20200313網(wǎng)課機(jī)制研究升華篇之如何用蛋白組學(xué)搞定機(jī)制研究1_W

1、如何用蛋白組學(xué)搞定機(jī)制研究上海吉?jiǎng)P基因化學(xué)技術(shù)有限公司Shanghai Genechem Co., Ltd.1. 基因敲除/過表達(dá)后有表型2. 藥物有療效3. 她長(zhǎng)的比我好看表型，現(xiàn)象基因組轉(zhuǎn)錄組1. 大規(guī)模數(shù)據(jù)篩選蛋白質(zhì)組代謝組2. 生信分析哪些通路和功能受影響1. 結(jié)合蛋白質(zhì)分析3. 驗(yàn)證2. 結(jié)合基因自身功能的酶活，結(jié)合位點(diǎn)（ChIP,RIP）等分析 為什么受影響； 上下游是什么； 與現(xiàn)象之間關(guān)系進(jìn)一步確認(rèn)3. 體內(nèi)驗(yàn)證基因組相同而蛋白質(zhì)組不同蛋白質(zhì)是生物學(xué)功能最直接的執(zhí)行者 DNA RNA 代謝物已經(jīng)發(fā)生了什么 蛋白質(zhì)正在發(fā)生什么 空間特異性 時(shí)間特異性 修飾狀態(tài)即將發(fā)生什么蛋白質(zhì)組信

2、息是非常重要研究對(duì)象19年，Cell,Nature,Science（不含子刊）上發(fā)表的蛋白質(zhì)組的研究多達(dá)34篇20年，1,2月份CNS上也已經(jīng)發(fā)表9篇蛋白質(zhì)組技術(shù)體系及應(yīng)用場(chǎng)景最常見的應(yīng)用場(chǎng)景是IP,CoIP產(chǎn)物鑒定較label free深度更深，定量更準(zhǔn)確常見于大隊(duì)列分析質(zhì)譜版的WB，Elisa信號(hào)通路，信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)，激酶研究等免疫識(shí)別/免疫應(yīng)答基因轉(zhuǎn)錄/DNA損傷修復(fù)細(xì)胞凋亡/蛋白質(zhì)降解機(jī)制研究中常見的蛋白質(zhì)分析技術(shù)組合表型，現(xiàn)象1. 大規(guī)模數(shù)據(jù)篩選TMT2. 生信分析哪些通路和功能受影響PRM/WB/ ELISA3. 驗(yàn)證 為什么受影響； 上下游是什么； 與現(xiàn)象之間關(guān)系進(jìn)一步確認(rèn)機(jī)制研究基礎(chǔ)

3、版干針聯(lián)合靜態(tài)拉伸對(duì)于慢性肌筋膜疼痛的治療機(jī)制技術(shù)路線1. TMT（高通量數(shù)據(jù)挖掘）2. PRM驗(yàn)證治療看療效造模生信分析結(jié)果展示蛋白質(zhì)相互作用分析GOKEGGPRM驗(yàn)證差異蛋白質(zhì)機(jī)制研究基礎(chǔ)套路5表型，現(xiàn)象通路，功能組學(xué)數(shù)據(jù)加驗(yàn)證（TMT+PRM)機(jī)制研究進(jìn)階版探索WDR45引起神經(jīng)退行性疾病的機(jī)制構(gòu)建敲除鼠看表型，發(fā)現(xiàn)突變體在存在認(rèn)知障礙，并且神經(jīng)元大量丟失采用TMT技術(shù)分析野生型和敲除鼠神經(jīng)元丟失嚴(yán)重的腦部區(qū)域，上調(diào)的蛋白質(zhì)多于下調(diào)的蛋白質(zhì)，并且差異蛋白質(zhì)通過多種分析指向ER通過proteasome 和lysosome來影響內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白質(zhì)的穩(wěn)定體內(nèi)證實(shí)WDR確實(shí)引起ER 擴(kuò)張壓力變大發(fā)現(xiàn)E

4、R壓力增加后細(xì)胞凋亡增加激活自噬降低ER壓力可以減少細(xì)胞凋亡機(jī)制研究進(jìn)階套路55-1010通路，功能受影響的具體分子機(jī)制細(xì)胞，動(dòng)物模型內(nèi)驗(yàn)證表型，現(xiàn)象通路，功能組學(xué)數(shù)據(jù)加驗(yàn)證（TMT+PRM)機(jī)制研究王者版解析睡眠調(diào)控機(jī)制研究背景睡眠調(diào)節(jié)機(jī)制影響神經(jīng)調(diào)節(jié)以及突觸可塑性等重要過程， 涉及幾乎所有的大腦細(xì)胞和區(qū)域睡眠需求在清醒時(shí)逐漸累積，而在睡眠中逐漸釋放排解睡眠調(diào)節(jié)機(jī)制猜測(cè) 牽涉幾乎所有的腦部區(qū)域，在所有的區(qū)域中以相似的機(jī)制調(diào)控 清醒時(shí)逐漸累積，睡眠是逐漸釋放排解 在不同環(huán)境，不同背景下都應(yīng)該與睡眠需求高度同步 這些功能的得失應(yīng)引起睡眠需求的雙向變化。實(shí)驗(yàn)組別不同背景類似表型的組別可以有效降低假陽性以及其他干擾效應(yīng)先用磷酸化的抗體試試，發(fā)現(xiàn)有變化通過TMT和磷酸化TMT分析不同睡眠特性鼠大腦中的差異蛋白質(zhì)表達(dá)量沒明顯變化，磷酸化狀態(tài)變化巨大SNIPPs的磷酸化與睡眠的需求同步SNIPPs的磷酸化隨時(shí)間慢慢累積SLEEPY與這些SNIPPs會(huì)結(jié)合機(jī)制研究王者之路通路，功能受影響的具體分子機(jī)制細(xì)胞，動(dòng)物模型內(nèi)驗(yàn)證有臨床轉(zhuǎn)化可能性等表型，現(xiàn)象通路，