DNAStar中文使用說明書

DNAStar中文使用說明書一、EditSeq打開已有序列我們從用蘋果計算機打開“TETHIS21MA”和用Windows打開“tethis21.seq”開始。假設序列的末尾有載體序列污染。我們在用EditSeq打開序列的同時，用SetEnds命令去除5’和3’污染序列。z從文件菜單（FILEMENU），選擇Open。z打開文件夾"DemoSequences"單擊選定單擊位于對話框右下角的序列“TETHIS21”。zSetEnds按z，點鈕。SetEnds被打開（如右）。在5'框和3’框中鍵入50和850擊OK。單擊Open打開序列。當EditSeq窗口打開時，序列長度顯示在右上角。通過“settingends,”現在你只有最初序列中的801bp的片段。SetEnds選擇在全部Lasergene應用程序中都可以使用。2尋找開放讀框在這入門的一部分中，我們將確定序列中最大的ORF，并翻譯它。z從SEARCHMENU找到ORF，點擊打開會出現右邊的對話框。z單擊FindNext尋找第一個ORF的位置。z繼續(xù)點擊FindNext直到你把ORF的位置選定在位置183-455。ORF的坐標會出現在EditSeq窗口的頂端附近。DNA序列翻譯這一節(jié)中我們介紹如何翻譯我們的ORF，不過任何序列中的讀框內部分翻譯。如果你的選擇是在三聯碼的讀框內，三聯碼指示棒顯示為實心黑線（如左圖）。如果都可以用下面的方法進行3你的選擇是不在三聯碼的讀框內，左邊的箭頭和右面的箭頭顯示向左或向右移動一個bp，以使所選序列成為三的倍數。z選定ORF，從GOODIESMENUranslate）。z翻譯的蛋白菜單中選擇翻譯（T質序列出現在一個新的未命名窗口中（如右圖）。它是使用標準的遺傳密碼翻譯的。4使用其它遺傳密碼根據你的序列的來源，你可以選擇使用非標準的遺傳密碼進行翻譯等操作。在這節(jié)中，我們將標準的遺傳密碼轉換成CiliateMacronuclear密碼。z從GOODIESMENU菜單選擇GeneticCodes打開，子菜單顯示如左。z單擊"CiliateMacronucl扇就實現了遺傳密碼的轉換，EditSeq現在使用的就是CiliateMacronuclear的遺傳密碼。z同樣可以將遺傳密碼轉換為其它類型。遺傳密碼的編輯這一節(jié)中我們修改CiliateMacronucleaz從GOODIESMENU菜單選r的遺傳密碼。擇Editz點擊DNAz單擊任何要編輯的密碼，z密碼子，單擊SetStarts按鈕。第二的遺傳密碼SelectedCode。這將打開右面的窗口，窗口顯示遺傳密碼是怎樣翻譯DNA和RNA序列的。如以DNA形式展示密碼，按鈕。編輯時，從其目前的位置拖到新氨基酸對應的位置則可。如使用不同的啟始窗就會被打開，可以進行起始密碼子選擇。5z就會變成綠色，而且列的反向互補及反向轉換單擊任何氨基酸（或者codon位置），該密碼子旁邊出現一個箭頭，它就被設定為起始密碼子了。如要去除，只需單擊它即可。如不保存，則單擊取消；如要保存，單擊保存為。序列的正確輸入。ENU菜單，選反向互補序列（ReverseComplement），AST檢索下面的步驟可以用于反向測定的序z選定序列。z從GOODIESM或者把序列顛倒過來（ReverseSequence）命令，則被選定的序列就被翻轉互補或翻轉過來了。BLNCBI的BLAST服務器上對TETHIS21序列進行相似性比z數據庫默下面我們將在較。注意為了進行BLAST查找必須保證因特網的連接。如果你沒有連接因特網，跳過這部分，繼續(xù)下一部分。z選定序，或者從EDIT菜單中選擇SelectAll。z從網絡檢索菜單（NETSEARCHMENU），選擇BLAST查找。BLAST對話框就會出現。程序默認為blastn，認是nr，參數轉換請參照幫助。z單擊OK開始查找。6z尋找結果顯示為兩部分（如下）。上邊的部分是按可能性的順序顯示檢索到的序列的名字，下面的部分顯示上面部分具體結果。有關"scores網點 http://www一般來說，更主要的score性。BLAST結果窗最上邊的3鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關信息。選定序列與提交序列（上邊序列）比較的”和“expectation"的詳細的信息在NCBI’.ncbi.nlm./BLAST. 可以找到。和更低的expectation提示較好的相似zz的對話框出現。序列。如果EditSeq提示至少2序一個單獨的EditSeq窗口。下面z小的灰色的對話框出現。下面我們從用“CreateDocument"鈕來打開評分最高的5序列開始：單擊CreateDocument。一個小z在左上角有一個下拉菜單顯示默認（default）。單擊下拉菜單框中寫入5。，選頂端（Top）。并在右面的文本z單擊OK，EditSeq自動查對多余列是同一個，請點擊OK。EditSeq將從因特網數據庫下在單一的序列，并分別打開我們用“BatchSave”鈕將3-10序列保存為EditSeq文件：選定從頂端起第3個序列。單擊BatchSave。7z單擊下拉菜單，選Next。并在右面的文本框中寫入8。z點擊SetLocation，顯示文件夾對話框。選定你z要保存序列的位置。單擊OK回到灰色的對話框。EditSeq少2序列是同一個，請最后我們可以使用“LaunchBrowser"鈕查看序列的詳細信息選擇Launchz單擊OK保存序列，文件擴展為“.seq”。在下載過程期間，自動查對重復的序列。如果EditSeq提示至點擊OK。z除非你收到錯誤信息，否則可以認為你的序列已經成功下載。z選定序列。zBrowseroz你的網絡瀏覽器將打開右面的窗口。序列信息查看現在我們要使用EditSeqz果你倒是希望全選序列，從EDITMENU菜ctAllo菜單指令查看有關打開的TETHIS21序列的信息。選定序列的一部分。如單，選擇Sele8z從GOODIESMENU菜單，選DNAStatistics。就會出現右面的窗口，顯示序列信息。序列校讀在我們學習保存和輸出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校讀功能這功能能幫助你校正測序膠中的錯讀。z（序列窗口底部張開的嘴），或者從SPEECHMENU,選Proof-ReadSequence。聲就會開始朗讀所選的序列。（注：如果你聽不見任何聲CHMENU菜單，選擇Fasteror序列z選定序列。單擊校對發(fā)音圖標z電子的音音，檢查你的計算機的喇叭是否已經打開。）z要改變音聲read-back的速度，從SPEESlower。z要停止校讀，點擊圖標（手），或者從SPEECHMENU菜單，選擇Proof-ReadSequence。的保存與輸出首先創(chuàng)建一個用于保存的序列。從文件菜單，選New中的NewDNA，或者NewProteinoz機會發(fā)出警告。后，我們將序列保存為EditSeq文件：z將序列寫入出現的窗口。如果你輸入非法字符，計算然9z從文件菜單，選Save。式。名。序列），或者ExportAllAsOne（多ExportAllAsOne的時候，如果DNA和蛋白質文列類型與你保存的類型是一致的。列保存為FASTA格式。zz選定保存位置。z給序列命名。z單擊保存則可。以GenBank或GCG格式保存序列：z從文件菜單，選Exportoz選定保存位置。z為sequence（s）選格z給sequence（s）命z單擊保存則可。