關(guān)于激光共聚焦顯微鏡拍照后圖像的處理

1、 Huangs lab ZEN圖象處理教程選取與微調(diào)整選取與微調(diào)整2016.5.1唐浚博前言本教程以一張共聚焦顯微鏡照片（20160120_crb-HA_HA-aPKC_st11-1Az_40X）為例，講解如何選取感興趣區(qū)域并加以處理。本教程僅對(duì)最基礎(chǔ)最簡(jiǎn)單的功能進(jìn)行說(shuō)明。歡迎大家批評(píng)指正和完善。一、版本ZEN lite軟件分為blue edition和black edition版本更迭：Zen 2009 Zen2010 Zen2011 Zen2012 zen2 zen2.1 此后仍有更新，但版本號(hào)無(wú)變化。2012與2此兩個(gè)版本適用的顯微鏡不同，所以市面上均有存在，但圖片處理相互兼容。Zen

2、lite為免費(fèi)軟件，與zessi激光共聚焦掃描顯微鏡一同食用效果更佳。http:/ edition和black edition的區(qū)別blue edition處理功能更豐富；black edition的導(dǎo)出選項(xiàng)更豐富。二者互補(bǔ)。理論上兩個(gè)版本都應(yīng)安裝，安裝時(shí)請(qǐng)注意系統(tǒng)位數(shù)二、1.文件格式Zen Lite Blue Edition默認(rèn)打開(kāi)“.czi”格式文件。 在拍攝好圖像后，保存的圖象格式可選很多種，其中本實(shí)驗(yàn)室大部分為“.lsm”格式。注：建議在拍攝時(shí)就直接保存為“.czi”格式以簡(jiǎn)化后續(xù)操作。2.格式轉(zhuǎn)換(1)默認(rèn)使用black edition打開(kāi).lsm格式文件需要說(shuō)明的是，格式轉(zhuǎn)換不是必

3、須的，但轉(zhuǎn)換后可方便之后隨時(shí)對(duì)文件修改。點(diǎn)擊左上角file-save as圖片格式選擇第一個(gè)czi保存保存后的圖片即可用blue edition 打開(kāi)2.格式轉(zhuǎn)換(2)此方法無(wú)需轉(zhuǎn)換格式。同時(shí)打開(kāi)blue edition和black editionFliesend to ZEN2-blue edition注意：必須同時(shí)打開(kāi)兩個(gè)版本此選項(xiàng)才能被選中3.用ZEN blue edition 打開(kāi)圖片打開(kāi)后可以看到處理功能更加豐富（若安裝的是實(shí)驗(yàn)通用的版本則為中文版）三、圖象旋轉(zhuǎn)點(diǎn)擊左側(cè)任務(wù)欄中的：處理-幾何可通過(guò)兩種方式旋轉(zhuǎn)圖象點(diǎn)擊Rotate 2D，在參數(shù)中調(diào)整夾角度數(shù)（正值為順時(shí)針旋轉(zhuǎn)角度），點(diǎn)

4、擊應(yīng)用點(diǎn)擊旋轉(zhuǎn)，在參數(shù)中調(diào)整夾角Z度數(shù)（正值為順時(shí)針旋轉(zhuǎn)角度），點(diǎn)擊應(yīng)用OR用兩種方式旋轉(zhuǎn)45后的效果相同應(yīng)用后可以發(fā)現(xiàn)并非在原圖基礎(chǔ)上修改而是新建了一張?zhí)幚磉^(guò)的圖象每一次應(yīng)用一種新的效果都會(huì)在當(dāng)前圖象上進(jìn)行處理，并新建一張新的圖象四、選取感興趣區(qū)域（ROI）當(dāng)旋轉(zhuǎn)到合適的角度后，即可圈選出所需區(qū)域在下方工具欄中點(diǎn)擊標(biāo)注-選擇感興趣區(qū)域ROI通過(guò)調(diào)整下方工具欄中的尺寸，可精確調(diào)整所選區(qū)域大小及位移，保證多張圖片所選區(qū)域一致。本操作在2D模式下進(jìn)行即是對(duì)所有通道同時(shí)進(jìn)行操作，若需要單獨(dú)對(duì)某一通道進(jìn)行操作，請(qǐng)?jiān)诓鸱帜Ｊ较逻M(jìn)行。右鍵單擊框選的區(qū)域-設(shè)置一個(gè)感興趣的圖集設(shè)置后選中區(qū)域在3個(gè)通道中都被裁

5、切。五、圖象色彩調(diào)整單擊自動(dòng)或最佳可有效改善圖象色調(diào)，單擊重設(shè)可還原。其他調(diào)整效果請(qǐng)自行嘗試。注：若gamma值不為1可能導(dǎo)致不同顯示器顯示效果差異六、導(dǎo)出若要導(dǎo)出為多通道拼合的圖片，則需要使用black edition同時(shí)打開(kāi)blue edition和black edition在blue edition中：文件-圖象轉(zhuǎn)移至ZEN-black版本在black edition中：fileexport輸出選項(xiàng)中選擇full resolution自動(dòng)輸出為tif格式若要直接從blue edition版本導(dǎo)出，則文件導(dǎo)出/導(dǎo)入導(dǎo)出值得一提的是若圖象具有時(shí)間條則可以導(dǎo)出為videoZ-位置可以提取某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的圖象導(dǎo)出后的文件此時(shí)的圖象依然不是最終圖象，還要通過(guò)ps調(diào)整分辨率等七