微生物分類鑒定(3)講稿

1、關于微生物的分類鑒定 (3)第一張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月生物種數(shù)：150萬種微生物種數(shù)：15萬20萬種微生物分類學 是一門按微生物的親緣關系把它們安排成條理清楚的各種分類單元或分類群（taxon）的科學。分類學的具體任務：分類（classification）、鑒定（identification）和命名（ nomenclature ）。第二張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月命名(nomenclature)：是根據(jù)命名法規(guī)，給每一個分類群一個專有的名稱；鑒定(identification或determination)：借助于現(xiàn)有的微生物分類系統(tǒng)，通過特征測定，確定未知的、

2、或新發(fā)現(xiàn)的、或未明確分類地位的微生物所應歸屬分類群的過程。分類(classification)：根據(jù)一定的原則對微生物進行分群歸類，根據(jù)相似性或相關性水平排列成系統(tǒng)，并對各個分類群的特征進行描述，以便查考和對未被分類的微生物進行鑒定；微生物的分類、鑒定與命名第三張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月第一節(jié) 通用分類單元及命名1.1 種以上的系統(tǒng)分類單元1.1.1 七級分類單元界Kingdom（Regnum） 門Phylum（phylum） 綱Class（Classis） 目Order（Ordo） 科Family（Familia） 屬Gennus（Genus） 種Species（Specie

3、s）輔助單元：亞、超、族第四張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月1.1.2 種（species）的概念概念：是一大群表型特征高度相似、親緣關系極其接近、與同屬內(nèi)其他物種有著明顯差異的一大群菌株的總稱。種是一個基本分類單位。典型菌株（type strain）模式種（type species）新種（species nova，sp. nov或nov sp.）：權威性的分類、鑒定手冊種從未記載過的一種新分離并鑒定過的微生物。后加“sp.nov”符號。Corynebacrtrium pekinense sp. nov AS 1.299第五張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月第六張，PPT共三

4、十三頁，創(chuàng)作于2022年6月1.1.3 種以下的分類單元1）亞種(subspecies)和變種(variety)：2）型(form或type)：常指亞種以下的細分。當同種或同亞種不同菌株之間的性狀差異，不足以分為新的亞種時，可以細分為不同的型。例如：抗原特征的差異，分為不同的血清型； 對噬菌體裂解反應的不同，分為不同的噬菌體型第七張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月3）菌株(strain)：從自然界中分離得到的任何一種微生物的純培 養(yǎng)物都可以稱為一個菌株；用實驗方法(如通過誘變)所獲得的某一菌株的變異型，也可以稱為一個新的菌株，以便與原來的菌株相區(qū)別。菌株是微生物分類和研究工作中最基礎的

5、操作實體菌株與型的區(qū)別： 菌株之間不存在鑒別特征的差異，命名不同的菌株無需分類學依據(jù)； 不同型的細菌之間存在鑒別特征的差異，命名或鑒定不同的型必需有分類學依據(jù)。第八張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月1.2 學名（Scientific name）各種微生物均有各自的名稱（正名而非俗名）。學名定義科學名稱國際公認，學術界通用拉丁詞命名按雙名法拼寫表示第九張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月1.2.1 雙名法 學名屬名種名加詞1.2.2 三名法 學名屬名種名加詞+(符號subsp或var）+亞種或變種的加詞屬名詞首須大寫種名詞首須小寫（首命人）+現(xiàn)命人+現(xiàn)名年份排斜體字，不能省略排正體

6、字，一般省略例1：大腸埃希氏菌（大腸桿菌）Escherichia coli（Migula） Castellani et Chalmers 1919例2：枯草芽孢桿菌Bacillus subtilis （Ehrenberg） Cohn 1872例1：蘇云金芽孢桿菌蠟螟亞種（或稱蠟螟蘇云金芽孢桿菌）Bacillus thuringiensis (subsp) galleria例2：釀酒酵母橢圓變種（橢圓釀酒酵母）Saccharomyces cerevisiae （var）ellipsoideus第十張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月1.2.3 有關學名的其他知識屬名：屬名詞詞首大寫，表示種

7、的主要特征；文中首次使用屬名時不能縮寫，重復出現(xiàn)的可用詞首大寫的一或幾字母加點表示，如Bacillus可縮寫為B. 或Bac.種名加詞：種名詞首小寫，表次種的次要特征；使用時寫出屬名及種名未定時用sp.（一種）或spp.（幾種）代替。學名的發(fā)音：按規(guī)定應按拉丁發(fā)音規(guī)則，實際以英文發(fā)音居多。例1：蘇云金芽孢桿菌 B. thuringiensis例2：釀酒酵母 S. cerevisiae 或 Sac. cerevisiae例1：蘇云金芽孢桿菌 Bacillus sp. “一種芽孢桿菌” Bacillus spp. “若干種芽孢桿菌”或“一批芽孢桿菌”第十一張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月