以FASTA格式保存序列：z從文件菜單，選Export（1個個序列）。當使用件同時存在，激活窗口的序EditSeq僅僅將寫入的序z選定保存位置。z選FASTA格式。z給sequence(s)命名。單擊保存則可。10二、GeneQuestGeneQuest可以幫助你發(fā)現和注釋DNA序列中的基因，并幫助您操作生物學所關心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接點連接，轉錄因子結合為點、重復序列、限制性內且酶酶切位點等。通過應用“methods”到序列，序列的feature可以以圖形的形式展示出來。你可以在序列上注釋任何你發(fā)現的featureo和其它的Lasergene應用程序一樣，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez尋找功能。GeneQuest能直接打開DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改為DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登錄號或名稱，你可以直接打開序列。另外，你還可以在Entrez數據庫進行序列查找和輸入。11打開已有分析文件在這一節(jié)中，我們將對已有的GeneQuest文件(也叫做GeneQuest分析)“NematodeR01H10.”進行操作。z從文件菜單，選擇Open打開一個和右邊相似的窗口。z在蘋果計算機上，從Show菜單中選擇GeneQuestDocument文件。在Windows上，從文件類型菜單(FilesofType)的中選擇GeneQuestDocuments。z用文件管理系統打開名為“DemoSequences."的文件夾。雙擊NematodeR01H10，就可以打開下面的窗口。12GeneQuest的DNA分析方法趣的features。打開序列后，你會示在窗口內。在下一部分中，我們將學習如何把其它方法用于我們序列的分析。zz列。z算參數。z合位點數據庫。zRepeats-InvertedRepeats 尋找反向重復序列。zRepeats-DyadRepeats 尋找Dyad重復和palindromes。zRepeats-DirectRepeats 尋找正向重復序列。zGeneFinding-DNAFinder 打開的DNA序列中尋找指定DNA序列。分別顯示正義連和反義連的尋找結果。zGeneFinding-ProteinFinder 在打開的蛋白質序列中尋找指定DNA序列的翻譯序列。顯示結果為全部6個讀框。zEnzymes-RestrictionMap 用DNASTAR酶目錄中的酶分析打開的序列，并以圖形方式展示。zCodingPrediction-Borodovsky 用Borodovsky’sMarkov方法打開GeneQuest文件后，下一步是選擇應用方法。應用方法后，結果的圖形顯示可以幫助你了解序列上感興發(fā)現只有幾種方法應用后的結果展zTitle——給文件取名。Ruler——在文件中加入標尺。Sequence 顯示文件中的序Patterns-Matrix 方法的運Patterns-Signal 轉錄因子結zPatterns-Type-InPatterns 使用鍵盤輸入運算所需的Pattern參數。13來識別潛在的基因編碼區(qū)，并以圖形方式展示。omplexity 根據有基因編碼提示信息的區(qū)域。4種堿基、A+T和G+C的預測。用分析方法操作zCodingPrediction-StartsStopsORFs 根據指定的ORFs的最小長度，尋找可能的開放讀框，可以選擇是否需要起始密碼子。讀框的啟始和中止點分別展示。zCodingPrediction—LocalCompositionalCShannon信息學原理尋找zBaseContents-BaseDistribution 序列上頻率、分布，以及AT和gc分布區(qū)域。zBentDNA-BendingIndex DNA折疊調用新的GeneQuest方法的步驟是：從MoreMethods中選擇方法，加入的拖取結果放在本BenzMENU選擇ShowAvailableMethods可以打開方法簾，也可以通過方法簾(methodcurtain)，待方法運行完畢后，選擇性入分析界面(assaysurface)即可（見右圖）。節(jié)中，我們使用BentDNA-dingIndex方法進行分析。從ANALYSIS14拖動分析界面左上角的小環(huán)的打開方法簾。方法簾中包括已經用于zs打開一個下拉菜單，其中尤可以用于方法數字表示應用的次數。因為點擊三角形，會發(fā)現圖標前沒有數字。點擊白顏色的位置去除對圖標的選擇。方法參數改變分析的全部方法。你將注意到方法簾沒有BentDNA-BendingIndexmethod。在方法簾的頂端，點擊MoreMethod分析的所有方法，點擊BentDNA-BendingIndexmethod，該就進入了方法簾。z若查看方法簾中的方法是否已經被應用，點擊其右邊的三角形。如果圖標前有數字表明該方法已經使用，我們還沒有應用BentDNA-BendingIndex，所以zz單擊選定“BendRegion,，”將其拖到分析界面，釋放鼠標。序列中可能會折疊的區(qū)域就會以小盒子的形式顯示出來。下面我們改變方法的參數，然后將分析結果與參數改變前的結果進行比較。z重復前面的操作，在方法簾中加入一個新的BentDNA-BendingIndex，并把它拖如分析界面?，F在你應該有2個完全一樣的折疊區(qū)分析結果。z任何一個結果，將打開一個參數對話框。z雙擊方法簾中改變弧長度參數為30，單擊OK。分析界面上就會出現根據此參數計15算得到的結果。:如果你再次拖入新（注的方法時，參數的改變會自動應用到新的方法上）。結果展示優(yōu)化z組合或移動展示的結果：單擊位于GeneQuest窗口左側的調色板工具中的的選擇器（手圖標），在分析界面中可以隨意拖動任何展示的結果到任何位置。z改變方法格式：單擊目的選擇器（手圖標），可以選擇分析界面上的任何方法。從OPTIONSMENU菜單選擇LineColor，打開彩色選擇子菜單。選定顏色后，方法題目和結果顯示都將變成那個顏色。另外，你可以用類似的指令進行操作：LineWeight、FillColorandFillPattern。去除方法：單擊選擇方法簾中顯示的方法，用退位或刪除鍵去除應。z用的方法即可注意任何你除掉的方法都是能從Methodsmenu菜單再一次被使用。16注釋Features當你用Genbank輸入序列時，序列中標注的Features會自動轉換為圖形命令顯示在方法簾中。這些Features可以象任何別的方法那樣拖到分析界面上顯示。eneQuest也允許你為你的DNA序列制作新Features:z單擊位于GeneQuest窗口的左側的調色板工具（箭圖標）。z然后點擊選定2641-4257的InformativeRegion。z點擊調色板工具（鉛筆圖標），或者從SITES&FEATURESMENU選擇NewFeatur，打開一個FeatureEditor對話框（如右圖）z你打開FeatureEditor時，首先進入Location設定。點擊“Inforegion"進入Titlebox，點擊“SegmentA"進入SegmentNamebox，接著，在對話框的底部選擇標題和區(qū)段名字的位置。