，如果出現(xiàn)這種情況的話，你應(yīng)該把Smith j置于引號中，即"Smith j"，然后再進行檢索就可以避免這種偏差了。     此外，當(dāng)你要投稿時，一定會需要整理參考文獻，使之格式符合相應(yīng)期刊的要求，一篇長的論文往往可能有數(shù)十篇參考

64、文獻，如果你手工輸入的話，不僅費時費力，而且極易出錯，我勸你趕緊放棄這種吃力不討好的事情吧，在PubMed的引文匹配器，你只需隨意輸入已知的信息，便可以迅速獲得文獻的刊名、出版日期、卷、期、頁次、著者等，而且都是標(biāo)準(zhǔn)格式，只需拷貝粘貼過來就可以了。  Clinical Queries（臨床問題）     這是專門為臨床醫(yī)生設(shè)計的搜索引擎，在Clinical Queries的主頁上列有臨床醫(yī)生常用的類目，如therapy（治療）、diagnosis（診斷）etiology、（病因）和prognosis（預(yù)后）。檢索的方法并沒有什么特殊的

65、，只需在檢索框內(nèi)輸入檢索詞，然后點擊上述類目即可。     Clinical Queries提供Sensitivity（檢出相關(guān)文獻）和Specificity（檢出密切相關(guān)文獻）兩種檢索方式。    需要特別說明的是，Clinical Queries利用內(nèi)在的濾器使其檢索結(jié)果更加貼近臨床的需要，包括臨床的診療等。但如果你需要查閱的并不僅僅局限于臨床，也包括基礎(chǔ)研究，就不應(yīng)該使用這個檢索引擎。  作者：tianlanlan-  發(fā)布時間：2004-6-12 16:37:00-&

66、#160; 第九章 精確導(dǎo)航系統(tǒng)-談Limits用法     從一個擁有上千萬篇文獻的檢索引擎上去查找某些文獻，就好像是大海撈針。而PubMed 所提供的種種功能、服務(wù)，目的正是為了方便我們能夠盡可能快速準(zhǔn)確的查找到所需要的文獻。Limits就是其中一個非常重要的功能鍵。我們在前面的高級檢索技巧中曾經(jīng)簡要的介紹 了Limits所包含的內(nèi)容，在這一章，你將會進一步對Limits進行全面詳盡的了解。    在PubMed首頁上的特征欄上，單擊"Limits"按鈕，進入Limits設(shè)置界面，

67、如圖所示：     在這里，你可以限制你的文獻檢索結(jié)果，包括年齡組、性別、人類或動物學(xué)、文獻的語種、文獻類型以及出版日期等等。你還可以進行設(shè)定使檢索只在某一特定的數(shù)據(jù)庫子集內(nèi)進行，例如艾滋病相關(guān)文獻或護理學(xué)期刊等等。顯而易見的是，如果能夠熟練的使用Limits功能，將會使你迅速找到目的文獻，具備大海撈針的本領(lǐng)。     在詳細介紹Limits之前，需要說明一點的是，必須確定在Limits按鈕前面的方框內(nèi)已經(jīng)打上鉤（見下圖），才表示你所設(shè)定Limits對檢索結(jié)果起作用。否則，你可不要抱怨為什么設(shè)置了Limits卻什么

68、效果也沒有。     如果需要的話，你可以選擇Detailed display,如同所示：      Field Selection     在這里，你可以把你的檢索條目限制于某一特定的區(qū)域，如文獻的作者，標(biāo)題等等。比如你或許會希望查找僅在標(biāo)題中含有你輸入的關(guān)鍵字的文獻，那么你就選擇title區(qū)域。系統(tǒng)缺省將檢索所有的區(qū)域。    在Field Selection 左邊有一個可選框"Only Items with Abstra

69、cts"，如果選中這個選項，你便把檢索結(jié)果限定于那些擁有摘要的條目中。在PubMed， 1975年以前出版的文章是沒有摘要的，此外1975年以后的部分文章如Science上的不少文獻等也沒有摘要。（但利用 "如何獲取全文"一章中介紹的技巧，你便可以看到 Science的摘要乃至全文）。Publication Types     眾所周知，正式的學(xué)術(shù)文獻形式多種多樣，如臨床試驗報告，社論，通信，綜述等。你可以在此進行設(shè)置，選擇特定的文章類型，包括：     Clinical Trial      Editorial   &#