8、第二節(jié)微生物分類鑒定的方法第十二張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月微生物鑒定的工作步驟1. 獲取純培養(yǎng)物（pure culture）2. 測定各鑒定指標：各大類有各自重點指標 真菌以形態(tài)為主 酵母和放線菌則以形態(tài)與生理兼用 細菌較多使用生理指標3. 查找權威性鑒定手冊 分類鑒定技術四個水平：細胞形態(tài)和習性水平， 細胞組分水平，蛋白質(zhì)水平，基因或DNA水平（核酸水平）第十三張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月2.1 微生物分類鑒定中的經(jīng)典方法 形態(tài)學特征 生理學特征 生態(tài)學特征2.1.1 經(jīng)典鑒定指標： 生活史，有性生殖情況 血清學反應 對噬菌體的敏感性 其他第十四張，PPT共三十

9、三頁，創(chuàng)作于2022年6月第十五張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月2.1.2 微生物的微型、簡便、快速或自動化鑒定技術API細菌數(shù)值鑒定系統(tǒng)（API系統(tǒng)）“Enterotube”系統(tǒng)“Biolog”全自動和手動細菌鑒定系統(tǒng)第十六張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月2.2 微生物分類鑒定中的現(xiàn)代方法2.2.1 通過核酸分析鑒定微生物遺傳型. DNA堿基比例的測定（G+C）mol 親緣關系相近，其 GC比接近；GC比接近，其親緣關系不一定接近。 GC比差距很大的微生物，其親緣關系必定較遠 GC比是建立新分類單元時的可靠指標。GC比相差小于2，無分類學上的意義GC比差別在2.54.0之

10、間，為種內(nèi)各菌株GC比差別大于5，不屬于同種 GC比差別大于10，不屬于同屬第十七張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月第十八張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月第十九張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月第二十張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月. 核酸分子雜交法（hybridization of nucleic acids）第二十一張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月. rRNA寡核苷酸編目（oligonucleotide catalog）分析 一種通過分析原核或真核細胞中最穩(wěn)定的rRNA寡核苷酸序列同源性程度，以確定不同生物間的親緣關系和進化譜系的方法。 第二十

11、二張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月第二十三張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月第二十四張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月. 微生物全基因組序列的測定 第一個古菌：詹氏甲烷桿菌第一個細菌：流感嗜血桿菌第一個真菌：釀酒酵母第二十五張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月2.2.2 細胞化學成分用作鑒定指標. 細胞壁的化學成分 原核生物細胞壁成分的分析。. 全細胞水解液的糖型 放線菌全細胞水解液糖型的分析。第二十六張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月2.2.3 數(shù)值分類法（numerical taxonomy）又稱統(tǒng)計分類法或電子計算機分類法，是一種依據(jù)數(shù)值分析的原理

12、，借助現(xiàn)代計算機技術對擬分類的微生物對象按大量表型性狀的相似性程度進行統(tǒng)計、歸類的方法。分類工作的基本步驟計算兩菌株間的相關系數(shù)列出相似度矩陣將矩陣圖轉(zhuǎn)換成樹狀譜第二十七張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月第二十八張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月 伯杰氏鑒定細菌學手冊(Bergeys Manual of Determinative Bacteriology) 第一版（1923年） 第八版（1974年） 第九版（1994年）美國賓夕法尼亞大學的細菌學教授伯杰(D.Bergey) 主編。1957年第七版后，吸收了國際上細菌分類學家參加編寫，它的近代版本反映了出版年代細菌分類學的最新

13、成果，因而逐漸確立了在國際上對細菌進行全面分類的權威地位。1. 原核生物分類系統(tǒng)第四節(jié) 微生物的分類系統(tǒng)第二十九張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月19841989年改為伯杰氏系統(tǒng)細菌學手冊，簡稱系統(tǒng)手冊 (Bergeys Manual of Systematic Bacteriology) （第一版，分四卷）第二版，分五卷（根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育資料，對分類單元進行了相當大的調(diào)整，將細菌分成兩個域共25門39綱）第一卷：古生菌、藍細菌、光合細菌以及最早分支的細菌第二卷：變形桿菌（包括形態(tài)及生理學特征多樣的革氏陰性菌）第三卷：低G+C含量的革氏陽性菌第四卷：高G+C含量的革氏陽性菌第五卷：浮霉狀菌、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和衣原體等第三十張，PPT共三十三頁，創(chuàng)作于2022年6月伯杰氏手冊是目前進行細菌分類、鑒定