z點擊Description按鈕進入新的FeatureEditor窗口。如果你愿意，可以在note中對Feature做標注，在key種選擇Feature的種類。z點擊Style按鈕進入最后的FeatureEditor窗口，選擇字型，大小和顏色，以及你喜歡圖型用于新建的featureoz點擊OK關閉FeatureEditor窗口。一個圖形化展示的“Inforegion”就會出現在分析窗口的底部。下面我們把新建的feature與另外一個feature整合起來。G17z單擊調色板工具（箭圖標）。選定你剛做好的feature，單擊工具調方法而存在，BLAST檢索色板工具上的（鏈圖標）。z然后點擊名為“R01H10.4—CDS."的feature,再點擊連接（鏈圖標）。z這樣你的“Inforegion"featur將繼續(xù)作為沒有聯系的但是，它的拷貝將作為R01H10.4featur的一部分出現。GeneQuest為你的序列在因特網或企業(yè)內部互聯網數據庫上進行相似性檢索提供2不同的方法。BLASTSelection指令允許你使用序列的任何一部分進行檢索。BLASTORF需要你首先選擇序列的ORF，然后他就可以自動翻譯，在蛋白質數據庫中進行檢索。在這一節(jié)中，我們用BLAST在NCBI上檢索與NematodeR01H10相似的序列。注意必須保證您的計算機與因特網相連。否則，跳過這一部分。z單擊范圍選擇器調色板工具（箭圖標）。z如同在右邊被顯示的那樣，單擊任何“R01H10.5”的featureo注意此時選定的僅僅是外顯子部分（exons），內含子部分被自動去除。z從網絡檢索菜18單，選BLASTSelection。會z不做參數改變，這樣，程序z開始查找。索到序列（上序列）比較的具體結果。有關''score"和"expectation”的詳細的信息在NCBI's網點來說，更主要的score結果窗最上邊的4鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關信息?！癙utInDocument"按鈕相當于blaneFinding-ProteinFinder）z窗口中選擇一個檢索結果。zment。保存對話窗將打開。z命名。單擊保存。z序列將象應用方法那樣以短的垂直的豎線自動出現在分析界面的底部。垂直的豎線顯示BLAST結果的位置。出現左面的BLAST對話框。是blastn，數據庫是nr。單擊同意尋找結果顯示為兩部分（如下）。上邊的部分是按可能性的順序顯示檢的序列的名字，下面的部分顯示上面部分選定序列與提交邊--/BLAST.--可以找到。一般和更低的expectation提示較好的相似性。BLASTGeneFinding-DNAFinder，在打開序列中尋找檢索到的序列。（如果我們使用blastp或stx，則相當于Ge在BLAST結果單擊PutInDocu選定保存位置，并你選的19z可以選擇Zoomin/OUT來放大或縮小視野。直到你能清楚地查看序列。z其他按鈕與EditSeq中介紹的功能相EntrezDatabase檢索同。GeneQuest允許你在因特網或企業(yè)內部互聯網的Entez數據庫上進行檢索。檢索到的結果可以輸入GeneQuest（或者EditSeq），或者保存為序列文件。在這一節(jié)中，我們將檢索與狨視覺色素（visualpigmentinmarmosets）序列有關的序列，然后學習GeneQuest或EditSeq是如何打開其中的一個序列的。z從網絡檢索菜單（NETSEARCHMENU），選擇新正文查找（NewTextSearch）來打開EntrezQuery窗口（如右）。z在文本框中敲入“visualpigment.”。z從默認為“AllFields”的下拉菜單中選擇“TextWord.”。z用鼠標從右面再拖入一個檢索框（NewTerm）。z在文本框中敲入“Callithrix”，從“NewFields”菜單中選“Organism”。z單擊查找。查找結果出現于EntrezResults窗口（如下）。z雙擊任何EntrezResults窗口里的序列，就可以查看其詳細信息。20如果你想在GeneQuest或EditSeq里打開其中的一個序列：。從網絡檢索菜單，選擇用GeneQuest或者EditSeq打開（OpenwithGeneQuest/OpenwithEditSeq）。z選定文件保存的位置，并給文件取名。單擊同意（視窗），或者保存（蘋果計算機）。如果你選擇以GeneQuest打開文件，GeneQuest將打開文件并且將其默認的方法自動應用到序列上。如果你做選擇以EditSeq打開文件，Entrez序列將在主窗口中顯示。GeneQuest的其他特點z從EntrezResults窗，單擊你想打開的序列z以RNA折疊形式查看序列的一部分：zANALYSISMENURNA菜單中選擇FoldasRNA命令。ose凝膠電泳判定大?。簔簾(methodcurtain)。zs中選擇Enzymes-RestrictionMap力口入方法簾。僅僅表時，所有的酶選定目的序列，在序列酶切，模仿agar打開方法從MoreMethodz單擊圖標左邊的藍色三角形，打開內切酶一覽表。注意方法簾顯示那些最少切割一次DNA序列的酶。剛打開酶一覽都被選中了，在空白處單擊一下去除選定。21z選定特定的酶，拖入分析界面，即可以看見該酶的酶切位點在序列上的位置。z從SITES&FEATURESMENU菜單選澤保存AgaroseGelSimulation。z新窗口即顯示酶切片段在electrophoretic的分離情況(如圖)。分析文件z從文件菜單，選保存。z選定文件的保存位置。給文件命名。z單擊保存。z你所應用和展示的所有信息都會被保存。22三、MapDraw根據實驗設計，分析和實驗結果的作6種類展示需要的不同，MapDraw可以制的酶切圖。從簡單的線性圖到有注釋的環(huán)形圖，在展示限列的feature，六個讀框及其翻譯結從GenBank輸入序列的features。率等來排列你的酶切位點。另外，你可以用手工選任何酶切位點的結合。酶切位點過濾器（filters）也可以使用Booleanoperators聯合使用。MapDraw工具能使你規(guī)劃酶切位點和克隆實驗，產生詳細，充分部Lasergene應用程序一樣，MapDraw也提供整合的制性酶切位點的同時，還可以同時展示序果。MapDraw也以自動展示你可以按照位置、酶切頻地結果概括。和全BLAST查找功能。23新酶切圖制作我們z打以組氨酸DNA序列“TETHIS21MA”（蘋果計算機）和“tethis21.seq”（視窗）為例。首先我們尋找能夠切割組氨酸DNA序列的酶切位點。z從文件菜單選擇New打開右邊的對話框。開“DemoSequences."文件夾。z雙擊打開TETHIS21（見下）。24過濾器類型過濾器（filter）是你定義的可以使用的酶切位點的集合。在你自定義過濾器之前，所有酶切位點都會用于序列分析。你可以用和/或來組合過濾器。MapDraw內置的過濾器如下：定義的Overhang準則歸類的酶切位準則包括3’和5'端突出，與別的酶切位點互補以及兼并以使用這個過濾器尋找互補末端。頻率（Frequency）過濾器是指根據出現于指定的范圍序列上的頻率歸類的酶切位點。我們將在本節(jié)的下一部分中使用這個過濾器型。種類和復雜性過濾器（Class&Complexity）是根據酶切位點種類歸類的酶切位點。這些種類包括：I型（隨機）把II型（明確），或者I型+II型。