生物信息學(xué)課程設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)報(bào)告-典型的生物信息學(xué)分析

生物信息學(xué)課程設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)報(bào)告—典型的生物信息學(xué)分析搜索感興趣的基因找出自己想要的基因片段找出

FASTA格式的基因序列，復(fù)制下來(lái)，保存在文本文檔中水稻瘤矮病發(fā)生與危害

水稻瘤矮病于兩廣陸續(xù)有此病危害的報(bào)告，且有逐年加重的趨勢(shì)，我國(guó)廣東茂名地區(qū)曾大面積發(fā)生危害，近年在福建福州以南的一些縣零星發(fā)生。癥狀識(shí)別

水稻瘤矮病是由電光葉蟬、黑尾葉蟬和二點(diǎn)黑尾葉蟬傳播的一種病毒病。病苗明顯矮縮，葉色深綠，葉背和葉鞘長(zhǎng)有淡黃綠色近球形小瘤狀突起，有時(shí)沿葉脈連成長(zhǎng)

條，葉尖卷轉(zhuǎn)，個(gè)別新葉的一邊葉緣灰白壞死，形成

個(gè)缺刻。病株根細(xì)弱，抽穗遲、細(xì)小、空粒多。水稻瘤矮病感病植株病原及發(fā)病條件

為水稻瘤矮病毒

(RGDV)]。病毒粒體球狀，直徑，由單一粒體組分和十二個(gè)片段的雙鏈

RNA

組成。此病可由電光葉蟬、二條黑尾葉蟬；二點(diǎn)黑尾葉蟬、黑尾葉蟬和

馬來(lái)亞黑尾葉蟬以持久性方式傳播，也能通過(guò)二條黑尾葉蟬的卵傳給下一代。國(guó)內(nèi)以電光葉蟬和二點(diǎn)黑尾葉蟬為有效介體。二點(diǎn)黑尾葉蟬亦可經(jīng)卵傳播。防治方法：治蟲(chóng)防病，力爭(zhēng)將傳毒媒介昆蟲(chóng)電光葉蟬、二條黑尾葉蟬；二點(diǎn)黑尾葉蟬、黑尾葉蟬和馬來(lái)亞黑尾葉蟬消滅在傳毒前。殺蟲(chóng)藥劑可用喹硫磷或樂(lè)果倍稀釋液，或菊酯類農(nóng)藥倍稀釋液噴霧。及早毀除病株，或踩入泥土，或集中燒毀，以防止蔓延。如插后不久發(fā)病，還可立即補(bǔ)苗。稻株大胎期用“九二0”純品倍稀釋液噴霧，使病株提早抽穗，可減輕為害。每畝用葉蟬散可濕性粉劑

克；或每畝用

速滅威可濕性粉劑

克；每畝用殺螟松乳油

+

稻溫凈乳油各毫升均加水千克噴霧搜索對(duì)應(yīng)的蛋白質(zhì)序列軟件分析蛋白質(zhì)理化性質(zhì)從分析結(jié)果可知：RGDV

各個(gè)氨基酸所占的比重，如上圖。分子質(zhì)量為，氨基酸數(shù)目為

，正負(fù)電荷殘基總數(shù)

，分子式為CH

在

單位在海里的水里測(cè)量的消光系數(shù)為

和，脂肪指數(shù)為，組氨酸

(H)最少為 ，絲氨酸含量最多

。疏水性分析：氨基酸的疏水性

=各種氨基酸的疏水性—甘氨酸的疏水性和穩(wěn)定中起著重要的作用。疏水性分析結(jié)果由圖可知在

蛋白C端位置有一個(gè)典型的疏水區(qū)域。 分析結(jié)果跨膜區(qū)域分析要的細(xì)胞生物學(xué)功能。蛋白質(zhì)序列含有跨膜區(qū)，螺旋進(jìn)行預(yù)測(cè)是生物信息學(xué)的重要應(yīng)用。對(duì)

RGDV

蛋白使用TMHMM

的跨膜區(qū)域分析結(jié)果

信號(hào)肽預(yù)測(cè)從分析結(jié)果可以看出，剪切位點(diǎn)分值

，信號(hào)肽分值為

，綜合剪切位點(diǎn)的分值

區(qū)分析有卷曲結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)主要是一些轉(zhuǎn)錄因子通過(guò)分析發(fā)現(xiàn)，在

蛋白在三種不同的窗口下列和七肽重復(fù)區(qū)。亞細(xì)胞定位、通過(guò)分析可知最終預(yù)測(cè)的葉綠體轉(zhuǎn)運(yùn)肽，線粒體導(dǎo)肽，信號(hào)肽的其他類型的分值分別為、

，

。信號(hào)的定位可能是他們中的最高值。、“”表示上面分值所預(yù)測(cè)的可能定位，

C表示定位于葉綠體，可能是

cTP;M

表示定位于

；

到細(xì)胞周質(zhì)，可能是；_表示除前面三處外的其他位置。、“RC”是可靠性級(jí)別，分為五級(jí)。表示輸出結(jié)果最高值與次高值之間的差異大小

,具體五級(jí)如 下 ：

的預(yù)測(cè)剪切位點(diǎn)的序列長(zhǎng)度。有結(jié)果可知目的蛋白

的分泌途徑為_(kāi)型，定

個(gè)氨基酸。結(jié)構(gòu)域的分析及

的搜索常見(jiàn)的結(jié)構(gòu)域的

種類型：全平行結(jié)構(gòu)域、反平型結(jié)構(gòu)域、α

＋β

結(jié)構(gòu)域、α

／β

結(jié)構(gòu)域及其他結(jié)構(gòu)域類型。能域分析對(duì)于蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)的分類和預(yù)測(cè)由重要的作用。結(jié)果解讀：綜合上訴結(jié)果可知，RGDV

蛋白的第

位之間是個(gè)高度保守的結(jié)構(gòu)功能域——，即

家族成員共有的毒屬外層衣殼蛋白

序列組成，具有結(jié)構(gòu)分子活性。

搜索蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)預(yù)測(cè)結(jié)果如下：CCHHHHHHHHHHHHHHHHHEEECCCCCEEEEEHCCHHHHHHHHHHHEEHCCCECCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHECCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHEECCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHCCCCCCCHHHHHHCCCCCHHHHCCCEEEECCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEECCCCHHEEEECCEEEEEECCCCCEEEEEEEEEEECCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEEEECCCCEEEEEECCEEEEECCCCCEEEEEEEEECCCECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH