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5個(gè)國(guó)際著名的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫?答:Gengank數(shù)據(jù)庫,PIR數(shù)據(jù)庫,swiss-prot數(shù)據(jù)庫,TrEBML數(shù)據(jù)庫,UniDrot數(shù)據(jù)庫,MIPS數(shù)據(jù)庫,JIPID數(shù)據(jù)庫。簡(jiǎn)述Silicon cloning ?基于表達(dá)序列標(biāo)簽(expressed sequence tags,ESTs)的電子克?。╥n silicocloning)策略,是近年來發(fā)展起來的一門快速克隆基因的新技術(shù),其技術(shù)核心是利用生物信息學(xué)技術(shù)組裝延伸ESTs序列,獲得基因的部分乃至全長(zhǎng)cDNA序列進(jìn)一步利用RT-PCR的方法進(jìn)行克隆分析、驗(yàn)證。簡(jiǎn)述ExPASy數(shù)據(jù)庫?瑞士生物信息學(xué)研究所(Swiss Institute of Bioinformatics, SIB)創(chuàng)建了蛋白質(zhì)分析專家系統(tǒng)(Expert protein analysis system, ExPASy )。涵蓋了上述所有的數(shù)據(jù)庫。ExPasy 是個(gè)數(shù)據(jù)庫的集合,主要專注的領(lǐng)域是蛋白質(zhì)分子和蛋白質(zhì)組學(xué).Swiss-Prot 知識(shí)庫是一個(gè)經(jīng)過人工驗(yàn)證的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫.致力于提供高質(zhì)量的注釋,最少的冗余,以及和其他數(shù)據(jù)庫的高度集成.TrEMBL是對(duì)Swiss-Prot 的補(bǔ)充,EMBL中沒集成進(jìn)Swiss-Prot 數(shù)據(jù)庫的所有序列都經(jīng)過計(jì)算機(jī)進(jìn)行注釋并集成TrEMBL.Swiss-Prot 和TrEMBL由SIB(瑞士生物信息學(xué)研究所)和EBI(歐洲分子生物學(xué)研究所)共同維護(hù).目前,Swiss-Prot,TrEMBL和PIR數(shù)據(jù)庫已經(jīng)聯(lián)合起來組成了Universal Protein Knowledgebase(UniProt)聯(lián)盟molecular clock?分子鐘 (英文:Molecular clock) 1962年,祖卡坎德爾(Zuckerkandl)和鮑林(Pauling)在對(duì)比了來源于不同生物系統(tǒng)的同一血紅蛋白分子的氨基酸排列順序之后,發(fā)現(xiàn)其中的氨基酸隨著時(shí)間的推移而以幾乎一定的比例相互量換著,即氨基酸在單位時(shí)間以同樣的速度進(jìn)行置換。后來,許多學(xué)者對(duì)若干代表性蛋白質(zhì)的分析,以及近年來又通過直接對(duì)比基因的堿基排列順序,證實(shí)了分子進(jìn)化速度的恒定性大致成立,并由中立說在理論上奠定了基礎(chǔ),這便是“分子鐘”名稱的由來。分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫有哪些類型?各有何特點(diǎn)?基因組數(shù)據(jù)庫:基因組測(cè)序核酸序列數(shù)據(jù)庫:核酸序列測(cè)定一次數(shù)據(jù)庫:蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫:蛋白質(zhì)序列測(cè)定。生物大分子(蛋白質(zhì))三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫:X-衍射和核磁共振特點(diǎn):數(shù)量少,容量大,更新快二次數(shù)據(jù)庫:上述四類數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)資料為基礎(chǔ)構(gòu)建特點(diǎn):數(shù)量多,容量小,更新慢什么是junk DNA?答:基因組中不表達(dá)的因而功能不明的DNA。但已有證據(jù)表明這些無用DNA是有其各種不同功能的。簡(jiǎn)述PCR引物設(shè)計(jì)的基本原則。你知道哪種PCR設(shè)計(jì)軟件?原則:首先引物與模板的序列要緊密互補(bǔ),其次引物與引物之間避免形成穩(wěn)定的二聚體或發(fā)夾結(jié)構(gòu),再次引物不能再模板的非等位點(diǎn)引發(fā)DNA聚合反應(yīng)(即錯(cuò)配)。引物設(shè)計(jì)軟件: Oligo 6 (引物評(píng)價(jià))* Primer Premier (自動(dòng)搜索)* Vector NTI Suit Dnasis Omiga Dnastar Primer3 (在線服務(wù))NCBI網(wǎng)站中包括哪些數(shù)據(jù)庫?請(qǐng)寫出5個(gè)。BIOproject數(shù)據(jù)庫BIOsample數(shù)據(jù)庫EST數(shù)據(jù)庫Gene數(shù)據(jù)庫Genome數(shù)據(jù)庫Dbgap數(shù)據(jù)庫簡(jiǎn)述生物信息學(xué)的主要內(nèi)容?生物信息學(xué)(Bioinformatics)是在生命科學(xué)的研究中,以計(jì)算機(jī)為工具對(duì)生物信息進(jìn)行儲(chǔ)存、檢索和分析的科學(xué)。它是當(dāng)今生命科學(xué)和自然科學(xué)的重大前沿領(lǐng)域之一,同時(shí)也將是21世紀(jì)自然科學(xué)的核心領(lǐng)域之一。其研究重點(diǎn)主要體現(xiàn)在基因組學(xué)(Genomics)和蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)兩方面,具體說就是從核酸和蛋白質(zhì)序列出發(fā),分析序列中表達(dá)的結(jié)構(gòu)功能的生物信息。構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹的算法有哪些?(答案在書上)簡(jiǎn)述similarity和homology的區(qū)別?1、序列similarity和序列homology有何區(qū)別和聯(lián)系?(1)相似性(similarity):是一種數(shù)量關(guān)系,比如部分相同或相似的百分比或其它一些合適的度量。比如說,A序列和B序列的相似性是80,或者4/5。2)同源性(homology):這是質(zhì)的判斷,指從一些數(shù)據(jù)中推斷出的兩個(gè)基因或蛋白質(zhì)序列是否具有共同的祖先。序列相似性比較:將待研究序列與DNA或蛋白質(zhì)序列庫進(jìn)行比較,用于確定該序列的生物屬性常用的程序包有BLAST、FASTA等。序列同源性分析:r將待研究序列加入到一組與之同源,但來自不同物種的序列中進(jìn)行多序列同時(shí)比較,以確定該序列與其它序列間的同源性大小。簡(jiǎn)述CpG
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