這過濾器也可以根據位點復雜性、價錢和來源進行歸類。z手動選擇過濾器（ManualPick）允許你按需要選定酶切位點。在隨后的一部分中，我們學習使用手動選擇過濾器的方法。zMustCutHere/Don’tCutHere調色板工具也是一種過濾器，隨后進行闡述。頻率過濾器應用zOverhang過濾器是根據一套你點。這些的末端突出?？寺≡囼炛?，可zz先讓我們用頻率過濾器來刪除任何可以兩次切割我們序列的酶。z從ENZYMEMENU，選NewFilter，然后Frequency打開參數對話框。首25z在Min和Max對應的框中輸入數字1和2,其他的參數不變。這個設定將過濾器用于序列分析一然后OK退出參數對話框。你將目現在大大地減少了。應用將我們序列中切割多于兩次的位點自動刪除。z在過濾器名字框中，輸入“Two-cuts-max.”。z單擊Apply注意到在圖上酶切位點的數手動過濾器雖然減少了大約3分之2的位點，但是還有100以上的酶存在。我們還可切割z初的Genbank入口被注釋的序列特點。當我們打開它的時候，z在屏幕的左工具（Sort），接著選擇SortbyCutsCloseto以設定一些更嚴緊的命令進行限制。看一看我們的酶是否能整齊地用來TETHIS21序列的編碼區(qū)。z從MAPMENU選LinearMinimapp。打開的窗口顯示每個限制酶切割位點的位置。滾動窗口，直到你看到大的向右的箭頭，上寫“histone”。“Histone”是在最這個特點和序列一起輸入。單擊選定它。z上單擊種類調色板Selection。酶切位點即刻分類，這樣，距特點最近而且超出選定范圍的酶切位點將會排在最上面。26z滾動到窗口的最頂端。你將注意到，在histone基因的左和右有2酶切位點：AcsI和ApoI。兩個酶切位點對我們來說都是理想的。ckfilter。把ApoI從右邊的窗口拖進左邊的窗口。給過濾器取名。在這我們把過濾器叫做“ApoI.”。意到現在線性的minimap僅僅由ApoI現在我們將制作僅僅包括ApoI酶切位點的ManualPiz從ENZYMEMENU，選NewFilter——然后ManualPick。打開酶切位點過濾器編輯器。zz點擊Apply 然后OK，就保存并應用“ApoI.”過濾器了。z注酶切位點和histone特點構成。使用過濾器一覽表我們已經應用了2個過濾器：一個叫做“Two-cuts-max”的頻率過現在濾器和叫做“ApoI.”的手動過濾器，MapDraw會自動把兩個過濾器的結果用“AND,”聯合起來應用，這樣，展示的結果需要滿足兩個標準：切割一或兩次，用ApoI切割。我們手動過濾器包括頻率過濾器的單一他自動的覆蓋了頻率過濾器的結果。下述過濾器一覽編輯、組合各個過濾器。切點的內容，所以表允許我們隨意27z從MapDocument，單擊過濾器調色板工具（在窗左上的漏斗圖標）打窗口的左邊。擊應用即可。現在由于只有用，所以序列上的酶切位點數目立即z把ApoI過濾器拖回，放在And旁，單擊Apply再次應用ApoI過濾器，序列上的酶切位點數目放在Or旁，單擊Apply再次位點數目不會改變，因為ApoI過濾器是Two-cuts-max過濾器的一部分）。過濾器都去除。開過濾器一覽表（如下）。當前應用的所有過濾器都出現于z為了除掉ApoI過濾器，點擊選中它，從左窗口拖到右邊的窗口，單Two-cuts-max過濾器被應增加了。又立即減少了。（如果把ApoI過濾器拖回，應用ApoI過濾器，序列上的酶切z按上面的方法把兩個使用MustCutHere/Don'tCutHere調色板工具MustCutHere/Don'tCutHere工具是另一種酶切位點過濾限制方法。我們將用這個方法再次重復上面的操作。z從MAPMENU,選Site&Sequence。z向下滾動，直到你看在大的向右指的箭頭，上寫''histone”。單擊選中。點擊Don'tCutHere調色板工具（紅色園圈起的剪刀樣圖標），去除所有切割選定區(qū)的酶切位點。（點擊MustCutHere工具一一剪刀樣圖標一序列上將展示所有切割選定區(qū)的酶切位點。）28這樣，僅僅剩下那些不切割選定區(qū)的位點。顯示酶信息內切酶編輯器（EnzymeEditor）使你能夠查看內包括其名字，識別序列，isoschisomers，種類，價格，銷售公司和有效性等詳細的信息。你對這些信息可以進行添加或刪除操作。示酶識別序列和切割位點。環(huán)形切酶的各種相關信息，z打開酶編輯窗（如左），雙擊任意一個酶的名字。z箭頭顯z你可以按照"GeneQuest”上的方法在序列上添加新Feature，并作注釋。展示你可以以環(huán)形圖展示環(huán)形或線性序列，但是，如果序列是線性的，pDraw會提示你。如果你想在環(huán)形序列上進行酶切位點限制，那末，。用。如果已經應用，則Don'tCutHere過濾器應Ma我們前面提到的Don'tCutHerefilter完全可以做到這一點z通過點擊過濾器調色板工具檢查當前是否只有Don'tCutHere過濾器應該在過濾器一覽表的左邊的窗口里，而其他的過濾器在右邊。如果這不是這樣，請進行調整。29z從MAPMENU，選擇CircularIllustration，打開左邊的窗口。（如形大小將顯示為那末大。z單擊同意。ORF圖果此時有太多的酶切位點，你可以加入其他的過濾器）。z通過OPTIONSMENU的DrawingSize調整圖畫的大小。2條紅線相會的角是你可以做的最小圖畫的范圍。在窗口內點擊任何位置，圖z從MAPMENU，選ORFMap打示z從OPTIONSMENU中選擇ORFCriteria可以的ORF長度，定義上游啟動子和距上游啟意即可。z放大ORF以查看翻譯的序列。方法是點擊（有+的圖標），接著，單擊分析界面。重復開右邊顯的六讀框的開放讀框窗口。默認的終止和開始codons可以使用指定的遺傳密碼。方法見EditSeq。設定參數。你能調整最小動子的距離，選定后單擊同調色板工具中ZoomIn這些2步直到你能看翻譯。30顯示選擇zz擇垂直或者水平展示。列（LinearizeSequence）。顯示不確定位點。MapDraw’sOPTIONSMENU 提供各種指令允許你做下面的事情:選擇1個或3個字母的編碼。z顯示不同的讀框組合（ReadingFrames或LineLayout）o編輯用于翻譯的遺傳密碼（GeneticCodesandEditSelectedCode）。酶顯示可以選z線性化環(huán)形序z保存退出從編輯菜單（選擇保存位置單擊保存（蘋從文件菜單（窗），電腦提保存起來，否則結果會全部丟失。zEDITMENU)，選保存地圖(SaveMap)。z，命名。z果計算機)或同意(視窗)。zFILEMEN)，選擇放棄(蘋果計算機)或者退出(視示保存或放棄；選擇保存，則你操作的所有結果都會31四、MegAlign列的aligment)。多序列比較(multiple據關序列距離的數據和殘基替代可以容易地作成表格。一般多序列比較t)窗口，相似性和差和全部Lasergene的應用程序一樣，MegAlign提供整合的BLAST查找功能。件MegAlign提供6列隊(aligment)方法，進行DNA和蛋白質序配對和多序列比較(multiplealigment)可以在MegAlign的worktable進行查看和編輯?？梢愿犃?aligment)的結果制作進化樹(Phylogenetictrees)，并且，有(multiplealigment)的結果展示于隊列(aligmen異用彩色的直方圖展示。