手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)課件

如何構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)

YZU.TRY手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)（英文：Phylogenetictree）又稱(chēng)為演化樹(shù)（evolutionarytree），是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種間演化關(guān)系的樹(shù)。是一種親緣分支分類(lèi)方法（cladogram）。在樹(shù)中，每個(gè)節(jié)點(diǎn)代表其各分支的最近共同祖先，而節(jié)點(diǎn)間的線(xiàn)段長(zhǎng)度對(duì)應(yīng)演化距離（如估計(jì)的演化時(shí)間）。

手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)MEGA是一個(gè)關(guān)于序列分析以及比較統(tǒng)計(jì)的軟件?，F(xiàn)主要介紹使用Mega6.0構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)的方法。供大家參考。用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)有以下步驟：1、測(cè)序：將克隆擴(kuò)增測(cè)序得到的基因進(jìn)行測(cè)序。2、NCBI上做Blast

比對(duì)找到相似度最高的幾個(gè)基因，將這幾個(gè)基因的序列（Fasta格式文件）下載下來(lái)，或點(diǎn)擊GenBank登錄號(hào)，復(fù)制FSATA格式，整合在一個(gè)*.txt文檔中。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)3、比對(duì)序列，比對(duì)結(jié)果轉(zhuǎn)化為*.meg格式用Mega6.0的ClustalW做多序列聯(lián)配，比對(duì)結(jié)果用*.meg格式保存?；蛘哂肅lustalX軟件進(jìn)行比對(duì)，比對(duì)結(jié)果保存為*.aln,再用Mega6.0轉(zhuǎn)化為*.meg格式。4、構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)打開(kāi)保存的*.meg格式文件，選擇鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù)。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)以外米綴蛾的cds為例，點(diǎn)擊cds，出現(xiàn)下圖。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)點(diǎn)擊FASTA，出現(xiàn)下圖。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)該圖為外米綴蛾的FASTA格式，如何保存見(jiàn)下圖手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)一般情況下點(diǎn)擊該頁(yè)的右上角有send圖標(biāo)，選擇后點(diǎn)擊createfile即可下載。Txt可以打開(kāi)。該圖顯示的是序列全長(zhǎng)的FASTA格式下載。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)因?yàn)槲也扇』诎被嵝蛄斜葘?duì)，所以選擇codingsequences和fastaprotein，下載編碼區(qū)氨基酸序列。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)文件名未下載時(shí)不要更改，下下來(lái)之后再更改手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)將所有下載下來(lái)的fasta格式序列用記事本打開(kāi)，集中到一個(gè)記事本里手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)MEGA6可以識(shí)別fasta格式文件。如圖，將全部-基因.txt重命名為全部-基因.fasta手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)選擇打開(kāi)方式為MEGA6，打開(kāi)全部-基因.fasta，自動(dòng)跳出序列窗口用ClustalW做多序列聯(lián)配手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)以.meg格式保存結(jié)果手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)回到MEGA主窗口打開(kāi)所保存的文件（.meg）手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)點(diǎn)擊按鈕打開(kāi)文件窗口手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)顯示保守位點(diǎn)顯示變異位點(diǎn)手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)回到MEGA主窗口構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)當(dāng)前打開(kāi)的文件選擇鄰接法建樹(shù)手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)選擇Bootstrap檢驗(yàn)手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)設(shè)定完成，點(diǎn)compute，開(kāi)始計(jì)算得到進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建的結(jié)果。手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)雙擊文字，可以修改樹(shù)枝后的名稱(chēng)，名稱(chēng)要么全部斜體，要么全部不斜體，無(wú)法只讓拉丁文斜體手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)雙擊文字，可以修改樹(shù)枝后的名稱(chēng)，名稱(chēng)要么全部斜體，要么全部不斜體，無(wú)法只讓拉丁文斜體手把手教你構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù)優(yōu)化后，復(fù)制黏貼到WORD里，用Microsoftoffice打開(kāi)可直接在原圖上編輯，將拉丁文斜體，用WPSoffi