也創(chuàng)建隊列文的相似性，而多序列比較對在Worktable，我們將介紹使用2個hzEnterSequences對話框。z從你DNASTAR文件夾中的“DemoMegAlign,”文件夾，雙擊打開“HistoneSequences."文件夾，左上兩個序列是我們選用的序列。MegAlign提供兩種基本的隊列方法：配對比較和多序列比較。配對比較可以比較任何2個選定的序列中所有序列進行比較。在我們入門的第一個部分中不同的種類的配對比較方法。我們將從創(chuàng)建一個MegAlign文件，輸入兩istone序列開始。從文件菜單，選EnterSequences打開32z單擊TETHIS21，點擊Add鈕。單擊TETHIS22，點擊Add鈕?，F在2序列將出現于右面的窗口。z單擊Done把序列輸入Worktable。33z從OPTIONSMENU，使用Size命令增加Worktable的字形大小直到可以看清楚。序列設置下面我們練習subranging輸入的這個例子中并不重要，白質和DNA的混合序列時就變得非常重要了。須是給出正確的翻譯讀框。H2B-1的CDS進行操作。z點擊選中（TETHIS21）。z從OPTIONSMENU，選histone序列。設置序列的末端在我們但是當兩個序列匹的全序列匹配不太好，或是蛋后者要求每個DNA序列都必序列設置可以通過給定末端位置手動操作設置，也可以通過特定標注的feature進行。這里，我們將使用histoneSetSequenceLimits，接著，從FeatureTable打開右面的序列末端設置窗口。z頂端的histoneH2B-1--CDSfeature已經選定。下面顯示的是選定序列的特點名字和范圍。z單擊ChangetheRest用相同的feature設置第二histone序列。你將自動回到Worktable，這時，設置后的序列就出現了。配對比較（PairwiseAlignment）MegAlign提供各種配對比較方法。我們序列是DNA，我們可以用的方法是Wilbur-Lipman，Martinez-Needleman-Wunsch和Dotplot。在這入門中，我們在使用Wilbur-Lipman的方法。z同時選中兩個序列。z從ALIGNMENU中的OnePair選擇Wilbur-Lipman方法。z使用默認參數進行比較，點擊OK。zMegAlign計算隊列，然后在另一個窗口顯示比較結果。窗標題展示相似指數（所右匹配殘基的百分比），缺口數目，全的缺口長度和一致序列長度。我們可以改變標志顏色來區(qū)別匹配和不匹配的序列。34z輯讀化框?？?，他就變藍了。所有和一直序列一樣另外，還可以通過選定或不選彩色選擇方框下面的方框查看隊列窗口中隊列的變化。如你單擊VerticalBars，則匹配序列間的堿基變單擊隊列調色板工具（有“方框圖標），打開下面的隊列顏色編z單擊深藍色的方框，接著點擊MatchColor右面的黑色方的堿基都立即變成深藍色。如此重復可以改變不匹配的序列的顏色。z成了垂直的棒。使用點劃分方法(DotPlotMethod)點劃分方法是先把要比較的序列疊加起來，然后計算匹配不當的數目。z同時選定兩個序列。z從ALIGNMENU中的OnePairl里選擇DotPlot打開右面的窗口。z單擊OK用默認的參數進行比較。MegAlign計算結果口顯示出來。每個匹配都與特定的一框中)，DotPlot窗口示兩個序列比較的位置。35會在另一個窗相似性(兩個都設計在參數對話中展示為藍色。從左側末端開始的紅色斜線，表z雙擊任意一條藍色的線會打組殘基有特定的開左面的窗口，其中顯示所選定的序列的比較結果。多序列比較為了在MegAlign中進行調蛋白序列的文件進行樹，了解MegAlign的其zz從們需要選MegAlign’s的兩個多序列比較方法中的一個進行操作：如果已知序列有一定的同源性，我們推薦使相關性的背景未知，可以選擇Clustalo我們使用的序列已知全部是calmodulins，所以，我們使用在我們實行隊列之前，我們應該選擇一個權重表。MegAlign’s殘基權重表用于對多序列比較進行評分，這樣那些雖然殘基不匹配，但殘基化表是最好的選擇。多序列比較，我們選擇一個含有十四個相關的鈣操作。使用這個大的數據庫我們可以制作進化他特性。首先，我們要創(chuàng)建一個包括14calmodulin序列的新文件：從文件菜單，選Open打開DNASTAR文件夾的“DemoMegAlign”的文件夾。z雙擊打開“CalmodulinAlignment”。OPTIONSMENU，使用Size命令增加字體大小到看得清楚為止?，F在我Clustal或者JotunHein。用JotunHein，并且，如果有關序列JotunHein方法。學性質相似的序列的評分要比化學性質不相似的序列的評分要高。我們的序列是蛋白質，并且我們將使用JotunHein方法，所以“Structural”3637etResidueWeightTable打開左面的窗口。z從上面的下拉菜單選擇calmodulin序列了。畢，Worktable會顯示隊列的的ResidueSubstitutions查看殘基的替代數目（如PhylogeneticTree查看z從ALIGNMENU選擇SStructuralo單擊同意?，F在我們可以比較我們的z從ALIGNMENU選擇JotunHeinMethod。z隊列進程窗顯示比較完成的百分比。當隊列完z結果。z通過VIEWMENU中的SequenceDistanc查看序列的差別和相似性（如左）。z通過VIEWMENU中右）。z為了繼續(xù)，關上ResidueSubstitutionsandSequenceDistances窗口。z通過VIEWMENU中的PhylogenetBalancedBranches調色板（從頂端ram查看結果，單擊UnbalancedBranches調色板工具（從頂端第4）。在cladogram中，枝長度（branchlength）是與祖先的節(jié)差異的評估。z為了繼續(xù)這入門，關上PhylogeneticTree窗口。查看隊列報告icTree打開下面的窗口。默認為第3)。在phenogram中，距離長度近似。z為了用cladog隊列報告以序列顯示比較的結果。z通過VIEWMENU中的隊列報告命令(AlignmentReport)打開報告窗口。zMegAlign允許你改變隊列報告的外觀。從OPTIONSMENU中選擇AlignmentReportContents打開右面的窗口，選定第3-7和第9個方框，其它不變。z單擊同意，更新報告。38倉雁Decorations和Consensi的效那些與一致序列不一致的氨基酸加陰影。z從OP選擇NewDecorat邊顯示的z在題目框中，輸入類似“Shadedisagreementswithconsensus."z下拉菜單中的“Shade"，單不變，默認為Consensus。選擇第一個下拉菜單中的“Shade"后，會激活其下下拉式菜單。菜單選擇陰影的樣式。.”。中所有與一致序列不一樣的殘基全都被加另外，我們可以通過加入“decorations"和“consensi."來優(yōu)化展示果。Decorations包括加框、加陰影和隱藏。在這節(jié)中，我們將給TIONSMENUion來打開在左對話框。的名字。下一個排包括3下拉的菜單。選擇第一個中間菜單的“residuesdifferingfrom”。第3個菜面的另外兩個z從上邊的菜單選擇顏色，從下面的z距離單位框不變，為“0單擊同意，現在隊列報告上了陰影（如下）。z39Consensi是一致序列的另外一種圖形展示方法，可以用來標志和不一致的殘疾可以用直方圖在隊z從OPTIONSMENU，選擇NewConsensus打開右邊的對話框。z在題目框中，輸入諸如“All中輸入星號（大）。z單擊同意，就把應用于打開的隊。z最終的報告如左圖顯示。彩色直方圖可以顯示新的一致序列的強度。ambiguous殘基。另外，序列中一致列報告中展示。當在某個位置上，任何一個序列的殘基與其他序列不一樣時，一致序列就會以星號表示。并且用直方圖的長短顯示其中一致殘基的多少。sequencesmatchingpotato.”的名字。z下面有4個下拉菜單。在第一個菜單選擇PotatoCalmodulin。其他的菜單不變：Whenallmatch；thetemplateresidue和showthetemplateresidue。在右邊框"otherwiseshow,”zz選定“Strength.”框。新的一致性設定列報告了40保存MegAlign文件z從文件菜單，選保存。z確定文件夾的保存位置。（蘋果計算機）中給序列命名。z視窗）。存了。z在文件名框（視窗）或名字框單擊保存（蘋果計算機）或同意（z對隊列和隊列報告的變化都被保41五、PrimerSelectPrimerSelect能夠幫助你設計PCR，測序和交雜實驗所使用的引物或反向翻譯的蛋白質模板序列后，和和.G計算溫度等參在模板處理后，PrimerSelect按照用戶定義的參數確定引物的位置，并給引物評分，然后篩選出模板序列上的最佳引物序列。引物“workbenches”允許你修改你的引物，檢查參數編輯對翻譯讀框，二級結構，錯誤的引物位置和限制性酶切位點的影響。如果你選擇并優(yōu)化了你的引物，PrimerSelect可以讓你建立有關模板，引物，擴增的文件。和全部Lasergene的應用程序一樣，PrimerSelect也提供整合的BLAST查找功能。和探針。輸入你的DNA，RNAPrimerSelect就可以在pentamer窗口計算序列的融解溫度，自由能末端自由能。您可以通過控制包括引物濃度、鹽分數來限定計算結果。4243件創(chuàng)建PrimerSelect文我們入序列(EnterSequence)。打開下面的對話框將以克隆載體pBR322為模板DNA序列。在這一節(jié)中，我們選擇引物，用來擴增位于2013-2169位的H-strandYeffector。首先我們從打開模板序列開始。z從文件菜單選擇New創(chuàng)建一個PrimerSelect文件。z從文件菜單，選擇輸。z從“DemoSequences"選中pbr322.seq(視窗口)的文件，或者PBR322(蘋果計算機)，單擊Add添加序列到右面的窗口。然后點擊Done打開序列。定義引物特點和位置下面我們開始確定引物的類型。z從條件菜單(CONDITIONSMENU)，選擇PrimerCharacteristics打開左面的對話框。這對話框參數諸如：引物長度、最大的3'pentamer穩(wěn)定性和可接受的重疊。注意默認的引物長度為17-24bp，并且1或2bp的二聚體和發(fā)卡zz列的長度來限制引物的位置。z從下拉菜單的RestrictLocations中選擇UpperandLowerPrimerRanges。當在全序列中設計編碼區(qū)的PCR引物時，這是最好的選擇。z在UpperPrimerLocations右面的方框中輸入1700和1950。在LowerPrimerLocations右面的方框中輸入2250和2500。z單擊同意，會出現下面的窗口。成對的綠色和紅色的三角形分別標可以用來設定各種樣重疊示可以接受的。不改變默認設定和單擊從條件菜單，選擇PrimerLocations打開右邊對話框。這個對話框允許我們根據給的序Cancel退出。44記所設定的正向和反向引物的范圍。尋找引物對現在我們已經指定什么種類的引物對是ect為我們尋找理想的引物對。rs。打開一個二分窗口，上面引物對，引物對按照評分值依atePairs被默認激活（在窗的是上面窗口選定的引物對的可接受的，剩下的工作就是讓PrimerSelz從LOCATEMENU選擇PCRPrimerPai窗口中顯示計算機尋找到的28對理想次排列。因為調色板工具中的Altern口左面工具中），所以底部窗口顯示替代引物對一覽表。z通過拖動在窗口的右側上的小環(huán)拉開建議窗口，可以查看PrimerSelect對選定引物的建議。注意現在的“Bestchoice.”是PrimerSelect根據在最初的條件中設定的參數計算得到的?？聪旅娴拇翱冢琍rimerSelect列出r’Bestchoice”引物對的25替代選擇。這些替代的引物對擴增的區(qū)域和上面選定的引物一樣，所不同的是他們的序列有些不一樣。z選擇調色板工具中的AlternateProducts（左側工具底部），下面45窗口顯示引物的位置的產物長度。左面的“Bestchoice”引物進行反應，會和可能錯配的位置，以及相應那個單一的粗黑棒提示用我們有大量產物被擴增出來。如果沒有多個5’或者3’引物箭頭也提示這一對引物沒有錯配點。口里引物對，一、4汪意第1棒的z單擊上面窗觀察下面窗口里的產品棒變得越來越細表示預期的擴增物也越來越少。有8個引物對有錯誤的配對點，用粉紅色或淡綠色箭頭指示出來。3對和第22對正向引物有錯配點(右邊顯示)，就會用第二條產品表示錯誤的產品大小。查看引物的其他信息PrimerSelect能預測引物形成self-dimers,pair-dimersandhairpins的可能性。z單擊選定“Bestchoice”引物。z從報告菜單(REPORTMENU)，選AmplificationSummary，打開左面的窗口。顯示用所選個引物做PCR擴增反應的報告。4647和引物對的堿z從報告菜單，按照z選擇CompositionSummary，打開右面的窗口，描述擴增區(qū)基組成。選擇SelfDimers，PairDimers和/或Hairpins打開新窗口顯示每種二級結構的預測結果。Self-Dimer形成窗口如右引物特點分類merSelect在自動將引Pri物按照從好到壞的順序分類以前，已經計算來分類引物。z從報告菜單，選擇LocatedPrimers&Probes打開左面的窗口。窗口顯z從LOCATEMENU選擇SortPriz保留對正向和反向引物的選定ByTmNearest方框，輸入65。了引物的各個特點。LocatedPrimers&Probes窗口是我們能夠根據引物的不同特點，如引物位置、長度、溶解點或自由能等，來對引物進行分類。這里讓我們用溶解點示符合我們標準的引物的一覽表。在沒有特別指定的情況下，引物按照位置排列。mers打開下邊對話框。，去除對ByPosition的選定。選定48z單擊同意，現在兩個窗口里的引物按照融解溫度離65oC最近的程度依次排列。改變引物長度merSelect’s工作臺允許你在使用的密碼子，核查引物二級雙擊選定正向“Bestchoice”Pri引物中引入限制性酶切位點，突變，改變結構，查找錯配點。在這一節(jié)中，我們將用正向引物工作臺來擴展我們的引物長度。z引物。從編輯菜單，選擇WorkonUpperPrimer打開下面的窗口。Sites調色板工具（窗口左側從頂角形“handles"允許你的苷窗大信息告訴我們沒有發(fā)卡樣結zz確認Dimer，Hairpin和Priming端起的4-6）已經激活。讓我們仔細查看一下工作臺。在窗口下邊的第3排可以看見引物序列。序列兩端的三縮短或者延長序列。在窗口的左上角標題告訴我們引物的長度是23核酸，溶解溫度為65.5度；而底部口的綠色棒顯示引物在序列上的概位置。下面的大于2bp的二聚體形成，并且引物只能形成一個并不理想的構。拖動窗口左邊的滾動條之間的黑框調整上下窗口的比例。拖動引物左上黑三角形z直到長度延伸到33核苷酸?，F在引物的長度已經顯示在窗口的標題中。引物的溶解溫度也增加到看下面的窗口有二聚體和發(fā)卡形成，并標記（壞形成穩(wěn)定的二聚體和發(fā)卡樣結構，所以我們設計再一次拖三角直到引物最初的23核苷酸。窗口又和我們開始打開它。78.6度，將難以進行PCR。?。Ｓ捎陂L引物容易的引物經常較短。z的時候一樣了引物中引入突變PrimerSelect工作臺可以很容易的在引物中引入突變。我們“Best酸。在這一節(jié)中，我們把讀轉我們變化的z點擊酸，顯示詞“殘基z選擇Other會自動跳出一個子號，在“T-Threonine."上點choice”的正向引物序列只編碼一個苯丙氨框1的苯丙氨酸通過改變讀框中的密碼子換成蘇氨酸。轉換完成后我們將可以觀察到效果。引物下面，讀框1中綠色的苯丙氨會出現一個小盒子（如右）。盒子中全部4種可能的苯丙氨酸密碼子和Other.”標記的GCC是這個苯丙氨酸的密碼子。菜單，其中顯示所有的氨基酸及其代擊一下，模板序列上的堿基組成沒有49改變，但是引物序列和其編碼的氨基酸（Thr-Ala）發(fā)生了改變。Thr顯示為紅色，表明它是從最初的引物序列上突變得到的。查看屏幕底部的左角，可以看到引物形成了一個穩(wěn)定的二聚體。我們可以通過給。我們試著把的單一的核苷酸變化去除了二聚體。另外，正度可以與反向引物匹配，但是我們可以找到與之更相匹配的反向引物。在工作臺的右上的白色文框輸入突變引物的名字。的OK鈕，保存突變的引物。Mz打開建議簾。沒有警告這一引物對被評定為“然用它擴增的產品數量不多，但是它卻是我們最好的選擇。設計新引物我們的Thr殘基做沉寂突變來刪除這個不受歡迎的二聚體蘇氨酸的密碼子改變?yōu)锳CC。這個密碼子與苯丙氨酸密碼子（GCC）只有一個核苷酸不同。z單擊紅的Thr殘基，從菜單中選ACC代替現在的ACT。下面的窗口顯示從G到A向引物的融解點已經從65.5減少了到53.7。也許正向引物新的溶解溫zz點擊窗口左側頂端z從LOCATEENU中選擇PCRPrimerPairs更新窗口。新的引物對會加入窗口中，突變的正向引物用淡綠色的箭頭表示。的第一個突變引物對是從頂端起的第11個。OK”，如果我們必須使用突變引物的話，雖當你初次打開PrimerSelect的你可以用這個目錄來儲備任何物。LOCATEMENU中的OnlyCatalogedPrimers指令可以讓你在已經時候，引物目錄是空的。如果你愿意，在PrimerSelect中設計或者被修改的引50儲存地引物中選擇合適的引物供使用。在這一節(jié)中，我們學習如何設計并將他們輸入目錄表的方法。從LOGMENU選擇PrimerCatalog打開引物目錄表。注意到我們突引物z章或敗。讓我們z從報告菜單，選PrimerHairpins，可以看出該引物也可以形成5卡。變的正向引物已經在目錄表中。引物左面的檢測標志表明引物處于激活狀態(tài)，v形臂章（＞＞）（視窗）或子彈（蘋果計算機）顯示它已經通過了最初二級結構檢測。z按回車鍵創(chuàng)建一個新的引物區(qū)。輸入“TestPrimer”。z按Tab鍵。z輸入“GIANTCATSNABMANYWARYRATS”。z按Tab鍵。z輸入“Contains46%ambiguousbases”。z按回車鍵結束。引物目錄表應該如右圖。如果我們的引物已經通過了最初二級結構檢測，則引物左側出現V形臂槍彈?，F在沒有V形臂章或槍彈，說明我們引物測試失核查為什么：從報告菜單，選PrimerSelfDimer，可以看出該引物可以形成12對穩(wěn)定的二聚體。z個穩(wěn)定的發(fā)如同我們預測的那樣，我們序列里的模糊堿基的百分比過高會使得它那51以用來進行PCR反應。使用寡核苷酸訂購表PrimerSelect提供兩種寡核苷酸訂購表：Generic和IDT（Integratedzz苷酸訂購表動輸入表DataTechnologies,Inc.）o點擊選定正向“Bestchoice”引物。從LOGMENU選擇Oligo52RequestForm中的IDT打開IDT寡核（如右）。我們反向和正向引物序列自格。如果我們想定購引物，我們只需填表打印，然后傳真或用電子信件郵給頁底部的地址即可。z從文件菜單，在返回附近到坐落的引物一對窗口口做選擇。PrimerSelect文件保存從文件菜單，選保存z。z選定文件的保存位置，命名。z算機）或同意（視窗）。任何對引物，或者引物單擊保存（蘋果計目錄表的操作都將和文件一起被保存。53六、ProteanProtean可以使用多種方法分析、預測蛋白質結構，并以圖形化的個方分析疏水性概念的方法就有好幾種，不過有的概念只有一種方法可供選擇，如柔韌性。你可以按照任何順序在Protean文件上展示各種方法計算的結果。另外，Protean可以輸入來自蛋白質數據庫中標注序列特點，而且允許你注釋新特點。和其他Lasergene應用程序一樣，Protean也提供整合的BLAST查找功能。方式展示出來。預測蛋白質結構。各類方法按照科學概念進行分類。幾法可以同時存在于一個概念群中，如用于5455析文件創(chuàng)建蛋白質分這一節(jié)，我們將為人的鈣調蛋白序列創(chuàng)建一個新Protean分析文件。z從文件菜單選擇New打開右面的對話框，然后打開名為“DemoSequences."的文件夾。z雙擊"HumanCalmodulin"(或“HumanCalmodu")，這樣就打開下面的分析文件窗口：Protean's蛋白質分析方法打開序列后就是選擇應用方法。方法結果的圖形顯示可以幫助你選擇感興趣序列的特點。對于我們打開的序列，你會發(fā)現只有下面方法中的幾個被展示出來了，下列方法都可以使用：zTitle——給文件取名。z酶酶切位點，并且顯示酶切圖site數據庫中檢索你的序列。z上尋找用戶指定的Patternsoz特定的序列范圍上的分布。z二級結構一CoiledCoil——預測跨膜區(qū)的阿爾法螺旋。z二級結構 Garnier-Robson 計算特定氨基酸殘基在特定結構內部的可能性。z二級結構——Deleage-Roux——蛋白質的二級結構類型預測。z二級結構 Chou-Fasman 通過序列氨基酸殘基的晶體結構來預測蛋白質二級結構。zHydropathy—Goldman-Engleman-Steitz—預測可以跨過細胞膜的非極性阿爾法螺旋。zHydropathy—Kyte-Doolittle 根據序列的氨基酸組成預測蛋白質的疏水區(qū)和親水區(qū)。zHydropathy—Hopp-Woods一通過計算蛋白質序列上的最大局部親水性尋找蛋白質的抗原決定簇。zAntigenicity—SetteMHCMotifs 預測短肽上與老鼠MHCIId型蛋白質相互作用的抗原位點。zRuler—給文件加標尺。zSequence 顯示序列。ProteaseMap 識別序列上的蛋白譜。zPatterns-Prosite數據庫 在ProPatterns-Ariadne文件 在序列電荷密度一電荷一預測電荷在56zAntigenicity—AMPHI—根據序列預測免疫優(yōu)勢輔助性T淋巴細胞aylor—預測含有特定基序(motif)的z抗原位點。zAntigenicity—Rothbard-T潛在T淋巴細胞抗原決定簇。Anicity—Jameson-Wolf—通過聯合現有的蛋白質結構預測方ntige法預測潛在的蛋白質抗原決定簇。zAmphiphilicity—Eisenberg—預測EisenbergMoment。z表面可能性一Emini——預測特定區(qū)域位于蛋白質的表面的可性。z柔韌性一Karplus-Schulz—預測蛋白質骨架區(qū)的柔韌性。分析方法應用應用新Protean方法的步驟是：把所用方法從MoreMethods菜單移入簾，然后拖入分析窗口，基本上與前面介紹的方法GeneQuest方法相同。構。簾。方法簾中包括了全部已用于分析你的z不在其中。從方法簾的頂端，點擊中單擊Deleage&Roux,這樣在這一節(jié)中，我們將練習使用Deleage&Roux分析方法預測蛋白質結z從分析菜單(ANALYSISMENU)選擇ShowAvailable，或拖動分析窗口左上的小環(huán)打開方法序列的方法。你會發(fā)現Deleage&Roux方法并MoreMethods打開下面的子菜單，里面有所有可以使用的方法。從SecondaryStructure的子菜單5758z單擊方法左邊的三角形打開方法有被用于序列分析，數字的多少代所然后單擊“Alpha,Regions,”，并將它拖入分析窗口。預測z單擊方法左邊的三角形打開方法有被用于序列分析，數字的多少代所然后單擊“Alpha,Regions,并將它拖入分析窗口。預測Deleage&Roux就進入方法簾。進入方法簾。如右，如果有數字挨著圖標，說明該方法已經被用于分析，否則沒如右，如果有數字挨著圖標，說明該方法已經被用于分析，否則沒表方法正在被使用的次數。由于我們還沒有把Deleage&Roux用于序列分析，表方法正在被使用的次數。由于我們還沒有把Deleage&Roux用于序列分析，以其左側沒有數字。z點擊方法左邊的空白區(qū)域去除對方法的選擇。z點擊方法左邊的空白區(qū)域去除對方法的選擇。的蛋白質阿爾法螺旋區(qū)域即展示在分析窗口中。改變方法參數下面我們改變Deleage&Roux方法的參數，然后看一看參數改變前后這個方法預測的結果有什末不同。z重復上述操作將另一個Deleage&Roux方法應用于分析窗口，并將兩個Deleage&Roux放在一起?？梢钥闯霈F在有兩個完全相同的預z，相應的區(qū)域由于計算參數的改變立即發(fā)生相應變現在的方測結果。雙擊其中一個會打開一個參數對話框，選擇A+B，單擊同意。此時在分析窗口上化。你可以比較兩個參數計算結果的差別。（注：此時，如果你把最初法再用于分析窗口，則改變的參數自動應用于新加入的方法。）5959優(yōu)化結果顯示（與GeneQuest相似，這里省略）使用蛋白酶消化與SDSPAGE電泳Protean可以識別蛋白序列上的蛋白酶酶切位點，并將酶切片段的電泳結果以圖形展示出來。z從MoreMethods菜單中將Protease-ProteaseMap方法移動到方法簾。z單擊挨著方法名字的藍色三角形查看蛋白酶一覽表。點擊方法左邊的空白區(qū)域去除對蛋白酶的選擇。z選擇“Chymotrypsin”和“CNBr.”，將它們拖入分析窗口。兩種蛋白酶的識別位點顯示如右?，F在至少一種蛋白酶被應用，我們可以模擬凝膠分離。z單擊調色板工具中的范圍選擇器（RangeSelector）（箭圖標）去除對應用的蛋白酶方法的選擇。z從SITES&FEATURES菜單，選擇SDS60PAGEGelSimulation。酶切片段的分離結果會自動顯示出來（如右）。在每個上面凝膠柱對應蛋白酶的名字和分子量。z當光標在凝膠上面移動時，你可以隨時查看到相應位置的蛋白質分子量。移動光標到任何片段上。窗口最上邊的標題顯示片段的范圍，大小，分子量，等電點和HPLC滯留時間。z為了繼續(xù)一節(jié)，關上SDSPAGEGelSimulation窗口。Features注釋（與GeneQuest中講解的相似，這里從略）進行BLAST檢索Protean允許你通過因特網或企業(yè)內部互聯網進行序列數據庫檢索。在這一節(jié)中，我們將在NCBI的BLAST服務器上檢索與人的鈣調蛋白序列相似的序列。注意電腦必須與因特網相連接，否則，跳過這一的部分，繼續(xù)下一部分。z單擊調色板工具中的范圍選擇器（箭圖標），在序列上選擇你想進行檢索的部分。由于我們的序列比較短，所以我們選擇全序列進行比較。z從EDITMENU選擇SelectAll。z從網絡檢索菜單，選擇BLAST查找。BLzBLASTAST對話框出現（如左），默認的數據庫是nr。單擊同意開始查找。結果顯示為一個二分窗口（如下，結構、內容與相關操作參見GeneQuest的BLAST結果）。BLAP開他們。中選擇一個結果。對話框窗打開（如左）。從保存的下拉菜單選擇Next（默認果窗。二級我們選擇三個ST序列，在tean中打現在roz在BLAST結果窗z單擊CreateDocument，保存為Selected）oz在“Sequences.”的左邊文本框輸入數字“3”。z單擊同意，打開三個新的選定序列的Protean的分析文件。現在關上BLAST結結構模擬tean能夠Pro展示諸如螺旋輪，螺旋網和beta片層等基本元件的二級l樣模型或者化學公式樣模型展結構。另外，它能以線性的space-fil61示蛋白質序列。在這一節(jié)中，我們做一個阿爾法區(qū)域的螺旋輪二級結構。二級結構Garnier-Robson方法已經應用于我展示出來。選定其中的一個阿爾法區(qū)域后，我級結構。圍選擇器（箭圖標）。z從分析菜單，選擇Model邊的二級結展示滴定曲線們序列，阿爾法螺旋也已們就能以螺旋輪展示其二z單擊調色板工具中的范z點擊Protean文件最上邊的Garnier-Robson分析結果中的一個阿爾法區(qū)域。Structures中的HelicalWheel，就會出現左構預測圖。為繼續(xù)這一節(jié)，關上螺旋輪窗口。下面，我們將查看全蛋白質序列的滴定曲線。tean就會默認是對全序列進行計z單擊Protean's調色板工具右邊的白色空間。這使得選擇回到起始位置，如果沒有選中的序列，在繪制滴定曲線時，Pro算。z從分析菜單，選擇TitrationCurveo62z打開序列的滴定曲線窗口(如上)。Protean會在等電點處加一個藍色的“crosshairs”，以顯示pH和所帶電荷。保存分析的文件(略)。63七、SeqManII開始SeqManII不僅僅能夠將成千上萬個序列裝配成contigs，而且在前，可以修整質量差的序列以及從你的序列中清除裝配污染數據，還提完善的編輯和輸出功能。SeqManII可以使用DNASTAR獨特的跟蹤自動測序儀產生的跟蹤數據進行評價，自動生成最精確的一致序列。裝配過程從序列輸入開始，輸入的序列可以是自動測序儀輸出的、也可以是文本格式或DNASTAR序列格式。另外，你可以從因特網的Entrez或BLAST服務器輸入序列。使用Preassemblyoptions中的命令可以進行包括修整質量差的數據，除掉特定的載體或污染序列等操作。你甚至可以在裝配過程中選擇最后加入重復序列。Contigs裝配完畢后，StrategyView可以用圖形化的方式展示contig的范圍和質量，并提示你什么地方需要補充序列。在需要的情況下，你可以加入更多的序列，或其他的SeqManII文件對現有的結果進行再裝配。AlignmentView允許你編輯，修整連續(xù)的一致序列，找回以前修整